DebiChem 3D Visualization packages

Adun is a biomolecular simulator that also includes data management and analysis capabilities. It was developed at the Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, a part of the Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

This package contains UL, the Adun GUI frontend.

Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.

Features include:

• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting

File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.

BALLView підтримує швидку (за допомогою OpenGL) візуалізацію молекулярних структур, методи молекулярної механіки (мінімізація, моделювання молекулярної динаміки з використанням моделі AMBER, CHARMM та силового поля MMFF94), вміє обчислювати та ілюструвати електростатичні властивості (FDPB) та редагування молекулярних особливостей.

BALLView можна вважати графічним інтерфейсом користувача на основі бібліотеки BALL (бібліотека алгоритмів з біохімії) з акцентом на найбільш поширені потреби хіміків білка та біофізиків, зокрема. Розроблений в групі Ханса-Пітера Ленгова {Hans-Peter Lenhof} (університет Саарленд, Саарбрюккен, Німеччина) та Олівера Кохльбейкера {Oliver Kohlbacher} (університет Тюбінген, Німеччина). BALL — інфраструктура застосунків мовою Сі++, яка була спеціально розроблена для швидкої розробки програмного забезпечення з молекулярного моделювання та обчислювальної молекулярної біології. BALL надає широкий набір структур даних а також класів для молекулярної механіки, передових методів сольватації, порівняння та аналізу білкових структур, імпорту/експорту файлів та візуалізації.

A Python library that provides parsers for computational chemistry log files. It also provides a platform to implement algorithms in a package-independent manner.

This package contains helper scripts for end users.

If you are looking for the unit tests and data files managed by cclib, they are distributed separately as in non-free package cclib-data.

DRAWxtl читає базовий опис кристалічної структури, який включає в себе параметри елементарного елемента, просторову групу симетрії, координати атомів, теплові характеристики чи карту Фур’є, і виводить геометричний об’єкт, що містить багатокутники, площини, конуси неподілених пар електронів, сфери або еліпсоїди, зв’язки, ізоповерхневі контури Фур’є та межі елементарного елемента.

Чотири види графічного представлення даних:

• у вікні OpenGL для негайного перегляду;

• на мові опису сцен трасувальника променів POV-RAY для отримання зображень друкованого якості;

• мовою моделювання віртуальної реальності (VRML) для поширення інформації з мережі Інтернет;

• візуалізація вікна OpenGL засобами Postscript для отримання високоякісних зображень за відсутності трасувальника променів POV-RAY.

DRAWxtl може читати різні формати файлів, включаючи CIF, FDAT, FullProf(pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS та WIEN2k.

Gabedit is a graphical user interface to computational chemistry packages like:

• MPQC
• GAMESS-US
• Gaussian
• Molcas
• Molpro
• Q-Chem

These Ab Initio software packages might run locally or on a remote server (supporting FTP, RSH and SSH). Gabedit can display a variety of calculation results including most major molecular file formats. The advanced "Molecule Builder" allows one to rapidly sketch in molecules and examine them in 3D. Graphics can further be exported to various formats, including animations.

slurm-wlm-torque and gridengine-client are workload managers which provide wrappers for PBS commands. Gabedit also allows one to configure it for any other workload manager.

The General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) provides a graphical interface to build, view and analyze atomic structures. The program is aimed at the scientific community and provides a graphical interface to study atomic structures and to prepare images for presentations, and for teaching the atomic structure of matter.

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

• The slab position and thickness are visible in a small window.
• Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable objects.
• The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes are available (as for slab).
• Capable to display stereo image.
• Capable to display other geometric objects, like membrane.
• Atomic information is available for atom covered by the mouse pointer. No click required, just move the mouse pointer over the structure!
• Capable to load more than one structure.
• Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram, averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
• The command prompt is available at the bottom of the main window. It is able to display one error message and one command string.

GaussSum розбирає вихідні файли розрахунків ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar та PC GAMESS й витягує з них корисну інформацію.

GaussSum використовує GNUPlot для відображення прогресу оптимізації геометрії, спектру густини станів, UV-VIS, ІЧ-спектри, спектри комбінаційного розсіяння та карти різниці електронної щільності. Також, він може відображати усі рядки, що містять певну фразу та багато іншого.

