Debian Med Typesetting packages

KiNG (Kinemage, Next Generation) est un système interactif pour des graphismes vectoriels en trois dimensions. Il prend en charge un ensemble de primitives de graphisme qui le rendent adapté à beaucoup de types de graphe, de tracé et à d’autres illustrations, bien que son but premier était d’afficher des structures de macromolécules pour la recherche biophysique. KiNG est construit sur Mage, JavaMage et le concept de « kinemage » (image cinétique) pour fournir une application Java pleine de possibilités avec une interface conviviale et des fonctionnalités d’édition intégrées. Le fichier jar de KiNG peut être utilisé dans une page web sous forme d’appliquette Java, ou d’un objet Java pour fournir un accès aisé aux kinemages ou aux fichiers de coordonnées à partir d’un navigateur web.

Le paquet biblatex de Philipp Lehman est en train de devenir l'outil ultime de gestion de citations pour les utilisateurs de LaTeX. Biblatex s'est reposé sur le vénérable programme BibTex uniquement pour trier et créer un fichier .bbl très générique sans aucune instruction de mise en forme. Tout le reste est pris en charge par biblatex, qui fournit une interface de macros puissante et flexible pour les auteurs de styles de citation.

Biber propose un important surensemble des fonctionnalités de BibTex pour les utilisateurs de BibLaTeX. De plus, il propose une prise en charge complète d'UTF-8 (Unicode 6.0), un tri entièrement personnalisable, une sortie en GraphViz pour aider à visualiser les références croisées complexes, la prise en charge de sources de données distantes, la validation structurelle des données par un modèle de données (personnalisable) et bien plus.

Il s’agit d’une application pour gérer des bases de données bibliographiques au format BibTeX. KBibTeX peut être utilisé comme programme autonome mais peut aussi être incorporé dans d’autres applications de KDE (par exemple, comme éditeur bibliographique dans Kile).

KBibTeX peut rechercher des ressources en ligne (par exemple, Google scholar) à l’aide d’URL de recherche personnalisés. Il est aussi capable d’importer des ensembles de données complets de NCBI Pubmed. Il prend en charge l’étiquetage de références avec des mots-clefs et gère les références vers des fichiers locaux.

Les fichiers BibTeX peuvent être exportés dans le format HTML, XML, PDF, PS ou RTF en utilisant un certain nombre de styles de citation.

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

Bibus is a bibliographic database which has been developed with LibreOffice/ OpenOffice.org in mind. It can directly insert citations and format the bibliographic index in an open OpenOffice.org Writer document. The main features are

• hierarchical organization of the references with user-defined keys
• designed for multiuser-environments (share databases between users)
• a search engine supporting live queries
• on-line PubMed access
• import of PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS and BibTeX records.

Bibus will use an SQLite-database by default for storage (via the SQLite3 module available in Python >2.5). But it also supports MySQL-databases. If you want to use a MySQL-database, make sure, that you have the python-mysqldb package installed.