PAN Blend imaging packages

Program udostępnia interfejs graficzny do naukowej analizy rzeczywistej wartości danych punktu (x, y, z, wartość). Program ukierunkowany jest głównie na wykorzystywanie wyników badań tomografii atomowej, ale może przydać się do innych zastosowań.

This metapackage will install large astronomical data analysis frameworks, which usually provide their own script language. Please notice that the Gnu Data Language has its own metapackage astro-gdl, IRAF is in astro-iraf, and the Astropy framework is in the astro-python3 metapackage.

GDL (GNU Data Language) jest bezpłatnym zamiennikiem komercyjnego oprogramowania IDL (Interactive Data Language). Dysponuje pełną kompatybilnością składni z IDL 7.1 i nadaje się do analizy danych astronomicznych. Ten metapakiet zainstaluje pakiety związane z astronomią, które można używać z GDL; w szczególności bibliotekę IDL Astronomy Users Library (Biblioteka Użytkowników Astronomii IDL).

This metapackage will install Python 3 packages for astronomy. The packages can be used for interactive analysis, or to create specific programs.

Pakiet astropy udostępnia podstawową funkcjonalność i kilka typowych narzędzi potrzebnych do prowadzenia badań astronomicznych i astrofizycznych za pomocą Pythona.

Pakiet zawiera następujące narzędzia dostarczane z astropy:

• fitscheck: wykrywa i naprawia naruszenia standardów FITS.
• fits2bitmap: tworzy plik mapy bitowej z obrazu FITS.
• fitsdiff: porównuje dwa pliki obrazów FITS i raportuje różnice w słowach kluczowych i danych w nagłówku.
• fitsheader: wypisuje nagłówki jednego lub większej liczby plików FITS na standardowym wyjściu (ekranie monitora) w formacie czytelnym dla człowieka.
• samp_hub: serwer koncentrujący SAMP (ang. SAMP Hub Server).
• volint: sprawdza plik VOTable pod kątem zgodności ze specyfikacją VOTable.
• wcslint: sprawdza słowa kluczowe WCS w pliku FITS pod kątem zgodności ze standardami.

g3data używane jest do wydobywania danych z wykresów. Przykładowo, wykresy zwykle publikowane są w naukowych pismach bez tabel z danymi; g3data ułatwia proces wydobywania takich danych.

Giza is a lightweight scientific plotting library built on top of cairo that provides uniform output to multiple devices. Giza also provides a mostly compatible, modern replacement for the PGPLOT graphics library.

This package contains the development files.

Gmsh jest programem generującym trójwymiarowe siatki do metody elementów skończonych z wbudowanym silnikiem CAD i procesorem końcowym. Celem projektu jest zapewnienie szybkiego, lekkiego i łatwego w obsłudze narzędzia do tworzenia siatek z parametrycznym wejściem i zaawansowanymi funkcjami wizualizacji. Gmsh opiera się na czterech modułach: geometry, mesh, solver i post-processing. Określanie wszelkich danych wejściowych do tych modułów odbywa się zarówno interaktywnie za pomocą graficznego interfejsu użytkownika, jak i w plikach tekstowych ASCII przy użyciu własnego języka skryptowego Gmsh.

Więcej informacji na temat możliwości programu Gmsh można znaleźć w jego podręczniku użytkownika.

GNU Data Language (GDL) to darmowy kompilator przyrostowy zgodny z IDL (Interactive Data Language) czyli z językiem programowania wykorzystywanym do analizy danych. Jego składnia jest w pełni zgodna z IDL 7.1. IDL jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy ITT Visual Information Solutions. Od wersji IDL 8.0 obsługiwane są następujące elementy językowe:

• pętle FOREACH
• ujemne indeksy tablicy
• wskaźniki i obiekty do zbierania śmieci
• wywoływanie metody na obiekcie za pomocą operatora kropki "." (np. 'object.aMemberProcedure,arg1')

System plików wejściowych i wyjściowych jest w pełni zaimplementowany. Oficjalnie udostępniono obsługę GUI (widżetów), ale nie jest ona jeszcze ukończona.

Pakiet udostępnia główną linię poleceń oraz interfejs interpretera.

