PAN Blend imaging packages

Dette program tilbyder en grafisk brugerflade til videnskabelige analyser af datapunkter med reelle værdier (x,y,x,værdi). Målgruppen er primært programmer til atomsonde-tomografi (»Atom probe«), men kan også være brugbart for andre programmer.

Denne metapakke vil installere store astronomiske rammer til dataanalyse, som normalt tilbyder deres eget skriptsprog. Bemærk venligst at GNU Data Language har sin egen metapakke astro-gdl, IRAF er i astro-iraf og Astropyrammen er i metapakken astro-python3.

GDL (GNU Data Language) er en fri erstatning for det kommercielle program IDL (Interactive Data Language). Det har fuld kompatibilitet med IDL 7.1 og er nyttigt for astronomisk dataanalyse. Denne metapakke vil installere astronomirelaterede pakker der kan bruges med GDL; specielt IDL Astronomy Users Library.

Denne metapakke vil installere Python 3-pakker for astronomi. Pakkerne kan bruges til interaktiv analyse eller til at oprette specifikke programmer.

Pakken astropy indeholder grundlæggende funktionalitet og nogle fælles værktøjer krævet for udførsel af astronomi og astrofysisk forskning med Python.

Denne pakke indeholder værktøjerne som følger med Astropy:

• fitscheck: Detekter og ret FITS-standardovertrædelser.
• fits2bitmap: Opret en bitmap-fil fra et FITS-billede.
• fitsdiff: Sammenlign to FITS-billedfiler og rapporter forskellene i nøgleord og data for teksthovederne.
• fitsheader: Udskriver teksthovederne for en eller flere FITS-filer til standardud i et læsevenligt format.
• samp_hub: SAMP Hub Server.
• volint: Kontroller en VOTable-fil for overholdelse af VOTable- specifikationen.
• wcslint: Kontrollerer WCS-nøgleordene i en FITS-fil for overholdelse af standarderne.

Det præsenterede ParaView-udvidelsesmodul giver nem adgang til algoritmen beskrevet i Ref 1. Modulet aktiverer analyse af facetteret objekter, der udviser forvrængninger i deres digitale repræsentation, f.eks. på grund af tomografisk rekonstruktionsartefakter. Den bidragne funktionalitet kan også bruges uden for ParaView i f.eks. kommandolinjeprogrammer. Koden, data, en test og et eksempel på et program er inkluderet.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

g3data bruges til udtrækning af data fra grafer. For eksempel udgives grafer ofte i videnskabelige tidsskrifter uden tabeller over de faktiske data; g3data gør processen med at udtrække disse data nem.

Giza er et simpelt videnskabeligt plotbibliotek bygget oven på cairo, som tilbyder ensartede uddata for flere enheder. Giza tilbyder også en næsten kompatibel, moderne erstatning for PGPLOT-grafikbiblioteket.

Denne pakke indeholder udviklingsfilerne.

Gmsh er en automatisk 3D finitte elementgenerator med indbygget CAD-motor og efterbehandlingsfaciliteter. Dets designmål er at tilbyde et hurtigt, let og brugervenligt meshingværktøj med parametriske inddata og avancerede visualiseringsmuligheder. Gmsh er bygget omkring fire moduler: Geometri, mesh, solver og efterbehandling. Specifikationen af alle inddata til disse moduler udføres enten interaktivt med brug af den grafiske brugerflade eller i ASCII-tekstfiler, der bruger Gmsh's eget skriptsprog.

Se Gmsh's referencemanual for et mere gennemarbejdet overblik over Gmsh's funktioner.

GNU Data Language (DGL) er en fri IDL-kompatibel (Interactive Data Language) trinvis kompiler. Den har fuld syntakskompatibilitet med IDL 7.1. IDL er et registreret varemærke for ITT Visual Information Solutions. Fra IDL 8.0 er de følgende sprogelementer understøttet:

• FOREACH-loop
• negative tabelindekser
• affaldssamlingspegere og objekter
• kald-metoder på et objekt via ».« (f.eks. »object.aMemberProcedure,arg1«)

Filinddatasystemet er fuldt implementeret. GUI-understøttelse (kontroller) er officielt tilbudt, men ikke helt færdig endnu.

