Summary
Molecular Modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization
This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization
which might be useful for chemists.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
sistema de modelagem e gráficos moleculares
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro é um sistema de modelagem e gráficos moleculares para moléculas e
biomoléculas. Pode visualizar propriedades como orbitais moleculares ou
potenciais eletrostáticos e tem um construtor molecular intuitivo.
Inclui os seguintes recursos:
-
Modelador molecular com otimização automática de geometria baseada em
campo de força;
-
Mecânica molecular incluindo restrições e buscas de confórmeros;
- Visualização de orbitais moleculares e isosuperfícies gerais;
- Visualização de vibrações e plotagem de espectro vibracional;
- Suporte para células unitárias cristalográficas;
-
Geração de entrada para os pacotes de química quântica Gaussian, GAMESS
e MOLPRO;
-
Arquitetura de extensões flexível e scripts em Python.
Os formatos de arquivos que o Avogadro pode ler incluem PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden, assim como a saída dos pacotes Gaussian, GAMESS e MOLPRO.
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ballview
ferramenta livre de modelagem e gráficos moleculares
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Visualização rápida baseada em OpenGL de estruturas moleculares, métodos de
mecânica molecular (minimização, simulação MD usando os campos de força
Amber, Charmm e MMFF94), cálculo e visualização de propriedades
eletrostáticas (FDPB) e recursos de edição molecular.
Pode ser considerada uma interface gráfica de usuário construída
sobre o Ball (Biochemical Algorithms Library, Biblioteca de Algoritmos
Bioquímicos), com foco nas demandas mais comuns de químicos proteicos e
biofísicos em particular. Foi desenvolvido nos grupos Hans-Peter Lenhof
(Universidade Saarland, Saarbruecken, Alemanha) e Oliver Kohlbacher
(Universidade de Tübingen, Alemanha). O Ball é uma infraestrutura em C++
especificamente projetada para desenvolvimento rápido de programas de
modelagem molecular e Biologia molecular computacional. Fornece um
conjunto amplo de estruturas de dados e classes para Mecânica molecular,
métodos avançados de solvatação, comparação e análise de estruturas
proteicas, importação/exportação de arquivos e visualização.
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ghemical
Ambiente de modelagem molecular GNOME
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Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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O ghemical é um pacote de software para química computacional escrito em
C++. Ele possui uma interface de usuário gráfica e suporta tanto modelos
de mecânica quântica (semi-empírica) como modelos de mecânica molecular.
Otimização geométrica, dinâmica molecular e um amplo conjunto de
ferramentas de visualização usando OpenGL estão atualmente disponível.
Ghemical baseia-se em código externo para fornecer cálculos de mecânica
quântica. Métodos semi-empíricos MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3 vêm do pacote
MOPAC7 (Domínio Público) e estão incluídos no pacote. O pacote MPQC é
usado para fornecer métodos desde o princípio: os métodos baseados na
teoria Hartree-Fock são atualmente suportados com base em conjuntos
variando de STO-3G a 6-31G**.
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mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
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Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
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License: DFSG free
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MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
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openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
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Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.9.0-1~exp1 | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.9.0 |
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License: DFSG free
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OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular
modelling and visualization environment. It is targeted at interested method
developers in the field of structural bioinformatics.
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promod3
protein homology modelling engine
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Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
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License: DFSG free
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ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
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pymol
sistema de gráficos de moléculas
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Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
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License: DFSG free
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PyMOL é um sistema de gráficos de moléculas feito para biomoléculas de
médias para grandes como proteínas, por exemplo. Ele pode gerar imagens e
animações de moléculas de alta qualidade e prontas para publicação.
Recursos inclusos:
- Visualização de moléculas, trajetória molecular e superfícies de dados
de cristalográficos ou orbitais;
- Construtor e escultor molecular;
- "Raytracer" (traçador de raios) interno e gerador de filmes;
- Totalmente extensível e programável através de uma interface Python.
Os formatos de arquivo que o PyMOL consegue ler incluem PDB, XYZ, CIF, MDL
Molfile, ChemDraw, mapas CCP4, mapas XPLOR e mapas cúbicos gaussianos.
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No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
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License: unknown
Debian package not available
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nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
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