PAN Blend Project
Summary
xas
photons-and-neutrons EXAFS and XANES

This metapackage will install all X-ray photons-and-neutrons PAN EXAFS and XANES absorption spectroscopy packages.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for PAN Blend to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the PAN Blend mailing list

Links to other tasks

PAN Blend xas packages

Official Debian packages with high relevance

ifeffit
programme interactif d’analyse de XAFS
Versions of package ifeffit
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.2.11d-10.1 (contrib)amd64,i386
jessie1.2.11d-9.1 (contrib)amd64,i386
buster1.2.11d-10.2 (contrib)amd64,i386
bookworm1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid1.2.11d-12.5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package ifeffit:
scopeapplication
uitoolkitncurses
x11application
Popcon: 2 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

IFEFFIT est un programme interactif d’analyse de XAFS. Il combine les algorithmes de haute qualité d’analyse d’AUTOBK et FEFFIT avec l’affichage graphique de données de XAFS et la manipulation générale de données.

IFEFFIT est fourni comme programme en ligne de commande, mais la fonctionnalité sous-jacente est disponible comme bibliothèque de programmation. La bibliothèque IFEFFIT peut être utilisée à partir de programme en C, Fortran, Tcl ou Perl.

pymca
applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts
Versions of package pymca
ReleaseVersionArchitectures
bookworm-backports5.8.7+dfsg-2~bpo12+1all
jessie4.7.4+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
stretch5.1.3+dfsg-1all
buster5.4.3+dfsg-1all
bullseye5.6.3+dfsg-1all
bookworm5.8.0+dfsg-2all
trixie5.9.2+dfsg-2all
sid5.9.2+dfsg-2all
Popcon: 4 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyMca est un ensemble d’applications et de bibliothèques de Python pour l’analyse de spectre de fluorescence des rayons X.

Les applications incluses dans ce paquet sont :

 – edfviewer : affichage et inspection de fichiers de données au
               format de données ESRF ;
 – elementsinfo : affichage de données de rayons X d’élément spécifique ;
 – mca2edf : conversion des fichiers MCA SPEC vers EDF ;
 – peakidentifier : affichage de pics de fluorescence X dans une gamme
                    d’énergie donnée ;
 – pymcabatch : ajustement par lot de spectre ;
 – pymcapostbatch : post-traitement des résultats d’ajustement par lot ;
 – pymca : analyse de données interactive ;
 – pymcaroitool : outil de zone d’intérêt (ROI) d’imagerie.

La boîte à outils PyMca peut lire les fichiers de données aux formats SPEC, ESRF data file (EDF), OMNIC, HDF5, AIFIRA et SupaVisio.

Il s’agit des scripts du paquet.

Screenshots of package pymca
python3-xraylarch
spectroscopie d’absorption et de fluorescence de rayons X et analyse de données de diffraction
Versions of package python3-xraylarch
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.9.58+ds1-5amd64
sid0.9.74+ds1-1amd64
upstream0.9.78
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Larch est une bibliothèque et un ensemble d’applications pour l’analyse et le traitement de données de spectroscopie d’absorption et de fluorescence de rayons X et de données d’image de diffraction et de fluorescence d’un rayonnement synchrotron.

Larch est principalement destiné à XAFS (X-ray absorption fine-structure spectroscopy), incluant XANES (X-ray absorption near-edge spectroscopy) et EXAFS (extended X-ray absorption fine-structure spectroscopy). Il prend en charge des outils de visualisation et d’analyse pour les spectres XRF (X-ray fluorescence) et les images XRD (X-ray diffraction) comme obtenus en analysant des flux de microsonde à rayons X.

Ce paquet installe le module larch et les scripts pour Python 3 :

 – GSE MapViewer pour des données de microsonde à rayons X GSECARS ;
 – interface en ligne de commande et graphique en GTK pour Larch ;
 – visualisateur XAS pour l’analyse et le traitement XAFS ;
 – XRF Display pour l’affichage et l’analyse de spectre XRF.

L’ILC de Larch est fournie par le paquet larch_cli dans Debian.

quantum-espresso
suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics
Versions of package quantum-espresso
ReleaseVersionArchitectures
trixie6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
sid6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch6.0-3amd64,arm64,armhf,i386,mips,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.1+dfsg-3amd64,armel,armhf,i386
buster6.3-4amd64,arm64,armhf,i386
bookworm6.7-2amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package quantum-espresso:
roleprogram
Popcon: 14 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ESPRESSO Quantum (anciennement connu sous le nom PWscf) est une suite intégrée de codes informatiques pour les calculs de structure électronique et de modélisation de matériaux à l'échelle nanométrique. Elle est basée sur la théorie de la densité fonctionnelle, les ondes planes et les pseudopotentiels (tous conservant les normes, ultrasoft et PAW).

Please cite: P. Giannozzi, S. Baroni, N. Bonini, M. Calandra, R. Car, C. Cavazzoni, D. Ceresoli, G. L. Chiarotti, M. Cococcioni, I. Dabo, A. Dal Corso, S. Fabris, G. Fratesi, S. de Gironcoli, R. Gebauer, U. Gerstmann, C. Gougoussis, A. Kokalj, M. Lazzeri, L. Martin-Samos, N. Marzari, F. Mauri, R. Mazzarello, S. Paolini, A. Pasquarello, L. Paulatto, C. Sbraccia, S. Scandolo, G. Sclauzero, A. P. Seitsonen, A. Smogunov, P. Umari and R. M. Wentzcovitch: QUANTUM ESPRESSO: a modular and open-source software project for quantum simulations of materials. J. Phys. Condens. Matter 21:395502 (2009)

Debian packages in contrib or non-free

horae
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
Versions of package horae
ReleaseVersionArchitectures
buster071~svn537-2.1 (contrib)all
stretch071~svn537-2.1 (contrib)all
sid071~svn537+ds1-1 (contrib)all
trixie071~svn537+ds1-1 (contrib)all
bookworm071~svn537+ds1-1 (contrib)all
Debtags of package horae:
fieldchemistry, physics
roleprogram
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free, but needs non-free components
Git

ATHENA is an interactive graphical utility for processing EXAFS data. It handles most of the common data handling chores of interest, including deglitching, aligning, merging, background removal, and Fourier transforms.

ARTEMIS is an interactive graphical utility for fitting EXAFS data using theoretical standards from FEFF and sophisticated data modelling along with flexible data visualization and statistical analysis.

HEPHAESTUS is a souped up periodic table for the x-ray absorption spectroscopist. It provides a number of utilities involving tables of absorption coefficients and other chemical data.

No known packages available

prestopronto
Software for analysis of Quick Exafs data
License: GPL3+
Debian package not available
rixs
Sorting and visualization of 1D spectra: XAS, scan positions, etc. (Detailed specifications sent to S. Bac in April 2020)
License: ?
Debian package not available

Visualization of contextual data (energy and polarization of the line, resolution, sample and spectrometer positions) Processing of CCD images to extract RIXS spectra: application of thresholds, extraction of the curvature (by Gaussian fit) necessary to sum the CCD lines after linear interpolation. Visualization of the RIXS spectra and construction of RIXS maps in two representations: Emission Energy and Energy Loss.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 237978