Denne pakke indeholder hovedbrugerfladen for kommandolinjen og fortolkeren.

Gnuplot er et portabelt kommandolinjedrevet, interaktivt data- og funktions-plotningsredskab, der understøtter en masse uddata-formater, heriblandt drivere til mange printere, (La)TeX, (x)fig og PostScript, og så videre. X11-uddata er blevet pakket i gnuplot-x11.

Datafiler og selvdefinerede funktioner kan manipuleres med et internt, C-lignende sprog. Du kan udføre udjævning, kurvetilpasning eller ikke-lineære fits (Flexible Image Transport System), samt arbejde med komplekse tal.

Denne pakke er til at installere en gnuplot med alle funktioner (-qt, x11 eller -nox).

Biblioteket gphoto2 kan bruges af programmer til at tilgå forskellige digitale kameramodeller, via standardprotokoller såsom USB Mass Storage og PTP, eller leverandørspecifikke protokoller.

Denne pakke tilbyder kommandolinjebrugerfladen for gphoto2.

Grace er et peg-og-klik-værktøj, der lader brugeren tegne X-Y-grafer. Programmet er det, som tidligere gik under navnet Xmgr.

Blandt dets funktioner kan nævnes: Brugerdefineret skala, aksemarkeringer, mærkater, symboler, linjetyper, farver, polynomisk regression, kurver, løbende gennemsnit, DFT/FFT, kryds- og autokorrelation, jobtilstand for automatisk grafgenerering og udskriftsunderstøttelse til PostScript, FrameMaker og flere billedformater.

Graftegninger håndterer problemet med at visualisere strukturel information ved at konstruere geometriske repræsentationer af abstrakte grafer og netværk. Automatisk oprettelse af graftegninger har en vigtig funktion i nøgleteknologier såsom databasedesign, programudvikling, VLSI og netværksdesign og i visuelle grænseflader i andre domæner. Situationer hvor disse værktøjer kan være specielt nyttige er:

• du ønsker at restrukturere et program og først skal du forstå relationerne mellem dets typer, procedurer og kildefiler
• du skal finde flaskehalse i en Internetmotor - ikke kun individuelle lænker, men deres relationer
• du fejlsøger en protokol eller mikroarkitektur repræsenteret som en endelig tilstandsmaskine og har brug for at regne ud hvordan en bestemt fejltilstand opstår
• du ønsker at gennemse et databaseskema, videndatabase eller distribueret program repræsenteret grafisk
• du ønsker at se et overblik over en samling af lænkede dokumenter
• du ønsker at se mønstre og interessefællesskaber i en database over telefonopkald eller e-post-beskeder

Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen.

Gri er et frit programmel-sprog til videnskabelig grafikprogrammering. Den er kommandodrevet i modsætning til peg-og-klik. Nogle brugere sammenligner Gri med LaTeX, da de begge giver meget magt over tingene som gevinst for den stejle indlæringskurve. Uddata er i industri-standard PostScript, der kan indlemmes i andre dokumenter.

Gri kan lave x-y-grafer, konturgrafer og billedgrafer. Finkontrol gives for alle aspekter i tegningen, f.eks. linjebredder, farver, skrifttyper o.s.v. Græske bogstaver og matematiske symboler er tilgængelige i en TeX-agtig syntaks.

Dem, der skriver 1000-linje Gri-skripter starter normalt med noget så simpelt som det følgende:

  open fil.dat         # Åbn en fil
  read columns x * y   # Læs første søjle som x og tredje som y
  draw curve           # Tegn data og autoskalér akserne

En hel manual fås også som HTML (pakken gri-html-doc), i PDF i printervenligt format (pakken gri-ps-doc) og til skærmvisning ved at følge henvisninger fra gri-hjemmesiden: http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion er et modulopbygget program for skanning (Skanning Probe Mikroskopi, SPM), samt visualisering og analyse af data. Det er primært beregnet til analyse af højdefeltdata indhentet via mikroskopiteknikker som

• Atomar Force Mikroskopi (AFM),
• Magnetisk Force Mikroskopi (MFM),
• Skanning Tunneling Mikroskopi (STM),
• Nær-felt Skanning Optisk Mikroskopi (SNOM eller NSOM) og andet. Det kan dog bruges til vilkårlige højdefelter og til billedanalyse.

