Debian Science Mathematics packages

4ti2 to pakiet oprogramowania matematycznego do algebraicznych, geometrycznych i kombinatorycznych problemów w przestrzeniach liniowych.

Pakiet zawiera zestaw narzędziowy 4ti2.

Agda is a dependently typed functional programming language: It has inductive families, which are like Haskell's GADTs, but they can be indexed by values and not just types. It also has parameterised modules, mixfix operators, Unicode characters, and an interactive Emacs interface (the type checker can assist in the development of your code).

Agda is also a proof assistant: It is an interactive system for writing and checking proofs. Agda is based on intuitionistic type theory, a foundational system for constructive mathematics developed by the Swedish logician Per Martin-Löf. It has many similarities with other proof assistants based on dependent types, such as Coq, Epigram and NuPRL.

This is a meta package which provides Agda's emacs mode, executable, standard library and its documentation.

AUTO can do a limited bifurcation analysis of algebraic systems of the form

  f(u,p) = 0,  f,u in Rn
and of systems of ordinary differential equations of the form
  u'(t) = f(u(t),p),  f,u in Rn
subject to initial conditions, boundary conditions, and integral

constraints. Here p denotes one or more parameters. AUTO can also do certain continuation and evolution computations for parabolic PDEs. It also includes the software HOMCONT for the bifurcation analysis of homoclinic orbits. AUTO is quite fast and can benefit from multiple processors; therefore it is applicable to rather large systems of differential equations.

Axiom jest przydatny do badania i opracowywania algorytmów matematycznych. Definiuje silnie typowaną i matematycznie poprawną hierarchię typów. Posiada własny język programowania i wbudowany kompilator.

Axiom jest rozwijany od 1973 roku i był przez pewien czas sprzedawany jako produkt komercyjny. Ostatecznie został wydany jako wolne oprogramowanie.

Obecnie trwają prace nad rozszerzeniem funkcjonalności programu, ukierunkowane na: stworzenie lepszego interfejsu użytkownika, dostosowanie go do roli przydatnego narzędzia nauczania, opracowanie protokołu algebraicznego serwera, zintegrowanie innych aspektów matematyki, przebudowanie algebry w czytelnym stylu programowania, zintegrowanie programowania logicznego oraz opracowanie "Axiom Journal" z odpowiednich artykułów.

Pakiet zawiera główny program wykonywalny oraz wszystkie prekompilowane i automatycznie wczytywane moduły algebry.

Bliss to algorytm z nawrotami (ang. backtracking) do obliczania grup automorfizmów i kanonicznych postaci wykresów, bazujący na indywidualizacji i udoskonalaniu. Jego struktury danych, podprocedury i heurystyka przycinania zostały specjalnie zaprojektowane do szybkiej obsługi dużych i rzadko stosowanych wykresów.

Pakiet zawiera bliss - narzędzie wiersza poleceń.

The algorithm for the computation of sheaf cohomologies for line bundles on toric varieties presented in "Cohomology of Line Bundles: A Computational Algorithm" by Ralph Blumenhagen, Benjamin Jurke, Thorsten Rahn, and Helmut Roschy has been implemented in a convenient and high-performance C/C++ application called cohomCalg.

The optional cohomCalg Koszul extension serves as a Mathematica 7 frontend and allows for the easy computation of hypersurface and complete intersection cohomologies, following the material presented in "Cohomology of Line Bundles: Applications" by the same authors.

Cbc (Coin-or branch and cut) to otwartoźródłowy program do rozwiązywania mieszanych liczb całkowitych, napisany w języku C++. Może być używany w roli nadającej się do wywoływania biblioteki lub niezależnego pliku wykonywalnego (programu).

Pakiet zawiera plik wykonywalny cbc.

CSDP is a library of routines that implements a predictor corrector variant of the semidefinite programming algorithm of Helmberg, Rendl, Vanderbei, and Wolkowicz. The code runs in parallel on shared memory multi-processor systems, and it makes effective use of sparsity in the constraint matrices.

CSDP is part of the larger COIN-OR initiative (Computational Infrastructure for Operations Research).

This package contains the binaries.

Bonmin (Basic Open-source Nonlinear Mixed INteger programming) is an open-source code for solving general MINLP (Mixed Integer NonLinear Programming) problems.

