Summary
Molecular Modelling
DebiChem 3D Molecular Modelling and Visualization
This metapackage will install 3D Molecular Modelling and Visualization
which might be useful for chemists.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
systém molekulárnej grafiky a modelovania
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly
a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály
alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu
molekúl.
Medzi jeho vlastnosti patrí:
- modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou
na silovom poli
- molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
- vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
- vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
- podpora jednotiek kryštalografických buniek
- generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
- flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone
Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež
zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.
|
|
ballview
slobodný nástroj na modelovanie a zobrazovanie molekúl
|
Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
BALLView poskytuje rýchlu vizualizáciu molekulárnych štruktúr založenú na
OpenGL, metódy molekulárnej mechaniky (minimalizácia, simulácia MD pomocou
silových polí AMBER, CHARMM a MMFF94), výpočty a vizualizácia
elektrostatických vlastností (FDPB) a možnosti upravovania molekúl.
BALLView je možné považovať za grafické používateľské rozhranie založené na
BALL (Biochemical Algorithms Library) so zameraním na najbežnejšie
požiadavky, obzvlášť bielkovinových chemikov a biofyzikov. Vyvíjajú ho
skupiny, ktoré vedú Hans-Peter Lenhof (Saarland University, Saarbruecken,
nemecko) a Oliver Kohlbacher (University of Tuebingen, Nemecko). BALL je
aplikačná platforma v C++, ktorá bola konkrétne navrhnutá na rýchly vývoj
softvéru v oblasti molekulárneho modelovania a výpočtovej molekulárnej
biológie. Poskytuje rozsiahlu sadu údajových štruktúr a tried pre
molekulárnu mechaniku, pokročilé procesy rozpúšťania, porovnania a analýzy
bielkovinových štruktúr, import/export súborov a vizualizáciu.
|
|
ghemical
prostredie GNOME na modelovanie molekúl
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical je balík softvéru na výpočtovú chémiu napísaný v C++.
Má grafické používateľské prostredie a podporuje modely kvantovej mechaniky
(semi-empirické) aj modely molekulárnej mechaniky.
Momentálne sú dostupné funkcie optimalizácie geometrie, dynamiky molekúl a
veľká množina vizualizačných nástrojov používajúcich OpenGL.
Ghemical využíva na kvantovo-mechanické výpočty externý kód.
Semi-empirické metódy MNDO, MINDO/3, AM1 a PM3 pochádzajú z balíka MOPAC7
(voľné dielo) a sú súčasťou balíka. Balík MPQC poskytuje metódy ab initio:
metódy založené na teórii Hartree-Fock sú momentálne podporované so
základnými sadami od STO-3G do 6-31G**.
|
|
mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
|
Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
|
|
openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
|
Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.6.1-1~exp | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.9.0 |
|
License: DFSG free
|
OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular
modelling and visualization environment. It is targeted at interested method
developers in the field of structural bioinformatics.
|
|
promod3
protein homology modelling engine
|
Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
|
License: DFSG free
|
ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
|
|
pymol
systém na vykresľovanie molekúl
|
Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké
biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo
vysokej, produkčnej kvalite.
Medzi jeho vlastnosti patria:
- vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických
dát alebo orbitálov
- zostavovanie a úprava molekúl
- interný raytracing a generátor videoklipov
- úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python
Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ,
CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.
|
|
No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
|
|
License: unknown
Debian package not available
|
nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
|
|