PAN Blend Project
Summary
xas
EXAFS e XANES

Questo metapacchetto installa tutti i pacchetti EXAFS e XANES per spettroscopia di assorbimento di PAN per raggi X e fotoni e neutroni.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the PAN Blend mailing list

Links to other tasks

PAN Blend xas packages

Official Debian packages with high relevance

ifeffit
programma interattivo per analisi XAFS
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bookworm1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.2.11d-12.7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.2.11d-12.7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IFEFFIT è un programma interattivo per analisi XAFS. Combina gli algoritmi di analisi di alta qualità di AUTOBK e FEFFIT con visualizzazione grafica di dati XAFS e manipolazione di dati generica.

IFEFFIT viene fornito come programma a riga di comando, ma la funzionalità sottostante è disponibile come una libreria di programmazione. La libreria IFEFFIT può essere usata da programmi C, Fortran, Tcl e Perl.

pymca
applicazioni e toolkit per analisi di fluorescenza a raggi X -- script
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
sid5.9.4-1all
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.6.3+dfsg-1all
bookworm5.8.0+dfsg-2all
bookworm-backports5.8.7+dfsg-2~bpo12+1all
trixie5.9.4-1all
Popcon: 11 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca è un insieme di applicazioni e librerie Python per l'analisi di spettri di fluorescenza a raggi X.

Le applicazioni incluse in questo pacchetto sono:

  • edfviewer - visualizzazione e ispezione di file di dati in ESRF Data Format;
  • elementsinfo - visualizza dati di raggi X specifici di un elemento;
  • mca2edf - converte un file dal formato SPEC MCA a EDF;
  • peakidentifier - visualizza picchi di fluorescenza a raggi X in un dato intervallo di energia;
  • pymcabatch - fitting non interattivo di spettri;
  • pymcapostbatch - post-elaborazione dei risultati del fitting non interattivo;
  • pymca - analisi interattiva dei dati;
  • pymcaroitool - strumento per immagini Region-of-interest (ROI).

Il toolkit PyMca può leggere file di dati nei formati SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA e SupaVisio.

Questi sono gli script del pacchetto.

Screenshots of package pymca
python3-xraylarch
X-ray absorption, fluorescence spectroscopy and diffraction data analysis
Versions of package python3-xraylarch
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.9.58+ds1-5amd64
sid0.9.81+ds1-2amd64
trixie0.9.81+ds1-2amd64
upstream2025.1.1
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Larch is a library and set of applications for processing and analyzing X-ray absorption and fluorescence spectroscopy data and X-ray fluorescence and diffraction image data from synchrotron beamlines.

Larch is especially focussed on X-ray absorption fine-structure spectroscopy (XAFS) including X-ray absorption near-edge spectroscopy (XANES) and extended X-ray absorption fine-structure spectroscopy (EXAFS). It also supports visualization and analysis tools for X-ray fluorescence (XRF) spectra and XRF and X-ray diffraction (XRD) images as collected at scanning X-ray microprobe beamlines.

This package installs the larch module and scripts for Python 3.

  • GSE MapViewer for GSECARS X-ray microprobe data.
  • Larch CLI and Gtk GUI.
  • XAS Viewer for XAFS Processing and Analysis.
  • XRF Display to display and analyze XRF Spectra.

The Larch CLI is available as larch_cli in Debian.

quantum-espresso
suite per strutture elettroniche e dinamiche molecolari ab initio
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
bullseye6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie6.7-3amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid6.7-3amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 15 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (prima chiamato PWscf) è una suite integrata di sorgenti per calcoli di strutture elettroniche e modellazione di materiali alla nanoscala. È basato sulla teoria del funzionale densità, sulle onde piane e sui pseudopotenziali (sia a norma conservata, sia ultrasoft, sia PAW).