Bonmin is part of the larger COIN-OR initiative (Computational Infrastructure for Operations Research) and can be used with other COIN-OR packages that make use of cuts, such as the mixed-integer linear programming solver Cbc.

This package contains the header files for developers.

SYMPHONY is an open-source generic mixed-integer linear programs (MILP) solver, callable library, and extensible framework for implementing customized solvers SYMPHONY has a number of advanced capabilities, including the ability to solve multi-objective MILPs, the ability to warm start its solution procedure, and the ability to perform basic sensitivity analyses.

SYMPHONY is part of the larger COIN-OR initiative (Computational Infrastructure for Operations Research).

This package contains the symphony executable.

Coq jest asystentem udowadniania nadrzędnej logiki, która pozwala na rozwój programów komputerowych zgodnych z ich oficjalną specyfikacją. Został opracowany przy użyciu Objective Caml i Camlp5.

Pakiet zawiera coqtop, interfejs wiersza poleceń do Coq.

Graficzny interfejs do Coq znajduje się w pakiecie coqide. Coq można również stosować z ProofGeneral, który umożliwia edytowanie dowodów przy użyciu emacs i xemacs. W tym celu należy zainstalować pakiet proofgeneral.

CryptoMiniSat is a modern, multi-threaded, simplifying SAT solver.

This package provides a command line interface which reads SAT formulas in conjunctive normal form in the DIMACS format with the extension of XOR clauses and decides whether they are satisfiable.

This package includes several programs to compute with elliptic curves over Q ; most notably mwrank (for 2-descent on elliptic curves over Q) and the modular symbol tools used to create the elliptic curve database.

This package provides tools to prove equational theorems: from a mathematical specification in many-sorted first-order logic with equality and an hypothesis/conjecture, it will look for a proof.

FEniCS is a collection of free software for automated, efficient solution of differential equations.

FEniCS has an extensive list of features, including automated solution of variational problems, automated error control and adaptivity, a comprehensive library of finite elements, high performance linear algebra and many more.

FEniCS is organized as a collection of interoperable components, including the problem-solving environment DOLFIN, the form compiler FFC, the finite element tabulator FIAT, the just-in-time compiler Instant, the code generation interface UFC, the form language UFL and a range of additional components.

This is a metapackage which depends on all FEniCS components.

This is the legacy version of FEniCS. You may want to consider installing the next-generation FEniCS-X (fenicx package).

This package includes William Hart's program to find prime factors of large integers (at least forty digits).

It does so using highly optimized multi-polynomial quadratic sieve.

This is a Symbolic Manipulation System. It reads symbolic expressions from files and executes symbolic/algebraic transformations upon them. The answers are returned in a textual mathematical representation. As its landmark feature, the size of the considered expressions in FORM is only limited by the available disk space and not by the available RAM.

fpLLL is a library for computing reduced (nearly orthogonal) bases for Euclidean lattices using the floating-point LLL algorithm.

fpLLL contains multiple different implementations of the floating-point LLL reduction algorithm, offering multiple different speed/guarantees ratios.

It contains a 'wrapper' that chooses the estimated best sequence of variants in order to provide a guaranteed output as fast as possible. In the case of the wrapper, the succession of variants is oblivious to the user.

This package contains the base tools using libfplll.

FreeFEM jest językiem przystosowanym do rozwiązywania równań różniczkowych cząstkowych (PDE). Podstawową metodą, którą wykorzystuje jest Metoda Elementów Skończonych. Program jest z powodzeniem wykorzystywany jako narzędzie dydaktyczne, a nawet jako narzędzie do badań.

FreeFem++ is an implementation of a language dedicated to the finite element method. It enables you to solve Partial Differential Equations (PDE) easily.

Problems involving PDE from several branches of physics such as fluid-structure interactions require interpolations of data on several meshes and their manipulation within one program. FreeFem++ includes a fast quadtree-based interpolation algorithm and a language for the manipulation of these data on multiple meshes. It contains also a powerful mesh generation and adaption tool integrated seamlessly in FreeFem++ called bamg.

FreeFem++ is written in C++ and the FreeFem++ language is a C++ idiom allowing for a smooth learning curve.

This package contains the executables of FreeFem++.