Denne pakke indeholder det primære program og dets moduler. Den indeholder også en GNOME (og Xfce) miniaturefremstiller som opretter forhåndsvisninger af alle kendte filtyper til Gwyddion.

IFRIT (the Ionization FRont Interactive Tool) har sin oprindelse (og sit navn) fra et specialiseret redskab, designet til at visualisere ioniseringsfronter i kosmologiske, numeriske simuleringer. IFRIT har, dog, groet ud over dets oprindelse og kan nu også visualisere generelle datasæt.

IFRIT er skrevet i C++ og er baseret på to førende værktøjssæt: værktøjssættene »Visualization Toolkit« (VTK) og værktøjssæt til brugergrænseflader, QT.

Det kan vise, redigere, analysere, behandle, gemme og udskrive 8-bit, 16- bit og 32-bit billeder. Det kan læse mange billedformater inklusive TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS og »raw«. Det understøtter »stakke«, en serie af billeder som deler et enkelt vinude.

Den kan udarbejde værdistatistikker for områder og billedepunkter fra brugerdefinerede markeringer. Det kan måle afstande og vinkler. Det kan oprette histogrammer over tæthed og plotte linjeprofiler. Det understøtter standardfunktioner til billedbehandling såsom manipulation af kontrast, øget skarphed, udjævning, kantdetektering og median-filtrering.

Rumlig kalibrering er tilgængelig for at tilbyde målinger af dimensioner fra den virkelige verden i enheder som milimeter. Tætheds- eller gråskala- kalibrering er også tilgængelig.

ImageJ er udviklet af Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), der er ved: the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

Imview er et program som

• Viser et stort antal billedformater
• Viser 2D- eller 3D-billeder (som dias) med en udbygget zoom- og panoreringsfunktion.
• Virker med flerspektral, tidsserier eller flersidedokumenter (f.eks.: satellitbilleder, TIFF-stakke, animerede GIF'er og heterogene flerkomponentfiler).
• Viser alle billedpunktstyper (1-bit til 64-bit data, heltal eller kommatal.
• Arbitrær 1-D-profil af 2-D-billeder (eller af 2-D-dias af 3-D-billeder) kan vises.
• Har understøttelse for arbitrære farvekort for alle billedpunktstyper (dvs.: falsk farvevisning).
• Har standardfaciliteter for billedmanipulering (lysstyrke/kontrast, gamma, zoon, beskær, rotation etc.).
• Kan kontrolleres eksternt via sokler og tekstkommandoer (for nem integrering i forskellige analysesystemer for billeder).
• Billeder kan overføres til Imvies via sokler eller delt hukommelse.
• Og meget mere!

Kst er et hurtigt realtids se- og plotværktøj for store datasæt. Det har grundlæggende funktionalitet for dataanalyse, indeholder mange funktionsrige indbyggede funktioner og kan udvides med moduler og tilføjelser.

Spectromicroscopy combines spectral data with microscopy, where typical datasets consist of a stack of microscopic images taken across an energy range. Due to the data complexity, manual analysis can be time consuming and inefficient, whereas multivariate analysis tools not only reduce the time needed but also can uncover hidden trends in the data.

Mantis is Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy developed in Python by 2nd Look Consulting. It uses principal component analysis and cluster analysis to classify pixels according to spectral similarity.

