Debian Med Project
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Summary
Physics
pacchetti Debian Med per fisici medici

Questo metapacchetto contiene dipendenze per una raccolta di software e documentazione che sono utili per i fisici medici che lavorano nella radiologia oncologica, la diagnostica per immagini e i campi collegati.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Med to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Med mailing list

Links to other tasks

Debian Med Physics packages

Official Debian packages with high relevance

biosig-tools
strumenti di conversione di formato per formati di dati biomedici
Versions of package biosig-tools
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
upstream3.9.1
Debtags of package biosig-tools:
interfacecommandline
roleprogram
useconverting
Popcon: 10 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto, basato sulla libreria BioSig, fornisce strumenti a riga di comando, come:

  • save2gdf: converte tra diversi formati di file inclusi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB;
  • biosig2gdf: converte file di dati biosig in GDF, per semplificare l'analisi e il caricamento da parte di linguaggi di scripting (es. loadgdf.{py,r});
  • rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: diversi strumenti di conversione basati su save2gdf;
  • biosig_fhir: impacchetta dati biosignal in file modello HL7/FHIR binari;
  • physicalunits: convertitore per codifica e decodifica di unità di misura fisiche secondo la ISO 11073-10101.
Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
gdf-tools
libreria di IO per GDF - strumenti ausiliari
Versions of package gdf-tools
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.1.3-8amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.1.3-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.1.3-11.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky0.1.3-12amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.1.3-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gdf-tools:
roleprogram
Popcon: 10 users (9 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce lo strumento incluso con la libreria (gdf_merger).

Please cite: Alois Schlögl: GDF – A general dataformat for BIOSIGNALS. The Computing Research Repository abs/cs/0608052 (2006)
octave
linguaggio GNU Octave per il calcolo numerico
Versions of package octave
ReleaseVersionArchitectures
sid10.2.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye6.2.0-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm7.3.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie9.4.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky9.4.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package octave:
fieldmathematics
roleprogram
suitegnu
Popcon: 562 users (397 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Octave è un linguaggio di alto livello (per la maggior parte compatibile con Matlab®) orientato principalmente al calcolo numerico. Fornisce una comoda interfaccia a riga di comando per risolvere numericamente problemi lineari e non.

Octave può essere esteso dinamicamente con file C++ forniti dall'utente.

The package is enhanced by the following packages: liboctave-dev octave-dev octave-doc texmacs-bin
Please cite: John W. Eaton, David Bateman, Søren Hauberg and Rik Wehbring: GNU Octave version 4.2.0 manual: a high-level interactive language for numerical computations. (2016)
Registry entries: SciCrunch 
r-base
sistema per calcoli e grafici statistici GNU R
Maintainer: Dirk Eddelbuettel
Versions of package r-base
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.0.4-1all
trixie4.5.0-3all
bookworm4.2.2.20221110-2all
forky4.5.1-1all
sid4.5.1-1all
Debtags of package r-base:
devellang:r
fieldstatistics
roledummy, metapackage
suitegnu
Popcon: 64 users (55 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

R è un sistema per il calcolo statistico e per la grafica. Consiste di un linguaggio e di un ambiente eseguibile con grafica, un debugger, l'accesso a certe funzioni di sistema e la capacità di eseguire programmi memorizzati in file script.

La progettazione di R è stata pesantemente influenzata da due linguaggi già esistenti: S di Becker, Chambers e Wilks e Scheme di Sussman. Di conseguenza il linguaggio risulta avere un aspetto molto simile a S e l'implementazione e la semantica sottostanti sono derivate da Scheme.

Il cuore di R è un linguaggio interpretato che permette salti e cicli ma anche la programmazione modulare tramite le funzioni. La maggior parte delle funzioni visibili all'utente sono scritte in R. L'utente può interfacciarsi con procedure scritte in C, C++ o FORTRAN per l'efficienza, come fanno molte delle funzioni principali di R. La distribuzione di R contiene funzionalità per un gran numero di procedure statistiche e per i calcoli matematici applicati sottostanti. C'è anche un ampio insieme di funzioni che forniscono un ambiente grafico flessibile per la creazione di diversi tipi di rappresentazione dei dati.

