Summary
3D Visualization
DebiChem - 3D-fremvisninger
Denne metapakke vil installere 3D-fremvisere, som kan være nyttige for
kemikere.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem 3D Visualization packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
Molekylær simulator for GNUstep - grafisk brugerflade
|
Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og
analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics
and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical
Informatics of the UPF.
Denne pakke indeholder UL, den grafiske brugerflade for Adun.
|
|
avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og
biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler
eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt
molekylært byggeprogram.
Inkluderede funktioner:
- Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret
geometrioptimering
- Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og
conformersøgninger
- Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
- Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
- Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
- Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
- Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter
Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden,
samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.
|
|
ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
|
Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære
strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug
af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af
elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af
molekyler.
BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL
(Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra
proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i
grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken,
Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er
et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig
programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning.
Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til
molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af
proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.
|
|
cclib
Fortolkere og algoritmer for beregningskemi
|
Versions of package cclib |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.8-1 | all |
trixie | 1.8-1 | all |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.6.2-2 | all |
buster | 1.6-1 | all |
jessie | 1.1-1 | all |
stretch | 1.3.1-1 | all |
upstream | 1.8.1 |
|
License: DFSG free
|
Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi.
Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en
pakkeafhængig måde.
Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.
Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib,
så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.
|
|
drawxtl
Fremviser til krystalstrukturer
|
Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der
inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater,
termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt
som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller
ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for
enhedscellen.
Der produceres fire former for grafik:
- et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
- scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger
i publikationskvalitet
- sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse
via internettet
- en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift
i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.
De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr),
GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.
|
|
gabedit
Grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
|
Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:
- MPQC
- GAMESS-US
- Gaussian
- Molcas
- Molpro
- Q-Chem
Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server
(der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekylære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.
Slurm-wlm-torque og gridengine-client er workload-programmer, der tilbyder omslag for PBS-kommandoer. Gabedit gør også, at du kan konfigurere den for ethvert andet workload-program.
|
|
gamgi
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
|
Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk
grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet
har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk
brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til
præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.
|
|
garlic
Visualiseringsprogram for biomolekyler
|
Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til
at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne
version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også
bruges til at analysere proteinsekvenser.
Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.
Inkluderede funktioner:
- »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
- Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan
tegnes.
- Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem
oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
- Kan vise stereobilleder.
- Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
- Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres
over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
- Kan indlæse mere end en struktur.
- Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig
hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
- Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan
vise en fejlbesked og en kommandostreng.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
|
|
gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
|
Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
trixie | 3.0.2-2 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
|
License: DFSG free
|
GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS,
GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig
information.
GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer,
tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman-
spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også
vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.
|
|
gdis
Fremviser til molekylær- og krystalmodeller
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede
molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling,
men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:
- Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ,
XTL, MARVIN og GULP)
- Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
- Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af
molekylære dynamikker
- Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri,
fremhævelse af region, osv.)
- Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)
GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:
- Optegning af model (takket være POVRay)
- Minimering af energi (takket være GULP)
- Morfologi-beregninger (takket være cdd)
- Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
- Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
- Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)
|
|
gdpc
visualiseringsprogram til simulering af molekylær dynamik
|
Versions of package gdpc |
Release | Version | Architectures |
stretch | 2.2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.2.5-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.2.5-14 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
buster | 2.2.5-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gdpc: |
field | biology, biology:structural, chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with | 3dmodel, image, video |
works-with-format | jpg, png |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra
simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz,
såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra
hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.
|
|
jmol
|
Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske
strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og
resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere
rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer.
Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer
og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og
forskere indenfor kemi og biokemi.
Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.
|
|
kalzium
Periodisk tabel og kemiværktøjer
|
Versions of package kalzium |
Release | Version | Architectures |
experimental | 24.08.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 4.14.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 16.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 17.08.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 20.12.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 24.08.2 |
Debtags of package kalzium: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | browsing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk
tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.
Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.
|
|
qutemol
interaktiv visualisering af makromolekyler
|
Versions of package qutemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 0.4.1~cvs20081111-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.1~cvs20081111-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 0.4.1~cvs20081111-3.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.4.1~cvs20081111-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package qutemol: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut, wxwidgets |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
QuteMol er et interaktivt, højkvalitetssystem til visualisering af molekyler. Det udnytter de aktuelle GPU-kapaciteter via OpenGL-skygger til at tilbyde en vifte af innovative visuelle effekter. QuteMols
visualiseringsteknikker har som mål at skabe klarere og lettere forståelse
af 3D-formen og strukturen i store molekyler eller komplekse proteiner.
