Debian Med Typesetting packages

KiNG (Kinemage, Next Generation) è un sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale. Gestisce un insieme di primitive grafiche che lo rendono adatto per molti tipi di grafi, disegni e altre illustrazioni, anche se il suo uso primario era la visualizzazione di strutture macromolecolari per la ricerca biofisica. KiNG si basa su Mage, JavaMage e il concetto "kinemage" (immagine cinetica) per fornire un'applicazione Java completa con un'interfaccia utente facile da usare e funzionalità di modifica integrate. Il file jar di KiNG può essere usato in una pagina web come applet Java oppure oggetto Java per promuovere un facile accesso alle "kinemage" o ai file di coordinate da un browser web.

Il pacchetto biblatex di Philipp Lehman sta diventando lo strumento definitivo per la gestione delle citazioni per gli utenti di LaTeX. biblatex ha fatto assegnamento sul vecchio programma BibTeX solamente per ordinare e generare un file .bbl molto generico senza alcuna istruzione di formattazione. Qualsiasi altra cosa è controllata da biblatex, che fornisce un'interfaccia per macro potente e flessibile per gli autori di stili per citazioni.

Biber offre un vasto sovrainsieme delle funzionalità di BibTeX per gli utenti BibLaTeX. Inoltre fornisce funzionalità UTF-8 (Unicode 6.0) complete, ordinamento completamente personalizzabile, uscita su GraphViz per aiutare a visualizzare i riferimenti incrociati complessi, gestione di sorgenti dati remote, validazione strutturale dei dati in funzione del modello dei dati (personalizzabile) e molto altro.

Bibus è un database bibliografico sviluppato pensando a LibreOffice/OpenOffice.org. È in grado di inserire direttamente citazioni e di formattare un indice bibliografico in un documento aperto di Writer di OpenOffice.org. Le funzionalità principali sono:

• organizzazione gerarchica dei riferimenti in base a chiavi definite dall'utente;
• progettato per ambienti multi-utente (database condivisi tra gli utenti);
• motore di ricerca che supporta interrogazioni live;
• accesso online a PubMed;
• importazione di voci di PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS e BibTeX.

Bibus usa in modo predefinito un database SQLite per l'archiviazione (attraverso il modulo SQLite3 disponibile in Python versione superiore alla 2.5). Supporta però anche i database MySQL. Se si vuole usare un database MySQL, ci si assicuri di avere il pacchetto python-mysqldb installato.

Applicazione per gestire database bibliografici nel formato BibTeX. KBibTeX può essere usata come programma autonomo, ma può anche essere integrata in altre applicazioni KDE (ad esempio come editor bibliografico in Kile).

KBibTeX può interrogare risorse in rete (ad es., Google Scholar) attraverso URL di ricerca personalizzabili. È inoltre capace di importare insiemi di dati completi da NCBI Pubmed. Supporta anche l'etichettatura dei riferimenti con parole chiave e gestisce i riferimenti a file locali.

I file BibTeX possono essere esportati in formato HTML, XML, PDF, PS e RTF usando svariati stili di citazione.

qqman è un pacchetto aggiuntivo per l'ambiente statistico R. Questo pacchetto fornisce funzioni per visualizzare risultati di studi di associazione a livello di tutto il genoma (GWAS, Genome-Wide Association Study) utilizzando grafi Manhattan e Quantile-Quantile.