DebiChem Molecular Modelling packages

Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.

Features include:

• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting

File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.

BALLView підтримує швидку (за допомогою OpenGL) візуалізацію молекулярних структур, методи молекулярної механіки (мінімізація, моделювання молекулярної динаміки з використанням моделі AMBER, CHARMM та силового поля MMFF94), вміє обчислювати та ілюструвати електростатичні властивості (FDPB) та редагування молекулярних особливостей.

BALLView можна вважати графічним інтерфейсом користувача на основі бібліотеки BALL (бібліотека алгоритмів з біохімії) з акцентом на найбільш поширені потреби хіміків білка та біофізиків, зокрема. Розроблений в групі Ханса-Пітера Ленгова {Hans-Peter Lenhof} (університет Саарленд, Саарбрюккен, Німеччина) та Олівера Кохльбейкера {Oliver Kohlbacher} (університет Тюбінген, Німеччина). BALL — інфраструктура застосунків мовою Сі++, яка була спеціально розроблена для швидкої розробки програмного забезпечення з молекулярного моделювання та обчислювальної молекулярної біології. BALL надає широкий набір структур даних а також класів для молекулярної механіки, передових методів сольватації, порівняння та аналізу білкових структур, імпорту/експорту файлів та візуалізації.

Ghemical is a computational chemistry software package written in C++. It has a graphical user interface and it supports both quantum- mechanics (semi-empirical) models and molecular mechanics models. Geometry optimization, molecular dynamics and a large set of visualization tools using OpenGL are currently available.

Ghemical relies on external code to provide the quantum-mechanical calculations. Semi-empirical methods MNDO, MINDO/3, AM1 and PM3 come from the MOPAC7 package (Public Domain), and are included in the package. The MPQC package is used to provide ab initio methods: the methods based on Hartree-Fock theory are currently supported with basis sets ranging from STO-3G to 6-31G**.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

OpenStructure aims to provide an open-source, modular, flexible, molecular modelling and visualization environment. It is targeted at interested method developers in the field of structural bioinformatics.

ProMod3 is a modelling engine based on the OpenStructure computational structural biology framework that can perform all steps required to generate a protein model by homology. Its modular design aims at implementing flexible modelling pipelines and fast prototyping of novel algorithms.

PyMOL — графічна система відтворення молекул призначена для відтворення середніх та великих молекул, таких як протеїни. Вона може створювати високоякісні готові для публікації зображення та анімації.

Серед можливостей:

• візуалізація молекул, молекулярних траєкторій та поверхонь за даними кристалографії та орбіталей;

• інструмент для створення молекул;

• внутрішній візуалізатор та створювач анімацій;
• повністю розширюваний та підтримуючий сценарії Python інтерфейс.

Серед форматів файлів які читає PyMOL — PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, CCP4 мапи, XPLOR мапи та кубічні мапи Гауса.

nMOLDYN is especially designed for the computation and decomposition of neutron scattering spectra, but also computes other quantities.