PAN Blend imaging packages

Dieses Programm stellt eine grafische Oberfläche bereit, um reellwertige Punktdaten (x,y,z;Wert) wissenschaftlich zu untersuchen. Dabei zielt es auf Anwendungen für tomographische Atomsonden ab. Das Programm kann jedoch auch für andere Anwendungen nützlich sein.

Mit diesem Metapaket werden große Rahmenwerke für die astronomische Datenanalyse installiert, die normalerweise ihre eigene Skriptsprache bereitstellen. Bitte beachten Sie, dass die Gnu Data Language über ein eigenes Metapaket astro-gdl verfügt, IRAF finden Sie in astro-iraf und das Astropy-Rahmenwerk im Metapaket astro-python3.

GDL (GNU Data Language) ist ein freier Ersatz für die kommerzielle Software IDL (Interactive Data Language). Sie ist vollständig mit IDL 7.1 kompatibel und kann für astronomische Datenanalysen verwendet werden. Mit diesem Metapaket werden Astronomie-Pakete installiert, die mit GDL verwendet werden können; insbesondere die IDL Astronomy Users Library.

Dieses Metapaket installiert Python-3-Pakete für die Astronomie. Die Pakete können zur interaktiven Analyse oder zum Erstellen spezieller Programme verwendet werden.

The astropy package contains core functionality and some common tools needed for performing astronomy and astrophysics research with Python.

This package contains the tools that come with astropy:

• fitscheck: Detect and fix FITS standards violations
• fits2bitmap: Create a bitmap file from a FITS image.
• fitsdiff: Compare two FITS image files and report the differences in header keywords and data.
• fitsheader: Print the header(s) of one or more FITS file(s) to the standard output in a human-readable format.
• samp_hub: SAMP Hub Server.
• volint: Check a VOTable file for compliance to the VOTable specification
• wcslint: Check the WCS keywords in a FITS file for compliance against the standards

The presented ParaView plugin allows easy access to the algorithm described in Ref 1. It enables analysis of faceted objects that exhibit distortions in their digital representation, e.g. due to tomographic reconstruction artifacts. The contributed functionality can also be used outside ParaView in e.g. command-line programs. The code, data, a test and an example program are included.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

g3data wird zum Extrahieren von Daten aus Graphen benutzt. Graphen werden typischerweise in wissenschaftlichen Journalen ohne Tabellen mit den aktuellen Werten publiziert; g3data erleichtert den Prozess zum Extrahieren dieser Daten.

Giza is a lightweight scientific plotting library built on top of cairo that provides uniform output to multiple devices. Giza also provides a mostly compatible, modern replacement for the PGPLOT graphics library.

This package contains the development files.

Gmsh ist ein Generator für 3D-Finite-Elemente-Netze mit integrierter CAD-Engine und Postprozessor. Sein Entwurfsziel ist die Bereitstellung eines schnellen, leichtgewichtigen Netz-Werkzeugs mit parametrischer Eingabe und hochentwickelten Visualisierungsmöglichkeiten. Gmsh wurde um vier Module herum gebaut: Geometrie, Netzgenerierung, Gleichungslöser und Nachbearbeitung. Die Festlegung der Eingabewerte für diese Module wird entweder interaktiv über eine graphische Benutzeroberfläche oder über ASCII-Textdateien in der Gmsh-eigenen Skriptsprache realisiert.

Ein Blick in das Gmsh-Handbuch gibt Ihnen einen tieferen Einblick in die Leistungsfähigkeit von Gmsh.

GNU Data Language (GDL) is a free IDL (Interactive Data Language) compatible incremental compiler. It has full syntax compatibility with IDL 7.1. IDL is a registered trademark of ITT Visual Information Solutions. From IDL 8.0, the following language elements are supported:

• FOREACH loop
• negative array indices
• garbage collection pointers and objects
• call methods on an object using "." (e. g. object.aMemberProcedure,arg1)

The file input output system is fully implemented. GUI support (widgets) is officially provided, but it's not complete yet.

