PAN Blend imaging packages

Ce programme fournit une interface graphique pour l'analyse scientifique de données de point de valeurs réelles (valeurs x, y, z). Il a pour cible principalement les applications de sondes atomiques tomographiques mais peut être utile à d'autres applications.

Ce métapaquet installe des environnements d'analyse de données astronomiques de grande taille, qui fournissent en général leur propre langage de script. Il est à noter que Gnu Data Language possède son propre métapaquet, astro-gdl, IRAF est dans astro-iraf et le cadriciel Astropy est dans le métapaquet astro-python3.

GDL (« GNU Data Language ») est un remplaçant libre du logiciel commercial IDL (« Interactive Data Language »). Il est entièrement compatible avec la syntaxe IDL 7.1 et est utilisable pour l'analyse de données astronomiques. Ce métapaquet installe les paquets liés à l'astronomie utilisables avec GDL et en particulier la bibliothèque « IDL Astronomy Users Library ».

Ce métapaquet installe les paquets Python 3 pour l'astronomie. Les paquets peuvent être utilisés pour l'analyse interactive ou pour créer des programmes spécifiques.

Le paquet astropy fournit des fonctionnalités centrales et quelques outils communs nécessaires à la conduite de recherches en astronomie et en astrophysique avec Python.

Ce paquet fournit les outils livrés avec astropy :

 − fitscheck : détecte et corrige les violations des standards FITS ;
 − fits2bitmap : crée un fichier bitmap à partir d'une image FITS ;
 − fitsdiff : compare deux fichiers image FITS et rapporte leurs
   différences dans les mots-clés en en-tête et les données ;
 − fitsheader : affiche le(s) en-tête(s) d'un ou plusieurs fichiers sur la
   sortie standard dans un format lisible par un humain ;
 − samp_hub : serveur SAMP Hub ;
 − volint : vérifie qu'un fichier VOTable respecte la spécification
   VOTable ;
 − wcslint : vérifie que les mots-clés WCS d'un fichier FITS respectent
   les standards.

The presented ParaView plugin allows easy access to the algorithm described in Ref 1. It enables analysis of faceted objects that exhibit distortions in their digital representation, e.g. due to tomographic reconstruction artifacts. The contributed functionality can also be used outside ParaView in e.g. command-line programs. The code, data, a test and an example program are included.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

g3data est utilisé pour extraire des données de graphiques. Par exemple, des graphiques sont généralement publiés dans des journaux scientifiques sans les tables de données. g3data effectue la tâche d'extraire ces données facilement.

Giza is a lightweight scientific plotting library built on top of cairo that provides uniform output to multiple devices. Giza also provides a mostly compatible, modern replacement for the PGPLOT graphics library.

This package contains the development files.

Gmsh est un générateur de grille 3D d'éléments finis, muni d'un moteur de CAD intégré et d’un post-processeur. Il a été conçu pour fournir un outil de maillage, rapide léger et facile à utiliser avec des entrées paramétriques et des capacités avancées de visualisation. Gmsh est construit autour de quatre modules : géométrie, maillage, solveur et post-processeur. La spécification d'une donnée à ces modules est faite soit de manière interactive en utilisant l'interface utilisateur graphique, soit dans des fichiers texte en ASCII utilisant le langage de script propre à Gmsh.

Consultez le manuel de référence de Gmsh pour une vue d'ensemble plus complète des possibilités offertes par Gmsh.

GNU Data Language (GDL) est un compilateur incrémental libre compatible avec IDL (Interactive Data Language). Sa syntaxe est entièrement compatible avec IDL 7.1. IDL est une marque déposée d’ITT Visual Information Solutions. À partir de IDL 8.0, les éléments de langage suivants sont pris en charge :

 — boucle FOREACH ;
 — indices de tableau négatifs ;
 — ramasse-miettes pour les pointeurs et objets ;
 — méthodes d’appel sur des objets en utilisant « . » (par exemple,
   `object.aMemberProcedure,arg1`).

