DebiChem 3D Visualization packages

Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

Denne pakke indeholder UL, den grafiske brugerflade for Adun.

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

• Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
• Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
• Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
• Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
• Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
• Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
• Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi. Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en pakkeafhængig måde.

Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.

Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib, så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

• et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
• scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
• sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
• en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

• MPQC
• GAMESS-US
• Gaussian
• Molcas
• Molpro
• Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekylære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Slurm-wlm-torque og gridengine-client er workload-programmer, der tilbyder omslag for PBS-kommandoer. Gabedit gør også, at du kan konfigurere den for ethvert andet workload-program.

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også bruges til at analysere proteinsekvenser.

Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.

Inkluderede funktioner:

• »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
• Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan tegnes.
• Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
• Kan vise stereobilleder.
• Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
• Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
• Kan indlæse mere end en struktur.
• Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
• Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan vise en fejlbesked og en kommandostreng.

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

• Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
• Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
• Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
• Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
• Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

• Optegning af model (takket være POVRay)
• Minimering af energi (takket være GULP)
• Morfologi-beregninger (takket være cdd)
• Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
• Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
• Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

QuteMol er et interaktivt, højkvalitetssystem til visualisering af molekyler. Det udnytter de aktuelle GPU-kapaciteter via OpenGL-skygger til at tilbyde en vifte af innovative visuelle effekter. QuteMols visualiseringsteknikker har som mål at skabe klarere og lettere forståelse af 3D-formen og strukturen i store molekyler eller komplekse proteiner.

Qutemol bruger avancerede OpenGL-teknikker og virker måske ikke korrekt med alle videokort og drivere.

Funktioner der tilbydes i QuteMol:

• Omgivende okklusion i realtid
• Dybdebevidst silhuet-forbedring
• Kugler-og-pinde, rumudfylding og »liquorice«-visualiseringstilstande
• Højopløste, udjævnede øjebliksbilleder til optegninger i trykkvalitet
• Automatisk oprettelse af animerede gif-billeder af roterende molekyler for animationer på internetsider
• Interaktiv optegning af makromolekyler (>100k atomer)

QuteMol læser PDB-filer som inddata.

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

Raster3D er et sæt af værktøjer for oprettelse af højkvalitets rasterbilleder for proteiner eller andre molekyler. Basisprogrammet optegner sfærer, triangler, cylindere og keglesnitsflader med spejlende fremhævelse, Phong-skygge og skyggelægning. Programmet bruger en effektiv programalgoritme Z-buffer, som er uafhængig af eventuelt udstyr. Yderligere programmer behandler atomare koordinater fra PDB-filer til optegningsbeskrivelser for billeder komponeret for bånd, pladsfyldende atomer, grænser, bold+stav etc. Raster3D kan også bruges til at optegne billeder fremstillet i andre programmer såsom Molscript i strålende 3D med fremhævelser, skyggelægning etc. Resultatet gemmes i billedpunktsfiler med 24-bit farveinformation per billedpunkt.

ShelXle kombinerer et redigeringsprogram med syntaksfremhævelse for SHELXL- associerede .ins- (input) og .res-filer (output) med en interaktiv grafisk skærm for visualisering af tredimensionelle strukturer inklusive elektrontætheds- (Fo) og forskeltæthedskort (Fo-Fc).

https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

xbs kugler-og-pinde-optegningsprogram kan lave faste og bevægelige tredimensionelle modeller af molekyler. Uddata kan fås i X11 og PostScript. Modellerne kan roteres, skaleres osv. Diverse funktioner som mærkater, skygger, lyssætning og farver er tilgængelige.

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

• Animering af flere billedfiler
• Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
• Kontrol over atom/bindings-størrelser
• Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
• Skift af synligheden for atomgrupper
• Redigering af positionen for atomundersæt