PAN Blend imaging packages

Questo programma fornisce un'interfaccia grafica per l'analisi scientifica di dati su punti con valori reali (x,y,z,valore). L'uso principale è l'applicazione alla tomografia "Atom probe", ma può risultare utile anche per altre applicazioni.

Questo metapacchetto installa infrastrutture grandi di analisi di dati astronomici che solitamente forniscono il proprio linguaggio per script. Notare che Gnu Data Language ha il proprio metapacchetto astro-gdl, IRAF si trova in astro-iraf e che l'infrastruttura Astropy è nel metapacchetto astro-python3.

GDL (GNU Data Language) è un sostituto libero per il software commerciale IDL (Interactive Data Language). Ha una piena compatibilità a livello di sintassi con IDL 7.1 ed è utilizzabile per l'analisi di dati astronomici. Questo metapacchetto installa pacchetti relativi all'astronomia utilizzabili con GDL, specialmente la IDL Astronomy Users Library.

Questo metapacchetto installa pacchetti Python 3 per l'astronomia. I pacchetti possono essere utilizzati per l'analisi interattiva o per creare programmi specifici.

Il pacchetto astropy contiene le funzionalità di base e alcuni strumenti comuni necessari per eseguire ricerche in astronomia e in astrofisica con Python.

Questo pacchetto contiene gli strumenti forniti con astropy:

• fitscheck: rileva e corregge violazioni degli standard FITS;
• fits2bitmap: crea un file bitmap da un'immagine FITS;
• fitsdiff: confronta due file di immagini FITS e riporta le differenze tra le parole chiave dell'intestazione e tra i dati;
• fitsheader: stampa le intestazioni di uno o più file FITS sullo standard output in formato comprensibile;
• samp_hub: Hub Server SAMP;
• volint: controlla che un file VOTable sia conforme alla specifica VOTable;
• wcslint: controlla che le parole chiave WCS in un file FITS siano conformi agli standard.

The presented ParaView plugin allows easy access to the algorithm described in Ref 1. It enables analysis of faceted objects that exhibit distortions in their digital representation, e.g. due to tomographic reconstruction artifacts. The contributed functionality can also be used outside ParaView in e.g. command-line programs. The code, data, a test and an example program are included.

Ref 1: Roman Grothausmann, Sebastian Fiechter, Richard Beare, Gaëtan Lehmann, Holger Kropf, Goarke Sanjeeviah Vinod Kumar, Ingo Manke, and John Banhart. Automated quantitative 3D analysis of faceting of particles in tomographic datasets. Ultramicroscopy, 122(0):65 – 75, 2012. ISSN 0304- 3991. doi: 10.1016/j.ultramic.2012.07.024.

g3data è usato per estrarre dati da grafici. Per esempio, nelle riviste scientifiche i grafici sono solitamente pubblicati senza tabelle dei dati reali: g3data rende facile il processo di estrarre tali dati.

Giza è una libreria leggera per disegno scientifico costruita sopra a Cairo che fornisce un output uniforme su più dispositivi. Giza fornisce un sostituto moderno, e per la maggior parte compatibile, della libreria grafica PGPLOT.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

Gmsh è un generatore di reticoli tridimensionali ad elementi finiti con funzionalità di CAD e post-elaborazione interne. È stato progettato con lo scopo di fornire un semplice strumento di generazione di reticoli veloce, leggero ed amichevole con input parametrici ed un'avanzata capacità di visualizzazione. Gmsh è costruito intorno a quattro moduli: geometria, reticolo, risolutore e post-elaborazione. La specificazione di qualsiasi input verso uno di questi moduli è fatta sia interattivamente, tramite l'uso dell'interfaccia utente grafica, sia in file di testo ASCII, mediante l'uso del linguaggio di scripting interno di Gmsh.

Vedere il manuale di riferimento di Gmsh per una vista generale più approfondita delle capacità di Gmsh.

GDL (GNU Data Language) è un compilatore incrementale compatibile IDL (Interactive Data Language) e libero. Possiede una completa compatibilità di sintassi con IDL 7.1. IDL è un marchio registrato di ITT Visual Information Solutions. A partire da IDL 8.0 sono gestiti i seguenti elementi del linguaggio:

• ciclo FOREACH;
• indici negativi per array;
• garbage collector per oggetti e puntatori;
• metodi di chiamata per un oggetto usando "." (es. object.aMemberProcedure,arg1).