Le système d’entrée et sortie de fichiers est complètement implémenté. La prise en charge de l’interface graphique (composants graphiques) est officiellement fournie, mais pas encore finie.

Ce paquet fournit le frontal de l’interpréteur en ligne de commande.

Gnuplot est un utilitaire de tracé de données et de fonctions en ligne de commande qui prend en charge de nombreux formats de sortie, dont les pilotes pour de nombreuses imprimantes, (La)Tex, (x)fig, Postscript, etc. La version X11 est empaquetée dans gnuplot-x11.

Les fichiers de données et les fonctions définies par l'utilisateur peuvent être manipulés avec le langage interne de gnuplot (type langage C). Gnuplot peut effectuer des lissages, des régressions linéaires ou non linéaires (par splines notamment) et peut travailler avec les nombres complexes.

Ce métapaquet permet d’installer gnuplot avec toutes ses possibilités (-qt, -x11 ou -nox).

La bibliothèque gphoto2 est utilisée par des applications pour accéder à une grande variété de modèles d'appareils photo numériques, à l’aide des protocoles standards comme l'USB Mass Storage et PTP, ou à l’aide des protocoles propres aux fabricants.

Ce paquet fournit le frontal de gphoto2 en ligne de commande.

Grace est un outil de pointage-cliquage permettant à l’utilisateur de dessiner des graphiques X-Y. Il s’agit du programme précédemment connu comme Xmgr.

Quelques-unes de ses caractéristiques sont : mise à l’échelle définie par l’utilisateur, marques de graduation, étiquettes, symboles, styles de ligne, couleurs, régression polynomiale, cerces (spline), moyenne mobile, transformation de Fourier discrète et rapide, corrélation croisée ou automatique, traitement par lots pour un tracé automatique et prise en charge de l’impression pour PostScript, FrameMaker et plusieurs formats d’image.

Le dessin de graphes aborde le problème de la visualisation d'informations structurées par la construction de représentations géométriques de schémas abstraits et de réseaux. La génération automatique de graphes a d'importantes applications dans certaines technologies clés comme la conception de base de données, l'ingénierie logicielle, la conception VLSI et réseau ou encore les interfaces graphiques, dans d'autres domaines. Les situations dans lesquelles ces outils peuvent être particulièrement utiles sont :

- Vous voulez restructurer un programme, mais vous devez d'abord comprendre les relations entre types, procédures et fichiers source ; - Vous devez identifier les goulets d'étranglement dans une dorsale Internet - les liens individuels et leurs relations ; - Vous devez déboguer un protocole ou une micro-architecture représentée par une machine à états finis et vous avez besoin de comprendre comment certains états d'erreur se produisent ; - Vous voulez naviguer dans un schéma de base de données, une base de connaissances, ou un programme distribué représentés graphiquement ; - Vous voulez avoir une représentation graphique d'un ensemble de documents liés ; - Vous voulez découvrir des types et des centres d'intérêts communs dans une base de données d'appels téléphoniques ou de messages électroniques.

Ce paquet contient les outils en ligne de commande.

Gri est un langage libre pour la programmation de graphiques scientifiques. Il est piloté en ligne de commande, à l’opposé du pointer/cliquer. Certains utilisateurs considèrent que Gri est similaire à LaTeX puisque les deux sont extrêmement puissants, et récompensent le fait d’endurer une phase d'apprentissage. La sortie est conforme au standard PostScript professionnel et adaptée pour l'inclusion dans d'autres documents.

Gri peut générer des graphiques x-y, des tracés ou des images. Un contrôle fin est fourni sur tous les aspects du dessin, par exemple les largeurs de ligne, les couleurs, les fontes, etc. Les lettres grecques et les symboles mathématiques sont disponibles en utilisant une syntaxe qui ressemble à celle de TeX.