Gnuplot to przenośny, sterowany z wiersza poleceń, interaktywny program do tworzenia dwu i trójwymiarowych wykresów na podstawie danych i funkcji. Obsługuje wiele formatów wyjściowych, w tym sterowniki do wielu drukarek (La)TeX, (x)fig, Postscript itd. Wersja programu do środowiska X11 znajduje się w pakiecie gnuplot-x11. Wersja programu z interfejsem Qt znajduje się w pakiecie gnuplot-qt.

Pliki danych oraz samodzielnie zdefiniowane funkcje mogą być zarządzane przy użyciu wewnętrznego języka podobnego do C. Program może wykonywać wygładzanie, dopasowania krzywymi składanymi lub dopasowania nieliniowe. Może także pracować na liczbach zespolonych.

Ten metapakiet służy do instalacji w pełni funkcjonalnego programu gnuplot (-qt, -x11 lub -nox).

Biblioteka gphoto2 może być używana przez aplikacje, aby uzyskać dostęp do różnych modeli aparatów cyfrowych, za pośrednictwem standardowych protokołów, takich jak USB Mass Storage i PTP lub protokołów specyficznych dla dostawcy.

Pakiet zawiera interfejs wiersza poleceń gphoto2.

Grace jest narzędziem typu wskaż-i-kliknij, umożliwiającym użytkownikowi rysowanie wykresów X-Y. Program był wcześniej znany jako Xmgr.

Niektóre z jego funkcji: skalowanie zdefiniowane przez użytkownika, zaznaczanie odstępów na osi, etykiety, symbole, style linii, kolory, regresja wielomianowa, krzywe sklejane, obliczanie średnich kroczących, transformatory DFT/FFT, korelacja wzajemna/autokorelacja, tryb wsadowy pozwalający na bezobsługowe kreślenie oraz obsługa drukowania do formatu PostScript, FrameMaker i kilku formatów graficznych.

Graph drawing addresses the problem of visualizing structural information by constructing geometric representations of abstract graphs and networks. Automatic generation of graph drawings has important applications in key technologies such as database design, software engineering, VLSI and network design and visual interfaces in other domains. Situations where these tools might be particularly useful include:

• you would like to restructure a program and first need to understand the relationships between its types, procedures, and source files
• you need to find the bottlenecks in an Internet backbone - not only individual links, but their relationships
• you're debugging a protocol or microarchitecture represented as a finite state machine and need to figure out how a certain error state arises
• you would like to browse a database schema, knowledge base, or distributed program represented graphically
• you would like to see an overview of a collection of linked documents
• you would like to discover patterns and communities of interest in a database of telephone calls or e-mail messages

This package contains the command-line tools.

Gri to język typu open source do programowania grafiki naukowej. Jest sterowany przy pomocy poleceń, w przeciwieństwie do tych w rodzaju wskaż/kliknij. Niektórzy użytkownicy uważają, że Gri jest podobny do LaTeX-a, ponieważ oba zapewniają dużą ekstensywność jako nagrodę za tolerancję krzywej uczenia się. Dane wyjściowe są zgodne z wyjściowymi standardami przemysłowymi w formacie PostScript, nadającymi się do włączania do innych dokumentów.

Gri może tworzyć wykresy x-y, wykresy konturowe i wykresy graficzne. Zapewnia precyzyjną kontrolę nad wszystkimi aspektami rysowania, np. szerokością linii, kolorami, czcionkami itp. Greckie litery i symbole matematyczne dostępne są w składni podobnej do TeX-a.

Ludzie, którzy piszą 1000-liniowe skrypty Gri, zwykle zaczynają od czegoś tak prostego, jak:

  open file.dat        # Otwórz plik
  read columns x * y   # Odczytaj pierwszą kolumnę jako x, a 3-cią jako y
  draw curve           # Rysuj dane i automatycznie skaluj osie

Pełna instrukcja dostępna jest też w formacie HTML (pakiet gri-html-doc), w formacie PDF nadającym się do druku (pakiet gri-pdf-doc) oraz on-line, używając łączy ze strony domowej gri:

  http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion jest modularnym programem do wizualizacji i analizy danych mikroskopii z sondą skanującą (SPM). Przeznaczony jest głównie do analizy danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości, otrzymanych przy pomocy następujących technik:

• Mikroskop Sił Atomowych (AFM),
• Mikroskop Sił Magnetycznych (MFM),
• Skaningowy Mikroskop Tunelowy (STM),
• Mikroskop Optyczny Bliskiego Pola (SNOM lub NSOM) i wiele innych. Może być również użyty do arbitralnej analizy obrazów danych zawierających wartość pola jako wskaźnik trzeciej współrzędnej położenia - wysokości.