This package contains the main commandline and interpreter frontend.

Gnuplot ist ein portables, interaktives, kommandozeilengesteuertes Plot-Programm für Daten und Funktionen, das viele Ausgabeformate unterstützt. Es enthält Treiber für eine Vielzahl von Druckern, (La)TeX, (x)fig, PostScript und so weiter. Die X11-Ausgabe befindet sich im Paket gnuplot-x11.

Die interne C-ähnliche Sprache kann Dateien mit Daten und selbstdefinierten Funktionen handhaben. Das Programm kann komplexe Zahlen verarbeiten und unterstützt Glättung sowie die Parameterbestimmung für nichtlineare und Spline-Näherungsfunktionen.

Dieses Paket soll ein voll funktionsfähiges Gnuplot installieren (-qt, -x11 oderr -nox).

Die Bibliothek gphoto2 kann von Anwendungen benutzt werden, um auf diverse Digitalkameras zuzugreifen. Dies geschieht mit Standardprotokollen wie USB Mass Storage und PTP oder herstellerspezifischen Protokollen.

Dieses Paket stellt das Kommandozeilen-Frontend für gphoto2 bereit.

Mit dem Werkzeug Grace kann der Benutzer mittels Mausklicks X-Y-Darstellungen erstellen. Dieses Programm hatte früher den Namen Xmgr.

Zu seinen Merkmalen gehören: benutzerdefinierte Skalierung, Skalenstriche, Beschriftungen, Symbole, Linienstile, Farben, Polynomiale Regression, Splines, gleitende Mittelwerte, DFT/FFT, Kreuz-/Auto-Korrelation, Batch-Modus für nicht interaktive Plots und Unterstützung der Druckausgabe für PostScript, FrameMaker und mehrere Bildformate.

Graphzeichnen widmet sich dem Problem der Visualisierung von strukturierter Information durch konstruieren geometrischer Darstellungen von abstrakten Graphen und Netzwerken. Automatische Generierung von Graphzeichnungen sind wichtige Anwendungen in Schlüsseltechnologien wie Datenbankdesign, Softwaretechnik, VLSI und Netzwerkdesign sowie visuelle Schnittstellen in anderen Bereichen. Situationen in denen diese Werkzeuge besonders nützlich sind, sind unter anderem:

• Sie würden gerne ein Programm neu strukturieren und müssen erst die Beziehungen zwischen dessen Typen, Prozeduren und Quelldaten verstehen.
• Sie müssen die Flaschenhälse in einem Internet-Backbone finden - nicht nur die individuellen Verknüpfungen, sondern deren Beziehungen.
• Sie debuggen ein Protokoll oder eine Mikroarchitektur, dargestellt als endlicher Automat und müssen zuerst herausfinden, wie ein bestimmter Fehlerstatus zustande kommt.
• Sie würden gerne ein Datenbankschema, eine Wissensdatenbank oder ein verteiltes Programm durchsehen, die grafisch dargestellt sind.
• Sie möchten eine Übersicht einer Sammlung von verknüpften Dokumenten sehen.
• Sie möchten Muster und Interessensgebiete in einer Datenbank von Telefonanrufen oder E-Mail-Nachrichten entdecken.

Dieses Paket enthält die Werkzeuge für die Kommandozeile.

Gri ist eine Open-Source-Sprache für wissenschaftliche Grafikprogrammierung. Sie wird mit Befehlen und nicht mit der Maus gesteuert. Einige Nutzer vergleichen sie mit LaTeX, weil beide als Entschädigung für eine längere Lernphase umfassende Möglichkeiten liefern. Die Ausgabe erfolgt im Industriestandard PostScript und eignet sich zum Einfügen in andere Dokumente.

Gri kann x-y-, Kontur- und Bildgraphen erzeugen. Alle Aspekte des Zeichnens, z.B. Linienbreiten, Farben, Schriftarten, sind fein zu steuern. Griechische Buchstaben und mathematische Symbole sind über eine TeX ähnelnde Syntax verfügbar.