Ceux qui écrivent des scripts Gri de 1000 lignes commencent habituellement avec quelque chose d'aussi simple que :

 open file.dat       # ouverture d’un fichier
 read columns x * y  # lecture de 1ère colonne en tant que x et la 3ème en
                     # tant que y
 draw curve          # tracé des données et mise à l’échelle automatique
                     # des axes

Un manuel complet est disponible au format HTML (paquet gri-html-doc), au format PDF adéquat pour l'impression (paquet gri-pdf-doc) et sur le web en suivant les liens à la page d’accueil de Gri : http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion est un programme modulaire pour la visualisation et l’analyse des données de microscopie à sonde locale (SPM – Scanning Probe Microscopy). Il est principalement conçu pour l’analyse des données du champ de hauteur obtenues par des techniques telles que (entre autres) :

 – le microscope à force atomique (AFM – Atomic Force Microscopy) ;
 – le microscope à force magnétique (MFM – Magnetic Force Microscopy) ;
 – le microscope à effet tunnel (STM – Scanning Tunneling Microscopy) ;
 – le microscope optique en champ proche (SNOM ou NSOM – Near-field
   Scanning Optical Microscopy).
Il peut aussi être utilisé pour n’importe quelle analyse de champ de

hauteur et d’image.

Ce paquet fournit l'application principale et ses modules. Il contient également un générateur d'aperçu pour GNOME (et Xfce) permettant de créer des aperçus pour tous les types de fichier pris en charge par Gwyddion.

IFRIT (Ionization FRont Interactive Tool, outil interactif pour front d’ionisation) tire ses origines (et donc son nom) d’un utilitaire spécialement conçu pour visualiser les fronts d’ionisation dans les simulations numériques cosmologiques. IFRIT a depuis outrepassé son but originel et peut maintenant visualiser des ensembles divers de données.

IFRIT est écrit en C++ et utilise deux boîtes à outils performantes : VTK (boîte à outils pour visualisation) et Qt (boîte à outils pour interface graphique).

Ce programme peut afficher, éditer, analyser, traiter, enregistrer et imprimer des images 8, 16 et 32 bits. Il peut lire de nombreux formats d'image, dont TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS et RAW. Il prend en charge les « stacks », une série d'images partageant une même fenêtre.

ImageJ peut calculer des statistiques de zones et pixels à partir de sélections de l'utilisateur. Il peut mesurer les distances et les angles. Il peut créer des histogrammes de densité et des affichages de profils linéaires. Il prend en charge les fonctions standard de traitement d'images telles que la manipulation du contraste, l'accentuation, l'adoucissement, la détection d'arêtes et le filtrage médian.

La calibration spatiale est disponible pour fournir des mesures de dimensions réelles dans des unités comme le millimètre. La calibration de la densité ou des niveaux de gris est également disponible.

ImageJ est développé par Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) dans la Research Services Branch du National Institute of Mental Health à Bethesda, Maryland, USA.

Imview est une application qui :

• affiche un grand nombre de formats d'images ;
• affiche des images 2D ou 3D (en tranches) avec une fonctionalité de zoom ;
• fonctionne pour des documents multi-spectre, animés ou multi-pages (par exemple : images satellites, piles TIFF, GIFs animés et fichiers multi-composants hétérogènes) ;
• affiche tous les types de pixels (données entières ou en virgule flottante, codées sur 1 à 64 bits) ;
• permet d'afficher des profils 1D quelconques d'images 2D (ou des tranches 2D d'images 3D) ;
• supporte des cartes de couleurs quelconques pour tous types de pixels (i.e. : affichage en fausses couleurs) ;
• fournit les outils classiques de manipulation d'images (luminosité/contraste, correction gamma, zoom, retaillage, rotation, etc.) ;
• peut être contrôlé à distance à travers des sockets ou des commandes texte (ce qui permet de l'intégrer facilement dans différents systèmes d'analyse d'images) ;
• peut charger les images depuis une socket ou un espace de mémoire partagée ;
• et bien plus encore !

Kst est un outil de tracé et de visualisation, rapide et en temps réel, de grands ensembles de données. Il possède les fonctionnalités basiques d’analyse de données, beaucoup de fonctions internes puissantes et est extensible avec des greffons ou des extensions.