Pakiet zawiera główną aplikację i jej moduły. Zawiera również program Thumbnailer do GNOME (i Xfce), który tworzy podgląd wszystkich typów plików obsługiwanych przez program Gwyddion.

IFRIT (the Ionization FRont Interactive Tool) has its origins (and hence name) in a specialized utility designed to visualize ionization fronts in cosmological numerical simulations. IFRIT, however, has outgrown its origins and now can visualize general data sets as well.

IFRIT is written in C++ and is based on two state-of-the-art toolkits: the Visualization ToolKit (VTK) and a GUI toolkit QT.

Program umożliwia podgląd, edycję, analizę, przetwarzanie, zapis oraz wydruk obrazów o paletach 8, 16 i 32-bitowych. Umożliwia otwieranie formatów TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS oraz "raw". Wspiera przetwarzanie serii obrazów w jednym oknie.

Program umożliwia obliczanie pól oraz statystyk wartości pikseli dla zakresów wybranych przez użytkownika. Możliwy jest pomiar odległości i kątów, tworzenie histogramów i wykresów profilowych. Dostępne są również standardowe operacje na obrazie takie jak: zmiana kontrastu, wyostrzanie, wygładzanie, trasowanie czy filtrowanie uśredniające.

Aby dokonywać pomiarów rzeczywistych odległości możliwa jest kalibracja przestrzenna w danych jednostkach np. milimetrach. Można również kalibrować względem gęstości lub skali szarości.

ImageJ został opracowany przez Wayne'a Rasbanda (wayne@codon.nih.gov) na Oddziale Usług Badawczych w National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

Imview to program, który umożliwia:

• wyświetlanie wielu formatów graficznych;
• wyświetlanie obrazów 2D lub 3D (jako plastrów) z bardzo dobrymi funkcjami powiększania i panoramowania;
• współpracę z wielowidmowymi szeregami czasowymi lub wielostronicowymi dokumentami (jak np.: zdjęcia satelitarne, stosy TIFF, animowane GIFy i heterogeniczne pliki wieloskładnikowe);
• wyświetlanie wszystkich rodzajów pikseli (od 1-bitowych do 64-bitowych danych, całkowitych lub zmiennoprzecinkowych);
• wyświetlanie arbitralnych profili 1-D z obrazów 2-D (lub plastrów 2-D z obrazów 3-D);
• obsługiwanie dowolnych map kolorów dla wszystkich rodzajów pikseli (tj. wyświetlanie nierzeczywistych kolorów);
• obsługiwanie standardowych funkcji do obróbki grafiki (jasność/kontrast, gamma, powiększanie, przycinanie, obracanie itp.);
• zdalną pracę za pomocą gniazd i poleceń tekstowych (dla łatwej integracji z różnymi systemami analizy obrazu);
• przesyłanie obrazów do Imview poprzez gniazda lub pamięć współdzieloną;
• dostęp do wielu innych funkcji.

Kst to szybkie narzędzie do tworzenia wykresów i przeglądania dużych zbiorów danych w czasie rzeczywistym. Posiada podstawowe funkcje do analizy danych, wiele potężnych funkcji wewnętrznych i jest rozszerzalny za pomocą wtyczek lub rozszerzeń.

Spectromicroscopy combines spectral data with microscopy, where typical datasets consist of a stack of microscopic images taken across an energy range. Due to the data complexity, manual analysis can be time consuming and inefficient, whereas multivariate analysis tools not only reduce the time needed but also can uncover hidden trends in the data.

Mantis is Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy developed in Python by 2nd Look Consulting. It uses principal component analysis and cluster analysis to classify pixels according to spectral similarity.

MayaVi2 is a cross-platform tool for 2-D and 3-D scientific data visualization. Its features include:

• Visualization of scalar, vector and tensor data in 2 and 3 dimensions
• Easy scriptability using Python
• Easy extendability via custom sources, modules, and data filters
• Reading several file formats: VTK (legacy and XML), PLOT3D, etc.
• Saving of visualizations
• Saving rendered visualization in a variety of image formats.

