DebiChem Project
Summary
3D Visualization
DebiChem 3D Viewers

This metapackage will install 3D Viewers which might be useful for chemists.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem 3D Visualization packages

Official Debian packages with high relevance

adun.app
Molekularsimulator für GNUstep (grafische Oberfläche)
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 6 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun ist ein Simulator für Biomoleküle, der zusätzlich die Fähigkeiten für Datenverwaltung und -analyse mitbringt. Adun wurde am »Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory«, einem Teil der »Research Unit on Biomedical Informatics« der UPF entwickelt.

Dieses Paket enthält die grafische Adun-Oberfläche UL.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Screenshots of package adun.app
avogadro
System für Molekülgrafiken und -modellierung
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 53 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro ist ein System für Molekülgrafiken und -modellierung, das für Moleküle und Biomoleküle gedacht ist. Es kann Eigenschaften wie Molekülorbitale oder elektrostatische Potentiale visualisieren und enthält einen intuitiven Moleküleditor.

Es verfügt über die folgenden Fähigkeiten:

  • Molekülmodellierer mit automatischer kraftfeldbasierter Geometrie-Optimierung
  • Molekülmechanik einschließlich der Suche mit Bedingungen und Conformern
  • Visualisierung von Molekülorbitalen und allgemeinen Isoflächen
  • Visualisierung von Schwingungen und Darstellung von Schwingungsspektren
  • Unterstützung von kristallografischen Einheitszellen
  • Eingabeerzeugung für die quantenchemischen Pakete Gaussian, GAMESS und MOLPRO
  • Flexible Erweiterungsarchitektur und Python-Skripting

Avogadro kann die Dateiformate PDB, XYZ, CML, CIF und Molden sowie die Ausgabe von Gaussian, GAMESS und MOLPRO lesen.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
Freies Werkzeug für Molekulardesign und -grafiken
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 8 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView bietet eine schnelle OpenGL-basierte Visualisierung von Molekülstrukturen, molekularmechanische Methoden (Minimierung, MD-Simulation mittels AMBER-, CHARMM- und MMFF93-Kraftfeldern), Berechnung und Darstellung von elektrostatischen Eigenschaften (FDPB) und Funktionen zum Bearbeiten von Molekülen.

BALLView kann als grafische Benutzerschnittstelle angesehen werden, deren Grundlage BALL (Biochemical Algorithms Library) ist. BALL konzentriert sich auf die gebräuchlichsten Forderungen von Proteinchemikern und Biophysikern. BALLView wird derzeit von den Gruppen um Hans-Peter Lenhof (Universität des Saarlandes, Saarbrücken, Deutschland) und Oliver Kohlbacher (Eberhard Karls Universität Tübingen, Deutschland) entwickelt. BALL ist ein Anwendungsrahmenwerk in C++, das speziell für schnelle Softwareentwicklung in Moleküldesign und computerunterstützter Molekularbiologie entwickelt wurde. Es liefert einen umfangreichen Satz an Datenstrukturen, Klassen für Molekülmechaniken, fortgeschrittene Lösungsmethoden, Vergleich und Analyse von Proteinstrukturen, Dateiimport/-export und Visualisierung.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
cclib
Parsers and algorithms for computational chemistry
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
sid1.8-1all
trixie1.8-1all
bookworm1.6.2-2all
bullseye1.6.2-2all
buster1.6-1all
jessie1.1-1all
stretch1.3.1-1all
upstream1.8.1
Popcon: 221 users (157 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

A Python library that provides parsers for computational chemistry log files. It also provides a platform to implement algorithms in a package-independent manner.

This package contains helper scripts for end users.

If you are looking for the unit tests and data files managed by cclib, they are distributed separately as in non-free package cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
drawxtl
crystal structure viewer
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
trixie5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm5.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 12 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

DRAWxtl reads a basic description of the crystal structure, which includes unit-cell parameters, space group, atomic coordinates, thermal parameters or a Fourier map, and outputs a geometry object that contains polyhedra, planes, lone-pair cones, spheres or ellipsoids, bonds, iso-surface Fourier contours and the unit-cell boundary.

Four forms of graphics are produced:

  • an OpenGL window for immediate viewing
  • the Persistence of Vision Ray Tracer (POV-RAY) scene language for publication-quality drawings
  • the Virtual Reality Modeling Language (VRML) for dissemination across the Internet
  • a Postscript rendering of the OpenGL window for those who want high-quality output but do not have POV-RAY installed.

