Summary
Tools
Debian Science generic tools for scientific work
This task lists Debian Science some packages which are providing some
generic tools for sciences and to enhance scientific work.
Note that there is no according metapackage created since the packages
might be to different to make sense to install all on one machine.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Tools packages
Official Debian packages with high relevance
hdf-compass
visualizzatore per HDF5 e formati relativi
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Versions of package hdf-compass |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.6.0-1 | all |
bullseye | 0.7~b8-3 | all |
sid | 0.7~b15-1 | all |
bookworm | 0.7~b8-3 | all |
trixie | 0.7~b15-1 | all |
stretch | 0.6.0-1 | all |
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License: DFSG free
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HDF Compass è un programma sperimentale di visualizzazione per HDF5 e
formati relativi, progettato per complementare altre applicazioni più
complesse come HDFView. Viene posta un'attenzione particolare su un design
minimale e pulito e sulla massima estensibilità attraverso un sistema a
plugin per nuovi formati.
Questo pacchetto fornisce l'applicazione HDF Compass.
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mrcal
Calibration and SFM library
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Versions of package mrcal |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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A photogrammetry toolkit that provides improved methods for making and using
camera models (calibration, tracking, mapping, etc). The focus is on
calibration and uncertainty propagation to produce the most accurate models
possible. This package provides the user-facing tools
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openstereogram
generatore di stereogrammi ("Occhio magico") con GUI
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Versions of package openstereogram |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.1+20080921-3 | all |
stretch | 0.1+20080921-2 | all |
bullseye | 0.1+20080921-3 | all |
trixie | 0.1+20080921-3 | all |
sid | 0.1+20080921-3 | all |
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License: DFSG free
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Un'applicazione per il desktop, scritta in Java, per generare degli
autostereogrammi resi popolari dal libro "L'occhio magico". Gli utenti
creano immagini che sembrano sollevarsi in 3D quando guardate con gli occhi
convergenti o paralleli (visione parallela).
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python3-h5netcdf
gestione di netCDF4 per Python 3 tramite h5py
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Versions of package python3-h5netcdf |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.4.0-2 | all |
bullseye | 0.8.1-2 | all |
bookworm | 1.1.0-1 | all |
sid | 1.4.0-2 | all |
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License: DFSG free
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Un'interfaccia Python per il formato di file netCDF4 che legge e scrive
file HDF5 locali o remoti direttamente tramite h5py o h5pyd, senza
affidarsi alla libreria Unidata netCDF.
Questo pacchetto fornisce i moduli per Python 3.
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python3-h5py
interfaccia Python di uso generico per hdf5
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Versions of package python3-h5py |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2.1-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 3.11.0-8 | all |
stretch | 2.7.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.7.0-8 | all |
trixie | 3.11.0-5 | all |
bullseye | 2.10.0-9 | all |
buster | 2.8.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 3.12.1 |
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License: DFSG free
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HDF5 per Python (h5py) è un'interfaccia Python di uso generico per la
versione 5 della libreria Hierarchical Data Format. HDF5 è una libreria per
software scientifico versatile e matura progettata per l'archiviazione
veloce e flessibile di quantità enormi di dati.
Dal punto di vista del programmatore Python, HDF5 fornisce un modo robusto
per memorizzare i dati, organizzati per nome in un modo in stile albero.
Si possono creare insiemi di dati (array su disco) grandi centinaia di
gigabyte ed effettuare l'accesso casuale in I/O nelle sezioni volute. Gli
insiemi di dati sono organizzati in una gerarchia in stile file system
usando contenitori chiamati "gruppi" e a cui si accede attraverso la
sintassi POSIX tradizionale /percorso/alla/risorsa.
h5py fornisce un'interfaccia in lettura/scrittura semplice e robusta ai
dati HDF5 da Python. Per l'interfaccia vengono usati i concetti esistenti
di Python e Numpy; per esempio, gli insiemi di dati su disco sono
rappresentati da una classe proxy che gestisce lo slicing e ha attributi
dtype e shape. I gruppi HDF5 sono presentati usando una metafora
dizionario, indicizzati per nome.
Questo è un semplice pacchetto di dipendenze, che dipende dalla versione
seriale o MPI di h5py e fornisce file dati di test.
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python3-hdf5plugin
libreria Python per rendere i filtri di compressione HDF5 usabili da h5py
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Versions of package python3-hdf5plugin |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.0.1-3 | all |
trixie | 4.0.1-3 | all |
sid | 4.0.1-3 | all |
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License: DFSG free
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hdf5plugin fornisce estensioni per h5py per controllare i plugin dei filtri
di compressione di HDF5 installati nel sistema.
Il pacchetto fornisce opzioni per:
- blosc
- bitshuffle
- lz4
- FCIDECOMP
- ZFP
- zstd
Questi plugin di filtro non vengono forniti da questo pacchetto e
necessitano di essere installati usando i propri pacchetti.