Auch Menschen, welche Gri-Skripte mit 1000 Zeilen schreiben, haben einmal klein angefangen, wie mit dem folgenden:

  open file.dat        # öffnet eine Datei
  read columns x * y   # liest die 1. Spalte als x und die 3. als y
  draw curve           # zeichnet die Daten mit automatisch skalierten
                       # Achsen

Ein vollständiges Handbuch ist auch in HTML (Paket gri-html-doc), zum Drucken geeignet in PDF (Paket gri-pdf-doc) und Online auf der Gri-Homepage verfügbar:

  http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion ist ein modular aufgebautes Programm zur Visualisierung und Analyse von Daten der Rastersondenmikroskopie (Scanning Probe Microscopy - SPM). Es ist vor allem zur Analyse von Höhenfelddaten gedacht, welche durch Mikroskopietechniken wie

• Rasterkraftmikroskopie (Atomic Force Microscopy - AFM),
• Magnetkraftmikroskopie (Magnetic Force Microscopy - MFM),
• Rastertunnelmikroskopie (Scanning Tunneling Microscopy - STM),
• Optische Rasternahfeldmikroskopie (Near-field Scanning Optical Microscopy - SNOM oder NSOM) oder andere erhalten wurden. Es kann jedoch zur Analyse beliebiger Höhenfeld- und Bilddaten genutzt werden.

Dieses Paket beinhaltet das Hauptprogramm und seine Module. Es umfasst außerdem ein Programm für GNOME (und Xfce), welches Vorschauansichten für alle Gwyddion bekannten Dateitypen erstellt.

IFRIT (Ionization FRont Interactive Tool) hat seine Ursprünge (und daher auch den Namen) in einem spezialisierten Werkzeug zur Darstellung von Ionisationsfronten in kosmologischen numerischen Simulationen. IFRIT hat allerdings seine Ursprünge hinter sich gelassen und kann nun auch beliebige Datensätze darstellen.

IFRIT wurde in C++ geschrieben und basiert auf zwei aktuellen Werkzeugsätzen: dem Visualization ToolKit (VTK) und QT, einem Werkzeugsatz für grafische Oberflächen.

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

Imview ist eine Anwendung, die

• eine große Zahl von Bildformaten anzeigen kann.
• 2D- oder 3D-Bilder (als Querschnitte) mit guten Zoom- und Pan-Eigenschaften anzeigen kann.
• mit multispektralen, Zeitfolge- oder Mehrseitendokumenten (beispielsweise Satellitenbilder, TIFF-Stapel, animierte GIFs und heterogene Mehrkomponentendateien) arbeitet.
• alle Arten von Pixeltypen anzeigt. (1- bis 64-Bit-Daten, Ganzzahl- oder Fließkommaformat).
• frei wählbare, eindimensionale Profile von zweidimensionalen Bildern anzeigen kann. (Alternativ 2D-Querschnitte von 3D-Bildern).
• Unterstützung für frei wählbare Farbpaletten für alle Pixeltypen bietet (z.B. Fehlfarbanzeige).
• Standard-Bildbearbeitungswerkzeuge hat (Helligkeit/Kontrast, Gamma, Zoom, Beschneidung, Rotation, usw.).
• via Sockets und Konsolenbefehlen ferngesteuert werden kann. (Dies erleichtert die Integration in diverse Bildanalysesysteme.)
• Bilder via Sockets oder Shared Memory in Imview laden kann.
• noch vieles mehr bietet!

Kst ist ein schnelles Echtzeitwerkzeug zum Sichten und Plotten großer Datensätze. Es verfügt über grundlegende Funktionen zur Datenanalyse, enthält viele leistungsstarke integrierte Funktionen und ist mit Plugins erweiterbar.

Spectromicroscopy combines spectral data with microscopy, where typical datasets consist of a stack of microscopic images taken across an energy range. Due to the data complexity, manual analysis can be time consuming and inefficient, whereas multivariate analysis tools not only reduce the time needed but also can uncover hidden trends in the data.

