Debian Edu Chemistry packages

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

• modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
• meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
• visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
• visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
• gestione di unità a cella cristallografiche;
• generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
• architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

Chemtool è un editor 2D per X11 per strutture chimiche basato su GTK+. Supporta molti stili per i legami, la maggior parte dei tipi di testo necessari per impaginare testi chimici e spline/archi/frecce curve.

I disegni possono essere esportati in formato MOL e PDB, in formato SVG * XFig per ulteriori annotazioni, come disegni PiCTex, come bitmap o file PostScript (molti di questi grazie a fig2dev, il programma compagno di Xfig).

Il pacchetto contiene anche un programma di aiuto, cht, per calcolare le formule somma e il peso molecolare (esatto) a partire da un file di disegno di chemtool. Cht può essere invocato direttamente da Chemtool o dalla console.

EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.

Un pacchetto per riorganizzare le ramificazioni del menu al fine di ottenere una struttura facile da usare per insegnanti e studenti.

GChemPaint è un editor per strutture chimiche 2D con interfaccia a documenti multipli. Le molecole disegnate possono essere ricercate nel NIST Webbook e tramite PubChem.

Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti caratteristiche:

• supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e GULP);
• semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
• finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per simulazioni di dinamiche molecolari;
• strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
• animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).

GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri pacchetti:

• rendering di modelli (grazie a POVRay);
• minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
• calcoli morfologici (grazie a cdd);
• elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
• visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
• caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).

GPeriodic è un piccolo programma basato su X/GTK+ che permette di sfogliare la tavola periodica degli elementi chimici e di visualizzare informazioni abbastanza dettagliate per ogni elemento. Attualmente sono elencati 118 elementi.

Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.

Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.

PyMOL è un sistema di grafica per molecole pensato per biomolecole medie o grandi, come proteine. Può generare immagini grafiche e animazioni di molecole di alta qualità pronte per la pubblicazione.

Le funzionalità includono:

• visualizzazione di molecole, traiettorie molecolari e superfici di dati di cristallografia o orbitali;
• costruttore e scultore molecolare;
• raytracer e generatore di filmati interno;
• completamente estensibile e gestibile da script tramite interfaccia Python.

Tra i formati file che PyMOL può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, mappe CCP4, mappe XPLOR e mappe gaussiane cubiche.

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.