Spectromicroscopy combines spectral data with microscopy, where typical datasets consist of a stack of microscopic images taken across an energy range. Due to the data complexity, manual analysis can be time consuming and inefficient, whereas multivariate analysis tools not only reduce the time needed but also can uncover hidden trends in the data.

Mantis is Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy developed in Python by 2nd Look Consulting. It uses principal component analysis and cluster analysis to classify pixels according to spectral similarity.

MayaVi2 est un outil multiplateformes de visualisation de donnée scientifiques 2D et 3D. Ses fonctionnalités incluent :

• Visualisation de données scalaires, en vecteur et de tenseur en 2 et 3 dimensions
• Scriptabilité simple en Python
• Extensitivé simple via des sources personnalisée, des modules et des filtres de données
• lecture de divers formats de fichiers : VTK (de base et XML), PLOT3D, etc.
• Enregistrement des visualisations
• Enregistrement des visualisations affichées dans divers formats d'image.

MayaVi2 a été conçu pour être scriptable et extensible. Si vous pouvez utiliser l'application mayavi2 elle-même, vous pouvez l'utiliser comme greffon Envisage, ce qui vous permet de l'embarquer nativement dans des applications utilisateur. Vous pouvez aussi l'utiliser comme un moteur de

 visualisation pour une application.

Ce paquet fournit également TVTK, qui englobe des objets VTK pour offrir une API pratique et en Python, tout en supportant les attributs Traits et les palettes NumPy/SciPy. TVTK est en général implémenté en pur Python, sauf pour un petit module complémentaire.

Ce métapaquet installera les paquets Debian qui peuvent être utiles dans le cadre du traitement et de la visualisation d'images médicales.

D’une part, il installe plusieurs paquets prenant en charge divers formats de fichier d’image, comme DICOM (« Digital Imaging and Communications in Medecine ») qui est le standard de facto pour la gestion d'images médicales, ou NIFTI. D’autre part, il fournit divers paquets logiciels pouvant être utilisés pour la visualisation et le traitement d’images, soit à partir d’une interface graphique, de la ligne de commande ou implantées dans un flux de travail.

OVITO is a visualization and analysis software for atomistic simulation data. Being a single integrated application it covers both the analysis and the visualization of large-scale atomistic datasets produced by molecular dynamics/statics and Monte-Carlo simulation codes. Its name is an acronym for Open Visualization Tool, emphasizing that the software has been designed with flexibility and extensibility in mind.

ParaView est une application multi-plateforme au code source ouvert conçue pour visualiser des ensembles de données allant du plus petit au plus grand. Les buts du projet ParaView incluent les éléments suivants :

 – développer une application de visualisation, multi-plateforme et au code
   source ouvert ;
 – prendre en charge les modèles de calcul distribué pour traiter de grands
   ensembles de données ;
 – créer une interface pour l’utilisateur libre, adaptable et intuitive ;
 – développer une architecture extensible basée sur les normes ouvertes.

ParaView s’exécute aussi bien sur des systèmes distribués avec partage de mémoire que sur des systèmes avec processeur unique, et a été testé avec succès sur Windows, Mac OS X, Linux et sur diverses stations de travail Unix, des grappes et des supercalculateurs. Sous le capot, ParaView utilise la boîte à outils de visualisation « Visualization Toolkit » pour le traitement des données et le moteur de rendu et possède une interface écrite en Qt.

PDL (Perl Data Language — « langage de données Perl ») donne au Perl standard la possibilité de stocker d'une manière COMPACTE et de manipuler RAPIDEMENT des grands tableaux de données à N dimensions qui sont les bases du calcul scientifique. L'idée est de faire de Perl un langage de calcul numérique, libre, orienté sur les tableaux de la même manière que les paquets commerciaux comme IDL et MatLab. Il est possible d'écrire des expressions en Perl simples pour manipuler des tableaux numériques complets en une fois. Par exemple, en utilisant PDL, la variable de Perl $a peut contenir une image 1024x1024 en virgule flottante, en ne prenant que 4 Mo de mémoire et des expressions comme $a=sqrt($a)+2 manipulent l'image en quelques secondes.