Mantis is Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy developed in Python by 2nd Look Consulting. It uses principal component analysis and cluster analysis to classify pixels according to spectral similarity.

MayaVi2 ist ein plattformübergreifendes Werkzeug zur 2D- und 3D-Visualisierung wissenschaftlicher Daten. Die Merkmale:

• Visualisierung von skalaren, vektoriellen und Tensor-Daten in 2 und 3 Dimensionen
• Einfache Skriptmöglichkeit mittels Python
• Einfache Erweiterung mittels externer Quellen, Module und Datenfilter
• Liest einige Datenformate: VTK (alt und XML), PLOT3D, usw.
• Speichert Visualisierungen
• Speichert berechnete Bilder in mehreren Bildformaten.

MayaVi2 wurde hinsichtlich Skriptschnittstelle und Erweiterbarkeit konzipiert. Während die Anwendung MayaVi2 an sich schon einsetzbar ist, kann sie auch als ein Envisage-Plugin verwendet werden, was die direkte Integration in Benutzerprogramme ermöglicht. Alternativ kann sie auch als Visualisierungs-Engine für beliebige Anwendungen verwendet werden.

Dieses Paket stellt auch eine Hülle für VTK-Objekte bereit (TVTK), um eine komfortable Python-API zu liefern, wobei Traits-Attribute und NumPy/SciPy-Arrays unterstützt werden. TVTK ist - bis auf ein kleines Erweiterungsmodul - in reinem Python implementiert.

Dieses Metapaket installiert Debian-Pakete, die für bildgebende Verfahren und Visualisierungen in der Medizin nützlich sein können.

Auf der einen Seite installiert es mehrere Pakete, die verschiedene Bilddatei-Formate und die Bildverwaltung unterstützen, wie DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine), den de-facto-Standard für das medizinische Bildmanagement und NIFTI. Auf der anderen Seite bietet es eine Vielzahl von Softwarepaketen, die zur Visualisierung und zur Bildverarbeitung genutzt werden können - entweder über eine grafische Benutzeroberfläche, per Kommandozeile oder als Workflows implementiert.

OVITO is a visualization and analysis software for atomistic simulation data. Being a single integrated application it covers both the analysis and the visualization of large-scale atomistic datasets produced by molecular dynamics/statics and Monte-Carlo simulation codes. Its name is an acronym for Open Visualization Tool, emphasizing that the software has been designed with flexibility and extensibility in mind.

ParaView ist eine quelloffene, Multi-Plattform-Anwendung, konzipiert um Datensätze unterschiedlichster Größe zu visualisieren. Die Ziele des ParaView-Projekts:

* Entwickle eine quelloffene, Multi-Plattform-Visualisierungsanwendung.
* Unterstütze verteilt berechnete Modelle, um große Datensätze zu
  verarbeiten.
* Erstelle eine offene, flexible und intuitive Benutzerschnittstelle.
* Entwickele eine erweiterbare Architektur, basierend auf offenen
  Standards.

ParaView läuft auf verteiltem (distributed) und geteiltem (shared) Speicher parallel ebenso wie auf Einzelprozessorsystemen und wurde erfolgreich unter Windows, MacOS X, Linux und verschiedenen Unix-Arbeitsstationen, Rechner-Clustern und Supercomputern getestet. Unter der Haube gesehen verwendet ParaView das Visualization Toolkit als Datenverarbeitungs- und Render-Maschine, und hat eine in Qt programmierte Benutzerschnittstelle.

PDL gives standard perl the ability to COMPACTLY store and SPEEDILY manipulate the large N-dimensional data arrays which are the bread and butter of scientific computing. The idea is to turn perl in to a free, array-oriented, numerical language in the same sense as commercial packages like IDL and MatLab. One can write simple perl expressions to manipulate entire numerical arrays all at once. For example, using PDL the perl variable $a can hold a 1024x1024 floating point image, it only takes 4Mb of memory to store it and expressions like $a=sqrt($a)+2 would manipulate the whole image in a few seconds.