Il sistema di input e output di file non è completamente implementato. Viene ufficialmente fornita la gestione della GUI (widget), ma non è ancora completa.

Questo pacchetto contiene il frontend principale a riga di comando e per interprete.

Gnuplot è una utilità portabile da riga di comando per tracciare interattivamente grafici a partire da dati e funzioni che supporta differenti formati di uscita, includendo driver per molte stampanti, (La)TeX, (x)fig, PostScript e altri. L'output per X11 è fornito dal pacchetto gnuplot-x11.

I file di dati e le funzioni auto-definite possono essere manipolati attraverso un linguaggio interno simile al C. È in grado di effettuare smussamenti, interpolazioni di spline o interpolazioni non lineari. È in grado di lavorare con numeri complessi.

Questo metapacchetto serve per installare un gnuplot completo di funzionalità (-qt, -x11 o -nox).

La libreria gphoto2 può essere usata dalle applicazioni per accedere a vari modelli di fotocamere digitali, usando protocolli standard come USB Mass Storage e PTP o con protocolli specifici dei produttori.

Questo pacchetto fornisce il frontend a riga di comando per gphoto2.

Grace è uno strumento punta-e-clicca che permette all'utente di disegnare grafici X-Y. Questo programma si chiamava in precedenza Xmgr.

Alcune delle sue caratteristiche sono: scala definibile dall'utente, segni di intervallo sugli assi, etichette, simboli, stile per le linee, colori, regressione polinomiale, spline, medie mobili, DFT/FFT, correlazione incrociata e autocorrelazione, modalità non interattiva per il disegno senza supervisione, supporto per copie fisiche per PostScript, FrameMaker e svariati formati immagine.

La teoria dei grafi consente lo studio di informazioni strutturali costruendo una rappresentazione geometrica di grafi astratti e reti. La creazione automatica di grafi è un'importante applicazione in tecnologie chiave come la progettazione di database, l'ingegneria del software, VLSI e progettazione di reti e interfacce visuali in diversi domini. Situazioni in cui questi strumenti potrebbero essere utili sono:

• desiderio di ristrutturare un programma ma con la necessità prima di capire le relazioni tra i tipi, le procedure e i file sorgenti;
• ricerca dei colli di bottiglia in una backbone internet, non solo nei collegamenti individuali, ma anche nelle loro relazioni;
• debug di un protocollo o di una micro-architettura rappresentata come una macchina a stati finiti in cui si deve capire come si verifichi un certo errore;
• si desidera esplorare un database, una base di conoscenza o un programma distribuito rappresentato graficamente;
• si desidera avere una visione d'insieme dei collegamenti tra i documenti;
• si vogliono scoprire schemi ripetuti e interessi condivisi in un database di chiamate telefoniche e messaggi email.

Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando.

Gri è un linguaggio Open Source per la programmazione di grafici scientifici. È basato su comandi, non su un meccanismo punta-e-clicca. Alcuni utenti considerano Gri simile a LaTeX, poiché entrambi forniscono vastissime potenzialità come ricompensa per la pazienza di affrontare la loro curva di apprendimento. L'output è nello standard professionale PostScript, adatto per l'inserimento in altri documenti.

Gri può creare grafici x-y, grafici di livello e grafici immagine. Il controllo fine è fornito per tutti gli aspetti del disegno, ad esempio, lo spessore delle linee, i colori, i tipi di carattere, ecc. Le lettere greche ed i simboli matematici sono disponibili con una sintassi in stile TeX.

Coloro che scrivono script Gri di 1000 righe di solito iniziano con qualcosa di semplice come:

  open file.dat        # apre un file
  read columns x * y   # legge la 1ª colonna come x e la 3ª come y
  draw curve           # disegna i dati e scala automaticamente gli assi

È anche disponibile un manuale completo in HTML (nel pacchetto gri-html-doc), in PDF adatto alla stampa (nel pacchetto gri-pdf-doc) e online seguendo i collegamenti nella pagina web di gri:

  http://gri.sourceforge.net/

Gwyddion è un programma modulare per la visualizzazione e l'analisi di dati ottenuti con microscopia a sonda a scansione (SPM, Scanning Probe Microscopy). È principalmente pensato per l'analisi di dati nel campo dell'altezza ottenuti con tecniche di microscopia quali:

• microscopia a forza atomica (AFM);
• microscopia a forza magnetica (MFM);
• microscopia a scansione per effetto tunnel (STM);
• microscopia ottica a scansione in campo prossimo (SNOM o NSOM) e altri. Tuttavia può essere usato per analisi di immagini e campi altezza arbitrari.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale ed i suoi moduli. Contiene anche un creatore di miniature per GNOME, e Xfce, che crea anteprime per tutti i tipi di file gestiti da Gwyddion.

