PAN Blend Project
Summary
xas
EXAFS og XANES

Denne metapakke vil installere alle røntgen fotoner og neutroner PAN EXAFS- og XANES-absorptionspektroskopipakker.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the PAN Blend mailing list

Links to other tasks

PAN Blend xas packages

Official Debian packages with high relevance

ifeffit
Interaktivt XAFS-analyseprogram
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bookworm1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IFEFFIT er et interaktivt program for XAFS-analyse. Det kombinerer de højkvalitets analysealgoritmer for AUTOBK og FEFFIT med grafisk visning af XAFS-data og generel datamanipulation.

IFEFFIT er et kommandolinjeprogram, men den underliggende funktionalitet er tilgængelig som et programmeringsbibliotek. IFEFFIT-biblioteket kan bruges fra C, Fortran, Tcl og Perl.

pymca
Programmer og værktøjssæt for røntgenfluorescensanalyse - skripter
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
bookworm-backports5.8.7+dfsg-2~bpo12+1all
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.6.3+dfsg-1all
bookworm5.8.0+dfsg-2all
trixie5.9.2+dfsg-2all
sid5.9.2+dfsg-2all
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af røntgenfluorescens spektre.

Programmerne inkluderet i denne pakke er:

  • edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
  • elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
  • mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
  • peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent energiinterval
  • pymcabatch - jobtilpasning af spektra
  • pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
  • pymca - interaktiv dataanalyse
  • pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)

PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.

Dette er skripterne for pakken.

Screenshots of package pymca
python3-xraylarch
Røntgenabsorption, fluorescensspektroskopi og diffraktionsdataanalyse
Versions of package python3-xraylarch
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.9.58+ds1-5amd64
sid0.9.74+ds1-1amd64
upstream0.9.78
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Larch er et bibliotek og et sæt af programmer til behandling og analyse af røntgenabsorptions- og fluorescensspektroskopidata og røntgenfluorescens- og diffraktionsbilleddata fra synkrotronstrålelinjer.

Larch er især fokuseret på røntgenabsorptionsfinstrukturspektroskopi (XAFS) inklusive røntgenabsorption nær-kant-spektroskopi (XANES) og udvidet røntgenabsorptionsfinstrukturspektroskopi (EXAFS). Det understøtter også visualiserings- og analyseværktøjer til X-ray fluorescens (XRF) spektre og XRF- og røntgendiffraktionsbilleder (XRD) som opsamlet ved at skanne røntgenmikroprobestrålelinjer.

Denne pakke installerer modulet larch og skripter til Python 3.

  • GSE MapViewer til GSECARS-røntgenmikroprobedata
  • Larch CLI og Gtk GUI
  • XAS-fremviser til XAFS-behandling og -analyse
  • XRF-visning til at vise og analysere XRF-spektra

Larch CLI er tilgængelig som larch_cli i Debian.

quantum-espresso
Programpakke for elektronikstruktur og Ab-Initio molekylære dynamikker
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
trixie6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386
bookworm6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 14 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).

Funktionalitet:

  • Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
  • Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer (ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
  • Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra LDA til den generaliserede gradientapproksimation (PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
  • Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
  • Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
  • Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
  • Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman- spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
  • Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra (XAS) og elektronexcitationer
Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)

Debian packages in contrib or non-free

horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537+ds1-1 (contrib)all
trixie071~svn537+ds1-1 (contrib)all
bookworm071~svn537+ds1-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components
Git

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

No known packages available

prestopronto
Software for analysis of Quick Exafs data
License: GPL3+
Debian package not available
rixs
Sorting and visualization of 1D spectra: XAS, scan positions, etc. (Detailed specifications sent to S. Bac in April 2020)
License: ?
Debian package not available

Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions) Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the CCD lines after linear interpolation. Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237978