Summary
3D Visualization
strumenti di visualizzazione in 3D per DebiChem
Questo metapacchetto installa gli strumenti di visualizzazione in 3D che
possono essere utili per i chimici.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem 3D Visualization packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
simulatore molecolare per GNUstep (GUI)
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Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Adun è un simulatore biomolecolare che include anche capacità di gestione e
analisi di dati. È stato sviluppato presso il Laboratorio di Biofisica e
Biochimica Computazionale, una sezione dell'Unità di Ricerca
sull'Informatica Biomedica dell'UPF (Universitat Pompeu Fabra).
Questo pacchetto contiene UL, il frontend con interfaccia utente grafica
per Adun.
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avogadro
sistema di grafica e modellamento molecolare
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per
molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari
* potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la
creazione di molecole.
Le sue caratteristiche includono:
- modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata
sui campi di forze;
- meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
- visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
- visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
- gestione di unità a cella cristallografiche;
- generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian,
GAMESS e MOLPRO;
- architettura flessibile a plugin e script Python.
Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML,
CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.
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ballview
strumento libero per modelli e grafici molecolari
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari
basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione,
simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e
visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di
modifica molecolare.
BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su
BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici),
con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più
comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal
gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken,
Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è
un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata
specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento
molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio
insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare,
metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture
proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.
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cclib
analizzatori e algoritmi per chimica computazionale
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Versions of package cclib |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8-1 | all |
trixie | 1.8-1 | all |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.6.2-2 | all |
buster | 1.6-1 | all |
jessie | 1.1-1 | all |
stretch | 1.3.1-1 | all |
upstream | 1.8.1 |
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License: DFSG free
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Libreria Python che fornisce analizzatori per file di log di chimica
computazionale. Mette a disposizione anche una piattaforma per
l'implementazione di algoritmi in maniera indipendente dal pacchetto.
Questo pacchetto contiene script ausiliari per l'utente finale.
Se si stanno cercando i test di unità e i file dei dati gestiti da cclib,
essi sono distribuiti separatamente come pacchetto non-free cclib-data.
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drawxtl
visualizzatore di strutture di cristalli
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Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
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License: DFSG free
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DRAWxtl legge una descrizione base della struttura del cristallo, che
include parametri della cella unitaria, gruppi spaziali, coordinate
atomiche, parametri termici o mappa di Fourier e produce in output un
oggetto geometrico che contiene poliedri, piani, coni di coppie di
elettroni, sfere o ellissoidi, legami, contorni di Fourier di iso-superfici
e legami delle celle unitarie.
Vengono prodotti quattro tipi di grafica:
- una finestra OpenGL per la visualizzazione immediata;
- un linguaggio di scena POV-RAY (Persistence of Vision Ray Tracer) per
disegni di qualità tipografica;
- il VRML (Virtual Reality Modeling Language) per la diffusione in
Internet;
- un rendering PostScript della finestra OpenGL per coloro che desiderano
un output di alta qualità ma non hanno POV-RAY installato.
I formati di file che DRAWxtl può leggere includono CIF, FDAT, FullProf
(pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS e WIEN2k.
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gabedit
interfaccia utente grafica per pacchetti Ab Initio
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Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica
computazionale come:
- MPQC
- GAMESS-US
- Gaussian
- Molcas
- Molpro
- Q-Chem
Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su
un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare
una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei
principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder"
(creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di
esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari
formati, incluse animazioni.
slurm-wlm-torque e gridengine-client sono gestori del carico di lavoro che
forniscono wrapper per comandi PBS. Gabedit può anche essere configurato
per qualsiasi altro gestore di carico di lavoro.
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gamgi
GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface)
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Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) fornisce
un'interfaccia grafica per costruire, visualizzare e analizzare strutture
atomiche. Il programma è pensato per la comunità scientifica e fornisce
un'interfaccia grafica per studiare le strutture atomiche, per preparare
immagini per presentazioni e per insegnare le strutture atomiche della materia.
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garlic
programma per visualizzazione di biomolecole
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Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Garlic è stato scritto per lo studio di proteine della membrana. Può essere
usato per visualizzare altre proteine ed anche altri oggetti geometrici.
Questa versione di garlic riconosce il formato PDB versione 2.1. Garlic può
anche essere usato per analizzare sequenze proteiche.
Dipende solamente dalle librerie X, non sono necessarie altre librerie.