File formats DRAWxtl can read include CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS and WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
gabedit
graphical user interface to Ab Initio packages
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit is a graphical user interface to computational chemistry packages like:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

These Ab Initio software packages might run locally or on a remote server (supporting FTP, RSH and SSH). Gabedit can display a variety of calculation results including most major molecular file formats. The advanced "Molecule Builder" allows one to rapidly sketch in molecules and examine them in 3D. Graphics can further be exported to various formats, including animations.

slurm-wlm-torque and gridengine-client are workload managers which provide wrappers for PBS commands. Gabedit also allows one to configure it for any other workload manager.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
gamgi
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.17.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) bietet eine grafische Oberfläche, um atomare Strukturen zu erstellen, zu betrachten und zu analysieren. Das Programm ist für die Wissenschaftsgemeinschaft gedacht und bietet eine grafische Oberfläche an, um atomare Strukturen zu betrachten und Bilder für Präsentationen zu erstellen. Außerdem hilft es beim Lehren der atomaren Struktur der Materie.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gamgi
garlic
visualization program for biomolecules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 14 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Garlic is written for the investigation of membrane proteins. It may be used to visualize other proteins, as well as some geometric objects. This version of garlic recognizes PDB format version 2.1. Garlic may also be used to analyze protein sequences.

It only depends on the X libraries, no other libraries are needed.

Features include:

  • The slab position and thickness are visible in a small window.
  • Atomic bonds as well as atoms are treated as independent drawable objects.
  • The atomic and bond colors depend on position. Five mapping modes are available (as for slab).
  • Capable to display stereo image.
  • Capable to display other geometric objects, like membrane.
  • Atomic information is available for atom covered by the mouse pointer. No click required, just move the mouse pointer over the structure!
  • Capable to load more than one structure.
  • Capable to draw Ramachandran plot, helical wheel, Venn diagram, averaged hydrophobicity and hydrophobic moment plot.
  • The command prompt is available at the bottom of the main window. It is able to display one error message and one command string.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools 
gausssum
Wertet Daten von Gaussian, GAMESS u. a. aus und stellt sie dar
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.0.1.1-1all
sid3.0.2-2all
trixie3.0.2-2all
bookworm3.0.2-2all
bullseye3.0.2-2all
buster3.0.2-1all
jessie2.2.6.1-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gaussum wertet die Ausgabedateien von ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar und PC GAMESS aus, um nützliche Informationen zu extrahieren.

Gaussum stellt mit GNUPlot den Verlauf von geometrischen Optimierungen, Zustandsdichteverteilungen, UV-VIS-Spektren, IR-Spektren, Raman-Spektren und Elektronendichteunterschiedskarten dar. Es kann auch alle Zeilen, die einen beliebigen Ausdruck enthalten, darstellen, und vieles mehr.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
gdis
Modellbetrachter von Molekülen und Kristallen
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 18 users (13 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ein auf GTK beruhendes Programm für die Anzeige und Manipulation von isolierten Molekülen, des Periodensystems und der Beschaffenheit von Kristallen. Es wird noch entwickelt, ist aber dennoch recht gut benutzbar. Es bietet die folgenden Fähigkeiten:

  • Unterstützung für mehrere Dateitypen (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN und GULP)
  • Ein einfaches Werkzeug zur Erzeugung und Manipulation von Molekülen
  • Ein Dialog für die Erstellung von Anfangskonfigurationen für Molekulardynamik-Simulationen
  • Diverse Werkzeuge für die Visualisierung (geometrische Informationen, Hervorhebung von Regionen usw.)
  • Animation von BIOSYM-Dateien (auch gerenderten Animationen, siehe unten)

Mit Hilfe anderer Pakete kann GDIS auch die folgenden Aufgaben ausführen:

  • Darstellung von Modellen (Hilfestellung durch Povray)
  • Energieminimierung (Hilfestellung durch GULP)
  • Berechnung der Molekülgestalt (Hilfestellung durch CDD)
  • Verarbeitung räumlicher Gruppen (Hilfestellung durch SgInfo)
  • Betrachtung des Periodensystems (Hilfestellung durch GPeriodic)
  • Lesen zusätzlicher Dateitypen, wie PDB (Hilfestellung durch Babel)
Screenshots of package gdis
gdpc
Visualisiert Molekulardynamik-Simulationen
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
sid2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
trixie2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
bookworm2.2.5-15amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bullseye2.2.5-14amd64,arm64,mips64el,ppc64el
buster2.2.5-9amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
Popcon: 15 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

gpdc ist ein grafisches Programm zur Visualisierung von Ausgabedaten aus Molekulardynamik-Simulationen. Es verwendet sowohl das Standarddateiformat xyz als auch andere gebräuchliche Formate als Eingabe. Bilder jedes Frames können im JPG- oder im PNG-Format ausgegeben werden.