FreeMat is a free environment for rapid engineering and scientific prototyping and data processing. It is similar to commercial systems such as MATLAB from Mathworks, and IDL from Research Systems, but is Open Source. FreeMat is available under the GPL license.

Frobby is a software system and project for computations with monomial ideals. Frobby is free software and it is intended as a vehicle for computational and mathematical research on monomial ideals.

The current functionality includes Euler characteristic, Hilbert series, maximal standard monomials, combinatorial optimization on monomial ideals, primary decomposition, irreducible decomposition, Alexander dual, associated primes, minimization and intersection of monomial ideals as well as the computation of Frobenius problems (using 4ti2) with very mmlarge numbers. Frobby is also able to translate between formats that can be used with several different computer systems, such as Macaulay 2, Monos, 4ti2, CoCoA4 and Singular. Thus Frobby can be used with any of those systems.

GAP jest systemem do algebry obliczeniowej dyskretnej, ze szczególnym uwzględnieniem teorii grup obliczeniowych. GAP zapewnia język programowania, bibliotekę tysięcy funkcji, które implementują algebraiczne algorytmy napisane w języku GAP, jak również duże biblioteki danych z obiektami algebraicznymi. GAP stosowany jest w dziedzinie badań i nauczania do studiowania grup i ich reprezentacji, pierścieni, przestrzeni wektorowych, algebry, struktur kombinatorycznych itd.

To jest pakiet atrapa, który zależy od standardowych elementów GAP.

GAP jest systemem do algebry obliczeniowej dyskretnej, ze szczególnym uwzględnieniem teorii grup obliczeniowych. GAP zapewnia język programowania, bibliotekę tysięcy funkcji, które implementują algebraiczne algorytmy napisane w języku GAP, jak również duże biblioteki danych z obiektami algebraicznymi. GAP stosowany jest w dziedzinie badań i nauczania do studiowania grup i ich reprezentacji, pierścieni, przestrzeni wektorowych, algebry, struktur kombinatorycznych itd.

Pakiet zawiera bibliotekę tabeli znaków stworzoną przez Thomasa Breuera.

GAP to system do obliczeniowej algebry dyskretnej ze szczególnym uwzględnieniem obliczeniowej teorii grup, który okazał się już przydatny także w innych obszarach.

Pakiet zapewnia procedury dla GAP służące do konstruowania, klasyfikowania, dzielenia i badania projektów blokowych.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This package brings to GAP routines for factoring integers, in particular:

• Pollard's p-1
• Williams' p+1
• Elliptic Curves Method (ECM)
• Continued Fraction Algorithm (CFRAC)
• Multiple Polynomial Quadratic Sieve (MPQS)

It also provides access to Richard P. Brent's tables of factors of integers of the form b^k +/- 1.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This GAP package brings to GAP floating-point numbers with arbitrary precision; it is based on MPFR, MPFI, MPC, CXSC, and FPLLL.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This package implements computing with graphs and groups for GAP. GRAPE is primarily designed for constructing and analysing graphs related to groups, finite geometries, and designs; special emphasis is placed on the determination of regularity properties and subgraph structure.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This GAP package brings to GAP computing with error-correcting codes.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

LAGUNA stands for `Lie AlGebras and UNits of group Algebras'.

This package provides GAP with functionality for calculation of the normalized unit group of the modular group algebra of the finite p-group and for investigation of Lie algebra associated with group algebras and other associative algebras.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This package allows GAP to import and export mathematical objects encoded in OpenMath, for the purpose of exchanging them with other applications that are OpenMath enabled.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas. In the example text, gap is used to analyse Rubik's Cube using group theory. A kernel implements a Pascal-like language.

This package contains the database of primitive groups.

This is a transitional package. It can be safely removed after the installation is complete.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas. In the example text, gap is used to analyse Rubik's Cube using group theory. A kernel implements a Pascal-like language.

The Small Groups Library is a catalogue of groups of `small' order. This package contains the groups data and identification routines for groups of order up to 1000 except 512, 768 and groups whose order factorises in at most 3 primes.

Note that data for order 512, 768 and between 1000 and 2000 except 1024 are available separately in the gap-small-groups-extra packages.