Le sue caratteristiche includono:
- la posizione e lo spessore del piano di sezione sono visibili in una
piccola finestra;
- i legami atomici, così come gli atomi, sono trattati come oggetti
disegnabili indipendentemente;
- i colori degli atomi e dei legami dipendono dalla posizione: sono
disponibili cinque modalità di mappatura (come per i piani);
- possibilità di visualizzare immagini stereo;
- possibilità di visualizzare altri oggetti geometrici, come la membrana;
- le informazioni sugli atomi sono disponibili per l'atomo su cui è
posizionato il puntatore del mouse: non è necessario fare clic,
semplicemente muovere il mouse sopra la struttura!;
- capacità di caricare più di una struttura;
- capacità di disegnare grafici di Ramachandran, strutture delle
alfa-eliche, diagrammi di Venn, grafici di idrofobicità media e di
momento idrofobico;
- il prompt dei comandi è disponibile alla base della finestra principale
e può visualizzare un messaggio di errore e una stringa di comando.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
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gausssum
analizza e visualizza l'output di Gaussian, GAMESS, ecc.
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Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
trixie | 3.0.2-2 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output
generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e
PC GAMESS.
GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione
geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR,
spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche
visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e
molto altro.
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gdis
visualizzatore per modelli di molecole e cristalli
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Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Programma basato su GTK per la visualizzazione e la manipolazione di
molecole isolate, sistemi periodici e strutture cristalline. Nonostante sia
in fase di sviluppo è ragionevolmente funzionante. Ha le seguenti
caratteristiche:
- supporto per diversi tipi di file (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN e
GULP);
- semplice strumento di creazione e manipolazione di molecole;
- finestra di dialogo per creare configurazioni di partenza per
simulazioni di dinamiche molecolari;
- strumenti assortiti per la visualizzazione (informazioni
geometriche, evidenziazione di regioni, ecc.);
- animazione di file BIOSYM (anche animazioni rendered, vedi sotto).
GDIS permette anche di svolgere le seguenti azioni attraverso altri
pacchetti:
- rendering di modelli (grazie a POVRay);
- minimizzazione dell'energia (grazie a GULP),
- calcoli morfologici (grazie a cdd);
- elaborazione di gruppi spaziali (grazie a SgInfo);
- visione della tavola periodica degli elementi (grazie a GPeriodic);
- caricamento di tipi di file addizionali, come PDB (grazie a Babel).
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gdpc
visualizzatore di simulazioni di dinamiche molecolari
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Versions of package gdpc |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.2.5-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.2.5-14 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.5-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gdpc: |
field | biology, biology:structural, chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with | 3dmodel, image, video |
works-with-format | jpg, png |
x11 | application |
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License: DFSG free
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gdpc è un programma grafico per la visualizzazione dei dati risultanti da
simulazioni di dinamiche molecolari. Legge i dati nel formato standard xyz,
come anche in altri formati ad hoc, e può produrre immagini di ogni
fotogramma nei formati JPG o PNG.
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jmol
visualizzatore molecolare
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Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche
tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di
tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni
di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi
quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli,
materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e
ricercatori in chimica e biochimica.
I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile,
Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.
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kalzium
tavola periodica degli elementi e strumenti di chimica
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Versions of package kalzium |
Release | Version | Architectures |
experimental | 24.08.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.14.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 16.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 17.08.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 20.12.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 24.08.3 |
Debtags of package kalzium: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | browsing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Kalzium è un'applicazione per chimica completa che include una tavola
periodica degli elementi, documenti di consultazione per la chimica, un
risolutore di equazioni chimiche e un visualizzatore di molecole 3D.
Questo pacchetto fa parte del modulo educativo di KDE.
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qutemol
visualizzazione interattiva di macromolecole
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Versions of package qutemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.4.1~cvs20081111-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.1~cvs20081111-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.1~cvs20081111-3.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.1~cvs20081111-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package qutemol: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut, wxwidgets |
x11 | application |
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License: DFSG free
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QuteMol è un sistema interattivo di alta qualità per la visualizzazione di
molecole. Sfrutta le attuali capacità della GPU attraverso shader OpenGL
per offrire una varietà di effetti visivi innovativi. Le tecniche di
visualizzazione di QuteMol sono mirate a migliorare la chiarezza e la
facilità di comprensione della forma tridimensionale e della struttura di
molecole grandi o proteine complesse.
QuteMol usa tecniche OpenGL avanzate e potrebbe non funzionare in modo
corretto con tutte le schede video e i driver.
Le funzionalità offerte da QuteMol includono:
- occlusione di ambienti in tempo reale;
- evidenziazione dei contorni tenendo conto delle profondità;
- modalità di visualizzazione a sfere e bastoncini, con riempimento dello
spazio e "liquorice";
- istantanee con anti-aliasing ad alta risoluzione per creare disegni di
qualità tipografica;
- generazione automatica di gif animate di molecole che ruotano per le
animazioni in pagine web;
- rendering interattivo di macromolecole (>100k atomi).
QuteMol legge in input file PDB.
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rasmol
visualizza macromolecole biologiche
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Versions of package rasmol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.7.5.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.7.5.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x |
buster | 2.7.6.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rasmol: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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RasMol è un programma di disegno molecolare progettato per visualizzare
proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è volto a fini
illustrativi, didattici e alla produzione di immagini di qualità per la
pubblicazione.