MayaVi2 er et værktøj for flere platforme for 2-D og 3-D videnskabelig datavisualisering. Programmets funktioner inkluderer:

• Visualisering for skala-, vektor- og tensordata i 2 og 3 dimensioner
• Nem udarbejdelse af skripter med Python
• Nem udvidelse via tilpassede kilder, moduler og datafiltre
• Læser flere filformater: VTK (forældet og XML), PLOT3D, etc.
• Visualiseringer kan gemmes
• Optegnede visualiseringer kan gemmes i en række billedformater

MayaVi2 er blevet designet med tanke på skripter og udvidelser. Mens selve mayavi2-programmet kan bruges i sig selv, kan det også bruges som et Envisage-udvidelsesmodul, hvilket gør det muligt at det - som standard - kan indlejres i brugerprogrammer. Alternativt kan det bruges som en visualiseringsmotor for ethvert program.

Denne pakke tilbyder også TVTK, som omslutter VTK-objekter for at tilbyde en Pythonic API, mens den stadig understøtter Traits-attributter og NumPy/SciPy-array. TVTK implementeres hovedsagelig i ren Python med undtagelse af et lille udvidelsesmodul.

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige i medicinsk billedbehandling og visualisering.

På den ene side installeres flere pakker, som understøtter diverse billedfilsformater og billedhåndtering, såsom DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine), der er de facto-standarden i medicinsk billedhåndtering og NIFTI. På den anden side tilbydes en række programpakker, som kan bruges til at visualisere og for billedbehandling - enten fra en grafisk brugerflade, kommandolinjen eller implementeret i arbejdsforløb.

OVITO er et visualiserings- og analyseprogram til atomistiske simulationsdata. At være en enkelt integreret program dækker både analyse og visualisering af store atomistiske datasæt produceret af molekylær dynamik/statik og Monte Carlo-simuleringskoder. Dets navn er en forkortelse for Open Visualisering Tool, der understreger, at programmet er designet med tanke på fleksibilitet og udvidelsesmuligheder.

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer kun med en processor. Er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView visualiseringsværktøjssættet da databehandlings- og optegningsmotoren har en brugergrænseflade skrevet med Qt.

PDL giver standard-Perl mulighed for at COMPACTLY lagre og SPEEDILY manipulere de store N-dimensionelle dataarrayer, som er smørret og brødet indenfor videnskabelig beregning. Ideen er at omdanne Perl til et frit, array-orienteret, numerisk sprog på samme måde som kommercielle pakker såsom IDL og MatLab. Man kan skrive simple Perludtryk for at manipulere hele numeriske arrayer på en gang. For eksempel kan Perlvariablen $a, der bruger PDL, indeholde et 1024x1024 flydende heltals billede, det kræver kun 4 Mb hukommelse at lagre det og udtryk såsom $a=sqrt($a)+2 vil manipulere hele billedet på få sekunder.

En simpel interaktiv skal (perldl) tilbydes for kommandolinjen sammen med et modul (PDL) for brug i Perlskripter.

PilotDrop er designet for hurtig visualisering af 2D dataserier. Den har som formål at blive brugt sammen med en ekstern filsystembrowser såsom GNOME's nautilus eller KDE's konqueror. Filer indeholdende data tilføjes ved at trække dem fra browseren til fillisten.

APLpy is a Python module aimed at producing publication-quality plots of astronomical imaging data in FITS format. The module uses Matplotlib, a powerful and interactive plotting package. It is capable of creating output files in several graphical formats, including EPS, PDF, PS, PNG, and SVG.

AstroML er et Python 3-modul for maskinlæring og dataregistrering bygget på numpy, scipy, scikit-learn og matplotlib. Det indeholder et voksende bibliotek med statistiske og maskinlæringsrutiner for analyse af astronomiske data i Python, indlæsere for flere åbne astronomiske datasæt og en stor programpakke med eksempler til at analysere og visualisere astronomiske datasæt.

AstroML is a Python module for machine learning and data mining built on numpy, scipy, scikit-learn, and matplotlib. It contains a growing library of statistical and machine learning routines for analyzing astronomical data in Python, loaders for several open astronomical datasets, and a large suite of examples of analyzing and visualizing astronomical datasets.

This package contains the performance add-ons of the Python 3 version of the package.

