DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro jest systemem do molekularnego modelowania oraz wizualizacji cząsteczek i biocząsteczek. Może wizualizować właściwości cząsteczek, takie jak orbitale lub potencjały elektrostatyczne, a ponadto udostępnia intuicyjne narzędzie do budowania cząsteczek.

Podstawowe możliwości:

• molekularne modelowanie z automatyczną optymalizacją opartą na geometrii pól siłowych;
• mechanika molekularna obejmująca wyszukiwanie według ograniczeń i konformacji;
• wizualizacja orbitali molekularnych oraz ogólnych izopowierzchni;
• wizualizacja drgań i kreślenie widm oscylacyjnych;
• obsługa krystalograficznych komórek elementarnych;
• generowanie wejścia dla pakietów chemii kwantowej Gaussian, GAMESS i MOLPRO;
• elastyczna architektura wtyczek i skryptów Pythona.

Avogadro odczytuje formaty plików takie jak: PDB, XYZ, CML, CIF, Molden oraz dane wyjściowe: Gaussian, GAMESS i MOLPRO.

BALLView provides fast OpenGL-based visualization of molecular structures, molecular mechanics methods (minimization, MD simulation using the AMBER, CHARMM, and MMFF94 force fields), calculation and visualization of electrostatic properties (FDPB) and molecular editing features.

BALLView can be considered a graphical user interface on the basis of BALL (Biochemical Algorithms Library) with a focus on the most common demands of protein chemists and biophysicists in particular. It is developed in the groups of Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken, Germany) and Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Germany). BALL is an application framework in C++ that has been specifically designed for rapid software development in Molecular Modeling and Computational Molecular Biology. It provides an extensive set of data structures as well as classes for Molecular Mechanics, advanced solvation methods, comparison and analysis of protein structures, file import/export, and visualization.

Ghemical jest pakietem oprogramowania stosowanym w chemii obliczeniowej, napisanym w języku C++. Posiada graficzny interfejs użytkownika i obsługuje zarówno modele mechaniki kwantowej (na wpół doświadczalne) jak i modele mechaniki molekularnej. Zapewnia optymalizację geometrii, dynamikę molekularną oraz zawiera duży zestaw narzędzi wizualnych wspieranych przez OpenGL.

Ghemical opiera się na kodzie zewnętrznym, umożliwiającym dokonywanie obliczeń w mechanice kwantowej. Zawiera, pochodzące z pakietu MOPAC7, semiempiryczne metody MNDO, MINDO/3, AM1 i PM3. Pakiet MPQC dostarcza, opartych na teorii Hartree-Focka, metod ab initio, obsługiwanych obecnie w podstawowym zakresie od STO-3G do 6-31G**.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL jest systemem grafiki molekularnej, ukierunkowanym na średnie i duże biocząsteczki takie jak białka. Potrafi tworzyć wysokiej jakości, gotowe do opublikowania, molekularne grafiki i animacje.

Wśród możliwości:

• wizualizowanie molekuł, trajektorii molekularnych i powierzchnii danych krystalograficznych lub orbitalnych;
• budowanie i rzeźbienie molekularne;
• kreślenie wewnętrznej grafiki i generowanie filmów;
• pełna rozszerzalność i obsługa skryptów za pośrednictwem interfejsu Pythona.

PyMOL umożliwia odczytywanie następujących formatów plików: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 maps, XPLOR maps i Gaussian cube maps.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.