IFRIT (Ionization FRont Interactive Tool) ha avuto origine (e ha preso il nome) da un'utilità specializzata progettata per visualizzare i fronti di ionizzazione in simulazioni numeriche del cosmo. IFRIT, tuttavia, è andato oltre le proprie origini e può ora visualizzare anche insiemi di dati generici.

IFRIT è scritto in C++ e si basa su due toolkit all'avanguardia: VTK (Visualization ToolKit) e un toolkit GUI QT.

Può visualizzare, modificare, analizzare, processare, salvare e stampare immagini a 8, 16 e 32 bit. Può leggere molti formati immagine inclusi TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e "raw". Gestisce "stack": una serie di immagini che condividono un'unica finestra.

Può calcolare statistiche su valori di area e pixel di selezioni definite dall'utente. Può misurare distanze ed angoli. Può creare istogrammi di densità e grafici con linee di contorno. Gestisce le funzioni standard di elaborazione delle immagini come manipolazione del contrasto, sharpening, sfumatura, rilevamento dei bordi e filtri mediani.

La calibrazione spaziale è disponibile per fornire misure dimensionali nel mondo reale in unità quali i millimetri. È anche disponibile la calibrazione della densità o della scala di grigi.

ImageJ è sviluppato da Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) al Research Services Branch del National Institute of Mental Health di Bethesda nel Maryland, USA.

Imview è un'applicazione che:

• visualizza immagini in un gran numero di formati;
• visualizza immagini 2D e 3D (come fette) con un ottimo ingrandimento e scorrimento;
• accetta serie temporali e multi-spettrali, o documenti con più pagine (per esempio immagini da satellite, pile TIFF, GIF animate e file con più componenti eterogenei);
• visualizza pixel di ogni tipo (dati da 1 a 64 bit, interi o virgola mobile);
• mostra profili 1D di immagini 2D (oppure fette 2D di immagini 3D);
• supporta mappe di colore arbitrarie per tutti i tipi di pixel (per esempio la visualizzazione in falsi colori);
• dispone delle funzioni standard di manipolazione (luminosità/contrasto, gamma, ingrandimento, ritaglio, rotazione, ecc.);
• può essere controllato da remoto via socket e comandi testuali (per essere facilmente integrato in diversi sistemi di analisi delle immagini);
• le immagini possono essere caricate in Imview via socket o memoria condivisa;
• e molto altro!

Kst è uno strumento veloce per la visualizzazione e la rappresentazione grafica in tempo reale di grandi insiemi di dati. Ha funzionalità base per l'analisi dei dati, possiede molte potenti funzionalità incorporate ed è espandibile con plugin ed estensioni.

La spettromicroscopia combina i dati spettrali con la microscopia, e gli insiemi di dati tipici consistono di stack di immagini di microscopia prese lungo un intervallo di energia. A causa della complessità dei dati, l'analisi manuale può richiedere molto tempo ed essere inefficiente, mentre gli strumenti di analisi multivariata non solo riducono il tempo necessario, ma possono anche scoprire trend nascosti nei dati.

Manti è lo strumento per analisi multivariata per spettromicroscopia (Multivariate ANalysis Tool for Spectromicroscopy) sviluppato in Python da 2nd Look Consulting. Usa l'analisi delle componenti principali e l'analisi di cluster per classificare i pixel in base alla similarità spettrale.

MayaVi2 è uno strumento multipiattaforma per la visualizzazione di dati scientifici 2D e 3D. Le sue caratteristiche includono:

• visualizzazione di dati scalari, vettori e tensori in 2 e 3 dimensioni;
• facile creazione di script usando Python;
• facile estensibilità grazie a fonti, moduli e filtri dati personalizzati;
• lettura di svariati formati di file: VTK (vecchi e XML), PLOT3D, ecc.;
• salvataggio delle visualizzazioni;
• salvataggio del rendering delle visualizzazioni in svariati formati immagine.