Pakken astropy indeholder grundlæggende funktionalitet og nogle gængse værktøjer krævet for at udføre forskning indenfor astronomi og astrofysik med Python. Pakken kan udvides med et antal »forbundne pakker«, som er lavet til at fungere med grundpakken.

Cartopy er en Pythonpakke designet til nemt at tegne kort for dataanalyse og visualisering.

Stack byder på:

• objektorienteret projektionsdefinitioner
• punkt-, linje-, polygon- og billedtransformationer mellem projektioner
• integration til at vise avanceret oversættelse i matplotlib med en simpel og intuitiv grænseflade
• funktionsrig vektordatahåndtering ved at integrere shapefile-læsning med Shapely-funktioner

Denne pakke tilbyder Python 3-biblioteket.

Dette modul kan vise, konfigurere og køre CPL-baserede opskrifter fra Python3. Inddata, kalibrering og uddata kan specificeres som FITS-filer eller som astropy fits-objekter i hukommelsen.

Common Pipeline Library (CPL) består af et sæt af ISO-C-biblioteker, som tilbyder et omfattende, effektivt og robust programværktøjssæt. Den udfører et grundlag for oprettelsen af automatiserede astronomiske datareduktionsopgaver.

En af funktionerne tilbudt af CPL'en er muligheden for at oprette algoritmer for datareduktion, som kører som udvidelsesmoduler (dynamiske biblioteker). Disse kaldes for »opskrifter« og er et af hovedaspekterne til udviklingsmiljøet for CPL-datareduktion.

Fitsio provides an easy to use object-oriented API including providing a Numpy interface to FITS files read from CFITSIO. It allows direct access to the columns of a FITS binary table which can be useful for reading large fits files. Compared to astropy.io.fits, this package is closer to the underlying cfitsio library.

Fitsio also exposes a microlanguage (implemented in CFITSIO) for making efficient SQL-like queries of tables (single tables only though–no joins or anything like that).

Gammapy er en under udvikling affileret pakke for Astropy, der bygger på den grundlæggende videnskabelige Pythonstak for at tilbyde værktøjer til at simulere og analysere gamma-ray-skyen for teleskoper såsom CTA, H.E.S.S, VERITAS, MAGIC, HAWC og Fermi-LAT.

GNU Data Language (DGL) er en fri IDL-kompatibel (Interactive Data Language) trinvis kompiler. Den har fuld syntakskompatibilitet med IDL 7.1. IDL er et registreret varemærke for ITT Visual Information Solutions. Fra IDL 8.0 er de følgende sprogelementer understøttet:

• FOREACH-loop
• negative tabelindekser
• affaldssamlingspegere og objekter
• kald-metoder på et objekt via ».« (f.eks. »object.aMemberProcedure,arg1«)

Filinddatasystemet er fuldt implementeret. GUI-understøttelse (kontroller) er officielt tilbudt, men ikke helt færdig endnu.

Denne pakke indeholder Pythonbiblioteket/-grænsefladen.

Gnuplot.py er et Pythonmodul som er grænseflade til gnuplot, det populære plotprogram. Det giver mulighed for at bruge gnuplot inden fra Python til at plotte arrayer med data fra hukommelsen, datafiler eller matematiske funktioner. Hvis du bruger Python til at udføre beregninger eller som »lim« for numeriske programmer, så kan du bruge dette modul til at plotte data løbende efterhånden som de beregnes. Og kombinationen med Python gør det nemt at automatisere tingene, inklusive at oprette grove »animationer« ved at plotte forskellige datasæt en efter en.

Pythonbiblioteket guiqwt tilbyder effektiv 2D-dataplotfunktioner (kurve/billedvisualisering og relaterede værktøjer) for signal- og billedbehandlingsprogramudvikling og interaktiv beregning. Det er baseret på de videnskabelige moduler NumPy og SciPy og PyQwt-plotkontrollerne for de PyQt4-grafiske brugerflader.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

HyperSpy is an open source Python library for the interactive analysis of multidimensional datasets that can be described as multidimensional arrays of a given signal (for example, a 2D array of spectra, also known as a spectrum image).

