Debian Med Typesetting packages

KiNG (Kinemage, Next Generation) ist ein interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken. Es unterstützt eine Sammlung von Grafikprimitiven, die es für viele Arten von Grafiken, Plots und weitere Bilddarstellungen geeignet macht, auch wenn seine erste Anwendung die Darstellung makromolekularer Strukturen für die biophysikalische Forschung war. KiNG basiert auf Mage, JavaMage und dem »kinemage«-Konzept (kinetic image) zur Bereitstellung einer funktionsreichen Java-Anwendung mit nutzerfreundlicher Schnittstelle und integrierten Editiermöglichkeiten. Die KiNG jar-Datei kann innerhalb einer Webseite als Java-Applet oder als Java-Objekt verwendet werden, um von einem Webbrowser aus einen einfachen Zugang zu »kinemages« oder Koordinatendateien zu ermöglichen.

Das Paket biblatex von Philipp Lehman wird für LaTeX-Anwender das vorherrschende Werkzeug für die Verwaltung von Zitaten. Biblatex hat das ehrwürdige Programm BibTeX nur für die Sortierung und das Erzeugen einer sehr allgemein gehaltenen .bbl-Datei ohne Formatierungsanweisungen genutzt. Alles andere wird von biblatex erledigt, das eine leistungsfähige und flexible Makro-Schnittstelle für Autoren von Zitierstilen bietet.

Biber bietet Nutzern von biblatex eine große Obermenge der BibTeX- Funktionalität. Darüber hinaus bietet er umfassende UTF-8-Fähigkeiten (Unicode 6.0), vollständig anpassbare Sortierung, GraphViz-Ausgabe als Hilfe für die Visualisierung komplexer Querverweise, Unterstützung für entfernte Datenquellen, strukturelle Validierung der Daten anhand des (anpassbaren) Datenmodells und vieles mehr.

Eine Anwendung zur Verwaltung von bibliografischen Datenbanken im BibTeX-Format. KBibTeX kann als eigenständiges Programm eingesetzt werden, kann aber auch in eine andere KDE-Anwendung integriert werden (z.B. als bibliografischer Editor in Kile).

KBibTeX kann Onlinequellen abfragen (z.B. Googles »scholar«). Dies geschieht mittels anpassbarer Abfrage-URLs. Sie kann auch komplette Datensätze von »NCBI Pubmed« importieren. Auch unterstützt sie Markierungen im Text (tagging references) mittels Schlüsselwörtern und verwaltet die Verweise zu den lokalen Dateien.

BibTeX-Dateien können in den Formaten HTML, XML, PDF, PS und RTF exportiert werden. Sie können zwischen einer Reihe von Notationen für Literaturstellen wählen.

qqman is an add-on package for the R statistical environment. This package provides functions for visualizing Genome-Wide Association Studies (GWAS) results using Manhattan plots and Quantile-Quantile plots.

Bibus is a bibliographic database which has been developed with LibreOffice/ OpenOffice.org in mind. It can directly insert citations and format the bibliographic index in an open OpenOffice.org Writer document. The main features are

• hierarchical organization of the references with user-defined keys
• designed for multiuser-environments (share databases between users)
• a search engine supporting live queries
• on-line PubMed access
• import of PubMed (Medline), EndNote/Refer, RIS and BibTeX records.

Bibus will use an SQLite-database by default for storage (via the SQLite3 module available in Python >2.5). But it also supports MySQL-databases. If you want to use a MySQL-database, make sure, that you have the python-mysqldb package installed.