Debian Edu Chemistry packages

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

• Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
• Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
• Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
• Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
• Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
• Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
• Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Chemtool er en GTK+-baseret 2D kemisk strukturredigering i X11. Den understøtter mange bindingstyper, de fleste former for tekst, der benyttes i kemisk tegnsætning samt splines, cirkelstykker og kurvede pile.

Tegninger kan eksporteres i formaterne MOL og PDB; SVG og XFig til yderligere påtegninger eller som en PiCTeX-tegning, en bitmap- eller PostScript-fil (flere af disse gennem XFigs hjælpeprogram fig2dev).

Pakken indeholder også et hjælpeprogram, cht, der beregner sumformlen og (eksakt) molvægt af en fil tegnet i chemtool. Cht kan enten kaldes direkte af Chemtool eller fra kommandolinjen.

EasyChem er et program som hjælper dig med at oprette højkvalitetsdiagrammer af molekyler og 2D kemiske formler som kan eksporteres til PDF, PS, LaTeX og fig.

EasyChem blev oprindelig udviklet til at oprette diagrammer for kemibøger og bruges nu ofte til dette formål i kommercielle og ikkekommercielle kemirelaterede bøger.

En pakke til at omorganisere menugrene for at få en struktur, der er nem at bruge for lærere og studenter.

GChemPaint er et redigeringsprogram til 2D-kemiske strukturer. Programmet har en flerdokument grænseflade. Tegnede molekyler kan søges på NIST Webbook og PubChem.

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

• Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
• Molekylærbygger og -skulptør
• Intern strålesporing og filmgenerator
• Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.

ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.

Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.

Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.