This is a transitional package. It can be safely removed after the installation is complete.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas. In the example text, gap is used to analyse Rubik's Cube using group theory. A kernel implements a Pascal-like language.

The Small Groups Library is a catalogue of groups of `small' order. This package contains the groups data and identification routines for groups

• of order at most 2000 except 1024.
• of cubefree order at most 50 000.
• of order p^n for n <= 6 and all primes p.
• of squarefree order.
• whose order factorises in at most 3 primes.
• of order q^n * p for q^n dividing 2^8, 3^6, 5^5, 7^4 and p prime different to q

The Small Groups Library provides access to these groups and a method to identify the catalogue number of a given group.

This is a transitional package. It can be safely removed after the installation is complete.

GAP to system do obliczeniowej algebry dyskretnej ze szczególnym uwzględnieniem obliczeniowej teorii grup, który okazał się już przydatny także w innych obszarach.

Pakiet zapewnia metody GAP do budowy i analizy skończonych "bliskich pierścieni" (ang. nearrings).

GAP jest skomputeryzowanym systemem algebry dyskretnej, ze szczególnym uwzględnieniem teorii grup obliczeniowych. GAP udostępnia język programowania, bibliotekę z tysiącami funkcji, implementującymi algorytmy algebraiczne napisane w języku GAP, oraz duże biblioteki danych obiektów algebraicznych. GAP jest używany w nauce i edukacji do badania grup i ich reprezentacji, pierścieni, przestrzeni wektorowych, algebry, struktur kombinatorycznych itd.

Pakiet zawiera bibliotekę GAP z tablicami znaków autorstwa L. Naughtona i G. Pfeiffera.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas.

This package provides for GAP routines for working with toric varieties and dealing with cones and related combinatorial geometric object.

GAP is a system for computational discrete algebra with particular emphasis on computational group theory, but which has already proved useful also in other areas. In the example text, gap is used to analyse Rubik's Cube using group theory. A kernel implements a Pascal-like language.

This package contains the database of transitive groups.

This is a transitional package. It can be safely removed after the installation is complete.

The Mathematics Genealogy Grapher (Geneagrapher) is a software tool to gather the information for building math genealogy trees with data from the Mathematics Genealogy Project. The information extracted is stored in dot file format, which can then be passed to Graphviz to generate a graph.

This package contains the command-line tool.

GeoGebra jest dynamicznym programem do geometrii. Za jego pomocą można robić konstrukcje z punktów, wektorów, segmentów, linii, krzywych stożkowych oraz funkcji, a następnie dynamicznie je zmieniać. Natomiast, równania i współrzędne można wprowadzać bezpośrednio.

Program zapewnia obsługę wielu konstrukcji geometrycznych, a także licznych narzędzi bazujących na rachunku różniczkowym (derivatives, osculating circle, itd).

Pliki GeoGebra mogą być eksportowane w różnych formatach lub jako interaktywne aplety na stronach internetowych.

Geomview jest interaktywnym oprogramowaniem geometrycznym, nadającym się głównie do badań naukowych i nauczania matematyki. W szczególności, geomview służy do wyświetlania przedmiotów w przestrzeni sferycznej i hiperbolicznej, a także w przestrzeni euklidesowej.

Geomview obsługuje wiele niezależnie sterowanych obiektów i aparatów fotograficznych. Umożliwia interaktywne sterowanie ruchem, czynnikami zewnętrznymi (w tym oświetleniem, cieniowaniem i materiałami), wybór poziomu edycji - obiektu, krawędzi lub wierzchołków, zapisywanie zdjęć w formacie SGI lub RenderMan RIB, dodawanie i usuwanie obiektów bezpośrednio za pomocą myszy, panelu sterowania i skrótów klawiaturowych. Programy zewnętrzne mogą wprowadzać pożądane aspekty przeglądania (jak na przykład ciągłe wczytywanie zmian geometrycznych lub kontrolowanie ruchu określonych obiektów) jednocześnie umożliwiając interaktywną kontrolę pozostałych rzeczy.

Gerris is a system for the solution of the partial differential equations describing fluid flow.

