Summary
3D Visualization
visualisateurs 3D de DebiChem
Ce métapaquet installe des visualisateurs 3D qui peuvent être utiles aux
chimistes.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem 3D Visualization packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique
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Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des
données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational
Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de
recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.
Ce paquet fournit UL, le frontal graphique d'Adun.
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avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les
molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme
les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un
constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
— modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
de force automatique ;
— mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
conformation ;
— visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
— visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
— gestion des cellules cristallographiques ;
— création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
MOLPRO ;
— architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.
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ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des
méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique
moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with
Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à
l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des
propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann »)
et des fonctionnalités d'édition moléculaire.
BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur
basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les
demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens
en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof
(Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher
(Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif
écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de
logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie
moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des
cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la
comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de
fichiers et la visualisation.
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cclib
analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle
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Versions of package cclib |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8-1 | all |
trixie | 1.8-1 | all |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.6.2-2 | all |
buster | 1.6-1 | all |
jessie | 1.1-1 | all |
stretch | 1.3.1-1 | all |
upstream | 1.8.1 |
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License: DFSG free
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Il s'agit d'une bibliothèque Python fournissant des analyseurs pour les
fichiers journaux de chimie computationnelle. Elle fournit également une
plate-forme pour implémenter les algorithmes indépendamment du paquet.
Ce paquet fournit les scripts d'aide pour les utilisateurs finaux.
Les fichiers de tests unitaires et de données gérés par cclib sont
distribués séparément dans le paquet non libre cclib-data.
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drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
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Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
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License: DFSG free
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À partir d'une description basique de la structure cristallographique,
incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les
positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité
électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui
contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les
sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de
Fourier et la limite de la maille élémentaire.
Quatre types de dessins sont produits :
- une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
-
un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de
haute qualité destinés à des publications ;
-
le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur
Internet ;
-
un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un
dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.
DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL,
SHELX, DISCUS et WIEN2k.
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gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
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Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :
– MPQC
– GAMESS-US
– Gaussian
– Molcas
– Molpro
– Q-Chem
Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.
slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.
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gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
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Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une
interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures
des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose
une interface graphique pour étudier les structures des atomes et
préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de
l'atome.
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garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
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Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet
aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets
géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1.
Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.
Il dépend uniquement des bibliothèque X, aucune autre bibliothèque n'est
nécessaire.
Parmi ses fonctions :
– la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
fenêtre ;
– les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
indépendants pour l'affichage ;
– la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
– il est capable de représenter des images stéréographiques ;
– il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
membrane ;
– l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
pointeur au-dessus ;
– il est capable de charger plus d'une structure ;
– il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
les moments hydrophobes ;
– l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
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gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
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Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
trixie | 3.0.2-2 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF,
GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des
informations utiles.
GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations
géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres
ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres
Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi
afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.
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gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
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Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation
de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il
est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les
caractéristiques suivantes :
— prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
MARVIN et GULP) ;
— création de molécule simple et outil de manipulation ;
— dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
de dynamique moléculaire ;
— outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
mise en évidence de région, etc) ;
— animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
voir ci-dessous).
GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres
paquets :
— rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
— minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
— calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
— traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
— visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
— chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
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gdpc
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
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Versions of package gdpc |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.2.5-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.2.5-14 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.5-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gdpc: |
field | biology, biology:structural, chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with | 3dmodel, image, video |
works-with-format | jpg, png |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données
issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le
format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats
de fichiers graphiques JPG et PNG.
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jmol
visualisateur moléculaire
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Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en
trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de
types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique,
l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à
partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits
chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être
utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et
biochimie.
Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile,
Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.
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kalzium
outil de table périodique et de chimie
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Versions of package kalzium |
Release | Version | Architectures |
experimental | 24.08.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.14.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 16.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 17.08.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 20.12.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 24.08.3 |
Debtags of package kalzium: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | browsing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des
éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un
visionneur de molécules en 3D.
Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.
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qutemol
visualisation interactive de macromolécules
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Versions of package qutemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.4.1~cvs20081111-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.1~cvs20081111-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.1~cvs20081111-3.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.1~cvs20081111-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package qutemol: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut, wxwidgets |
x11 | application |
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License: DFSG free
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QuteMol est un système de visualisation moléculaire interactif et de haute
qualité. Il exploite les capacités des GPU actuels grâce aux shaders OpenGL
pour proposer un ensemble d'effets visuels innovants. Les techniques de
visualisation de QuteMole sont destinées à améliorer la clarté et la
compréhension de la forme en 3D et de la structure de grandes molécules ou
de protéines complexes.
