PAN Blend xas packages

IFEFFIT er et interaktivt program for XAFS-analyse. Det kombinerer de højkvalitets analysealgoritmer for AUTOBK og FEFFIT med grafisk visning af XAFS-data og generel datamanipulation.

IFEFFIT er et kommandolinjeprogram, men den underliggende funktionalitet er tilgængelig som et programmeringsbibliotek. IFEFFIT-biblioteket kan bruges fra C, Fortran, Tcl og Perl.

PyMca er et sæt af programmer og Pythonbiblioteker for analyse af røntgenfluorescens spektre.

Programmerne inkluderet i denne pakke er:

• edfviewer - vis og inspicer datafiler i ESRF-dataformatet
• elementsinfo - viser elementspecifikke røntgendata
• mca2edf - konverterer filer fra SPEC MCA-formatet til EDF
• peakidentifier - Viser røntgenfluorescens toppe i et givent energiinterval
• pymcabatch - jobtilpasning af spektra
• pymcapostbatch - efterbehandling af jobtilpasningsresultater
• pymca - interaktiv dataanalyse
• pymcaroitool - billedværktøj til Region-of-interest (ROI)

PyMca-værktøjssættet kan læse datafiler i formaterne SPEC, ESRF-datafil (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA og SupaVisio.

Dette er skripterne for pakken.

Larch er et bibliotek og et sæt af programmer til behandling og analyse af røntgenabsorptions- og fluorescensspektroskopidata og røntgenfluorescens- og diffraktionsbilleddata fra synkrotronstrålelinjer.

Larch er især fokuseret på røntgenabsorptionsfinstrukturspektroskopi (XAFS) inklusive røntgenabsorption nær-kant-spektroskopi (XANES) og udvidet røntgenabsorptionsfinstrukturspektroskopi (EXAFS). Det understøtter også visualiserings- og analyseværktøjer til X-ray fluorescens (XRF) spektre og XRF- og røntgendiffraktionsbilleder (XRD) som opsamlet ved at skanne røntgenmikroprobestrålelinjer.

Denne pakke installerer modulet larch og skripter til Python 3.

• GSE MapViewer til GSECARS-røntgenmikroprobedata
• Larch CLI og Gtk GUI
• XAS-fremviser til XAFS-behandling og -analyse
• XRF-visning til at vise og analysere XRF-spektra

Larch CLI er tilgængelig som larch_cli i Debian.

Quantum ESPRESSO (tidligere kendt som PWscf) er en integreret programpakke med computerkoder til elektronstrukturberegninger og materialemodellering på nanoskala. Den er baseret på tæthedsfunktionalteori med planbølger og pseudopotentialer (både normkonserverende, ultrasoft og PAW).

Funktionalitet:

• Grundtilstands- og båndstrukturberegning ved hjælp af planbølger med selvkonsistent totalenergi, kræfter og mekanisk spænding
• Separable normkonserverende samt Vanderbilt-pseudopotentialer (ultrasoft) og PAW-metoden (projector augmented wave method)
• Diverse funktionaler for elektronkorrelation og -udveksling fra LDA til den generaliserede gradientapproksimation (PW91, PBE, B88-P86, BLYP), meta-GGA, eksakt udveksling (HF) og hybridfunktionaler (PBE0, B3LYP, HSE)
• Car-Parrinello- og Born-Oppenheimer-molekylærdynamik
• Strukturoptimering inklusive overgangstilstande og minimumsenergikurver
• Spin-bane-kobling og ikke-kolineær magnetisme
• Responsegenskaber inklusive fononfrekvenser og -egenvektorer, effektive ladninger og dielektriske tensorer, infrarøde og Raman- spredningstværsnit samt kemiske skift med EPR og NMR.
• Spektroskopiske egenskaber såsom K- og L1-edge røntgenabsorptionsspektra (XAS) og elektronexcitationer

The convergence pattern of each element includes for each of the considered family:

• the total number of electrons in the valence, Z;
• delta value (the error in the equation of state compared with all-electron WIEN2k results, developed by Cottenier group), at full converged cutoff;
• the largest phonon frequency, ωmax, at the zone boundary (as a number), at full cutoff;
• and then as a function of wave function cutoff:
• the discrepancy of all phonon frequencies, δω̄, at the zone boundary, with respect to the converged value;
• the convergence of the pressure, δVpress, with respect to the converged value;
• the convergence of the cohesive energy, δEcoh, with respect to the converged value;
• the convergence of the bands structure, η10 and max η10 with respect to the converged value.

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

Demeter provides an object oriented interface to the EXAFS data analysis capabilities of the popular and powerful Ifeffit package and its successor Larch. Given that the Ifeffit and Larch APIs involve streams of text commands, this package is, at heart, a code generator. Many methods of this package return text. All actual interaction with Ifeffit or Larch is handled through a single method, dispose, which is described below. The internal structure of this package involves accumulating text in a scalar variable through successive calls to the various code generating methods. This text is then disposed to Ifeffit, to Larch, to a file, or elsewhere. The outward looking methods organize all of the complicated interactions of your data with Ifeffit or Larch.

This package is aimed at many targets. It can be the back-end of a graphical data analysis program, providing the glue between the on-screen representation of the fit and the actual command executed by Ifeffit or Larch. It can be used for one-off data analysis chores -- indeed most of the examples that come with the package can be reworked into useful one-off scripts. It can also be the back-end to sophisticated data analysis chores such as high-throughout data processing and analysis or complex physical modeling.

Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions) Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the CCD lines after linear interpolation. Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.