Un interpréteur de commandes interactif simple (perldl) est fourni pour une utilisation en ligne de commande ainsi qu'un module (PDL) pour l'utilisation dans les scripts en Perl.

PlotDrop est conçu pour la visualisation simple et rapide de séries de données 2D. Il est destiné à être utilisé en tandem avec un explorateur de fichiers externe comme Nautilus de GNOME ou Konqueror de KDE. Les fichiers contenant des données sont ajoutés à la liste de fichiers en les glissant depuis l'explorateur.

APLpy is a Python module aimed at producing publication-quality plots of astronomical imaging data in FITS format. The module uses Matplotlib, a powerful and interactive plotting package. It is capable of creating output files in several graphical formats, including EPS, PDF, PS, PNG, and SVG.

AstroML is a Python 3 module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

AstroML is a Python module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

This package contains the performance add-ons of the Python 3 version of the package.

The astropy package contains core functionality and some common tools needed for performing astronomy and astrophysics research with Python. It can be extended by a number of "affiliated packages" that are intended to work with the core package.

Cartopy is a Python package designed to make drawing maps for data analysis and visualisation easy.

It features:

• object oriented projection definitions
• point, line, polygon and image transformations between projections
• integration to expose advanced mapping in matplotlib with a simple and intuitive interface
• powerful vector data handling by integrating shapefile reading with Shapely capabilities

This package provides the Python 3 library.

This module can list, configure and execute CPL-based recipes from Python3. The input, calibration and output data can be specified as FITS files or as astropy fits objects in memory.

The Common Pipeline Library (CPL) comprises a set of ISO-C libraries that provide a comprehensive, efficient and robust software toolkit. It forms a basis for the creation of automated astronomical data-reduction tasks.

One of the features provided by the CPL is the ability to create data-reduction algorithms that run as plugins (dynamic libraries). These are called "recipes" and are one of the main aspects of the CPL data-reduction development environment.

Fitsio fournit une API conviviale orientée objet incluant une interface Numpy pour la lecture de fichiers FITS de CFITSIO. Elle permet un accès direct aux colonnes de la table binaire FITS qui peut être utile lors de la lecture de très gros fichiers fits. Comparé à astropy.io.fits, ce paquet est plus proche de la bibliothèque cfitsio sous-jacente.

Fitsio expose aussi un microlangage (implémenté dans CFITSIO) pour des requêtes efficaces de type SQL dans des tables (seulement une unique table, mais pas de « join » ou de choses du même genre).

Gammapy is an in-development affiliated package of Astropy that builds on the core scientific Python stack to provide tools to simulate and analyse the gamma-ray sky for telescopes such as CTA, H.E.S.S., VERITAS, MAGIC, HAWC and Fermi-LAT.

GNU Data Language (GDL) est un compilateur incrémental libre compatible avec IDL (Interactive Data Language). Sa syntaxe est entièrement compatible avec IDL 7.1. IDL est une marque déposée d’ITT Visual Information Solutions. À partir de IDL 8.0, les éléments de langage suivants sont pris en charge :

 — boucle FOREACH ;
 — indices de tableau négatifs ;
 — ramasse-miettes pour les pointeurs et objets ;
 — méthodes d’appel sur des objets en utilisant « . » (par exemple,
   `object.aMemberProcedure,arg1`).

Le système d’entrée et sortie de fichiers est complètement implémenté. La prise en charge de l’interface graphique (composants graphiques) est officiellement fournie, mais pas encore finie.

Ce paquet fournit la bibliothèque/interface de Python.

Gnuplot.py est un module Python qui s'interface avec Gnuplot, le programme de tracé de courbes populaire. Il vous permet d'utiliser gnuplot depuis Python sur des tableaux de données situés en mémoire, des fichiers de données ou des fonctions mathématiques. Si vous utilisez Python pour effectuer des calculs ou comme « colle » pour les programmes numériques, vous pouvez utiliser ce module pour dessiner des données au fur et à mesure de leur calcul. Et la combinaison avec Python rend facile l'automatisation des choses, y compris la création « d'animations » brutes en dessinant les différents jeux de données les uns après les autres.