Tra le funzionalità vi sono:

  • calcoli dello stato fondamentale e della struttura delle bande tramite sollecitazioni, forze ed energie totali autocoerenti di onde piane;
  • pseudopotenziali a norma conservata e ultrasoft (Vanderbilt) separabili, PAW (Projector Augmented Waves);
  • vari funzionali di scambio e correlazione, dalla LDA alle approssimazioni di gradiente generalizzato (PW91, PBE, B88-P86, BLYP) fino a funzionali meta-GGA, di scambio esatto (HF) e ibridi (PBE0, B3LYP, HSE);
  • dinamica molecolare Car-Parrinello e Born-Oppenheimer;
  • ottimizzazione strutturale che include stati di transizione e percorsi ad energia minima;
  • magnetismo non collineare e accoppiamento spin-orbita;
  • proprietà di risposta che includono frequenze di fononi e autovettori, cariche efficaci e tensori dielettrici, sezioni d'urto Raman ed infrarossi, spostamenti chimici EPR e NMR;
  • proprietà spettroscopiche come l'eccitazione elettronica e le righe K ed L1 nello spettro di assorbimento ai raggi X (XAS, X-ray Absorption Spectra).
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)
quantum-espresso-data-sssp
Standard solid-state pseudopotentials (SSSP) library
Versions of package quantum-espresso-data-sssp
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.0-3all
trixie1.3.0-3all
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The convergence pattern of each element includes for each of the considered family:

  • the total number of electrons in the valence, Z;
  • delta value (the error in the equation of state compared with all-electron WIEN2k results, developed by Cottenier group), at full converged cutoff;
  • the largest phonon frequency, ωmax, at the zone boundary (as a number), at full cutoff;
  • and then as a function of wave function cutoff:
  • the discrepancy of all phonon frequencies, δω̄, at the zone boundary, with respect to the converged value;
  • the convergence of the pressure, δVpress, with respect to the converged value;
  • the convergence of the cohesive energy, δEcoh, with respect to the converged value;
  • the convergence of the bands structure, η10 and max η10 with respect to the converged value.

Debian packages in contrib or non-free

horae
elaborazione ed analisi grafiche interattive di dati EXAFS
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537+ds1-2 (contrib)all
trixie071~svn537+ds1-2 (contrib)all
bookworm071~svn537+ds1-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components
Git

ATHENA è un'utilità grafica interattiva per l'elaborazione di dati EXAFS. Fa la maggior parte dei comuni lavori di gestione dei dati, inclusi deglitching, allineamento, unione, rimozione dello sfondo e trasformate di Fourier.

ARTEMIS è un'utilità grafica interattiva per il fit di dati EXAFS usando standard teorici da FEFF e per creazione di modelli sofisticati dai dati insieme ad una visualizzazione e ad un'analisi statistica flessibili.

HEPHAESTUS è una tavola periodica potenziata per chi fa spettroscopia XAS; fornisce svariate utilità che hanno a che fare con tabelle dei coefficienti di assorbimento ed altri dati chimici.

libdemeter-perl
comprehensive XAS data analysis system using Feff and Ifeffit or Larch
Versions of package libdemeter-perl
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.9.27+ds6-9 (contrib)all
sid0.9.27+ds6-9 (contrib)all
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components
Git

Demeter provides an object oriented interface to the EXAFS data analysis capabilities of the popular and powerful Ifeffit package and its successor Larch. Given that the Ifeffit and Larch APIs involve streams of text commands, this package is, at heart, a code generator. Many methods of this package return text. All actual interaction with Ifeffit or Larch is handled through a single method, dispose, which is described below. The internal structure of this package involves accumulating text in a scalar variable through successive calls to the various code generating methods. This text is then disposed to Ifeffit, to Larch, to a file, or elsewhere. The outward looking methods organize all of the complicated interactions of your data with Ifeffit or Larch.

This package is aimed at many targets. It can be the back-end of a graphical data analysis program, providing the glue between the on-screen representation of the fit and the actual command executed by Ifeffit or Larch. It can be used for one-off data analysis chores -- indeed most of the examples that come with the package can be reworked into useful one-off scripts. It can also be the back-end to sophisticated data analysis chores such as high-throughout data processing and analysis or complex physical modeling.

No known packages available

prestopronto
Software for analysis of Quick Exafs data
License: GPL3+
Debian package not available
rixs
Sorting and visualization of 1D spectra: XAS, scan positions, etc. (Detailed specifications sent to S. Bac in April 2020)
License: ?
Debian package not available

Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions) Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the CCD lines after linear interpolation. Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 251901