QuteMol utilise des techniques évoluées d'OpenGL et pourrait ne pas
fonctionner correctement avec toutes les cartes graphiques et tous les pilotes.
Les fonctionnalités proposées par QuteMol incluent :
− occlusion ambiante en temps réel ;
− amélioration de la silhouette prenant en compte la profondeur ;
− modes de visualisation en boule et bâton, remplissage de l'espace et
« liquorice » ;
− création automatique de gifs animés de molécules en rotation pour les
animations de pages web ;
− rendu interactif de macromolécules (plus de 100 atomes).
QuteMol lit les fichiers PDB en entrée.
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rasmol
visualisation de macromolécules biologiques
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Versions of package rasmol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.7.5.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.7.5.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x |
buster | 2.7.6.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rasmol: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de
protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est
destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la
qualité des publications.
Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche
interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les
molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des
liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK),
des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de
biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des
surfaces de points.
Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank
(PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular
Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's
(MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.
Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une
interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne
interface graphique Xlib.
The package is enhanced by the following packages:
rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
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raster3d
outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules
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Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
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Raster3D est un ensemble d'outils pour la génération d'images matricielles
de protéines ou d'autres molécules.
Le logiciel principal rend les sphères, les triangles, les cylindres, les
surfaces quadriques avec la surbrillance spéculaire, l'ombrage de Phong et
l'ombrage. Il utilise l'algorithme efficace du logiciel Z-buffer, qui est
indépendant de la carte graphique. Les logiciels annexes
traitent les coordonnées atomiques des fichiers Protein Data Bank (PDB)
dans les descriptions de rendu pour les images composées de rubans, les
atomes remplissant l'espace, les liaisons, "ball+stick", etc. Raster3D
peut aussi être utilisé pour rendre des images composées dans d'autres
logiciels tels que Molscript en 3D avec des surbrillances et des
ombrages, etc.
La sortie est en fichiers d'images avec 24 bits d'information de
couleur par pixel.
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shelxle
interface graphique pour SHELXL
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Versions of package shelxle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.677-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.1472-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.1179-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.952-1 | amd64,arm64,i386 |
stretch | 1.0.816-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.0.1697 |
Debtags of package shelxle: |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
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ShelXle combine un éditeur avec le surlignage syntaxique pour des fichiers
de type SHELXL .ins (entrée) et .res (sortie) avec un affichage graphique
interactif pour visualiser une structure en trois dimensions comprenant des
cartes de densité d'électrons (Fo) et de densité différentielle (Fo-Fc).
http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202
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v-sim
Visualize atomic structures
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Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries,
molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).
The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins).
The user can interact through many functions to choose the view, set the
bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields,
duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the
view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats.
Some tools are also available to colorize atoms from data values or to
animate on screen many position files.
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viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
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Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires
pour les calculs et à visualiser les résultats.
Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties
Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et
Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être
sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de
coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour
Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de
telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée
que comme filtre de sortie pour les coordonnées.
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xbs
3-d models and movies of molecules
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Versions of package xbs |
Release | Version | Architectures |
sid | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package xbs: |
field | chemistry |
interface | 3d |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | xlib |
use | printing, viewing |
works-with | text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
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License: DFSG free
|
xbs ball-and-sticks plotting program can create still
and moving three dimensional models of molecules. X11 and
PostScript output are available. Models can be rotated,
scaled, etc. Various labeling, shading, lighting,
coloring options are available.
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xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
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Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
|
License: DFSG free
|
XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation
program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can
be superimposed on crystalline structures and interactively rotated
and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any
special hardware requirements.
XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders
are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick),
gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or
ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or
xwd (x11-apps) needs to be present.
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xmakemol
program for visualizing atomic and molecular systems
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Versions of package xmakemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.16-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.16-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.16-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package xmakemol: |
field | chemistry |
hardware | input, input:mouse |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for
viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ
input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.
Features include:
- Animating multiple frame files
- Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
- Control over atom/bond sizes
- Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
- Toggling the visibility of groups of atoms
- Editing the positions of subsets of atoms
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