jmol
Programm zur Darstellung von Molekülen
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bookworm14.32.83+dfsg-2all
trixie16.2.33+dfsg-1all
sid16.2.33+dfsg-1all
upstream16.2.37
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 60 users (69 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol ist ein Java-Programm zur Darstellung von dreidimensionalen chemischen Strukturen auf Molekülebene. Es kann eine Vielzahl von Dateitypen und Ausgaben von Programmen der Quantenchemie lesen sowie Multiframe-Dateien und berechnete Normalmodi von Quantenprogrammen animieren. Es kann Chemikalien, Kristalle, Materialien und Biomoleküle anzeigen. Jmol kann für Studenten, Lehrende und Forscher in der Chemie und Biochemie nützlich sein.

Jmol kann unter anderem folgende Dateiformate lesen: PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton und VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package jmol
kalzium
Periodensystem und Chemiewerkzeuge
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
experimental24.08.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream24.08.2
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 167 users (176 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Kalzium ist eine voll funktionsfähige Chemieanwendung. Sie beinhaltet ein Periodensystem der Elemente, Chemie-Referenzen, einen Löser für chemische Gleichungen und einen Betrachter für 3D-Moleküle.

Dieses Paket ist Teil des KDE-Bildungsmoduls.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
22.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/24823/simage/large-b37a5de92bf3698c7145844e1ea4a4bd.png
21.08.0https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-3714f02b9e759819c082b9d19227dccd.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-7ac385be3f63bd95d07fa6b5ed246c93.png
4:20.04.0-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/19284/simage/large-c4639dd58a0b434a43f09b7bd601a95e.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-b337656907b2f4c884df0e2fef25b617.png
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/4862/simage/large-e344f66fe538f46bc890f8ed79d12678.png
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/1228/simage/large-6d015b0dadb288a0cc6f6e5d5d3331fa.png
Screenshots of package kalzium
qutemol
interactive visualization of macromolecules
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armhf,i386
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
Popcon: 10 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

QuteMol is an interactive, high quality molecular visualization system. It exploits the current GPU capabilities through OpenGL shaders to offer an array of innovative visual effects. QuteMol visualization techniques are aimed at improving clarity and an easier understanding of the 3D shape and structure of large molecules or complex proteins.

Qutemol uses advanced OpenGL techniques and might not work correctly with all video cards and drivers.

Features QuteMol offers include:

  • Real time ambient occlusion
  • Depth aware silhouette enhancement
  • Ball-and-stick, space-filling and liquorice visualization modes
  • High resolution antialiased snapshots for creating publication quality renderings
  • Automatic generation of animated gifs of rotating molecules for web page animations
  • Interactive rendering of macromolecules (>100k atoms)

QuteMol reads PDB files as input.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package qutemol
rasmol
Visualisierung biologischer Makromoleküle
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 23 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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RasMol ist ein Grafikprogramm zur Moleküldarstellung, das die dreidimensionale Anordnung von Proteinen, Nukleinsäuren und beliebigen kleinen Molekülen visualisiert. Hierbei wird auf die Verwendbarkeit in der Forschung und Lehre Wert gelegt und auch auf eine druckreife Qualität der Darstellungen.

Das Programm liest eine Datei mit Koordinaten ein und zeigt das Molekül interaktiv am Bildschirm an, mit der Möglichkeit zur Veränderung von Farben und der Gestalt der Atome. Derzeit verfügbare Abbildungen sind »depth-cued«-Drahtmodelle, »Dreiding«-Sticks, raumfüllende (CPK-)Kugeln, Stäbchenmodell, sekundäre Strukturen wie Faltblätter und Helices, Atombeschriftungen und Punktoberflächen.

Unterstützt werden Dateien aus der Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy und Sybyl-Mol2-Formate, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-Dateiformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ- (XMol-)Format, CHARMm-Format, CIF-Format und mmCIF formatierte Dateien.