MayaVi2 has been designed with scriptability and extensibility in mind. While the mayavi2 application is usable by itself, it may be used as an Envisage plugin which allows it to be embedded in user applications natively. Alternatively, it may be used as a visualization engine for any application.

This package also provides TVTK, which wraps VTK objects to provide a convenient, Pythonic API, while supporting Traits attributes and NumPy/SciPy arrays. TVTK is implemented mostly in pure Python, except for a small extension module.

Metapakiet instalujący pakiety Debiana, które mogą być przydatne w przetwarzaniu i wizualizacji obrazów medycznych.

Z jednej strony instaluje kilka pakietów obsługujących różne formaty plików graficznych oraz zarządzanie obrazami, takie jak DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine - pol. Cyfrowe obrazowanie i komunikacja w medycynie), który jest de facto standardem zarządzania obrazami medycznymi, oraz NIFTI. Z drugiej strony zapewnia różnorodne pakiety oprogramowania, które można wykorzystać do wizualizacji i przetwarzania obrazów - z graficznego interfejsu użytkownika, z wiersza poleceń lub zaimplementowane w przepływach pracy.

ParaView to otwartoźródłowa, wieloplatformowa aplikacja zaprojektowana do wizualizacji zestawów danych o rozmiarach począwszy od małych do bardzo dużych. Cele projektu ParaView obejmują:

* Opracowywanie otwartoźródłowych, wieloplatformowych aplikacji do
  wizualizacji.
* Obsługiwanie rozprowadzanych modeli obliczeniowych do przetwarzania
  dużych zbiorów danych.
* Tworzenie otwartego, elastycznego i intuicyjnego interfejsu
  użytkownika.
* Opracowywanie rozszerzalnej architektury w oparciu o otwarte
  standardy.

ParaView działa na rozproszonych i równoległych pamięciach współdzielonych jak również na pojedynczych systemach procesorowych. Został z powodzeniem przetestowany na Windows, Mac OS X, Linux oraz różnych stacjach roboczych Uniksa, klastrach i superkomputerach. Pod maską ParaView używa zestawu narzędzi do wizualizacji jako silnika do renderowania i przetwarzania danych oraz posiada interfejs użytkownika napisany przy użyciu Qt.

PDL gives standard perl the ability to COMPACTLY store and SPEEDILY manipulate the large N-dimensional data arrays which are the bread and butter of scientific computing. The idea is to turn perl in to a free, array-oriented, numerical language in the same sense as commercial packages like IDL and MatLab. One can write simple perl expressions to manipulate entire numerical arrays all at once. For example, using PDL the perl variable $a can hold a 1024x1024 floating point image, it only takes 4Mb of memory to store it and expressions like $a=sqrt($a)+2 would manipulate the whole image in a few seconds.

A simple interactive shell (perldl) is provided for command line use together with a module (PDL) for use in perl scripts.

PlotDrop is designed for quick simple visualisation of 2D data series. It is intended to be used in tandem with an external filesystem browser such as GNOME's nautilus or KDE's konqueror. Files containing data are added by dragging them from the browser to the file list.

APLpy is a Python module aimed at producing publication-quality plots of astronomical imaging data in FITS format. The module uses Matplotlib, a powerful and interactive plotting package. It is capable of creating output files in several graphical formats, including EPS, PDF, PS, PNG, and SVG.

AstroML is a Python 3 module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

AstroML is a Python module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

This package contains the performance add-ons of the Python 3 version of the package.

The astropy package contains core functionality and some common tools needed for performing astronomy and astrophysics research with Python. It can be extended by a number of "affiliated packages" that are intended to work with the core package.

Cartopy is a Python package designed to make drawing maps for data analysis and visualisation easy.

It features:

• object oriented projection definitions
• point, line, polygon and image transformations between projections
• integration to expose advanced mapping in matplotlib with a simple and intuitive interface
• powerful vector data handling by integrating shapefile reading with Shapely capabilities

This package provides the Python 3 library.

This module can list, configure and execute CPL-based recipes from Python3. The input, calibration and output data can be specified as FITS files or as astropy fits objects in memory.

The Common Pipeline Library (CPL) comprises a set of ISO-C libraries that provide a comprehensive, efficient and robust software toolkit. It forms a basis for the creation of automated astronomical data-reduction tasks.