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python3-hdf5storage
utilità di alto livello per leggere e scrivere HDF5 (Python 3)
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Versions of package python3-hdf5storage |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.1.19-2 | all |
sid | 0.1.19-2 | all |
bookworm | 0.1.19-1 | all |
stretch | 0.1.14-1 | all |
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License: DFSG free
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Questo pacchetto fornisce utilità di alto livello per leggere e scrivere
una varietà di tipi Python da e verso file formattati in HDF5 (Hierarchical
Data Format). Questo pacchetto fornisce anche il supporto per file nel
formato MATLAB MAT v7.3, che sono semplicemente file HDF5 con una diversa
estensione e alcuni metadati aggiuntivi.
Questo pacchetto fornisce hdf5storage per l'interprete Python 3.
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python3-pybind11
modulo ausiliario pybind11 per Python 3
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Versions of package python3-pybind11 |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.13.6-1 | all |
sid | 2.13.6-1 | all |
bookworm | 2.10.3-1 | all |
buster | 2.2.4-2 | all |
bullseye | 2.6.2-1 | all |
stretch | 2.0.1-3 | all |
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License: DFSG free
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pybind11 è una libreria header leggera che espone tipi C++ in Python e
viceversa, principalmente per creare collegamenti Python di codice C++
esistente. I suoi obiettivi e la sua sintassi sono simili all'eccellente
libreria Boost.Python di David Abrahams: minimizzare il codice ripetuto nei
tradizionali moduli di estensione inferendo le informazioni sui tipi usando
l'introspezione al momento della compilazione.
Questo pacchetto fornisce pybind11 per Python 3.
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reprounzip
strumento per riprodurre esperimenti scientifici (spacchettatore)
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Versions of package reprounzip |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3-2 | all |
bullseye | 1.0.16-2 | all |
bookworm | 1.0.16-2 | all |
buster | 1.0.10-1 | all |
trixie | 1.3-2 | all |
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License: DFSG free
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ReproZip è uno strumento che ha lo scopo di semplificare il procedimento di
creazione di esperimenti riproducibili da esecuzioni dalla riga di comando,
un denominatore comune frequentemente usato nelle scienze computazionali.
Tiene traccia delle chiamate al sistema operativo e crea un pacchetto che
contiene tutti i binari, i file e le dipendenze richieste per eseguire
un dato comando nell'ambiente computazionale dell'autore (passo di
impacchettamento). Un revisore può in seguito estrarre l'esperimento nel
proprio ambiente per riprodurre i risultati (passo di spacchettamento).
Questo pacchetto fornisce lo spacchettatore di ReproZip.
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reprozip
strumento per riprodurre esperimenti scientifici (impacchettatore)
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Versions of package reprozip |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.0.14-2 | all |
bullseye | 1.0.16-1 | all |
sid | 1.3-2 | amd64,i386 |
bookworm | 1.1-2 | all |
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License: DFSG free
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ReproZip è uno strumento che ha lo scopo di semplificare il procedimento di
creazione di esperimenti riproducibili da esecuzioni dalla riga di comando,
un denominatore comune frequentemente usato nelle scienze computazionali.
Tiene traccia delle chiamate al sistema operativo e crea un pacchetto che
contiene tutti i binari, i file e le dipendenze richieste per eseguire
un dato comando nell'ambiente computazionale dell'autore (passo di
impacchettamento). Un revisore può in seguito estrarre l'esperimento nel
proprio ambiente per riprodurre i risultati (passo di spacchettamento).
Questo pacchetto fornisce l'impacchettatore ReproZip.
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science-workflow
sistemi di gestione dei flussi di lavoro per ricerca scientifica
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Versions of package science-workflow |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.14.6 | all |
stretch | 1.7 | all |
buster | 1.10 | all |
bullseye | 1.14.2 | all |
bookworm | 1.14.5 | all |
sid | 1.14.6 | all |
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License: DFSG free
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Questo task elenca alcuni pacchetti che forniscono sistemi di gestione dei
flussi di lavoro utili per la ricerca scientifica.
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xoscope
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Versions of package xoscope |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.0-3.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 2.2-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package xoscope: |
field | electronics |
interface | x11 |
role | program |
use | checking, learning |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Xoscope è un oscilloscopio che usa l'input da una scheda sonora o server
EsounD o hardware COMEDI. Include display per 8 segnali, scala dei tempi
variabile, funzioni matematiche, memoria, misurazioni e
salvataggio/caricamento di file.
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Official Debian packages with lower relevance
libmemtailor-dev
libreria C++ di allocatori di memoria per scopi speciali (strumenti di sviluppo)
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Versions of package libmemtailor-dev |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.0~git20200526-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.0~git20160302-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0~git20160311-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.0~git20230916-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0~git20230916-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0~git20220104-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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Memtailor è una libreria C++ di allocatori di memoria per scopi speciali.
Attualmente offre un allocatore di arena e un pool di memoria.
Questo pacchetto contiene gli strumenti per sviluppatori.
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libmrcal-dev
Calibration and SFM library
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Versions of package libmrcal-dev |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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A photogrammetry toolkit that provides improved methods for making and using
camera models (calibration, tracking, mapping, etc). The focus is on
calibration and uncertainty propagation to produce the most accurate models
possible. This package provides the development C libraries
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libmrmpi-dev
Implements MapReduce operation on top of standard MPI message - development
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Versions of package libmrmpi-dev |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.0~20140404-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.0~20140404-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0~20140404-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0~20140404-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0~20140404-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.0~20140404-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0~20140404-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package libmrmpi-dev: |
devel | library |
role | devel-lib |
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License: DFSG free
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The MapReduce-MPI (MR-MPI) library is open-source software that implements the
MapReduce operation popularized by Google on top of standard MPI message
passing.
