DebiChem Project
Summary
Molecular Modelling
DebiChem - 3D-molekylær modellering og visualisering

Denne metapakke vil installere 3D-molekylær modellering og visualisering, som kan være nyttig for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Molecular Modelling packages

Official Debian packages with high relevance

avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 46 users (31 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 5 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
ghemical
Modelleringsmiljø for molekyler til GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armhf,i386
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 15 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
mmb
Modelopbyg strukturen og dynamikkerne for makromolekyler
Versions of package mmb
ReleaseVersionArchitectures
sid4.0.0+dfsg-4amd64,arm64
bullseye3.2+dfsg-2+deb11u1amd64,arm64,ppc64el
bookworm4.0.0+dfsg-2amd64,arm64
experimental4.0.0+dfsg-3.1~exp1amd64,arm64,armhf
trixie4.0.0+dfsg-4amd64,arm64
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MacroMoleculeBuilder, tidligere kendt som RNABuilder, kan bruges for morfing, homologi-opbygning, foldning (f.eks. brug af baseparrende kontakter), nyt design af komplekser, tilpasning til lavopløste tæthedskort, forudsigelse af lokale omorganiseringer ved mutation og mange andre anvendelser.

openstructure
Beregningsmæssig strukturel biologiramme
Versions of package openstructure
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.0-3amd64,mips64el
bookworm2.3.1-9amd64,mips64el,mipsel
experimental2.9.0-1~exp1amd64,mips64el
bullseye2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
sid2.5.0-3amd64,mips64el
upstream2.9.0
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenStructure forsøger at tilbyde et fleksibelt, molekylært modellerings- og visualiseringsmiljø, der er opbygget i moduler. Det er målrettet interesserede metodeudviklere i feltet strukturel bioinformatik.

promod3
Modelleringsmotor for proteinhomologi
Versions of package promod3
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.2.1+ds-6amd64
sid3.4.0+ds-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProMod3 er en modelleringsmotor baseret på OpenStructure-rammen til strukturel biologiberegning, der kan udføre alle trin krævet for at oprette en proteinmodel efter homologi. Dets modulopbyggede design forsøger at implementere fleksible modelleringsdatakanaler og hurtige prototyper for nye algoritmer.

Please cite: Gabriel Studer, Gerardo Tauriello, Stefan Bienert, Marco Biasini, Niklaus Johner and Torsten Schwede: ProMod3—A versatile homology modelling toolbox. PLOS Computational Biology 17(1):e1008667 (2021)
pymol
System til molekylærgrafik
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.0+dfsg-1all
sid3.0.0+dfsg-1all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
bookworm2.5.0+dfsg-1all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 62 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

  • Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
  • Molekylærbygger og -skulptør
  • Intern strålesporing og filmgenerator
  • Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Topics:

No known packages available

nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 248577