Summary
Physics
Pakiet medyczny Debiana dla fizyków medycznych
Ten metapakiet zawiera zależności dla zbioru oprogramowania oraz
dokumentacji, które są pomocne fizykom medycznym w radioterapii,
obrazowaniu diagnostycznym oraz w pokrewnych dziedzinach.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Med mailing list
Links to other tasks
|
Debian Med Physics packages
Official Debian packages with high relevance
biosig-tools
Narzędzia do konwertowania formatów danych biomedycznych
|
Versions of package biosig-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
forky | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 3.9.1 |
Debtags of package biosig-tools: |
interface | commandline |
role | program |
use | converting |
|
License: DFSG free
|
Pakiet oparty jest na bibliotece BioSig i zawiera narzędzia wiersza
poleceń, takie jak:
- save2gdf: konwerter pomiędzy różnymi formatami plików, takimi jak:
(lecz nie ograniczający się do nich) SCP-ECG (EN1064), HL7aECG
(FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
- biosig2gdf: konwertuje pliki danych biosig do formatu GDF, aby
uprościć analizowanie i ładowanie językom skryptowym
(np.loadgdf.{py,r}).
- rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: kilka narzędzi
konwertujących opartych na save2gdf.
- biosig_fhir: pakuje dane biosygnałowe do binarnego pliku szablonu
HL7/FHIR.
- physicalunits: konwerter do kodowania i dekodowania jednostek
fizycznych zgodnie z ISO 11073-10101.
|
|
gdf-tools
Biblioteka wejścia/wyjścia do GDF - narzędzia pomocnicze
|
Versions of package gdf-tools |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.1.3-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 0.1.3-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.1.3-11.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
forky | 0.1.3-12 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.1.3-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gdf-tools: |
role | program |
|
License: DFSG free
|
GDF (General Dataformat for Biosignals - powszechny format danych do
biosygnałów) służy do uniwersalnego przechowywania biosygnałów, takich jak
EEG, EKG, MEG itd.
Pakiet zawiera narzędzie dostarczane z biblioteką (gdf_merger).
|
|
octave
Język GNU Octave do obliczeń numerycznych
|
Versions of package octave |
Release | Version | Architectures |
sid | 10.2.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 6.2.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 7.3.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 9.4.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
forky | 9.4.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package octave: |
field | mathematics |
role | program |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
Octave to (głównie kompatybilny z MATLAB®) język wysokiego poziomu,
przeznaczony zwłaszcza do obliczeń numerycznych. Zapewnia on wygodny
interfejs wiersza poleceń do rozwiązywania liniowych oraz nieliniowych
zadań metodami numerycznymi.
Octave może być dynamicznie rozszerzony o dostarczone przez użytkownika
pliki C++.
|
|
r-base
System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej
|
Versions of package r-base |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.0.4-1 | all |
trixie | 4.5.0-3 | all |
bookworm | 4.2.2.20221110-2 | all |
forky | 4.5.1-1 | all |
sid | 4.5.1-1 | all |
Debtags of package r-base: |
devel | lang:r |
field | statistics |
role | dummy, metapackage |
suite | gnu |
|
License: DFSG free
|
R to system do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie
graficznej. Składa się on z języka oraz środowiska wykonawczego z grafiką,
debuggerem, dostępem do niektórych funkcji systemowych oraz możliwością
uruchamiania programów zapisanych w plikach skryptów.
Na pojawienie się R duży wpływ miały dwa istniejące języki: S (Becker,
Chambers & Wilks) i Scheme (Sussman). Rezultatem jest język bardzo
podobny do S z implementacją i semantyką odziedziczoną po Scheme.
Rdzeniem R jest interpretowany język komputerowy, umożliwiający tworzenie
rozgałęzień i pętli oraz programowanie modułowe z użyciem funkcji.
Większość funkcji R dostępnych dla użytkowników została napisana w R.
R pozwala użytkownikom wywoływać procedury napisane w C, C++ lub Fortran
w celu poprawy wydajności, a większość podstawowych funkcji R pozwala to
zrobić. Rozkład R zawiera funkcje dla dużej liczby procedur statystycznych
i leżących u ich podstaw obliczeń matematycznych. Ponadto, zawiera duży
zestaw funkcji zapewniających elastyczne środowisko do graficznej
prezentacji danych i wyników obliczeń.