One of the features provided by the CPL is the ability to create data-reduction algorithms that run as plugins (dynamic libraries). These are called "recipes" and are one of the main aspects of the CPL data-reduction development environment.

Fitsio provides an easy to use object-oriented API including providing a Numpy interface to FITS files read from CFITSIO. It allows direct access to the columns of a FITS binary table which can be useful for reading large fits files. Compared to astropy.io.fits, this package is closer to the underlying cfitsio library.

Fitsio also exposes a microlanguage (implemented in CFITSIO) for making efficient SQL-like queries of tables (single tables only though–no joins or anything like that).

Gammapy is an in-development affiliated package of Astropy that builds on the core scientific Python stack to provide tools to simulate and analyse the gamma-ray sky for telescopes such as CTA, H.E.S.S., VERITAS, MAGIC, HAWC and Fermi-LAT.

GNU Data Language (GDL) is a free IDL (Interactive Data Language) compatible incremental compiler. It has full syntax compatibility with IDL 7.1. IDL is a registered trademark of ITT Visual Information Solutions. From IDL 8.0, the following language elements are supported:

• FOREACH loop
• negative array indices
• garbage collection pointers and objects
• call methods on an object using "." (e. g. object.aMemberProcedure,arg1)

The file input output system is fully implemented. GUI support (widgets) is officially provided, but it's not complete yet.

This package contains the Python library/interface.

Gnuplot.py is a Python module that interfaces to gnuplot, the popular plotting program. It allows you to use gnuplot from within Python to plot arrays of data from memory, data files, or mathematical functions. If you use Python to perform computations or as glue' for numerical programs, you can use this module to plot data on the fly as they are computed. And the combination with Python makes it is easy to automate things, including to create crudeanimations' by plotting different datasets one after another.

The guiqwt Python library provides efficient 2D data-plotting features (curve/image visualization and related tools) for signal/image processing application development and interactive computing. It's based on the scientific modules NumPy and SciPy, and the PyQwt plotting widgets for PyQt4 graphical user interfaces.

This is the Python 3 version of the package.

HyperSpy is an open source Python library for the interactive analysis of multidimensional datasets that can be described as multidimensional arrays of a given signal (for example, a 2D array of spectra, also known as a spectrum image).

HyperSpy makes it straightforward to apply analytical procedures that operate on an individual signal to multidimensional arrays, as well as providing easy access to analytical tools that exploit the multidimensionality of the dataset.

Its modular structure makes it easy to add features to analyze many different types of signals.

Imexam is an affiliated package of AstroPy. It was designed to be a lightweight library which enables users to explore data using common methods which are consistent across viewers. It can be used from a command line interface, through a Jupyter notebook or through a Jupyter console. It can be used with multiple viewers, such as DS9 or Ginga, or without a viewer as a simple library to make plots and grab quick photometry information.

Fast, interactive, multi-dimensional image viewer for Python. It's designed for browsing, annotating, and analyzing large multi-dimensional images. It's built on top of Qt (for the GUI), vispy (for performant GPU-based rendering), and the scientific Python stack (numpy, scipy).

Python package to parse, read and write Microsoft OLE2 files (also called Structured Storage, Compound File Binary Format or Compound Document File Format), such as Microsoft Office 97-2003 documents, vbaProject.bin in MS Office 2007+ files, Image Composer and FlashPix files, Outlook MSG files, StickyNotes, several Microscopy file formats, McAfee antivirus quarantine files, etc.

Photutils contains functions for:

• estimating the background and background rms in astronomical images
• detecting sources in astronomical images
• estimating morphological parameters of those sources (e.g., centroid and shape parameters)
• performing aperture and PSF photometry

This package contains the Python 3 version of the package.

PyQtGraph is a pure-python graphics and GUI library built on PyQt4 and numpy. It is intended for use in mathematics / scientific / engineering applications. Despite being written entirely in Python, the library is very fast due to its heavy leverage of numpy for number crunching and Qt's GraphicsView framework for fast display.

This is the Python 3 version of the package.

Seaborn is a library for making attractive and informative statistical graphics in Python. It is built on top of matplotlib and tightly integrated with the PyData stack, including support for numpy and pandas data structures and statistical routines from scipy and statsmodels.