HyperSpy makes it straightforward to apply analytical procedures that operate on an individual signal to multidimensional arrays, as well as providing easy access to analytical tools that exploit the multidimensionality of the dataset.

Its modular structure makes it easy to add features to analyze many different types of signals.

Imexam is an affiliated package of AstroPy. It was designed to be a lightweight library which enables users to explore data using common methods which are consistent across viewers. It can be used from a command line interface, through a Jupyter notebook or through a Jupyter console. It can be used with multiple viewers, such as DS9 or Ginga, or without a viewer as a simple library to make plots and grab quick photometry information.

MoviePy er et Pythonbibliotek til videoredigering: skæring, sammenkædninger, titelindsættelser, videosammensætning (a.k.a. ikkelineær redigering), videobehandling og oprettelse af brugerdefinerede effekter.

Fast, interactive, multi-dimensional image viewer for Python. It's designed for browsing, annotating, and analyzing large multi-dimensional images. It's built on top of Qt (for the GUI), vispy (for performant GPU-based rendering), and the scientific Python stack (numpy, scipy).

Pythonpakke til at fortolke, læse og skrive Microsoft OLE2-filer (også kaldt Structured Storage, Compound File Binary Format eller Compound Document File Format), såsom Microsoft Office 97-2003-dokumenter, vbaProject.bin i MS Office 2007+-filer, Image Composer- og FlashPix-filer, Outlook MSG-filer, StickyNotes, flere Microscopy-filformater, McAfee antivirus-karantinefiler etc.

Photuils indeholder funktioner for:

• estimering af baggrunden og baggrunds-rms i astronomiske billeder
• registrering af kilder i astronomiske billeder
• estimering af morfologiske parametre for disse kilder (f.eks. parametrene centroid og shape
• Udføre blænde og PSF-fotometri.

Denne pakke indeholder Python 3-versionen af pakken.

PyQtGraph er et rent Python grafik- og GUI-bibliotek bygget på PyQt4 og numpy. Det er lavet for brug i matematik/videnskab/ingeniør programmer. Selvom skrevet helt i Python er biblioteket meget hurtigt på grund af sin tunge gearing af numpy for talknusning og Qt's GraphicsView-ramme for hurtig visning.

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Seaborn er et bibliotek for udarbejdelse af attraktiv og informativ statistisk grafik i Python. Biblioteket er bygget oven på matplotlib og tæt integreret med PyData stack, inklusive understøttelse for numpy- og pandas-datastrukturer og statistiske rutiner fra scipy og statsmodels.

Nogle af funktionerne i seaborn:

• Flere indbyggede temaer som forbedrer matplotlibs æstetik
• Værktøjer for valg af farvepaletter til smukke plot som afslører mønstre i dine data
• Funktioner for visualisering af univariate og bivariate distributioner eller for sammenligning af dem mellem dataundersæt
• Værktøjer som tilpasser og visualiserer lineære regresssionsmodeller for forskellige slags uafhængige og afhængige variabler
• En funktion til at plotte statistiske tidsserier med fleksibel estimering og repræsentation af estimatusikkerhed
• Abstraktioner på højt niveau for strukturering af plotgitre, som nemt lader dig bygge komplekse visualiseringer

Dette er Python 3-versionen af pakken.

Scikit-image er en samling af billedbehandlingsalgoritmer for Python. Samlingen udfører opgaver såsom billedindlæsning, filtrering, morfologi, segmentering, farvekonverteringer og transformationer.

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

Pakken specutils implementerer grundklasser og redskaber for interaktion med astronomiske spektra i Python og Astropy-projektet. Det er lavet for senere sammenføjning med pakken astropy, men udvikles i øjeblikket uafhængigt.

Vispy er et højtydende interaktivt 2D/3D-datavisualiseringsbibliotek.

Vispy udnytter beregningskraften i moderne grafiske behandlingsenheder (GPU'er) via OpenGL-biblioteket til at vise meget store datasæt.

Denne pakke tilbyder VisPy for Python 3-fortolkeren.

WCSAxes is a framework for making plots of Astronomical data in Matplotlib. It is affiliated with the Astropy project and is intended for inclusion in the Astropy package once stable.