A brief summary of its main (current) features:

• Solves the time-dependent incompressible variable-density Euler, Stokes or Navier-Stokes equations
• Adaptive mesh refinement: the resolution is adapted dynamically to the features of the flow
• Entirely automatic mesh generation in complex geometries
• Second-order in space and time
• Unlimited number of advected/diffused passive tracers
• Flexible specification of additional source terms
• Portable parallel support using the MPI library
• Volume of Fluid advection scheme for interfacial flows

This package has MPI support built in.

GetDP is a general finite element solver using mixed elements to discretize de Rham-type complexes in one, two and three dimensions.

The main feature of GetDP is the closeness between the input data defining discrete problems (written by the user in ASCII data files) and the symbolic mathematical expressions of these problems.

See GetDP's reference manual for a more thorough overview of GetDP's capabilities: http://www.geuz.org/getdp

Gfan is a software package for computing Groebner fans and tropical varieties. These are polyhedral fans associated to polynomial ideals. The maximal cones of a Groebner fan are in bijection with the marked reduced Groebner bases of its defining ideal. The software computes all marked reduced Groebner bases of an ideal. Their union is a universal Groebner basis. The tropical variety of a polynomial ideal is a certain subcomplex of the Groebner fan. Gfan contains algorithms for computing this complex for general ideals and specialized algorithms for tropical curves, tropical hypersurfaces and tropical varieties of prime ideals. In addition to the above core functions the package contains many tools which are useful in the study of Groebner bases, initial ideals and tropical geometry. Among these are an interactive traversal program for Groebner fans and programs for graphical renderings.

For ordinary Groebner basis computations Gfan is not competitive in speed compared to programs such as CoCoA, Singular and Macaulay2.

GiNaC (skrót od "GiNaC is Not a CAS (Computer Algebra System)") to biblioteka do wykonywania obliczeń symbolicznych (czyli nienumerycznych) bezpośrednio w języku programowania C++.

Pakiet zawiera kilka dodatkowych narzędzi, takich jak popularny ginsh (powłoka interaktywna GiNaC) i viewgar (do sprawdzania plików archiwum GiNaC).

Gmsh jest programem generującym trójwymiarowe siatki do metody elementów skończonych z wbudowanym silnikiem CAD i procesorem końcowym. Celem projektu jest zapewnienie szybkiego, lekkiego i łatwego w obsłudze narzędzia do tworzenia siatek z parametrycznym wejściem i zaawansowanymi funkcjami wizualizacji. Gmsh opiera się na czterech modułach: geometry, mesh, solver i post-processing. Określanie wszelkich danych wejściowych do tych modułów odbywa się zarówno interaktywnie za pomocą graficznego interfejsu użytkownika, jak i w plikach tekstowych ASCII przy użyciu własnego języka skryptowego Gmsh.

Więcej informacji na temat możliwości programu Gmsh można znaleźć w jego podręczniku użytkownika.

Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information by constructing geometric representations of abstract graphs and networks. Automatic generation of graph drawings has important applications in key technologies such as database design, software engineering, VLSI and network design and visual interfaces in other domains. Situations where these tools might be particularly useful include:

• you would like to restructure a program and first need to understand the relationships between its types, procedures, and source files
• you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only individual links, but their relationships
• you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a finite state machine and need to figure out how a certain error state arises
• you would like to browse a database schema, knowledge base, or distributed program represented graphically
• you would like to see an overview of a collection of linked documents
• you would like to discover patterns and communities of interest in a database of telephone calls or e-mail messages

This package contains the command-line tools.

HOL Light is an interactive theorem prover for Higher-Order Logic with a very simple logical core running in an OCaml toplevel. HOL Light is famous for the verification of floating-point arithmetic as well as for the Flyspeck project, which aimed at the formalization of Tom Hales' proof of the Kepler conjecture.

Julia jest wysokopoziomowym, dynamicznym językiem programowania o wysokiej wydajności, stworzonym dla obliczeń technicznych, o składni przypominającej języki używane w innych technicznych środowiskach obliczeniowych. Julia dostarcza rewelacyjny kompilator, umożliwia rozproszone równoległe wykonywanie programów, zapewnia numeryczną dokładność i zawiera obszerną bibliotekę funkcji matematycznych. Biblioteka, w większości napisana w samej Julii, zawiera również dojrzałe, najlepszej jakości biblioteki w C oraz Fortranie służące do przeprowadzania obliczeń algebry liniowej, generowania liczb losowych, wyznaczania transformacji Fouriera oraz przetwarzania tekstu. Programy w Julii opierają się o definiowanie funkcji oraz przeciążanie ich dla różnych kombinacji typów argumentów (które również mogą być definiowane przez użytkownika).