Inoltre, diverse migliaia di "pacchetti" d'estensione sono disponibili dal CRAN, Comprehensive R Archive Network, molti dei quali sono disponibili come pacchetti Debian con nome "r-cran-".

Questo è un metapacchetto che facilita la transizione dall'organizzazione dei pacchetti pre-1.5.0 con il pacchetto r-base più grande. Una volta installato, questo pacchetto può essere tranquillamente rimosso e apt-get aggiornerà automaticamente i suoi componenti in futuro. Questo pacchetto è fornito per dare la possibilità agli utenti di installare poi solo r-base-core se preferiscono così.

The package is enhanced by the following packages: texmacs-bin
Screenshots of package r-base

Official Debian packages with lower relevance

libbiosig-dev
libreria di I/O per dati biomedici - file di sviluppo
Versions of package libbiosig-dev
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
upstream3.9.1
Debtags of package libbiosig-dev:
develexamples, library
roledevel-lib
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BioSig è una libreria per accedere a file in svariati formati di dati biomedici (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile all'indirizzo http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Questo pacchetto fornisce i file header e la libreria statica.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
octave-biosig
collegamenti Octave per la libreria BioSig
Versions of package octave-biosig
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
upstream3.9.1
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto contiene i collegamenti Octave per la libreria BioSig. Il suo scopo principale è un'interfaccia di I/O per svariati formati di file biomedici compresi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-biosig
collegamenti Python 3 per la libreria BioSig
Versions of package python3-biosig
ReleaseVersionArchitectures
forky3.9.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.1.2-4amd64,arm64,armhf,i386
bookworm2.5.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.9.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream3.9.1
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Questo pacchetto fornisce i collegamenti Python 3 per la libreria BioSig. L'obiettivo principale consiste in un'interfaccia di I/O ad una varietà di formati di file biomedici che include, ma non si limita a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF e EDF.

Please cite: Alois Schlögl and Clemens Brunner: BioSig: A Free and Open Source Software Library for BCI Research. (eprint) Computer 41(10):44-50 (2008)
python3-multipletau
algoritmo multiple-tau per Python3/NumPy
Versions of package python3-multipletau
ReleaseVersionArchitectures
forky0.4.1+ds-1all
trixie0.4.1+ds-1all
bookworm0.3.3+ds-4all
bullseye0.3.3+ds-3all
sid0.4.1+ds-1all
Popcon: 13 users (47 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

La correlazione multiple-tau è calcolata su scala logaritmica (vengono calcolati meno punti dati) ed è perciò molto più veloce della correlazione convenzionale su scala lineare come "numpy.correlate".

Un riferimento online è disponibile su http://paulmueller.github.io/multipletau

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

paw
Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program
Versions of package paw
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

PAW is an interactive program providing interactive graphical presentation and statistical and mathematical analysis tools. It is designed to work on objects familiar to physicists such as histograms, event files (Ntuples), vectors, etc.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

paw++
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
Versions of package paw++
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes Paw++, an interactive program for use in analysis and graphical presentation. Paw++ is the same program as PAW (in the "paw" package), but with a more user-friendly Motif-based GUI, compiled against Lesstif in Debian.

The program is linked statically against the CERN libraries on 64-bit architectures in order to function properly, as its design is not very 64-bit clean.

paw-demos
Physics Analysis Workstation examples and tests
Versions of package paw-demos
ReleaseVersionArchitectures
VCS1:2.14.04.dfsg.2-10all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 1:2.14.04.dfsg.2-10

CERNLIB is a suite of data analysis tools and libraries created for use in physics experiments, but also with applications to other fields such as the biological sciences.

This package includes example scripts for use by PAW or Paw++, and test scripts to make sure that the PAW or Paw++ programs behave correctly. You may run the examples and tests with the included paw-demos program.

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

gate - wnpp
Geant4 Application for Emission Tomography
Responsible: Nicolas Spalinger
License: LGPL
Debian package not available

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

openvibe - wnpp
platform for the design, test and use of BCI
License: LGPL
Debian package not available
Language: C++

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 268328