Summary
Molecular Modelling
modellazione e visualizzazione 3D di molecole di DebiChem
Questo metapacchetto installa la modellazione e visualizzazione 3D di
molecole che potrebbero essere utili ai chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per
molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari
* potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la
creazione di molecole.
Le sue caratteristiche includono:
- modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata
sui campi di forze;
- meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
- visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
- visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
- gestione di unità a cella cristallografiche;
- generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian,
GAMESS e MOLPRO;
- architettura flessibile a plugin e script Python.
Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML,
CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.
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ballview
strumento libero per modelli e grafici molecolari
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari
basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione,
simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e
visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di
modifica molecolare.
BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su
BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici),
con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più
comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal
gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken,
Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è
un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata
specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento
molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio
insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare,
metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture
proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.
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ghemical
ambiente di modellazione molecolare per GNOME
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Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Ghemical è un pacchetto software per la chimica computazionale scritto in
C++. Ha un'interfaccia utente grafica e supporta sia modelli di meccanica
quantistica (semi-empirici), sia modelli di meccanica molecolare. Sono
attualmente disponibili l'ottimizzazione geometrica, dinamiche molecolari e
un vasto insieme di strumenti di visualizzazione che usano OpenGL.
Ghemical si basa su codice esterno per fornire i calcoli di meccanica
quantistica. I metodi semi-empirici MNDO, MINDO/3, AM1 e PM3, che sono
inclusi nel pacchetto, provengono dal pacchetto MOPAC7 (di pubblico
dominio). Per i metodi ab initio è usato il pacchetto MPQC: i metodi basati
sulla teoria Hartree-Fock sono attualmente supportati con i set di base da
STO-3G a 6-31G**.
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mmb
modella la struttura e la dinamica di macromolecole
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Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
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License: DFSG free
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MacroMoleculeBuilder, precedentemente conosciuto come RNABuilder, può
essere usato per trasformazione, modellazione di omologie, ripiegamento
(es. usando i contatti delle coppie di basi), ridisegno dei complessi, fit
su mappe di densità a bassa risoluzione, predire riarrangiamenti locali in
seguito a mutazione e molte altre applicazioni.
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openstructure
infrastruttura open source per biologia strutturale computazionale
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Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.9.0-1~exp1 | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.9.0 |
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License: DFSG free
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OpenStructure ha l'obiettivo di fornire un ambiente open source, modulare,
e flessibile per modellazione e visualizzazione molecolare. È destinato
agli sviluppatori di metodi interessati al campo della bioinformatica
strutturale.
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promod3
motore di modellazione di omologia di proteine
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Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
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License: DFSG free
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ProMod3 è un motore di modellazione basato sull'infrastruttura
OpenStructure per biologia strutturale computazionale che può eseguire
tutti i passi necessari per generare un modello di proteina per omologia.
Il suo design modulare ha l'obiettivo di implementare catene flessibili di
pipe di modellazione e prototipazione veloce di algoritmi innovativi.
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pymol
sistema di grafica per molecole
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Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
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License: DFSG free
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PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o
grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di
molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.
Le funzionalità includono:
- visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati
di cristallografia o orbitali;
- costruttore e scultore molecolare;
- raytracer e generatore di filmati interno;
- completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia
Python.
Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF,
MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.
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No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
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License: unknown
Debian package not available
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nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
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