A simple interactive shell (perldl) is provided for command line use together with a module (PDL) for use in perl scripts.

PlotDrop is designed for quick simple visualisation of 2D data series. It is intended to be used in tandem with an external filesystem browser such as GNOME's nautilus or KDE's konqueror. Files containing data are added by dragging them from the browser to the file list.

APLpy is a Python module aimed at producing publication-quality plots of astronomical imaging data in FITS format. The module uses Matplotlib, a powerful and interactive plotting package. It is capable of creating output files in several graphical formats, including EPS, PDF, PS, PNG, and SVG.

AstroML is a Python 3 module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

AstroML is a Python module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

This package contains the performance add-ons of the Python 3 version of the package.

The astropy package contains core functionality and some common tools needed for performing astronomy and astrophysics research with Python. It can be extended by a number of "affiliated packages" that are intended to work with the core package.

Cartopy is a Python package designed to make drawing maps for data analysis and visualisation easy.

It features:

• object oriented projection definitions
• point, line, polygon and image transformations between projections
• integration to expose advanced mapping in matplotlib with a simple and intuitive interface
• powerful vector data handling by integrating shapefile reading with Shapely capabilities

This package provides the Python 3 library.

This module can list, configure and execute CPL-based recipes from Python3. The input, calibration and output data can be specified as FITS files or as astropy fits objects in memory.

The Common Pipeline Library (CPL) comprises a set of ISO-C libraries that provide a comprehensive, efficient and robust software toolkit. It forms a basis for the creation of automated astronomical data-reduction tasks.

One of the features provided by the CPL is the ability to create data-reduction algorithms that run as plugins (dynamic libraries). These are called "recipes" and are one of the main aspects of the CPL data-reduction development environment.

Fitsio provides an easy to use object-oriented API including providing a Numpy interface to FITS files read from CFITSIO. It allows direct access to the columns of a FITS binary table which can be useful for reading large fits files. Compared to astropy.io.fits, this package is closer to the underlying cfitsio library.

Fitsio also exposes a microlanguage (implemented in CFITSIO) for making efficient SQL-like queries of tables (single tables only though–no joins or anything like that).

Gammapy is an in-development affiliated package of Astropy that builds on the core scientific Python stack to provide tools to simulate and analyse the gamma-ray sky for telescopes such as CTA, H.E.S.S., VERITAS, MAGIC, HAWC and Fermi-LAT.

GNU Data Language (GDL) is a free IDL (Interactive Data Language) compatible incremental compiler. It has full syntax compatibility with IDL 7.1. IDL is a registered trademark of ITT Visual Information Solutions. From IDL 8.0, the following language elements are supported:

• FOREACH loop
• negative array indices
• garbage collection pointers and objects
• call methods on an object using "." (e. g. object.aMemberProcedure,arg1)

The file input output system is fully implemented. GUI support (widgets) is officially provided, but it's not complete yet.

This package contains the Python library/interface.

Das Python-Modul Gnuplot.py koppelt sich an das beliebte Plot-Programm gnuplot an. Mit ihm können Sie gnuplot aus Python heraus für das Plotten von Datenfeldern, von Daten aus Speicher, Dateien oder aus mathematischen Funktionen verwenden. Falls Sie Python für Berechnungen oder als »Leim« zu numerischen Programmen verwenden, können Sie dieses Modul benutzen, um während der Berechnung der Daten (on-the-fly) diese auch zu plotten. Die Kombination mit Python vereinfacht die Automatisierung dieser Aufgaben. Sie können sogar durch das Nacheinanderplotten verschiedener Datensätze Pseudo-Animationen erzeugen.

The guiqwt Python library provides efficient 2D data-plotting features (curve/image visualization and related tools) for signal/image processing application development and interactive computing. It's based on the scientific modules NumPy and SciPy, and the PyQwt plotting widgets for PyQt4 graphical user interfaces.

This is the Python 3 version of the package.

