Debian Edu Chemistry packages

Avogadro je systém molekulárnej grafiky a modelovania cielený na molekuly a biomolekuly. Dokáže vizualizovať vlastnosti ako molekulárne orbitály alebo elektrostatické potenciály a obsahuje inovatívny nástroj na tvorbu molekúl.

Medzi jeho vlastnosti patrí:

• modelovač molekúl s automatickou optimalizáciou geometrie založenou na silovom poli
• molekulárna mechanika vrátane obmedzení a hľadaní vyhovujúcich
• vizualizácia molekulárnych orbitálov a všeobecných isopovrchov
• vizualizácia vibrácií a kreslenie vibračného spektra
• podpora jednotiek kryštalografických buniek
• generovanie vstupu pre balíky kvantovej chémie Gaussian, GAMESS a MOLPRO
• flexibilná architektúra zásuvných modulov a skriptovanie v Pythone

Avogadro dokáže čítať súborové formáty PDB, XYZ, CML, CIF, Molden a tiež zapisovať výstup do Gaussian, GAMESS a MOLPRO.

Chemtool je editor chemických štruktúr pre X11 založený na GTK+. Podporuje mnohé štýly väzieb, väčšinu tvarov textu potrebných na písanie chemických textov a krivky/oblúky/zakrivené šípky.

Kresby možno exportovať do formátov MOL a PDB, SVG alebo XFig na ďalšie pridanie poznámok, ako kresbu PiCTeX, ako bitmapu alebo ako PostScriptový súbor (niekoľko z nich pomocou transfig - sprievodného programu fig2dev).

Balík tiež obsahuje pomocný program cht na výpočet sumárneho vzorca a (presnej) molekulárnej hmotnosti zo súboru kresby chemtool. Cht je možné volať buď priamo z Chemtool alebo z konzoly.

EasyChem je program, ktorý vám pomáha tvoriť diagramy molekúl a 2D chemických vzorcov vo vysokej kvalite, ktoré je možné exportovať do PDF, PS, LaTeX a fig.

EasyChem bol pôvodne vyvinutý na tvorbu diagramov do chemických kníh a dnes sa často na tento účel používa v komerčných aj nekomerčných chemických knihách.

A package to reorganize menu branches in order to get a structure easy to use for teachers and students.

GChemPaint is an editor for 2D chemical structures with a multiple document interface. Drawn molecules can be searched at NIST Webbook and PubChem.

Kalzium je plnohodnotná chemická aplikácia vrátane periodickej tabuľky prvkov, chemickej referenčnej tabuľky, riešenia chemických rovníc a 3D prehliadača molekúl.

Tento balík je súčasťou modulu Vzdelávanie KDE.

PyMOL je systém na vykresľovanie molekúl cielený na stredné až veľké biomolekuly ako sú bielkoviny. Dokáže tvoriť obrázky a animácie molekúl vo vysokej, produkčnej kvalite.

Medzi jeho vlastnosti patria:

• vizualizácia molekúl, trajektórií molekúl a povrchov kryštalografických dát alebo orbitálov
• zostavovanie a úprava molekúl
• interný raytracing a generátor videoklipov
• úplná rozšíriteľnosť a skriptovateľnosť pomocou rozhrania pre Python

Medzi formátu súborov, s ktorými PyMOL dokáže pracovať patria: PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mapy CCP4, mapy XPLOR a mapy Gaussian cube.

ASE is an Atomic Simulation Environment written in the Python programming language with the aim of setting up, stearing, and analyzing atomic simulations. ASE is part of CAMPOS, the CAMP Open Source project.

ASE contains Python interfaces to several different electronic structure codes including Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW and SIESTA.

This package provides the executable scripts.

Jmol is a Java molecular viewer for three-dimensional chemical structures. Features include reading a variety of file types and output from quantum chemistry programs, and animation of multi-frame files and computed normal modes from quantum programs. It includes with features for chemicals, crystals, materials and biomolecules. Jmol might be useful for students, educators, and researchers in chemistry and biochemistry.

File formats read by Jmol include PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton and VASP.

RasMol je program na molekulárnu grafiku s účelom vizualizácie proteínov, nukleových kyselín a malých molekúl. Program je určený na zobrazovanie, výuku a tvorbu obrázkov v tlačovej kvalite.

Program načíta súbor so súradnicami molekúl a interaktívne zobrazuje molekulu na obrazovke v rozličných farebných schémach a reprezentáciách molekúl. Medzi momentálne dostupné reprezentácie patria hĺbkové drôtené modely, „Dreidingove“ paličky, gule vypĺňajúce priestor (CPK), gule a paličky, pevné a zreťazené biomolekulárne reťazce, označenia atómov a bodové povrchy.

Medzi podporované vstupné formáty patria Protein Data Bank (PDB), formáty Alchemy od Tripos Associates a Sybyl Mol2, formát (MDL) Mol od Molecular Design Limited, XYZ (XMol) od Minnesota Supercomputer Center (MSC), formát CHARMm, formát CIF a formát mmCIF.

Tento balík nainštaluje dve verzie RasMol, rasmol-gtk s moderným používateľským rozhraním založeným na GTK a rasmol-classic so starým rozhraním Xlib.

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.