Summary
Molecular Modelling
DebiChem - 3D-molekylær modellering og visualisering
Denne metapakke vil installere 3D-molekylær modellering og visualisering,
som kan være nyttig for kemikere.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og
biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler
eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt
molekylært byggeprogram.
Inkluderede funktioner:
- Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret
geometrioptimering
- Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og
conformersøgninger
- Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
- Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
- Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
- Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
- Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter
Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden,
samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.
|
|
ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
|
Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære
strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug
af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af
elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af
molekyler.
BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL
(Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra
proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i
grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken,
Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er
et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig
programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning.
Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til
molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af
proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.
|
|
ghemical
Modelleringsmiljø for molekyler til GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en
grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi-
empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering,
molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af
OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.
Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske
beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra
pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i
pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne
som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der
strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.
|
|
mmb
Modelopbyg strukturen og dynamikkerne for makromolekyler
|
Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
|
License: DFSG free
|
MacroMoleculeBuilder, tidligere kendt som RNABuilder, kan bruges for morfing, homologi-opbygning, foldning (f.eks. brug af baseparrende kontakter), nyt design af komplekser, tilpasning til lavopløste tæthedskort, forudsigelse af lokale omorganiseringer ved mutation og mange andre anvendelser.
|
|
openstructure
Beregningsmæssig strukturel biologiramme
|
Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.6.1-1~exp | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.9.0 |
|
License: DFSG free
|
OpenStructure forsøger at tilbyde et fleksibelt, molekylært modellerings- og visualiseringsmiljø, der er opbygget i moduler. Det er målrettet interesserede metodeudviklere i feltet strukturel bioinformatik.
|
|
promod3
Modelleringsmotor for proteinhomologi
|
Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
|
License: DFSG free
|
ProMod3 er en modelleringsmotor baseret på OpenStructure-rammen til strukturel biologiberegning, der kan udføre alle trin krævet for at oprette en proteinmodel efter homologi. Dets modulopbyggede design forsøger at implementere fleksible modelleringsdatakanaler og hurtige prototyper for nye algoritmer.
|
|
pymol
System til molekylærgrafik
|
Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store
biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder
og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.
Egenskaber inkluderer:
- Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra
krystallografi eller orbitaler
- Molekylærbygger og -skulptør
- Intern strålesporing og filmgenerator
- Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade
Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«,
ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.
|
|
No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
|
|
License: unknown
Debian package not available
|
nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
|
|