The guiqwt Python library provides efficient 2D data-plotting features (curve/image visualization and related tools) for signal/image processing application development and interactive computing. It's based on the scientific modules NumPy and SciPy, and the PyQwt plotting widgets for PyQt4 graphical user interfaces.

This is the Python 3 version of the package.

HyperSpy is an open source Python library for the interactive analysis of multidimensional datasets that can be described as multidimensional arrays of a given signal (for example, a 2D array of spectra, also known as a spectrum image).

HyperSpy makes it straightforward to apply analytical procedures that operate on an individual signal to multidimensional arrays, as well as providing easy access to analytical tools that exploit the multidimensionality of the dataset.

Its modular structure makes it easy to add features to analyze many different types of signals.

Imexam est un paquet associé à AstroPy. Il a été conçu pour être une bibliothèque légère qui permet d’explorer des données en utilisant des méthodes courantes qui sont constantes dans tous les visualisateurs. Il peut être utilisé à partir d’une interface en ligne de commande, à l’aide d’un notebook Jupyter ou d’une console Jupyter. Il peut être utilisé avec de nombreux visualisateurs tels que DS9 ou Ginga, ou sans visualisateur sous forme d’une simple bibliothèque pour réaliser des tracés et récupérer rapidement des informations de photométrie.

MoviePy is a Python library for video editing: cutting, concatenations, title insertions, video compositing (a.k.a. non-linear editing), video processing, and creation of custom effects.

Fast, interactive, multi-dimensional image viewer for Python. It's designed for browsing, annotating, and analyzing large multi-dimensional images. It's built on top of Qt (for the GUI), vispy (for performant GPU-based rendering), and the scientific Python stack (numpy, scipy).

Python package to parse, read and write Microsoft OLE2 files (also called Structured Storage, Compound File Binary Format or Compound Document File Format), such as Microsoft Office 97-2003 documents, vbaProject.bin in MS Office 2007+ files, Image Composer and FlashPix files, Outlook MSG files, StickyNotes, several Microscopy file formats, McAfee antivirus quarantine files, etc.

Photutils contains functions for:

• estimating the background and background rms in astronomical images
• detecting sources in astronomical images
• estimating morphological parameters of those sources (e.g., centroid and shape parameters)
• performing aperture and PSF photometry

This package contains the Python 3 version of the package.

PyQtGraph est une bibliothèque d’interface graphique et de graphisme en Python pur, construite sur PyQt4 et numpy. Elle est conçue pour des applications mathématiques, scientifiques et d’ingénierie. Quoiqu’entièrement écrite en Python, cette bibliothèque est très rapide à cause de son exploitation intense de numpy pour le calcul et du cadriciel GraphicsView de Qt pour un affichage rapide.

Il s'agit de la version Python 3 du paquet.

Seaborn is a library for making attractive and informative statistical graphics in Python. It is built on top of matplotlib and tightly integrated with the PyData stack, including support for numpy and pandas data structures and statistical routines from scipy and statsmodels.

Some of the features that seaborn offers are

• Several built-in themes that improve on the default matplotlib aesthetics
• Tools for choosing color palettes to make beautiful plots that reveal patterns in your data
• Functions for visualizing univariate and bivariate distributions or for comparing them between subsets of data
• Tools that fit and visualize linear regression models for different kinds of independent and dependent variables
• A function to plot statistical timeseries data with flexible estimation and representation of uncertainty around the estimate
• High-level abstractions for structuring grids of plots that let you easily build complex visualizations

This is the Python 3 version of the package.

scikit-image is a collection of image processing algorithms for Python. It performs tasks such as image loading, filtering, morphology, segmentation, color conversions, and transformations.

This package provides the Python 3 module.