Ten pakiet dostarcza pełną instalację środowiska Julia (kompilator JIT, bibliotekę standardową, interfejs tekstowy).

Lcalc to program do obliczania zer i wartości L-funkcji (L-functions). Obsługiwane są następujące L-funkcje: funkcje zeta Riemanna, funkcje delta Ramanujana oraz funkcje krzywych eliptycznych określanych przez wymierne.

JGraphT is a free Java class library that provides mathematical graph-theory objects and algorithms. In JGraphT, a graph is defined as a set of vertices connected by a set of edges.

It is possible to define graphs, to modify, compare or generate them, to run many algorithms through them. One may also import or export graphs.

GNU libmatheval is a library comprising of several procedures that make it possible to create an in-memory tree representation of mathematical functions over single or multiple variables and later use this representation to evaluate functions for specified variable values, to create corresponding trees for function derivatives over specified variables or to print textual representations of in-memory trees to a specified string. The library supports arbitrary variable names in expressions, decimal constants, basic unary and binary operators and elementary mathematical functions.

This package contains the runtime shared library.

The linear programming (LP) problem can be formulated as: Solve A.x >= V1, with V2.x maximal. A is a matrix, x is a vector of (nonnegative) variables, V1 is a vector called the right hand side, and V2 is a vector specifying the objective function.

An integer linear programming (ILP) problem is an LP with the constraint that all the variables are integers. In a mixed integer linear programming (MILP) problem, some of the variables are integer and others are real.

The program lp_solve solves LP, ILP, and MILP problems. It is slightly more general than suggested above, in that every row of A (specifying one constraint) can have its own (in)equality, <=, >= or =. The result specifies values for all variables.

lp_solve uses the 'Simplex' algorithm and sparse matrix methods for pure LP problems. If one or more of the variables is declared integer, the Simplex algorithm is iterated with a branch and bound algorithm, until the desired optimal solution is found. lp_solve can read MPS format input files.

"Littlewood-Richardson Calculator" ("Kalkulator Littlewooda-Richardsona") to pakiet złożony z programów napisanych w języku C do obliczania współczynników Littlewooda-Richardsona, zapewniający szybkie obliczanie pojedynczych współczynników LR, produktów funkcji Schura i funkcji skew Schura. Jego interfejs korzysta z tej samej notacji co pakiet SF Johna Stembridge, aby ułatwić korzystanie z obu pakietów w tym samym czasie.

Pakiet zawiera programy wiersza poleceń.

A convex polyhedron is the set of points satisfying a finite family of linear inequalities. The study of the vertices and extreme rays of such systems is important and useful in e.g. mathematics and optimization. In a dual interpretation, finding the vertices of a (bounded) polyhedron is equivalent to finding the convex hull (bounding inequalities) of an (arbitrary dimensional) set of points. Lrs (lexicographic reverse search) has two important features that can be very important for certain applications: it works in exact arithmetic, and it consumes memory proportional to the input, no matter how large the output is.

Macaulay 2 is a software system for algebraic geometry research, written by Daniel R. Grayson and Michael E. Stillman. Based on Groebner bases, it provides algorithms for computing homological invariants of rings and modules.

This package contains the architecture dependent portion of Macaulay2.

Magnus is a simple screen magnifying glass. It nicely integrates with X11 desktops like MATE or Xfce (probably with others not named here, too).

Visually impaired users may find this tool helpful for zooming into certain screen areas in order to improve readability/visibilty of fonts, icons and other data.

Mathicgb is a program for computing Groebner basis and signature Groebner bases. Mathicgb is based on the fast data structures from mathic.

The paper "Practical Groebner Basis Computation" describes the algorithms in Mathicgb from a high level. It was presented at ISSAC 2012 and is available at http://arxiv.org/abs/1206.6940

This package contains the command line tool.

Mathomatic implements most of the rules of algebra for the mathematical operators +, -, *, /, % (modulus), and power (including roots).