HyperSpy is an open source Python library for the interactive analysis of multidimensional datasets that can be described as multidimensional arrays of a given signal (for example, a 2D array of spectra, also known as a spectrum image).

HyperSpy makes it straightforward to apply analytical procedures that operate on an individual signal to multidimensional arrays, as well as providing easy access to analytical tools that exploit the multidimensionality of the dataset.

Its modular structure makes it easy to add features to analyze many different types of signals.

Imexam is an affiliated package of AstroPy. It was designed to be a lightweight library which enables users to explore data using common methods which are consistent across viewers. It can be used from a command line interface, through a Jupyter notebook or through a Jupyter console. It can be used with multiple viewers, such as DS9 or Ginga, or without a viewer as a simple library to make plots and grab quick photometry information.

MoviePy is a Python library for video editing: cutting, concatenations, title insertions, video compositing (a.k.a. non-linear editing), video processing, and creation of custom effects.

Fast, interactive, multi-dimensional image viewer for Python. It's designed for browsing, annotating, and analyzing large multi-dimensional images. It's built on top of Qt (for the GUI), vispy (for performant GPU-based rendering), and the scientific Python stack (numpy, scipy).

Python-Paket zum Analysieren, Lesen und Schreiben von Microsoft-OLE2-Dateien. (OLE2 wird auch als Structured Storage, Compound File Binary Format oder Compound Document File Format bezeichnet). Dazu gehören Microsoft-Office-97-2003-Dokumente, vbaProject.bin in MS-Office-2007+-Dateien, Image-Composer- und FlashPix-Dateien, Outlook-MSG-Dateien, StickyNotes, mehrere Mikroskopie-Dateiformate, Quarantänedateien von McAfee Antivirus, etc.

Photutils contains functions for:

• estimating the background and background rms in astronomical images
• detecting sources in astronomical images
• estimating morphological parameters of those sources (e.g., centroid and shape parameters)
• performing aperture and PSF photometry

This package contains the Python 3 version of the package.

PyQtGraph is a pure-python graphics and GUI library built on PyQt4 and numpy. It is intended for use in mathematics / scientific / engineering applications. Despite being written entirely in Python, the library is very fast due to its heavy leverage of numpy for number crunching and Qt's GraphicsView framework for fast display.

This is the Python 3 version of the package.

Seaborn is a library for making attractive and informative statistical graphics in Python. It is built on top of matplotlib and tightly integrated with the PyData stack, including support for numpy and pandas data structures and statistical routines from scipy and statsmodels.

Some of the features that seaborn offers are

• Several built-in themes that improve on the default matplotlib aesthetics
• Tools for choosing color palettes to make beautiful plots that reveal patterns in your data
• Functions for visualizing univariate and bivariate distributions or for comparing them between subsets of data
• Tools that fit and visualize linear regression models for different kinds of independent and dependent variables
• A function to plot statistical timeseries data with flexible estimation and representation of uncertainty around the estimate
• High-level abstractions for structuring grids of plots that let you easily build complex visualizations

This is the Python 3 version of the package.

scikit-image is a collection of image processing algorithms for Python. It performs tasks such as image loading, filtering, morphology, segmentation, color conversions, and transformations.

This package provides the Python 3 module.

The specutils package implements base classes and utilities for interacting with astronomical spectra in Python and the Astropy project. It is intended for eventual merger with the astropy package, but for now is being developed independently.

Vispy is a high-performance interactive 2D/3D data visualization library.

Vispy leverages the computational power of modern Graphics Processing Units (GPUs) through the OpenGL library to display very large datasets.

This package provides VisPy for the Python 3 interpreter.

WCSAxes is a framework for making plots of Astronomical data in Matplotlib. It is affiliated with the Astropy project and is intended for inclusion in the Astropy package once stable.

This package contains the Python 3 version of the package.

Willow is a simple image library that combines the APIs of Pillow, Wand and OpenCV. It converts the image between the libraries when necessary.