Some of the features that seaborn offers are

• Several built-in themes that improve on the default matplotlib aesthetics
• Tools for choosing color palettes to make beautiful plots that reveal patterns in your data
• Functions for visualizing univariate and bivariate distributions or for comparing them between subsets of data
• Tools that fit and visualize linear regression models for different kinds of independent and dependent variables
• A function to plot statistical timeseries data with flexible estimation and representation of uncertainty around the estimate
• High-level abstractions for structuring grids of plots that let you easily build complex visualizations

This is the Python 3 version of the package.

scikit-image is a collection of image processing algorithms for Python. It performs tasks such as image loading, filtering, morphology, segmentation, color conversions, and transformations.

This package provides the Python 3 module.

The specutils package implements base classes and utilities for interacting with astronomical spectra in Python and the Astropy project. It is intended for eventual merger with the astropy package, but for now is being developed independently.

Vispy is a high-performance interactive 2D/3D data visualization library.

Vispy leverages the computational power of modern Graphics Processing Units (GPUs) through the OpenGL library to display very large datasets.

This package provides VisPy for the Python 3 interpreter.

Willow is a simple image library that combines the APIs of Pillow, Wand and OpenCV. It converts the image between the libraries when necessary.

Willow currently has basic resize and crop operations, face and feature detection and animated GIF support. New operations and library integrations can also be easily implemented.

Qtiplot jest w pełni rozwiniętym oprogramowaniem do kreślenia wykresów, podobnym do programu Origin z OriginLab (więcej informacji na temat Origin można znaleźć na stronie: http://www.originlab.com).

Program może kreślić dwu- lub trójwymiarowe wykresy o wysokiej jakości, zarówno ze zbiorów danych, jak i funkcji. Może pracować stosując dopasowania nieliniowe i wielowierzchołkowe.

Niektóre funkcje:

• wieloplatformowość: działa natywnie w systemie Windows, Mac OS X i Linux/Unix;
• pełna obsługa skryptów Pythona;
• kreślenie 3D oparte na OpenGL;
• publikowanie wykresów o wysokiej jakości i łatwe eksportowanie do różnych formatów graficznych (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, itp.);
• łatwa integracja z systemem składu tekstu LaTeXa;
• wydajne i wszechstronne tworzenie arkuszy kalkulacyjnych i obliczeń w kolumnie logicznej oraz łatwy import/eksport wielu plików;
• szybki dostęp do ekstensywnych, wbudowanych funkcji analizy danych;
• zaawansowana analiza statystyczna: test t studenta, ANOVA, test chi-kwadrat dla wariancji, test normalności (Shapiro-Wilka);
• liniowe i nieliniowe dopasowywanie krzywej z rozważania i oszacowywania statystycznych błędów określonych parametrów;
• wielowierzchołkowe dopasowywanie;
• narzędzia do analizowania obrazu;
• obsługa szablonów: wszystkie ustawienia dla wykresów, tabel i macierzy mogą być zapisane i przywrócone później dla szybkiego procesu edytowania;
• pliki projektu oparte na folderach, funkcjonalny eksplorator projektu z wbudowanymi funkcjami przeciągania i upuszczania oraz wyszukiwania;
• pełny import skoroszytów programu Excel oraz arkuszy kalkulacyjnych Open Document Format, baz danych dBase, SQLite i Microsoft Access.

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images.

The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces.

Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files.

This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion provides the serial and parallel (MPI) command-line tools without CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui provides the graphical user interface without CUDA/GPU support.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the command-line tool.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the ImageJ plugin.

Veusz to pakiet graficzny przeznaczony do naukowego kreślenia wykresów 2D i 3D, oraz tworzenia gotowych do publikacji plików PDF, SVG, Postscript i bitmap. Veusz zapewnia swoim funkcjom kreślącym następujące rodzaje interfejsów: graficzny, wiersza poleceń i skryptowy (oparty na Pythonie). Wykresy budowane są w oparciu o system obiektowy, zapewniający spójny interfejs.

Ten pakiet zawiera główny plik wykonywalny, dokumentację i przykłady.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-cuda provides the serial and parallel (MPI) command-line tools with CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui-cuda provides the graphical user interface with CUDA/GPU support.

MoviePy is a Python library for video editing: cutting, concatenations, title insertions, video compositing (a.k.a. non-linear editing), video processing, and creation of custom effects.