Il programma legge da un file le coordinate molecolari e visualizza
interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di colori e
di rappresentazioni. Attualmente le rappresentazioni disponibili includono
insiemi di linee, con segmenti cilindrici rappresentanti i legami, con
sfere solide (CPK), con palline e bastoncini, con nastri macromolecolari
(sia nastri solidi ombreggiati che filamenti paralleli), con etichette
per gli atomi e superfici punteggiate.
I formati di input attualmente supportati comprendono: Protein Data
Bank (BPD), i formati Mol2 per Alchemy e Sybyl della Tripos, il formato
Mol della Molecular Design Limited (MDL), il formato XMol XYZ del
Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF
e il formato mmCIF.
Questo pacchetto installa due versioni di RasMol, rasmol-gtk ha una
moderna interfaccia basata su GTK e rasmol-classic è la vecchia versione
con la GUI Xlib.
The package is enhanced by the following packages:
rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
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raster3d
strumenti per generare immagini di proteine o di altre molecole
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Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
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License: DFSG free
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Raster3D è un insieme di strumenti per generare immagini raster di alta
qualità di proteine o di altre molecole. Il programma principale fa il
rendering di superfici di sfere, triangoli, cilindri e quadriche con
punti luce riflessi, Phong shading e ombreggiature. Usa un algoritmo
Z-buffer software efficiente che è indipendente da ogni hardware grafico.
Programmi ausiliari elaborano coordinate atomiche da file PDB in
descrizioni di rendering per immagini composte da nastri, atomi che
riempono lo spazio, legami, sfere e stecche, ecc. Raster3D può
anche essere usato per fare il rendering di immagini composte in altri
programmi come Molscript in glorioso 3D con effetto luci, ombreggiatura,
ecc. L'output è composto da file di immagini di pixel con 24 bit di
informazioni sul colore per pixel.
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shelxle
interfaccia utente grafica per SHELXL
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Versions of package shelxle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.677-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.1472-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.1179-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.952-1 | amd64,arm64,i386 |
stretch | 1.0.816-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.0.1697 |
Debtags of package shelxle: |
uitoolkit | qt |
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License: DFSG free
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ShelXle combina un editor con evidenziazione della sintassi per i file .ins
(input) e .res (output) associati a SHELXL con un display grafico
interattivo per la visualizzazione di una struttura tridimensionale incluse
mappe di densità elettronica (Fo) e di differenza di densità (Fo-Fc).
https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202
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v-sim
visualizzatore di strutture atomiche
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Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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V_Sim visualizza strutture atomiche come cristalli, bordi di granuli,
molecole e così via; tanto in formato binario quanto in formato puro testo.
La resa è ottenuta in pseudo-3D con sfere (atomi) e frecce (spin). L'utente
può interagire tramite molte funzioni per scegliere la visualizzazione,
impostare i legami, disegnare piani di sezione, calcolare
superfici da campi scalari, duplicare nodi, misurare la geometria...
Inoltre V_Sim permette di esportare le visualizzazioni come immagini PNG,
JPG, PDF (bitmap), SVG (schema) ed altri formati. Ci sono anche alcuni
strumenti per colorare gli atomi secondo valori dati o per animare sullo
schermo diversi file posizione.
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viewmol
interfaccia grafica per programmi di chimica computazionale
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Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture
molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.
Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess,
Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le
strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file
di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian
9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo
che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.
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xbs
3-d models and movies of molecules
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Versions of package xbs |
Release | Version | Architectures |
sid | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package xbs: |
field | chemistry |
interface | 3d |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | xlib |
use | printing, viewing |
works-with | text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
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License: DFSG free
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xbs ball-and-sticks plotting program can create still
and moving three dimensional models of molecules. X11 and
PostScript output are available. Models can be rotated,
scaled, etc. Various labeling, shading, lighting,
coloring options are available.
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xcrysden
visualizzatore di strutture cristalline e molecolari
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Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
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License: DFSG free
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XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e
molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che
possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati
in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle
piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.
XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti
diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è
necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è
richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere
presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).
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xmakemol
programma per visualizzare sistemi atomici e molecolari
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Versions of package xmakemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.16-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.16-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.16-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package xmakemol: |
field | chemistry |
hardware | input, input:mouse |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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XMakemol è un programma usabile con il mouse, scritto
utilizzando la libreria grafica LessTif, che serve per visualizzare e
manipolare sistemi atomici e altri sistemi chimici.
Legge in input il formato XYZ e rappresenta atomi, legami e legami
idrogeno.
Le funzionalità incluse sono:
- animazione di file composti da molteplici fotogrammi;
- misurazione interattiva delle lunghezze dei legami, degli angoli dei
legami e degli angoli di torsione;
- controllo delle dimensioni di atomi e legami;
- esportazione nei formati XPM, Encapsulated PostScript e XYZ;
- commutazione della visibilità di gruppi di atomi;
- modifica delle posizioni di sottoinsiemi di atomi.
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