Summary
xas
photons-and-neutrons EXAFS and XANES
This metapackage will install all X-ray photons-and-neutrons PAN EXAFS and
XANES absorption spectroscopy packages.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the PAN Blend mailing list
Links to other tasks
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PAN Blend xas packages
Official Debian packages with high relevance
ifeffit
programme interactif d’analyse de XAFS
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Versions of package ifeffit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.2.11d-12.5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.2.11d-12.6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.2.11d-9.1 (contrib) | amd64,i386 |
stretch | 1.2.11d-10.1 (contrib) | amd64,i386 |
sid | 1.2.11d-12.6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.11d-10.2 (contrib) | amd64,i386 |
Debtags of package ifeffit: |
scope | application |
uitoolkit | ncurses |
x11 | application |
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License: DFSG free
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IFEFFIT est un programme interactif d’analyse de XAFS. Il combine les
algorithmes de haute qualité d’analyse d’AUTOBK et FEFFIT avec l’affichage
graphique de données de XAFS et la manipulation générale de données.
IFEFFIT est fourni comme programme en ligne de commande, mais la fonctionnalité
sous-jacente est disponible comme bibliothèque de programmation. La
bibliothèque IFEFFIT peut être utilisée à partir de programme en C,
Fortran, Tcl ou Perl.
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pymca
applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts
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Versions of package pymca |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 5.8.0+dfsg-2 | all |
jessie | 4.7.4+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 5.1.3+dfsg-1 | all |
buster | 5.4.3+dfsg-1 | all |
bullseye | 5.6.3+dfsg-1 | all |
bookworm-backports | 5.8.7+dfsg-2~bpo12+1 | all |
trixie | 5.9.3+dfsg-1 | all |
sid | 5.9.3+dfsg-1 | all |
upstream | 5.9.4 |
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License: DFSG free
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PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour
l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.
Les applications incluses dans ce paquet sont :
– edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
format de données ESRF ;
– elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
– mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
– peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
d’énergie donnée ;
– pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
– pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
– pymca : analyse de données interactive ;
– pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.
La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats
SPEC,
ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.
Il s’agit des scripts du paquet.
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python3-xraylarch
spectroscopie d’absorption et de fluorescence de rayons X et analyse de données de diffraction
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Versions of package python3-xraylarch |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.9.58+ds1-5 | amd64 |
sid | 0.9.81+ds1-2 | amd64 |
trixie | 0.9.81+ds1-2 | amd64 |
upstream | 2025.1.1 |
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License: DFSG free
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Larch est une bibliothèque et un ensemble d’applications pour l’analyse et
le traitement de données de spectroscopie d’absorption et de fluorescence
de rayons X et de données d’image de diffraction et de fluorescence d’un
rayonnement synchrotron.
Larch est principalement destiné à XAFS (X-ray absorption fine-structure
spectroscopy), incluant XANES (X-ray absorption near-edge spectroscopy) et
EXAFS (extended X-ray absorption fine-structure spectroscopy). Il prend
en charge des outils de visualisation et d’analyse pour les spectres XRF
(X-ray fluorescence) et les images XRD (X-ray diffraction) comme obtenus
en analysant des flux de microsonde à rayons X.
Ce paquet installe le module larch et les scripts pour Python 3 :
– GSE MapViewer pour des données de microsonde à rayons X GSECARS ;
– interface en ligne de commande et graphique en GTK pour Larch ;
– visualisateur XAS pour l’analyse et le traitement XAFS ;
– XRF Display pour l’affichage et l’analyse de spectre XRF.
L’ILC de Larch est fournie par le paquet larch_cli dans Debian.
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quantum-espresso
suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics
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Versions of package quantum-espresso |
Release | Version | Architectures |
trixie | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 6.7-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 6.3-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.1+dfsg-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 6.0-3 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 6.7-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package quantum-espresso: |
role | program |
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License: DFSG free
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ESPRESSO Quantum (anciennement connu sous le nom PWscf) est une suite
intégrée de codes informatiques pour les calculs de structure électronique
et de modélisation de matériaux à l'échelle nanométrique. Elle est basée sur
la théorie de la densité fonctionnelle, les ondes planes et les
pseudopotentiels (tous conservant les normes, ultrasoft et PAW).
Please cite:
P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch:
QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials.
J. Phys. Condens. Matter
21:395502
(2009)
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Debian packages in contrib or non-free
horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
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Versions of package horae |
Release | Version | Architectures |
trixie | 071~svn537+ds1-1 (contrib) | all |
buster | 071~svn537-2.1 (contrib) | all |
stretch | 071~svn537-2.1 (contrib) | all |
sid | 071~svn537+ds1-1 (contrib) | all |
bookworm | 071~svn537+ds1-1 (contrib) | all |
Debtags of package horae: |
field | chemistry, physics |
role | program |
x11 | application |
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License: DFSG free, but needs non-free components
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ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It
handles most of the common data handling chores of interest, including
deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.
ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using
theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with
flexible data visualization and statistical analysis.
HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption
spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of
absorption coefficients and other chemical data.
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No known packages available
prestopronto
Software for analysis of Quick Exafs data
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License: GPL3+
Debian package not available
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rixs
Sorting and visualization of 1D spectra: XAS, scan positions, etc. (Detailed specifications sent to S. Bac in April 2020)
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License: ?
Debian package not available
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Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions)
Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the
CCD lines after linear interpolation.
Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.
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