Dodatkowo w CRAN (Comprehensive R Archive Network) dostępnych jest kilka
tysięcy pakietów rozszerzeń, z których wiele to także pakiety Debiana o
nazwie "r-cran-".
Ten pakiet jest pakietem zbiorczym ułatwiającym przejście z instalacji
pakietu wcześniejszego niż 1.5.0 do większego pakietu r-base. Po jego
zainstalowaniu można go bezpiecznie usunąć, a apt-get automatycznie
zaktualizuje jego komponenty podczas przyszłych aktualizacji. Po
zainstalowaniu tego pakietu użytkownicy będą mogli, jeśli będą sobie
tego życzyć, zainstalować pakiet r-base-core.
The package is enhanced by the following packages:
texmacs-bin
|
|
Official Debian packages with lower relevance
libbiosig-dev
I/O library for biomedical data - development files
|
Versions of package libbiosig-dev |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
forky | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 3.9.1 |
Debtags of package libbiosig-dev: |
devel | examples, library |
role | devel-lib |
|
License: DFSG free
|
BioSig is a library for accessing files in several biomedical data formats
(including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG,
SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100,
FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file
formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .
This package provides header files and static library.
|
|
octave-biosig
Dowiązania Octave do biblioteki BioSig
|
Versions of package octave-biosig |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
forky | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 3.9.1 |
|
License: DFSG free
|
Pakiet zawiera dowiązania Octave do biblioteki BioSig. Główny cel -
interfejs I/O (wejścia/wyjścia danych) do różnych formatów plików
biomedycznych, w tym: SCP-ECG (EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF itd.
|
|
python3-biosig
Python3 bindings for BioSig library
|
Versions of package python3-biosig |
Release | Version | Architectures |
forky | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.2-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.9.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 3.9.1 |
|
License: DFSG free
|
This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary
goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including
but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.
|
|
python3-multipletau
multiple-tau algorithm for Python3/NumPy
|
Versions of package python3-multipletau |
Release | Version | Architectures |
forky | 0.4.1+ds-1 | all |
trixie | 0.4.1+ds-1 | all |
bookworm | 0.3.3+ds-4 | all |
bullseye | 0.3.3+ds-3 | all |
sid | 0.4.1+ds-1 | all |
|
License: DFSG free
|
Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less
data points are computed) and is thus much faster than conventional
correlation on a linear scale such as numpy.correlate
An online reference is available
at http://paulmueller.github.io/multipletau
|
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
paw
Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program
|
Versions of package paw |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1:2.14.04.dfsg.2-10 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10
|
CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for
use in physics experiments, but also with applications to other
fields such as the biological sciences.
PAW is an interactive program providing interactive graphical presentation
and statistical and mathematical analysis tools. It is designed to work
on objects familiar to physicists such as histograms, event files (Ntuples),
vectors, etc.
The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit
architectures in order to function properly, as its design is not
very 64-bit clean.
|
paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
|
Versions of package paw++ |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1:2.14.04.dfsg.2-10 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10
|
CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for
use in physics experiments, but also with applications to other
fields such as the biological sciences.
This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and
graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw"
package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against
Lesstif in Debian.
The program is linked statically against the CERN libraries on
64-bit architectures in order to function properly, as its design is not
very 64-bit clean.
|
paw-demos
Physics Analysis Workstation examples and tests
|
Versions of package paw-demos |
Release | Version | Architectures |
VCS | 1:2.14.04.dfsg.2-10 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10
|
CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for
use in physics experiments, but also with applications to other
fields such as the biological sciences.
This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test
scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You
may run the examples and tests with the included paw-demos program.
|
No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
Geant4 Application for Emission Tomography
|
|
License: LGPL
Debian package not available
|
GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and
scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear
medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single
Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description
of time-dependent phenomena such as source or detector movement and
source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent
components allows a coherent description of the acquisition process. It
makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions
in time.
|
platform for the design, test and use of BCI
|
|
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++
|
OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI).
OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for
real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter,
process, classify and visualize brain signals in real time.
|
|