Mathomatic can symbolically:

• combine and solve equations,
• completely simplify and compare expressions and equations,
• do simple calculus transformations and series,
• do standard, complex number, modular, and polynomial arithmetic,
• generate optimized C, Java, and Python language code from simplified equations,
• plot expressions with gnuplot in two or three dimensions,
• do quick calculations, colorize expressions, etc.

Maxima is a fully symbolic computation program. It is full featured doing symbolic manipulation of polynomials, matrices, rational functions, integration, Todd-coxeter methods for finite group analysis, graphing, multiple precision floating point computation. It has a symbolic source level debugger for maxima code. Maxima is based on the original Macsyma developed at MIT in the 1970s. It is quite reliable, and has good garbage collection, and no memory leaks. It comes with hundreds of self tests.

The maxima-sage packages are meant to be used together with SageMath. They contain the version of Maxima that works together with the SageMath version in Debian and use ECL instead of GCL as Lisp compiler. To use Maxima by itself, the more complete and up-to-date maxima package is recommended.

This package contains the main executables and base system files.

Pakiet MCL stanowi implementację algorytmu MCL, oferując narzędzia do przetwarzania macierzy rzadkich (głównych struktur danych algorytmu MCL) oraz przeprowadzania prób klasteryzacyjnych.

MCL używany jest aktualnie w biologii (rozpoznawanie rodzajów białek, genetyka), informatyce (klasyfikacja węzłów w sieciach o łączach bezpośrednich) i lingwistyce (analiza tekstu).

Despite the NP completeness of the satisfiability problem of Boolean formulas (SAT), SAT solvers are often able to decide this problem in a reasonable time frame. As all other NP complete problems are reducible to SAT, the solvers have become a general purpose tool for this class of problems.

MiniSat is a minimalistic, open-source SAT solver, developed to help researchers and developers alike to get started on SAT. Winning all the industrial categories of the SAT 2005 competition, MiniSat is a good starting point both for future research in SAT, and for applications using SAT.

Model Builder is a graphical tool for designing, simulating and analyzing Mathematical model consisting of a system of ordinary differential equations(ODEs).

MUMPS implements a direct solver for large sparse linear systems, with a particular focus on symmetric positive definite matrices. It can operate on distributed matrices e.g. over a cluster. It has Fortran and C interfaces, and can interface with ordering tools such as Scotch.

nauty (No AUTomorphisms, Yes?) is a set of procedures for computing automorphism groups of graphs and digraphs. This mathematical software suite is developed by Brendan McKay and Adolfo Piperno: http://pallini.di.uniroma1.it

nauty computes graph information in the form of a set of generators, the size of the group, and the orbits of the group; it can also produce a canonical label. The nauty suite is written in C and comes with a command-line interface, a collection of command-line tools, and an Application Programming Interface (API).

This package provides the nauty interface named dreadnaut, and a small collection of utilities called gtools.

Netgen jest automatycznym generatorem trójwymiarowych, czworościennych siatek. Akceptuje on dane wejściowe z CSG (Constructive Solid Geometry) lub BRep (Boundary Representation) z plików w formacie STL. Netgen zawiera moduły do optymalizowania i hierarchicznego udoskonalania siatki.

Normaliz to narzędzie matematyczne do obliczeń monoidów afinicznych, konfiguracji wektorowych, wielotopów kratowych i stożków wymiernych.

Ten pakiet atrapa zapewnia standardową instalację.

Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu, przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych zadań metodami numerycznymi.

Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika pliki C++.

Pakiet zawiera różne narzędzia do pracy z wielotopami kratowymi:

• mori.x oblicza triangulacje gwiazdowe wielotopu;
• cws.x tworzy systemy wagowe oraz kombinowane systemy wagowe;
• class.x klasyfikuje wielotopy refleksyjne;
• poly.x oblicza dane wielotopu;
• nef.x oblicza liczby Hodge'a dla partycji nef.

PARI/GP is a widely used computer algebra system designed for fast computations in number theory (factorizations, algebraic number theory, elliptic curves...), but also contains a large number of other useful functions to compute with mathematical entities such as matrices, polynomials, power series, algebraic numbers etc., and a lot of transcendental functions. PARI is also available as a C library to allow for faster computations.

