DebiChem Project
Summary
Molecular Modelling
DebiChem - Dreidimensionale molekulare Modellierung und Visualisierung

Dieses Metapaket installiert für Chemiker*innen nützliche Pakete zur dreidimensionalen molekularen Modellierung und Visualisierung.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Molecular Modelling packages

Official Debian packages with high relevance

avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 46 users (31 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

  • Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
  • Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
  • Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
  • Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
  • Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
  • Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
  • Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
Freies Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 5 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView bietet eine schnelle OpenGL-basierte Visualisierung von Molekülstrukturen, molekularmechanische Methoden (Minimierung, MD-Simulation mittels AMBER-, CHARMM- und MMFF93-Kraftfeldern), Berechnung und Darstellung von elektrostatischen Eigenschaften (FDPB) und Funktionen zum Bearbeiten von Molekülen.

BALLView kann als grafische Benutzerschnittstelle angesehen werden, deren Grundlage BALL (Biochemical Algorithms Library) ist. BALL konzentriert sich auf die gebräuchlichsten Forderungen von Proteinchemikern und Biophysikern. BALLView wird derzeit von den Gruppen um Hans-Peter Lenhof (Universität des Saarlandes, Saarbrücken, Deutschland) und Oliver Kohlbacher (Eberhard Karls Universität Tübingen, Deutschland) entwickelt. BALL ist ein Anwendungsrahmenwerk in C++, das speziell für schnelle Softwareentwicklung in Moleküldesign und computerunterstützter Molekularbiologie entwickelt wurde. Es liefert einen umfangreichen Satz an Datenstrukturen, Klassen für Molekülmechaniken, fortgeschrittene Lösungsmethoden, Vergleich und Analyse von Proteinstrukturen, Dateiimport/-export und Visualisierung.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
ghemical
GNOME-Umgebung für molekulare Modellierung
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armhf,i386
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 15 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ghemical ist ein Paket für die rechnergestützte Chemie, das in C++ geschrieben wurde. Es hat eine grafische Benutzeroberfläche und es unterstützt sowohl quantenmechanische (semi-empirische) als auch molekularmechanische Modelle. Zurzeit bietet es geometrische Optimierungen, molekulare Dynamik und eine große Menge an Visualisierungswerkzeugen, die OpenGL benutzen.

Ghemical benötigt externen Code, um quantenmechanische Berechnungen durchführen zu können. Semi-empirische Funktionen MNDO, MINDO/3, AM1 und PM3 werden vom MOPAC7-Paket (Public Domain) erbracht und sind in diesem Paket enthalten. Das MPQC-Paket wird verwendet, um ab-initio-Methoden zur Verfügung zu stellen. Die Methoden, die auf der Hartree-Fock-Theorie basieren, werden im Moment mit Basissätzen von STO-3G bis 6-31G** unterstützt.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
mmb
model the structure and dynamics of macromolecules
Versions of package mmb
ReleaseVersionArchitectures
sid4.0.0+dfsg-4amd64,arm64
bullseye3.2+dfsg-2+deb11u1amd64,arm64,ppc64el
bookworm4.0.0+dfsg-2amd64,arm64
experimental4.0.0+dfsg-3.1~exp1amd64,arm64,armhf
trixie4.0.0+dfsg-4amd64,arm64
Popcon: 3 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

openstructure
Open-Source Computational Structural Biology Framework
Versions of package openstructure
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.0-3amd64,mips64el
bookworm2.3.1-9amd64,mips64el,mipsel
experimental2.9.0-1~exp1amd64,mips64el
bullseye2.2.0-6amd64,mips64el,mipsel
sid2.5.0-3amd64,mips64el
upstream2.9.0
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

promod3
protein homology modelling engine
Versions of package promod3
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.2.1+ds-6amd64
sid3.4.0+ds-1all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

Please cite: Gabriel Studer, Gerardo Tauriello, Stefan Bienert, Marco Biasini, Niklaus Johner and Torsten Schwede: ProMod3—A versatile homology modelling toolbox. PLOS Computational Biology 17(1):e1008667 (2021)
pymol
Grafiksystem für Moleküle
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
buster2.2.0+dfsg-4all
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.0+dfsg-1all
sid3.0.0+dfsg-1all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
bookworm2.5.0+dfsg-1all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 62 users (30 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMOL ist ein Grafiksystem für Moleküle, ausgerichtet auf mittelgroße bis große Biomoleküle wie Proteine. Es kann qualitativ hochwertige, den Anforderungen einer Publikation genügende Molekülgrafiken als Bilder oder Animationen erstellen.

Zu den Funktionen zählen:

  • Visualisierung von Molekülen, molekularen Bahnen und Oberflächen von Kristallografiedaten oder Orbitalen
  • Manuelle und automatisierte Erstellung von Molekülen
  • Interner Raytracer und Filmerzeuger
  • Voll erweiterbar und programmierbar durch eine Python-Schnittstelle

PyMOL kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 Maps, XPLOR Maps und Gaussian Cube Maps.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Topics:

No known packages available

nmoldyn
interactive analysis program for Molecular Dynamics simulations
License: unknown
Debian package not available

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 248577