Summary
xas
Questo metapacchetto installa tutti i pacchetti EXAFS e XANES per
spettroscopia di assorbimento di PAN per raggi X e fotoni e neutroni.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the PAN Blend mailing list
Links to other tasks
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PAN Blend xas packages
Official Debian packages with high relevance
ifeffit
programma interattivo per analisi XAFS
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Versions of package ifeffit |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.2.11d-9.1 (contrib) | amd64,i386 |
stretch | 1.2.11d-10.1 (contrib) | amd64,i386 |
buster | 1.2.11d-10.2 (contrib) | amd64,i386 |
bookworm | 1.2.11d-12.5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.11d-12.7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.2.11d-12.7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package ifeffit: |
scope | application |
uitoolkit | ncurses |
x11 | application |
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License: DFSG free
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IFEFFIT è un programma interattivo per analisi XAFS. Combina gli algoritmi
di analisi di alta qualità di AUTOBK e FEFFIT con visualizzazione grafica
di dati XAFS e manipolazione di dati generica.
IFEFFIT viene fornito come programma a riga di comando, ma la funzionalità
sottostante è disponibile come una libreria di programmazione. La libreria
IFEFFIT può essere usata da programmi C, Fortran, Tcl e Perl.
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pymca
applicazioni e toolkit per analisi di fluorescenza a raggi X -- script
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Versions of package pymca |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.9.4-1 | all |
jessie | 4.7.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.1.3+dfsg-1 | all |
buster | 5.4.3+dfsg-1 | all |
bullseye | 5.6.3+dfsg-1 | all |
bookworm | 5.8.0+dfsg-2 | all |
bookworm-backports | 5.8.7+dfsg-2~bpo12+1 | all |
trixie | 5.9.4-1 | all |
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License: DFSG free
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PyMca è un insieme di applicazioni e librerie Python per l'analisi di
spettri di fluorescenza a raggi X.
Le applicazioni incluse in questo pacchetto sono:
- edfviewer - visualizzazione e ispezione di file di dati in ESRF Data
Format;
- elementsinfo - visualizza dati di raggi X specifici di un elemento;
- mca2edf - converte un file dal formato SPEC MCA a EDF;
- peakidentifier - visualizza picchi di fluorescenza a raggi X in un dato
intervallo di energia;
- pymcabatch - fitting non interattivo di spettri;
- pymcapostbatch - post-elaborazione dei risultati del fitting non
interattivo;
- pymca - analisi interattiva dei dati;
- pymcaroitool - strumento per immagini Region-of-interest (ROI).
Il toolkit PyMca può leggere file di dati nei formati SPEC, ESRF data file
(EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA e SupaVisio.
Questi sono gli script del pacchetto.
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python3-xraylarch
X-ray absorption, fluorescence spectroscopy and diffraction data analysis
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Versions of package python3-xraylarch |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.9.58+ds1-5 | amd64 |
sid | 0.9.81+ds1-2 | amd64 |
trixie | 0.9.81+ds1-2 | amd64 |
upstream | 2025.1.1 |
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License: DFSG free
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Larch is a library and set of applications for processing and analyzing X-ray
absorption and fluorescence spectroscopy data and X-ray fluorescence and
diffraction image data from synchrotron beamlines.
Larch is especially focussed on X-ray absorption fine-structure spectroscopy
(XAFS) including X-ray absorption near-edge spectroscopy (XANES) and extended
X-ray absorption fine-structure spectroscopy (EXAFS). It also supports
visualization and analysis tools for X-ray fluorescence (XRF) spectra and XRF
and X-ray diffraction (XRD) images as collected at scanning X-ray microprobe
beamlines.
This package installs the larch module and scripts for Python 3.
- GSE MapViewer for GSECARS X-ray microprobe data.
- Larch CLI and Gtk GUI.
- XAS Viewer for XAFS Processing and Analysis.
- XRF Display to display and analyze XRF Spectra.
The Larch CLI is available as larch_cli in Debian.
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quantum-espresso
suite per strutture elettroniche e dinamiche molecolari ab initio
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Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
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License: DFSG free
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Quantum ESPRESSO (prima chiamato PWscf) è una suite integrata di sorgenti
per calcoli di strutture elettroniche e modellazione di materiali alla
nanoscala. È basato sulla teoria del funzionale densità, sulle onde piane e
sui pseudopotenziali (sia a norma conservata, sia ultrasoft, sia PAW).