Willow currently has basic resize and crop operations, face and feature detection and animated GIF support. New operations and library integrations can also be easily implemented.

Qtiplot ist eine vollständige Plotsoftware. Sie ähnelt dem Programm Origin der Firma OriginLab. (Unter http://www.originlab.com finden Sie weitere Informationen über Origin.)

Die Software kann zwei- und dreidimensionale, veröffentlichungsreife Plots von Datensätzen und Funktionen erzeugen. Es können Näherungsfunktionen gefunden werden, sowohl nichtlinear als auch an/für mehrere Spitzen.

Einige Möglichkeiten:

• plattformübergreifend: Qtiplot funktioniert nativ auf Rechnern mit Windows, Mac OS X und Linux/Unix
• vollständig durch Python-Skripte steuerbar
• 3D-Plots mit OpenGL
• publikationsfähige Plots und einfacher Export in verschiedene Bildformate (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, etc.)
• einfache Zusammenarbeit mit dem Satzsystem LaTeX
• leistungsfähige und vielfältige Arbeitsblätter und Berechnungen in Spalten-Logik sowie einfacher Import/Export von mehreren Dateien
• Zugriff auf umfangreiche eingebaute Datenanalye-Routinen mit einem Klick
• fortgeschrittene statistische Analysen: t-Test, Varianzanalyse, Chi-Quadrat-Test für Varianz, Signifikanztest (Shapiro-Wilk-Test)
• lineare und nichtlineare Kurvenanpassung mit Gewichtung und Schätzung der statistischen Fehler der ermittelten Parameter
• Anpassung an mehrere Peaks
• Werkzeuge für Bildanalysen
• Unterstützung von Vorlagen: alle Einstellungen für Plots, Tabellen und Matrizen können in ASCII-Dateien gespeichert und später wieder geladen werden.
• verzeichnisbasierte Projektdateien und ein mächtiger Projekt-Explorer mit eingebautem Drag-and-Drop und Suchmöglichkeiten
• kompletter Import von Excel-Arbeitsbüchern und ODF-Arbeitsblättern (Open Document Format), dBase-, SQLite- sowie Microsoft-Access-Datenbanken

RasMol ist ein Grafikprogramm zur Moleküldarstellung, das die dreidimensionale Anordnung von Proteinen, Nukleinsäuren und beliebigen kleinen Molekülen visualisiert. Hierbei wird auf die Verwendbarkeit in der Forschung und Lehre Wert gelegt und auch auf eine druckreife Qualität der Darstellungen.

Das Programm liest eine Datei mit Koordinaten ein und zeigt das Molekül interaktiv am Bildschirm an, mit der Möglichkeit zur Veränderung von Farben und der Gestalt der Atome. Derzeit verfügbare Abbildungen sind »depth-cued«-Drahtmodelle, »Dreiding«-Sticks, raumfüllende (CPK-)Kugeln, Stäbchenmodell, sekundäre Strukturen wie Faltblätter und Helices, Atombeschriftungen und Punktoberflächen.

Unterstützt werden Dateien aus der Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy und Sybyl-Mol2-Formate, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-Dateiformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ- (XMol-)Format, CHARMm-Format, CIF-Format und mmCIF formatierte Dateien.

Dieses Paket installiert zwei Versionen von RasMol, rasmol-gtk hat eine moderne GTK-basierte Bedienoberfläche und rasmol-classic die Xlib-GUI.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion provides the serial and parallel (MPI) command-line tools without CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui provides the graphical user interface without CUDA/GPU support.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the command-line tool.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the ImageJ plugin.

Veusz is a 2D and 3D scientific plotting and graphing package, designed to produce publication-ready PDF, SVG, Postscript and bitmap output. Veusz provides a GUI, command line and scripting interface (based on Python) to its plotting facilities. The plots are built using an object-based system to provide a consistent interface.

This package includes the main executable, documentation and examples.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-cuda provides the serial and parallel (MPI) command-line tools with CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui-cuda provides the graphical user interface with CUDA/GPU support.