Debian Med Physics packages

Based on BioSig library, this package provides command line tools, such as

• save2gdf: converter between different file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
• biosig2gdf: converts biosig data files into GDF, to simplify parsing and loading by scripting languages (e.g. loadgdf.{py,r})
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: several converter tools based on save2gdf
• biosig_fhir: packs biosignal data into HL7/FHIR binary template file.
• physicalunits: converter for encoding and decoding of physical units according to ISO 11073-10101

GDF (General Dataformat for Biosignals) is intended to provide a generic storage for biosignals, such as EEG, ECG, MEG etc.

This package provides the tool shipped with the library (gdf_merger).

Octave ist eine (zum größten Teil zu MATLAB® kompatible) höhere Programmiersprache, die hauptsächlich für numerische Berechnungen gedacht ist. Sie stellt eine komfortable Kommandozeilenschnittstelle zur numerischen Lösung linearer und nichtlinearer Probleme bereit.

Octave kann dynamisch mittels vom Anwender bereitgestellter C++-Dateien erweitert werden.

CERNLIB ist eine Sammlung von Datenanalysewerkzeugen und -bibliotheken für den Einsatz in physikalischen Experimenten, aber auch mit Anwendungen für andere Felder wie den Biowissenschaften.

PAW ist ein interaktives Programm, das interaktive grafische Präsentationen sowie statistische und mathematische Analysewerkzeuge bereitstellt. Es ist dafür gedacht, um mit Objekten zu arbeiten, die Physikern geläufig sind; etwa Histogramme, Ntuple, Vektoren, usw.

Das Programm ist gegen die CERN-Bibliotheken der 64-bit Architekturen statisch gelinkt, um dort die Funktion des Programms zu gewährleisten, da PAW nicht für 64-bit entwickelt wurde.

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Diese Paket enthält Paw++, ein interaktives Programm zur Analyse und grafischen Präsentation. Paw++ ist das gleiche Programm wie PAW (im Paket »paw«), aber mit einer benutzerfreundlicheren grafischen Oberfläche auf Basis von Motif (in Debian gegen Lesstif kompiliert).

Auf 64-Bit-Architekturen ist das Programm statisch gegen die CERN-Bibliotheken gelinkt, um eine ordnungsgemäße Funktion zu gewährleisten, obwohl es nicht sehr sauber für 64-Bit entworfen wurde.

R ist ein System für statistische Berechnungen und Grafiken. Es besteht aus einer Sprache mit grafischer Laufzeitumgebung und einem Debugger. Der Zugriff auf bestimmte Systemfunktionen und die Ausführung von Skriptdateien ist möglich.

Der Entwurf von R wurde stark von zwei existierenden Sprachen beeinflusst: S von Becker, Chambers & Wilks und Scheme von Sussman. Während die resultierende Sprache ein S ähnelndes Aussehen hat, stammt die Semantik und die interne Implementierung von Scheme ab.

Der Kern von R ist eine interpretierte Programmiersprache, die Verzweigungen und Schleifen sowie modulare Programmierung unter Verwendung von Funktionen ermöglicht. Die meisten dem Anwender zugänglichen Funktionen von R sind in R geschrieben. Der Anwender kann zur Effizienzsteigerung in den Sprachen C, C++ oder Fortran geschriebene Funktionen einsetzen, was auch viele Grundfunktionen von R ausnutzen. Die R-Distribution enthält Funktionalitäten für eine große Zahl statistischer Verfahren und die zugrunde liegenden mathematischen Berechnungen. Es gibt auch eine Vielzahl von Funktionen, die zusammen eine flexible grafische Umgebung für die Erzeugung vielfältiger grafischer Darstellungen bilden.

Zusätzlich sind mehrere tausend Erweiterungs-»Pakete« beim Comprehensive R Archive Network (CRAN) verfügbar. Viele von ihnen sind auch als Debian-Pakete verfügbar, deren Namen dem Schema »r-cran-« folgen.

Dieses Metapaket vereinfacht den Übergang von dem Paket-Setup vor 1.5.0 mit seinem größeren »r-base«-Paket. Einmal installiert, kann es gefahrlos entfernt werden und apt-get wird automatisch seine Komponenten bei zukünftigen Upgrades aktualisieren. Die Bereitstellung dieses Pakets ermöglicht Anwendern, nur r-base-core zu installieren, wenn sie dies wünschen.

BioSig is a library for accessing files in several biomedical data formats (including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

This package provides header files and static library.

This package provides Octave bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

CERNLIB ist eine Sammlung von Werkzeugen und Bibliotheken zur Datenanalyse, entworfen zur Anwendung bei physikalischen Experimenten. Es ist allerdings auch in anderen Anwendungsbereichen wie der Biologie einsetzbar.

Dieses Paket enthält Beispielskripte für PAW oder Paw++ und Testskripte zur Überprüfung der Programmfunktionalität. Die Beispiele und Tests können mit dem enthaltenem Programm paw-demos abgespielt werden.

This package provides Python3 bindings for BioSig library. Primary goal -- I/O interface to variety of biomedical file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF.

Multiple-tau correlation is computed on a logarithmic scale (less data points are computed) and is thus much faster than conventional correlation on a linear scale such as numpy.correlate

An online reference is available at http://paulmueller.github.io/multipletau

GATE incorporates the Geant4 libraries in a modular, versatile, and scripted simulation toolkit which is adapted to the field of nuclear medicine both in PET (Positron Emission Tomography) and SPECT (Single Photon Emission Computer Tomography). It allows the accurate description of time-dependent phenomena such as source or detector movement and source decay kinetics. The ability to synchronize all time-dependent components allows a coherent description of the acquisition process. It makes it possible to perform realistic simulations of data acquisitions in time.

OpenViBE enables to design, test and use Brain-Computer Interfaces (BCI). OpenViBE is a software for real-time neurosciences (that is, for real-time processing of brain signals). It can be used to acquire, filter, process, classify and visualize brain signals in real time.