Tra le funzionalità vi sono:
- calcoli dello stato fondamentale e della struttura delle bande tramite
sollecitazioni, forze ed energie totali autocoerenti di onde piane;
- pseudopotenziali a norma conservata e ultrasoft (Vanderbilt) separabili,
PAW (Projector Augmented Waves);
- vari funzionali di scambio e correlazione, dalla LDA alle
approssimazioni di gradiente generalizzato (PW91, PBE, B88-P86,
BLYP) fino a funzionali meta-GGA, di scambio esatto (HF) e ibridi
(PBE0, B3LYP, HSE);
- dinamica molecolare Car-Parrinello e Born-Oppenheimer;
- ottimizzazione strutturale che include stati di transizione e percorsi
ad energia minima;
- magnetismo non collineare e accoppiamento spin-orbita;
- proprietà di risposta che includono frequenze di fononi e autovettori,
cariche efficaci e tensori dielettrici, sezioni d'urto Raman ed infrarossi,
spostamenti chimici EPR e NMR;
- proprietà spettroscopiche come l'eccitazione elettronica e le righe K
ed L1 nello spettro di assorbimento ai raggi X (XAS, X-ray Absorption
Spectra).
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
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quantum-espresso-data-sssp
Standard solid-state pseudopotentials (SSSP) library
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Versions of package quantum-espresso-data-sssp |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3.0-3 | all |
trixie | 1.3.0-3 | all |
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License: DFSG free
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The convergence pattern of each element includes for each of the
considered family:
- the total number of electrons in the valence, Z;
- delta value (the error in the equation of state compared with
all-electron WIEN2k results, developed by Cottenier group), at full
converged cutoff;
- the largest phonon frequency, ωmax, at the zone boundary (as a
number), at full cutoff;
- and then as a function of wave function cutoff:
- the discrepancy of all phonon frequencies, δω̄, at the zone
boundary, with respect to the converged value;
- the convergence of the pressure, δVpress, with respect to the
converged value;
- the convergence of the cohesive energy, δEcoh, with respect to the
converged value;
- the convergence of the bands structure, η10 and max η10 with
respect to the converged value.
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Debian packages in contrib or non-free
horae
elaborazione ed analisi grafiche interattive di dati EXAFS
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Versions of package horae |
Release | Version | Architectures |
buster | 071~svn537-2.1 (contrib) | all |
stretch | 071~svn537-2.1 (contrib) | all |
sid | 071~svn537+ds1-2 (contrib) | all |
trixie | 071~svn537+ds1-2 (contrib) | all |
bookworm | 071~svn537+ds1-1 (contrib) | all |
Debtags of package horae: |
field | chemistry, physics |
role | program |
x11 | application |
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License: DFSG free, but needs non-free components
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ATHENA è un'utilità grafica interattiva per l'elaborazione di dati EXAFS.
Fa la maggior parte dei comuni lavori di gestione dei dati, inclusi
deglitching, allineamento, unione, rimozione dello sfondo e trasformate di
Fourier.
ARTEMIS è un'utilità grafica interattiva per il fit di dati EXAFS usando
standard teorici da FEFF e per creazione di modelli sofisticati dai dati
insieme ad una visualizzazione e ad un'analisi statistica flessibili.
HEPHAESTUS è una tavola periodica potenziata per chi fa spettroscopia XAS;
fornisce svariate utilità che hanno a che fare con tabelle dei coefficienti
di assorbimento ed altri dati chimici.
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libdemeter-perl
comprehensive XAS data analysis system using Feff and Ifeffit or Larch
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Versions of package libdemeter-perl |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.9.27+ds6-9 (contrib) | all |
sid | 0.9.27+ds6-9 (contrib) | all |
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License: DFSG free, but needs non-free components
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Demeter provides an object oriented interface to the EXAFS data analysis
capabilities of the popular and powerful Ifeffit package and its successor
Larch. Given that the Ifeffit and Larch APIs involve streams of text
commands, this package is, at heart, a code generator. Many methods of this
package return text. All actual interaction with Ifeffit or Larch is handled
through a single method, dispose, which is described below. The internal
structure of this package involves accumulating text in a scalar variable
through successive calls to the various code generating methods. This text is
then disposed to Ifeffit, to Larch, to a file, or elsewhere. The outward
looking methods organize all of the complicated interactions of your data
with Ifeffit or Larch.
This package is aimed at many targets. It can be the back-end of a graphical
data analysis program, providing the glue between the on-screen
representation of the fit and the actual command executed by Ifeffit or
Larch. It can be used for one-off data analysis chores -- indeed most of the
examples that come with the package can be reworked into useful one-off
scripts. It can also be the back-end to sophisticated data analysis chores
such as high-throughout data processing and analysis or complex physical
modeling.
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No known packages available
prestopronto
Software for analysis of Quick Exafs data
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License: GPL3+
Debian package not available
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rixs
Sorting and visualization of 1D spectra: XAS, scan positions, etc. (Detailed specifications sent to S. Bac in April 2020)
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License: ?
Debian package not available
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Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions)
Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the
CCD lines after linear interpolation.
Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.
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