The MR-MPI library is written in C++ and is callable from hi-level languages
such as C++, C, Fortran. A Python wrapper is also included, so MapReduce
programs can be written in Python, including map() and reduce() user callback
methods. A hi-level scripting interface to the MR-MPI library, called OINK, is
also included which can be used to develop and chain MapReduce algorithms
together in scripts with commands that simplify data management tasks. OINK has
its own manual and doc pages.
This package contains development files needed to build MapReduce-MPI
applications.
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python3-mrcal
Calibration and SFM library
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Versions of package python3-mrcal |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.4.1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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A photogrammetry toolkit that provides improved methods for making and using
camera models (calibration, tracking, mapping, etc). The focus is on
calibration and uncertainty propagation to produce the most accurate models
possible. This package provides the Python interfaces
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python3-opcodes
Database of Processor Instructions/Opcodes (Python 3)
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Versions of package python3-opcodes |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.0~git20180424.6e2b0cd-3 | all |
bookworm | 0.0~git20180424.6e2b0cd-3 | all |
trixie | 0.0~git20180424.6e2b0cd-3 | all |
sid | 0.0~git20180424.6e2b0cd-3 | all |
upstream | 0.0~git20240108.b606dde |
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License: DFSG free
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The project provides descriptions for most user-mode x86, x86-64, and k1om
instructions up to AVX-512 and SHA (including 3dnow!+, XOP, FMA3, FMA4,
TBM and BMI2).
This package installs the library for Python 3.
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python3-pweave
generatore di report scientifici per Python
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Versions of package python3-pweave |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.30.3-1 | all |
buster | 0.25-1 | all |
bullseye | 0.25-3 | all |
bookworm | 0.30.3-1 | all |
trixie | 0.30.3-1 | all |
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License: DFSG free
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Pweave è un generatore di report scientifici per Python e uno strumento di
literate programming per Python. Pweave può catturare risultati e grafici
dall'analisi dei dati e funziona bene con NumPy, SciPy e matplotlib. È in
grado di eseguire codice Python dal documento sorgente e includere i
risultati e catturare i grafici di matplotlib nell'output.
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spacenavd
demone per usare dispositivi di input 3D di 3Dconnexion
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Versions of package spacenavd |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.7.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.5-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 0.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package spacenavd: |
hardware | input |
interface | daemon |
role | program |
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License: DFSG free
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I normali mouse e trackball per computer sono scomodi da usare per le
applicazioni 3D: manca una dimensione e altro ancora se si desidera
distinguere tra inclinare e muovere o si vogliono effettuare entrambe le
operazioni contemporaneamente, proprio come si può fare in modo intuitivo
con una tazza da caffè. 3Dconnexion ha dispositivi di input di quel tipo
con 6 gradi di libertà che sono noti come "space navigator", "space pilot",
"space traveller", "space mouse", ecc. e, una volta che li si ha,
probabilmente si smetterà di usare il mouse e si ricorderà con rabbia tutto
il tempo perso in passato per posizionare oggetti in CAD/CAM o altrove.
Spacenavd è un sostituto in software libero per driver (demone) in spazio
utente e kit di sviluppo software per tali dispositivi.
È compatibile con il demone originale e proprietario 3dxsrv fornito da
3Dconnexion e funziona perfettamente con qualsiasi programma che è stato
scritto per il driver 3Dconnexion. Offre anche un altro metodo per accedere
al dispositivo tramite un nuovo protocollo non dipendente da X11.
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tiemu-skinedit
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Versions of package tiemu-skinedit |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.28~git20220826.cda2db4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.28~git20220826.cda2db4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.28~git20220826.cda2db4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.28~20200818-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.27-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.27-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.27-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.28~git20240908.2b8df92 |
Debtags of package tiemu-skinedit: |
hardware | emulation |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | editing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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skinedit è l'editor di skin che affianca TiEmu, l'emulatore di calcolatrici
Texas Instruments. Usando una skin differente, si cambia l'aspetto
dell'emulatore.
skinedit può gestire anche skin VTi (un altro emulatore che gira su
Windows), permettendo la conversione di skin tra i formati di VTi e di TiEmu.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
python3-pydap
implementation of the Data Access Protocol in Python
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Versions of package python3-pydap |
Release | Version | Architectures |
VCS | 3.2.2+ds1-1 | all |
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License: Expat
Debian package not available
Version: 3.2.2+ds1-1
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Pydap is an implementation of the Opendap/DODS protocol, written from scratch.
You can use Pydap to access scientific data on the internet without having to
download it; instead, you work with special array and iterable objects that
download data on-the-fly as necessary, saving bandwidth and time. The module
also comes with a robust-but-lightweight Opendap server, implemented as a WSGI
application.
This package provides the modules for Python 3.
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