Originally developed by Henri Cohen and his co-workers (University Bordeaux I, France), PARI is now under the GPL and maintained by Karim Belabas with the help of many volunteer contributors.

This package contains the GP calculator.

Persalys is a graphical user interface for OpenTURNS, dedicated to the treatment of uncertainty and the management of variabilities. The software is a tool between the computer simulation, probabilistic analyses and the data sciences. The interface is available in French or in English.

Persalys allows one to:

• create mathematical models: analytical, coupling with an external model (finite elements, ...), FMU;
• analyse the variability of one's parameters thanks to many methods and visualisation tools;
• statistically analyse one's measuring data, infer probability distributions or create metamodels.

PHCpack is a software package to solve polynomial systems by homotopy continuation methods.

A polynomial system is given as a sequence of polynomials in several variables. Homotopy continuation methods operate in two stages. In the first stage, a family of polynomial systems (the so-called homotopy) is constructed. This homotopy contains a polynomial system with known solutions. In the second stage, numerical continuation methods are applied to track the solution paths defined by the homotopy, starting at the known solutions and leading to the solutions of the given polynomial system.

This package contains the command line interface to PHCpack.

This package contains a command-line reference implementation of the Edge Addition Planarity Algorithm, which is the best linear-time method to embed a planar graph and isolate planarity obstructions.

Polylib to darmowa biblioteka C, służąca do wykonywania obliczeń na wielościanach. Biblioteka ta operuje na obiektach takich jak: wektory, macierze, siatki, wielościany, Z-wielościany, związki wielościanów oraz na innych strukturach pośrednich. Biblioteka zapewnia funkcje do wszystkich ważnych operacji na tych strukturach.

Pakiet zawiera różne narzędzia do wykonywania operacji na wielościanach.

Proof General jest głównym trybem przekształcania Emacsa w interaktywny system dowodzenia twierdzeń, który służy do pisania formalnych dowodów matematycznych przy użyciu różnych narzędzi asystujących użytkownikowi przy przeprowadzaniu dowodu.

Ten pakiet zapewnia wsparcie Proof General dla Coq (brak innego systemu dowodzenia twierdzeń, który mógłby zapewniać odpowiednie wsparcie).

This package provides the Prover9 resolution/paramodulation theorem prover and the Mace4 countermodel generator.

Prover9 is an automated theorem prover for first-order and equational logic. It is a successor of the Otter prover. Prover9 uses the inference techniques of ordered resolution and paramodulation with literal selection.

The program Mace4 searches for finite structures satisfying first-order and equational statements, the same kind of statement that Prover9 accepts. If the statement is the denial of some conjecture, any structures found by Mace4 are counterexamples to the conjecture.

Mace4 can be a valuable complement to Prover9, looking for counterexamples before (or at the same time as) using Prover9 to search for a proof. It can also be used to help debug input clauses and formulas for Prover9.

DEAP is a novel evolutionary computation framework for rapid prototyping and testing of ideas. It seeks to make algorithms explicit and data structures transparent. It works in perfect harmony with parallelisation mechanism such as multiprocessing and SCOOP.

This package contains the modules for Python3.

DOLFIN jest interfejsem (napisanym w Pythonie i C++) z projektu FEniCS do automatycznego rozwiązania równań różniczkowych, zapewniającym spójne PSE (Problem Solving Environment - środowisko rozwiązywania problemów) do rozwiązywania zwyczajnych i cząstkowych równań różniczkowych. Najważniejsze cechy to: proste, spójne i intuicyjne obiektowe API; automatyczna i efektywna ocena form wariacyjnych; automatyczne i wydajne łączenie systemów liniowych; oraz obsługiwanie ogólnych rodzin elementów skończonych.

Jest to pakiet podstawowy, zależny od konkretnych wersji Dolfina. Domyślnie ta wersja została zbudowana na podstawie preferowanej wersji PETSc w /usr/lib/petsc (z indeksowaniem 32-bitowym), ale wersję alternatywną (64-bitowy PETSc) można wybrać, ustawiając zmienną środowiskową PETSC_DIR.

To jest starsza wersja DOLFIN. Zamiast niej można zainstalować nowszą generację pakietu python3-dolfinx (DOLFIN-X).