Summary
Molecular Modelling
DebiChem - Dreidimensionale molekulare Modellierung und Visualisierung
Dieses Metapaket installiert für Chemiker*innen nützliche Pakete zur
dreidimensionalen molekularen Modellierung und Visualisierung.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Molecular Modelling packages
Official Debian packages with high relevance
avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für
Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie
Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält
einen intuitiven Moleküleditor.
Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:
- Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter
Geometrie-Optimierung
- Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
- Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
- Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
- Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
- Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und
MOLPRO
- Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting
Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die
Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.
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ballview
Freies Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView bietet eine schnelle OpenGL-basierte Visualisierung von
Molekülstrukturen, molekularmechanische Methoden (Minimierung,
MD-Simulation mittels AMBER-, CHARMM- und MMFF93-Kraftfeldern), Berechnung
und Darstellung von elektrostatischen Eigenschaften (FDPB) und Funktionen
zum Bearbeiten von Molekülen.
BALLView kann als grafische Benutzerschnittstelle angesehen werden, deren
Grundlage BALL (Biochemical Algorithms Library) ist. BALL konzentriert sich
auf die gebräuchlichsten Forderungen von Proteinchemikern und Biophysikern.
BALLView wird derzeit von den Gruppen um Hans-Peter Lenhof
(Universität des Saarlandes, Saarbrücken, Deutschland) und Oliver
Kohlbacher (Eberhard Karls Universität Tübingen, Deutschland) entwickelt.
BALL ist ein Anwendungsrahmenwerk in C++, das speziell für schnelle
Softwareentwicklung in Moleküldesign und computerunterstützter
Molekularbiologie entwickelt wurde. Es liefert einen umfangreichen Satz an
Datenstrukturen, Klassen für Molekülmechaniken, fortgeschrittene
Lösungsmethoden, Vergleich und Analyse von Proteinstrukturen,
Dateiimport/-export und Visualisierung.
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ghemical
GNOME-Umgebung für molekulare Modellierung
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Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Ghemical ist ein Paket für die rechnergestützte Chemie, das in C++
geschrieben wurde. Es hat eine grafische Benutzeroberfläche und es
unterstützt sowohl quantenmechanische (semi-empirische) als auch
molekularmechanische Modelle. Zurzeit bietet es geometrische Optimierungen,
molekulare Dynamik und eine große Menge an Visualisierungswerkzeugen, die
OpenGL benutzen.
Ghemical benötigt externen Code, um quantenmechanische Berechnungen
durchführen zu können. Semi-empirische Funktionen MNDO, MINDO/3, AM1 und
PM3 werden vom MOPAC7-Paket (Public Domain) erbracht und sind in diesem
Paket enthalten. Das MPQC-Paket wird verwendet, um ab-initio-Methoden zur
Verfügung zu stellen. Die Methoden, die auf der Hartree-Fock-Theorie
basieren, werden im Moment mit Basissätzen von STO-3G bis 6-31G** unterstützt.
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mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
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Versions of package mmb |
Release | Version | Architectures |
sid | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
bullseye | 3.2+dfsg-2+deb11u1 | amd64,arm64,ppc64el |
bookworm | 4.0.0+dfsg-2 | amd64,arm64 |
experimental | 4.0.0+dfsg-3.1~exp1 | amd64,arm64,armhf |
trixie | 4.0.0+dfsg-4 | amd64,arm64 |
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License: DFSG free
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MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing,
homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning
complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local
rearrangements upon mutation, and many other applications.
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openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
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Versions of package openstructure |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
bookworm | 2.3.1-9 | amd64,mips64el,mipsel |
experimental | 2.6.1-1~exp | amd64,mips64el |
bullseye | 2.2.0-6 | amd64,mips64el,mipsel |
sid | 2.5.0-3 | amd64,mips64el |
upstream | 2.9.0 |
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License: DFSG free
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OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular
modelling and visualization environment. It is targeted at interested method
developers in the field of structural bioinformatics.
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promod3
protein homology modelling engine
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Versions of package promod3 |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.2.1+ds-6 | amd64 |
sid | 3.4.0+ds-1 | all |
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License: DFSG free
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ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational
structural biology framework that can perform all steps required to generate
a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible
modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.
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pymol
Grafiksystem für Moleküle
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Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
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License: DFSG free
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PyMOL ist ein Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf mittelgroße bis
große Biomoleküle wie Proteine. Es kann qualitativ hochwertige, den
Anforderungen einer Publikation genügende Molekülgrafiken als Bilder oder
Animationen erstellen.
Zu den Funktionen zählen:
- Visualisierung von Molekülen, molekularen Bahnen und Oberflächen von
Kristallografiedaten oder Orbitalen
- Manuelle und automatisierte Erstellung von Molekülen
- Interner Raytracer und Filmerzeuger
- Voll erweiterbar und programmierbar durch eine Python-Schnittstelle
PyMOL kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, MDL
Molfile, ChemDraw, CCP4 Maps, XPLOR Maps und Gaussian Cube Maps.
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No known packages available
nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
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License: unknown
Debian package not available
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nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron
scattering spectra, but also computes other quantities.
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