Програма заснована на GTK+ для показу та маніпулювання окремими молекулами, періодичними системами та кристалізацією. Вона знаходиться в розробці, але, тим не менш, досить функціональна. Вона має наступні можливості:

• Підтримка різних типів файлів (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN та GULP)
• Простий інструмент для створення та маніпулювання молекулами

• Діалог для створення початкових налаштувань для динамічної молекулярної симуляції

• Різноманітні інструменти для візуалізації (геометричні дані, підсвічування й т.і.)

• Анімація файлів BIOSYM (також отримані анімації, див. нижче)

GDIS також дозволяє вам отримати наступні функції після встановлення пакунків:

• промальовка моделей (за допомогою POVRay);
• енергетична мінімізація (за допомогою GULP);
• морфологічне обчислення (за допомогою cdd);
• обробка групових просторів (за допомогою SgInfo);
• ререгляд періодичної таблиці (за допомогою GPeriodic);
• завантаження додаткових типів файлів, таких як PDB (за допомогою Babel).

gpdc is a graphical program for visualising output data from molecular dynamics simulations. It reads input in the standard xyz format, as well as other custom formats, and can output pictures of each frame in JPG or PNG format.

Jmol — молекулярний переглядач на Java для перегляду тривимірних хімічних структур. Серед можливостей читання різних типів файлів та виводу з програм квантової хімії, анімація багато-кадрових файлів та обчислених нормальних мод з квантових програм. Доступні характеристики для хімічних речовин, кристалів, матеріалів та біомолекул. Jmol може бути корисним для студентів, викладачів й дослідників у галузі хімії та біохімії.

Jmol читає формати файлів PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton та VASP.

Kalzium — повнофункціональний застосунок з хімії, що містить періодичну таблицю елементів, довідник з хімії, інструмент для вирішення хімічних рівнянь, а також дозволяє вивчати молекули в їх тривимірному представленні.

Цей пакунок є частиною Навчального модуля KDE.

QuteMol is an interactive, high quality molecular visualization system. It exploits the current GPU capabilities through OpenGL shaders to offer an array of innovative visual effects. QuteMol visualization techniques are aimed at improving clarity and an easier understanding of the 3D shape and structure of large molecules or complex proteins.

Qutemol uses advanced OpenGL techniques and might not work correctly with all video cards and drivers.

Features QuteMol offers include:

• Real time ambient occlusion
• Depth aware silhouette enhancement
• Ball-and-stick, space-filling and liquorice visualization modes
• High resolution antialiased snapshots for creating publication quality renderings
• Automatic generation of animated gifs of rotating molecules for web page animations
• Interactive rendering of macromolecules (>100k atoms)

QuteMol reads PDB files as input.

RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at display, teaching and generation of publication quality images.

The program reads in a molecule coordinate file and interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour schemes and molecule representations. Currently available representations include depth-cued wireframes, 'Dreiding' sticks, spacefilling (CPK) spheres, ball and stick, solid and strand biomolecular ribbons, atom labels and dot surfaces.

Supported input file formats include Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy and Sybyl Mol2 formats, Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XYZ (XMol) format, CHARMm format, CIF format and mmCIF format files.

This package installs two versions of RasMol, rasmol-gtk has a modern GTK-based user interface and rasmol-classic is the version with the old Xlib GUI.

Raster3D is a set of tools for generating high quality raster images of proteins or other molecules. The core program renders spheres, triangles, cylinders, and quadric surfaces with specular highlighting, Phong shading, and shadowing. It uses an efficient software Z-buffer algorithm which is independent of any graphics hardware. Ancillary programs process atomic coordinates from PDB files into rendering descriptions for pictures composed of ribbons, space-filling atoms, bonds, ball+stick, etc. Raster3D can also be used to render pictures composed in other programs such as Molscript in glorious 3D with highlights, shadowing, etc. Output is to pixel image files with 24 bits of color information per pixel.

ShelXle combines an editor with syntax highlighting for the SHELXL-associated .ins (input) and .res (output) files with an interactive graphical display for visualization of a three-dimensional structure including the electron density (Fo) and difference density (Fo-Fc) maps.

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries, molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).

The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins). The user can interact through many functions to choose the view, set the bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields, duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats. Some tools are also available to colorize atoms from data values or to animate on screen many position files.

Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

xbs ball-and-sticks plotting program can create still and moving three dimensional models of molecules. X11 and PostScript output are available. Models can be rotated, scaled, etc. Various labeling, shading, lighting, coloring options are available.

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.

XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.

Features include:

• Animating multiple frame files
• Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
• Control over atom/bond sizes
• Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
• Toggling the visibility of groups of atoms
• Editing the positions of subsets of atoms