MayaVi2 è stato progettato pensando alla possibilità di creare script e alla estensibilità. Benché l'applicazione mayavi2 sia usabile di per sé, può essere usata come plugin Envisage che permette di incorporarla in modo nativo in applicazioni utente. In alternativa può essere usato come motore di visualizzazione per qualunque applicazione.

Questo pacchetto fornisce anche TVTK che fa da wrapper per oggetti VTK in modo da fornire una comoda API Pythonica, gestendo al contempo gli attributi Traits e gli array NumPy/SciPy. TVTK è implementato per la maggior parte in Python puro, tranne che per un piccolo modulo di estensione.

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian che possono essere utili nell'elaborazione e nella visualizzazione di immagini medicali.

Da un lato installa svariati pacchetti che gestiscono vari formati di file immagine e gestioni di immagini come DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine), che è lo standard di fatto per la gestione di immagini medicali, e NIFTI. Dall'altro fornisce una varietà di pacchetti software che possono essere utilizzati per la visualizzazione e per l'elaborazione di immagini, da un'interfaccia utente grafica, la riga di comando o implementati in flussi di lavoro.

OVITO is a visualization and analysis software for atomistic simulation data. Being a single integrated application it covers both the analysis and the visualization of large-scale atomistic datasets produced by molecular dynamics/statics and Monte-Carlo simulation codes. Its name is an acronym for Open Visualization Tool, emphasizing that the software has been designed with flexibility and extensibility in mind.

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni variabili da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt.

PDL dà a Perl standard la capacità di archiviare in modo COMPATTO e di manipolare VELOCEMENTE i grandi array di dati a N dimensioni che sono il pane quotidiano del calcolo scientifico. L'idea è quella di trasformare Perl in un linguaggio numerico libero e orientato agli array, in modo simile a pacchetti commerciali come IDL e MatLab. Si possono scrivere semplici espressioni Perl per manipolare interi array numerici tutti in una volta. Usando PDL la variabile Perl $a, per esempio, può contenere un'immagine in virgola mobile 1024x1024 che occupa solo 4Mb di memoria per essere archiviata e espressioni del tipo $a=sqrt($a)+2 manipolano l'intera immagine in pochi secondi.

Viene fornita una semplice shell interattiva (perldl) per l'uso da riga di comando insieme ad un modulo (PDL) per l'uso in script Perl.

PlotDrop è progettato per la visualizzazione rapida e semplice di serie di dati 2D. È pensato per essere usato in congiunzione con un navigatore esterno del file system, come nautilus di GNOME o konqueror di KDE. I file contenenti i dati vengono aggiunti trascinandoli dal navigatore all'elenco dei file.

APLpy è un modulo Python che mira a produrre disegni con qualità per pubblicazione di dati di immagini astronomiche nel formato FITS. Il modulo utilizza Matplotlib, un potente e interattivo pacchetto di disegno. È in grado di creare file di output in diversi formati grafici, inclusi EPS, PDF, PS, PNG e SVG.

AstroML è un modulo Python 3 per l'apprendimento automatico e il data mining costruito su numpy, scipy, scikit-learn e matplotlib. Contiene una libreria in crescita di procedure statistiche e per apprendimento automatico per analizzare dati astronomici in Python, caricatori per svariati insiemi di dati astronomici aperti e un'ampia suite di esempi di analisi e visualizzazione di insiemi di dati astronomici.

AstroML è un modulo Python per l'apprendimento automatico e il data mining costruito su numpy, scipy, scikit-learn e matplotlib. Contiene una libreria in crescita di procedure statistiche e per apprendimento automatico per analizzare dati astronomici in Python, caricatori per svariati insiemi di dati astronomici aperti e un'ampia suite di esempi di analisi e visualizzazione di insiemi di dati astronomici.

Questo pacchetto contiene moduli aggiuntivi per le prestazioni per la versione per Python 3 del pacchetto.

Il pacchetto astropy contiene le funzionalità principali e alcuni strumenti comuni necessari per fare ricerca astronomica e astrofisica con Python. Può essere esteso con diversi "pacchetti affiliati" che sono pensati per lavorare insieme al pacchetto principale.

Cartopy è un pacchetto Python progettato per facilitare il disegno di mappe per visualizzazione e analisi di dati.

Caratteristiche:

• definizioni delle proiezioni orientate agli oggetti;
• trasformazioni di punti, linee, poligoni e immagini tra proiezioni;
• integrazione per esporre mappatura avanzata in matplotlib con una interfaccia semplice e intuitiva;
• potente gestione di dati vettoriali integrando la lettura degli shapefile con le funzionalità di Shapely.