The specutils package implements base classes and utilities for interacting with astronomical spectra in Python and the Astropy project. It is intended for eventual merger with the astropy package, but for now is being developed independently.

Vispy is a high-performance interactive 2D/3D data visualization library.

Vispy leverages the computational power of modern Graphics Processing Units (GPUs) through the OpenGL library to display very large datasets.

This package provides VisPy for the Python 3 interpreter.

WCSAxes is a framework for making plots of Astronomical data in Matplotlib. It is affiliated with the Astropy project and is intended for inclusion in the Astropy package once stable.

This package contains the Python 3 version of the package.

Willow est une bibliothèque simple d’image qui combine les API de Pillow, Wand et OpenCV. Elle convertit l’image entre les bibliothèques lorsque cela est nécessaire.

Willow actuellement a des fonctions basiques de redimensionnement et de rognage, de détection de visage et de caractéristiques et une prise en charge de GIF animé. De nouvelles fonctions et des intégrations dans la bibliothèque peuvent être facilement mises en œuvre.

Qtiplot est un grapheur complet similaire à Origin d'OriginLab (plus d'informations à propos d'Origin sur http://www.originlab.com).

Il peut tracer des données en deux et trois dimensions en qualité publication, aussi bien à partir de jeux de données que de fonctions. Il peut faire de la régression non linéaire et du multi-pic.

Quelques fonctionnalités :

 –⋅multi-plateforme⋅: fonctionne nativement sur les systèmes Windows, Mac
OS⋅X et Linux/Unix⋅;
 –⋅compatibilité complète aux scripts Python⋅;
 –⋅graphes 3D basés sur OpenGL⋅;
 –⋅graphes en qualité publication et export aisé dans divers formats
d'image (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, etc.)⋅;
 –⋅intégration facile au système de composition LaTeX⋅;
 –⋅feuilles de calculs puissantes et souples avec calculs avec une logique
en colonnes et import et export de fichiers multiples⋅;
 –⋅accès en un clic à des routines variées d'analyses de données internes⋅;
 –⋅analyses statistiques avancées⋅: test de Student, analyse de la
variance, test de variance du χ², test de normalité (Shapiro-Wilk)⋅;
 –⋅régressions en courbe linéaires ou non linéaires avec pondération et
estimation des erreurs statistiques des paramètres de régressions⋅;
 –⋅régression multi-pic⋅;
 –⋅outils d'analyse d'image⋅;
 –⋅prise en charge de modèles⋅: tous les réglages pour les graphes, les
tables et les matrices peuvent être sauvegardés et restaurés ultérieurement

dans un processus d'édition rapide⋅;

 –⋅fichiers de projets fondées sur les répertoires, un explorateur de
projets puissant avec des fonctionnalités internes de glisser/déposer et

outils de recherche⋅;

 –⋅importation complète de classeurs Excel et de tableurs au format Open
Document, de bases de données dBase, SQLite et Access Microsoft.

RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la qualité des publications.

Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK), des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des surfaces de points.

Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.

Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne interface graphique Xlib.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion provides the serial and parallel (MPI) command-line tools without CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui provides the graphical user interface without CUDA/GPU support.

Le nom original du paquet n'est plus considéré comme approprié par la communauté d’astrophysiciens, suscitant un changement de nom. Ce paquet facilite la transition vers un nouveau nom. Ce paquet de transition peut être supprimé sans danger.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the command-line tool.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the ImageJ plugin.

Veusz est un paquet de préparation et de dessin scientifique 2D et 3D, conçu pour produire des fichiers PDF, des SVG, des Postscript et bitmap prêts à être publiés. Veusz fournit une interface graphique, en ligne de commandes et pour scripter (sur une base sur Python) avec ses fonctions de préparation. Les éléments sont construits en utilisant un système objet pour offrir une interface cohérente.

Ce paquet inclut l'exécutable principal, la documentation et les exemples.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-cuda provides the serial and parallel (MPI) command-line tools with CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui-cuda provides the graphical user interface with CUDA/GPU support.