Qutemol bruger avancerede OpenGL-teknikker og virker måske ikke korrekt med
alle videokort og drivere.
Funktioner der tilbydes i QuteMol:
- Omgivende okklusion i realtid
- Dybdebevidst silhuet-forbedring
- Kugler-og-pinde, rumudfylding og »liquorice«-visualiseringstilstande
- Højopløste, udjævnede øjebliksbilleder til optegninger i trykkvalitet
- Automatisk oprettelse af animerede gif-billeder af roterende molekyler
for animationer på internetsider
- Interaktiv optegning af makromolekyler (>100k atomer)
QuteMol læser PDB-filer som inddata.
|
|
rasmol
Visualisering af biologiske makromolekyler
|
Versions of package rasmol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.7.5.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.7.5.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x |
buster | 2.7.6.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package rasmol: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner,
xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og
oprette billeder i udgivelseskvalitet.
Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet
på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt
de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt,
Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd
(eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.
Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos
Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds
(MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format
(XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.
Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne
GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle
Xlib-grafiske brugerflade.
The package is enhanced by the following packages:
rasmol-doc
Please register by following this link if you are using rasmol.
|
|
raster3d
Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
|
Versions of package raster3d |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 3.0-3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 3.0-3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0-3-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0-7-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package raster3d: |
field | biology, biology:structural |
interface | commandline |
role | program |
scope | application |
use | converting, viewing |
works-with | 3dmodel, image, image:raster |
works-with-format | jpg, png |
|
License: DFSG free
|
Raster3D er et sæt af værktøjer for oprettelse af højkvalitets
rasterbilleder for proteiner eller andre molekyler. Basisprogrammet
optegner sfærer, triangler, cylindere og keglesnitsflader med spejlende
fremhævelse, Phong-skygge og skyggelægning. Programmet bruger en effektiv
programalgoritme Z-buffer, som er uafhængig af eventuelt udstyr. Yderligere
programmer behandler atomare koordinater fra PDB-filer til
optegningsbeskrivelser for billeder komponeret for bånd, pladsfyldende
atomer, grænser, bold+stav etc. Raster3D kan også bruges til at optegne
billeder fremstillet i andre programmer såsom Molscript i strålende 3D med
fremhævelser, skyggelægning etc. Resultatet gemmes i billedpunktsfiler med
24-bit farveinformation per billedpunkt.
|
|
shelxle
Grafisk brugergrænseflade for SHELXL
|
Versions of package shelxle |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.0.677-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.0.1552-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.0.1472-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.0.1179-1 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.0.952-1 | amd64,arm64,i386 |
stretch | 1.0.816-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.0.1695 |
Debtags of package shelxle: |
uitoolkit | qt |
|
License: DFSG free
|
ShelXle kombinerer et redigeringsprogram med syntaksfremhævelse for SHELXL-
associerede .ins- (input) og .res-filer (output) med en interaktiv grafisk
skærm for visualisering af tredimensionelle strukturer inklusive
elektrontætheds- (Fo) og forskeltæthedskort (Fo-Fc).
https://dx.doi.org/10.1107/S0021889811043202
|
|
v-sim
Visualiser atomare strukturer
|
Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser,
molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).
Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«).
Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen,
angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra
skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det
muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG
(scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at
farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen -
mange positionsfiler.
|
|
viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
|
Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for
beregninger og med at visualisere resultaterne.
I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover,
DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt
PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og
Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian
9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at
OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.
|
|
xbs
3-d models and movies of molecules
|
Versions of package xbs |
Release | Version | Architectures |
sid | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package xbs: |
field | chemistry |
interface | 3d |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | xlib |
use | printing, viewing |
works-with | text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
xbs ball-and-sticks plotting program can create still
and moving three dimensional models of molecules. X11 and
PostScript output are available. Models can be rotated,
scaled, etc. Various labeling, shading, lighting,
coloring options are available.
|
|
xcrysden
Visualiseringsprogram for krystallinske strukturer og molekylstruktur
|
Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
|
License: DFSG free
|
XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram,
som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på
krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan
køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.
XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere
filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick),
gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller
ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd
(x11-apps) være til stede.
|
|
xmakemol
Program til visualisering af atomare og molekylære systemer
|
Versions of package xmakemol |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.16-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.16-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.16-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package xmakemol: |
field | chemistry |
hardware | input, input:mouse |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af
LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske
systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og
hydrogen-bindinger.
Inkluderede funktioner:
- Animering af flere billedfiler
- Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og
torsionsvinkler
- Kontrol over atom/bindings-størrelser
- Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
- Skift af synligheden for atomgrupper
- Redigering af positionen for atomundersæt
|
|
|