Questo pacchetto fornisce la libreria per Python 3.

Questo modulo può elencare, configurare ed eseguire ricette basate su CPL da Python 3. I dati di input, calibrazione e output possono essere specificati come file FITS o come oggetti astropy fits in memoria.

La CPL (Common Pipeline Library) è composta da un insieme di librerie ISO-C che forniscono un toolkit software completo, efficiente e robusto. Forma la base per la creazione di compiti automatizzati di riduzione di dati astronomici.

Una delle funzionalità fornite da CPL è la capacità di creare algoritmi di riduzione dei dati che vengono eseguiti come plugin (librerie dinamiche). Questi vengono chiamati "ricette" e sono uno degli aspetti principali dell'ambiente di sviluppo di riduzione dei dati CPL.

Fitsio fornisce un'API facile da usare e orientata agli oggetti che include un'interfaccia Numpy ai file FITS letti da CFITSIO. Permette l'accesso diretto alle colonne di una tabella binaria FITS che può essere utile per leggere file FITS grandi. In confronto ad astropy.io.fits, questo pacchetto è più vicino alla libreria cfitsio sottostante.

Fitsio espone anche un microlinguaggio (implementato in CFITSIO) per fare interrogazioni efficienti in stile SQL delle tabelle (sebbene solo di tabelle singole, niente join o cose del genere).

Gammapy è un pacchetto in corso di sviluppo affiliato ad Astropy che si basa sullo stack scientifico principale di Python per fornire strumenti per simulare ed analizzare il cielo dei raggi gamma per telescopi come CTA, H.E.S.S., VERITAS, MAGIC, HAWC e Fermi-LAT.

GDL (GNU Data Language) è un compilatore incrementale compatibile IDL (Interactive Data Language) e libero. Possiede una completa compatibilità di sintassi con IDL 7.1. IDL è un marchio registrato di ITT Visual Information Solutions. A partire da IDL 8.0 sono gestiti i seguenti elementi del linguaggio:

• ciclo FOREACH;
• indici negativi per array;
• garbage collector per oggetti e puntatori;
• metodi di chiamata per un oggetto usando "." (es. object.aMemberProcedure,arg1).

Il sistema di input e output di file non è completamente implementato. Viene ufficialmente fornita la gestione della GUI (widget), ma non è ancora completa.

Questo pacchetto contiene la libreria/interfaccia Python.

Gnuplot.py è un modulo Python che si interfaccia con gnuplot, il popolare programma per disegno di grafici. Permette di usare gnuplot dall'interno di Python per disegnare vettori di dati dalla memoria, file dei dati o funzioni matematiche. Se si usa Python per effettuare calcoli o come "collante" per programmi numerici, si può usare questo modulo per tracciare dati al volo mentre vengono calcolati. Inoltre la combinazione con Python rende facile automatizzare le cose, inclusa la creazione di "animazioni" grezze tracciando differenti insiemi di dati uno dopo l'altro.

La libreria Python guiqwt fornisce funzionalità efficienti di tracciamento 2D di dati (visualizzazione di curve/immagini e strumenti correlati) per lo sviluppo di applicazioni per l'elaborazione di segnali/immagini e il calcolo interattivo. È basata sui moduli scientifici NumPy e SciPy, e sui widget di disegno PyQwt per interfacce utente grafiche PyQt4.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

HyperSpy è una libreria Python open source per l'analisi interattiva di insiemi di dati multidimensionali che possono essere descritti come array multidimensionali di un dato segnale (per esempio, un array 2D dello spettro, conosciuto anche come immagine dello spettro).

HyperSpy rende semplice l'applicazione di procedure analitiche che operano su segnali individuali agli array multidimensionali e fornisce un facile accesso agli strumenti analitici che sfruttano la multidimensionalità dell'insieme dei dati.

La sua struttura modulare facilita l'aggiunta di funzionalità per analizzare molti differenti tipi di segnali.

Imexam è un pacchetto affiliato ad AstroPy. È stato progettato per essere una libreria leggera che permette agli utenti di esplorare dati usando metodi comuni che sono coerenti tra i vari visualizzatori. Può essere usato da un'interfaccia a riga di comando, tramite un notebook Jupyter o tramite una console Jupyter. Può essere usato tramite visualizzatori multipli, come DS9 o Ginga, o senza un visualizzatore come semplice libreria per fare grafici e recuperare velocemente informazioni di fotometria.