Dieses Paket installiert zwei Versionen von RasMol, rasmol-gtk hat eine moderne GTK-basierte Bedienoberfläche und rasmol-classic die Xlib-GUI.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package rasmol
raster3d
Werkzeuge zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen
Versions of package raster3d
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie3.0-3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch3.0-3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0-3-5amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0-7-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package raster3d:
fieldbiology, biology:structural
interfacecommandline
roleprogram
scopeapplication
useconverting, viewing
works-with3dmodel, image, image:raster
works-with-formatjpg, png
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Raster3D ist eine Sammlung von Werkzeugen zum Erstellen von hochqualitativen Rasterbildern von Proteinen oder anderen Molekülen. Das Kernprogramm kann Kugeln, Dreiecke, Zylinder und Quadrik-Flächen mit Spiegelglanzlicht, Phong Shading und Schatten rendern. Es wird ein effizienter Z-Puffer-Algorithmus verwendet, der unabhängig von sämtlicher Grafikhardware ist. Zusatzprogramme verarbeiten anhand von PDB-Dateien die Koordinaten der einzelnen Atome und geben Renderingangaben für Bilder aus, die aus Schleifen, raumfüllenden Atomen, Atombindungen, »ball+stick« (Kugel+Stab) etc. zusammengestellt sein können. Raster3D kann auch dazu verwendet werden, Bilder, die mit anderen Programmen wie Molscript zusammengestellt wurden, in wunderbarem 3D mit Glanzlicht und Schatten usw. zu rendern. Die Ausgabe erfolgt in Pixelbilddateien mit 24 Bit Farbinformation per Pixel.

Please cite: E.A. Merritt and D.J. Bacon: Raster3D Photorealistic Molecular Graphics. (PubMed) Methods in Enzymology 277:505-524 (1997)
Registry entries: Bio.tools 
shelxle
graphical user interface for SHELXL
Versions of package shelxle
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.0.677-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.0.1552-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.0.1552-1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.0.1472-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.0.1179-1amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.0.952-1amd64,arm64,i386
stretch1.0.816-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.0.1695
Debtags of package shelxle:
uitoolkitqt
Popcon: 5 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
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ShelXle combines an editor with syntax highlighting for the SHELXL-associated .ins (input) and .res (output) files with an interactive graphical display for visualization of a three-dimensional structure including the electron density (Fo) and difference density (Fo-Fc) maps.

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

Please cite: Christian B. Hübschle, George M. Sheldrick and Birger Dittrich: ShelXle: a Qt graphical user interface for SHELXL. (eprint) J. Appl. Cryst. 44(6):1281-1284 (2011)
v-sim
Visualisiert Atomstrukturen
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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License: DFSG free
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V_Sim visualisiert Atomstrukturen wie Kristalle, Korngrenzen, Moleküle und so weiter (sowohl im binären Format oder auch im Textformat ASCII).

Die Darstellung erfolgt in »pseudo-3D« mit Kugeln (Atome) oder Pfeilen (Spins). Der Benutzer kann durch viele Funktionen eingreifen, um die Ansicht oder die Bindungen zu ändern, die Schnittebenen darzustellen, Oberflächen aus skalaren Feldern zu erstellen, Knoten zu duplizieren, die Geometrie zu vermessen… Mehr noch, V_Sim ermöglicht das Exportieren der Ansichten als Bild im PNG-, JPG-, PDF-Format (Bitmap), als SVG (Entwurf) und in andere Formate. Es sind auch einige Werkzeuge zum Einfärben von Atomen mittels Datenwerten oder zur Animation vieler Positionsdateien auf dem Bildschirm vorhanden.

Screenshots of package v-sim
viewmol
graphical front end for computational chemistry programs
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1-25amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 6 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
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Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package viewmol
xbs
3-d models and movies of molecules
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
sid0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
trixie0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
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License: DFSG free

xbs ball-and-sticks plotting program can create still and moving three dimensional models of molecules. X11 and PostScript output are available. Models can be rotated, scaled, etc. Various labeling, shading, lighting, coloring options are available.

Screenshots of package xbs
xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream1.6.3~rc2
Popcon: 16 users (1 upd.)*
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License: DFSG free
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XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.

Screenshots of package xcrysden
xmakemol
program for visualizing atomic and molecular systems
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
sid5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
Popcon: 8 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.

Features include:

  • Animating multiple frame files
  • Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
  • Control over atom/bond sizes
  • Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
  • Toggling the visibility of groups of atoms
  • Editing the positions of subsets of atoms
Screenshots of package xmakemol
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