This package contains the Python 3 version of the package.

Willow er et simpelt billedbibliotek, der kombinerer API'erne for Pillow, Wand og OpenCV. Biblioteket konverterer billedet mellem bibliotekerne når nødvendigt.

Willow har i øjeblikket grundlæggende ændring af størrelse samt beskæring, registrering af front og funktion og animeret GIF-understøttelse. Nye operationer og biblioteksintegrationer kan også nemt implementeres.

Qtiplot er et fuldt udbygget plotteprogram, som ligner programmet fra OriginLab Origin (Se http://www.originlab.com for yderligere information om Origin).

Det kan danne to- og tre-dimensionale plotninger i trykkvalitet, både fra datasæt og funktioner. Det kan danne ikkelineære tilpasninger og tilpasninger for flere toppunkter.

En række funktioner:

• For flere platforme: Virker som standard på Windows-, Mac OS X- og Linux/Unix-systemer
• Skripter kan udarbejdes i Python
• OpenGL-baseret 3D-plotning
• Plotninger i trykkvalitet og nem eksport til forskellige billedformater (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF etc ...)
• Nem integration med LaTeX-opsætningssystemet
• Kraftfulde og smidige regneark med søjle-logisk beregning og nem import/eksport af flere filer
• Et klik adgang til omfattende indbyggede rutiner for dataanalyse
• Avanceret statistisk analyse: Students t-Test, ANOVA, chi-square test for varians, normalitetstest (Shapiro-Wilk)
• Lineær og ikkelineær kurvetilpasning med vægte og estimat for statistiske fejl fra tilpasningsparametre
• Tilpasning af flere toppunkter
• Værktøjer for billedanalyse
• Skabelon-understøttelse: Alle indstillinger for plotninger, tabeller og matricer kan gemmes og genskabes senere til brug for en hurtig redigeringsproces
• Projektfiler baseret på mapper, en stærk projekthåndtering med udvidede, indbyggede funktioner: træk-og-slip, søgefaciliteter.
• Fuld import af Excelarbejdsark og Open Document Format-regneark, dBase-, SQLite- og Microsoft Access-databaser

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion provides the serial and parallel (MPI) command-line tools without CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui provides the graphical user interface without CUDA/GPU support.

Denne pakke sikrer en blød overgang til det nye pakkenavn. Overgangspakken kan fjernes igen.

Bayesiansk analyse af blinking og bleaching, eller 3B-mikroskopi, er en metode, som analyserer data, hvor mange overlappende fluoroforer der gennemgår bleaching- og blinking-hændelser, hvilket giver strukturen en forbedret opløsning. Ved at bruge en Hidden Markov Model (HMM) tillader det nyttig information, der kan hentes fra data, som ville være umulige at analysere med standardteknikker for lokaliseringsanalyse.

Denne pakke indeholder værktøjet for kommandolinjen.

Bayesiansk analyse af blinking og bleaching, eller 3B-mikroskopi, er en metode, som analyserer data, hvor mange overlappende fluoroforer der gennemgår bleaching- og blinking-hændelser, hvilket giver strukturen en forbedret opløsning. Ved at bruge en Hidden Markov Model (HMM) tillader det nyttig information, der kan hentes fra data, som ville være umulige at analysere med standardteknikker for lokaliseringsanalyse.

Denne pakke indeholder ImageJ-udvidelsesmodulet.

Veusz er en 2D- og 3D-videnskabelig plot- og grafpakke, designet til at fremstille PDF, SVG, Postscript eller bitmap klar til udgivelse. Veusz tilbyder en grafisk brugerflade, en grænseflade for kommandolinjen og en skriptgrænseflade (baseret på Python) til dets plotfunktioner. Plot bygges med brug af et objektbaseret system for en konsistent grænseflade.

Denne pakke indeholder den kørbare fil, dokumentation og eksempler.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-cuda provides the serial and parallel (MPI) command-line tools with CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui-cuda provides the graphical user interface with CUDA/GPU support.