MoviePy è una libreria Python per il montaggio video: taglio, concatenazione, inserzione di titoli, composizione di video (alias montaggio non lineare), elaborazione video e creazione di effetti personalizzati.

Visualizzatore veloce e interattivo di immagini multidimensionali per Python. È pensato per navigazione, annotazione e analisi di grandi immagini multidimensionali. È costruito sopra a Qt (per la GUI), vispy (per rendering performante basato su GPU) e lo stack scientifico di Python (numpy, scipy).

Pacchetto Python per analizzare, leggere e scrivere file Microsoft OLE2 (chiamati anche Structured Storage, Compound File Binary Format o Compound Document File Format) come documenti di Microsoft Office 97-2003, vbaProject.bin in file di MS Office 2007+, file Image Composer e FlashPix, file MSG di Outlook, StickyNotes, diversi formati di file di Microscopy, file di quarantena dell'antivirus McAfee, ecc.

Photutils contiene funzioni per:

• stimare il fondo e l'RMS di fondo in immagini astronomiche;
• individuare sorgenti in immagini astronomiche;
• stimare parametri morfologici di tali sorgenti (es. parametri di forma e centroide);
• eseguire fotometria di apertura e PSF.

Questo pacchetto contiene la versione per Python 3 del pacchetto.

PyQtGraph è una libreria grafica e GUI in Python puro creata sulla base di PyQt4 e numpy. È pensata per l'uso in applicazioni matematiche, scientifiche e ingegneristiche. Nonostante sia scritta interamente in Python, la libreria è molto veloce perché sfrutta pesantemente numpy per macinare i numeri e l'infrastruttura GraphicsView di Qt per una visualizzazione veloce.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

Seaborn è una libreria per creare grafici statistici esteticamente belli e informativi in Python. È creata sulla base di matplotlib e si integra strettamente con lo stack PyData, inclusa la gestione per le strutture dati numpy e pandas e le funzioni statistiche di scipy e statsmodels.

Alcune delle funzionalità offerte da seaborn sono:

• svariati temi incorporati che migliorano l'aspetto estetico predefinito di matplotlib;
• strumenti per scegliere tavolozze di colori per creare bei grafici che svelano i modelli all'interno dei propri dati;
• funzioni per visualizzare distribuzioni univariate e bivariate o per confrontare sottoinsiemi di dati;
• strumenti che fanno il fit e visualizzano modelli di regressioni lineari per diversi tipi di variabili indipendenti e dipendenti;
• una funzione per disegnare dati statistici di serie temporali con stima flessibile e rappresentazione dell'incertezza della stima;
• astrazioni di alto livello per strutturare griglie di grafi che permettono di creare facilmente visualizzazioni complesse.

Questa è la versione per Python 3 del pacchetto.

scikit-image è una raccolta di algoritmi per l'elaborazione di immagini per Python. Esegue compiti come: caricamento, filtraggio, morfologia, segmentazione, conversione di colori e trasformazioni di immagini.

Questo pacchetto fornisce il modulo Python 3.

Il pacchetto specutils implementa classi e utilità di base per interagire con spettri astronomici in Python e il progetto Astropy. È pensato per essere in futuro unito con il pacchetto astropy, ma per il momento viene sviluppato indipendentemente.

VisPy è una libreria per visualizzazione interattiva di dati 2D/3D ad alte prestazioni.

VisPy sfrutta la potenza di calcolo delle GPU (Graphics Processing Unit) moderne attraverso la libreria OpenGL per visualizzare insiemi di dati molto grandi.

Questo pacchetto fornisce VisPy per l'interprete di Python 3.

WCSAxes è un'infrastruttura per creare grafici di dati astronomici in Matplotlib. È affiliata al progetto Astropy ed è pensata per essere inclusa, una volta stabile, nel pacchetto di Astropy.

Questo pacchetto contiene la versione per Python 3 del pacchetto.

Willow è una semplice libreria per immagini che combina le API di Pillow, Wand e OpenCV. Converte l'immagine tra le librerie quando necessario.

Willow attualmente ha operazioni di base per ridimensionamento e per ritaglio, rilevamento di facce e caratteristiche e supporta le GIF animate. Nuove operazioni e integrazioni con librerie possono essere facilmente implementate.

Qtiplot è un software completo per il tracciamento di grafici simile al software Origin di OriginLab. (Per ulteriori informazioni su Origin, si veda http://www.originlab.com.)

Può fare grafici a due e tre dimensioni di qualità tipografica, sia da insiemi di dati, sia da funzioni. Può eseguire interpolazioni non lineari e multi picco.

Alcune caratteristiche:

• multipiattaforma: funziona nativamente su sistemi Windows, Mac OS X e Linux/UNIX;
• completamente gestibile con script Python;
• disegno di grafici 3D basato su OpenGL;
• grafici di qualità adatta alla pubblicazione e facile esportazione in diversi formati di immagini (EMF, EPS, PS, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, TIFF, ecc.);
• facile integrazione con il sistema tipografico di LaTeX;
• fogli di calcolo potenti e versatili con calcoli logici su colonne e facile importazione/esportazione di file multipli;
• accesso con un clic alle vaste procedure interne di analisi dei dati;
• analisi statistica avanzata: t-Test di Student, ANOVA, test chi quadrato per varianza, test di normalità di Shapiro-Wilk;
• curve fitting lineare e non lineare con pesi e stime di errori statistici dei parametri del modello;
• fit multipicco;
• strumenti per analisi di immagini;
• gestione di modelli: tutte le impostazioni per disegnare grafici, tabelle e matrici possono essere salvate e recuperate successivamente per un veloce processo di modifica;
• file di progetto basati su cartelle, un esploratore di progetto potente con funzionalità interne di trascina e rilascia e di ricerca;
• importazione completa di workbook di Excel e fogli di calcolo ODF (Open Document Format), dBase, SQLite e database Microsoft Access.

RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la pubblicazione.

Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari (sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette per gli atomi e superfici punteggiate.

I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e il formato mmCIF.

Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione con la GUI Xlib.

RELION (per REgularised LIkelihood OptimisatioN) è un programma autonomo per computer per affinamento Massimo A Posteriori di ricostruzioni 3D (multiple) * medie di classe 2D in microscopia crio-elettronica.

RELION fornisce una GUI e diversi strumenti a riga di comando in versioni parallele (MPI) e seriali, opzionalmente con gestione di CUDA/GPU.

relion fornisce gli strumenti a riga di comando seriali e paralleli (MPI) senza gestione di CUDA/GPU.

RELION (per REgularised LIkelihood OptimisatioN) è un programma autonomo per computer per affinamento Massimo A Posteriori di ricostruzioni 3D (multiple) * medie di classe 2D in microscopia crio-elettronica.

RELION fornisce una GUI e diversi strumenti a riga di comando in versioni parallele (MPI) e seriali, opzionalmente con gestione di CUDA/GPU.

relion-gui fornisce l'interfaccia utente grafica senza gestione di CUDA/GPU.

Il nome originale del pacchetto è visto come non più appropriato dalla comunità di astrofisica e ciò ha causato un cambio di nome. Questo pacchetto assicura una transizione senza problemi al nuovo nome di pacchetto. Il pacchetto di transizione può essere rimosso senza problemi.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the command-line tool.

Bayesian analysis of blinking and bleaching, or 3B microscopy, is a method which analyses data in which many overlapping fluorophores undergo bleaching and blinking events, giving the structure at enhanced resolution. By using a Hidden Markov Model (HMM), it allows useful information to be obtained from data that would be impossible to analyse with standard localisation analysis techniques.

This package contains the ImageJ plugin.

Veusz è un pacchetto per disegno e grafici scientifici 2D e 3D progettato per produrre output PDF, SVG, PostScript e bitmap pronto per la pubblicazione. Veusz fornisce per le sue funzionalità di disegno una GUI, un'interfaccia a riga di comando e una per gli script (basata su Python). I disegni vengono creati usando un sistema basato su oggetti per fornire un'interfaccia coerente.

Questo pacchetto include l'eseguibile principale, la documentazione ed esempi.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-cuda provides the serial and parallel (MPI) command-line tools with CUDA/GPU support.

RELION (for REgularised LIkelihood OptimisatioN) is a stand-alone computer program for Maximum A Posteriori refinement of (multiple) 3D reconstructions or 2D class averages in cryo-electron microscopy.

RELION provides a GUI, several command-line tools in parallel (MPI) and serial versions, optionally with CUDA/GPU support.

relion-gui-cuda provides the graphical user interface with CUDA/GPU support.