Debian Science High Energy Physics packages

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo metapacchetto fornisce quasi tutti i programmi e le librerie contenuti in CERNLIB. Probabilmente molti vorranno solo un sottoinsieme di questi. Alcuni programmi CERNLIB aggiuntivi, di scarso interesse per molti, possono essere ottenuti tramite il metapacchetto cernlib-extras.

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto contiene file di ogni genere e indipendenti dall'architettura che sono utili per i programmi e le librerie di CERNLIB, compresi, per esempio, script che possono generare un'ossatura della struttura di directory CERNLIB e le macro di evidenziazione della sintassi di Vim per i file CDF di KUIPC e i file macro "kumac" di PAW.

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo metapacchetto fornisce le librerie e gli strumenti di analisi (es. PAW) che probabilmente sono desiderati dalla maggior parte degli utenti delle librerie CERN che non sono interessati specificatamente alla fisica delle alte energie. Non fornisce librerie e strumenti di sviluppo; questi possono essere ottenuti installando il metapacchetto cernlib-core-dev o i singoli pacchetti lib*-dev.

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo metapacchetto fornisce diversi programmi CERNLIB aggiuntivi non inclusi in altri pacchetti di CERNLIB. È probabile che pochissime persone siano interessate ad essi; attualmente sono compresi zftp, pawserv e zserv. Gli ultimi due programmi funzionano come demoni tramite inetd e possono sollevare preoccupazioni sulla sicurezza del sistema.

Installare questo pacchetto insieme al metapacchetto "cernlib" fornirà un insieme completo di tutti i programmi e le librerie di CERNLIB, ad eccezione di ciò che non è stato incluso in Debian a causa delle licenze.

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo metapacchetto fornisce le diverse librerie (sia condivise che statiche) Monte Carlo incluse in CERNLIB. Probabilmente solo i fisici sono interessati a questi pacchetti. Notare che il programma GEANT 3.21 non è incluso ma lo si può avere installando anche il pacchetto Debian geant321.

Attenzione, le librerie di Ariadne, Fritiof, Jetset, Lepto e Pythia non sono disponibili in Debian a causa di problemi legati alle licenze; vedere il file README.Debian nel pacchetto montecarlo-base per le informazioni su come ottenerle.

The DIALS software is developed in a fully open-source, collaborative environment. The main development teams are based at Diamond Light Source and CCP4, in the UK, and at Lawrence Berkeley National Laboratory, USA. However, in the spirit of the open source movement, we welcome collaboration from anyone who wishes to contribute to the project.

To avoid “reinventing the wheel” as much as possible, the DIALS project builds on knowledge accumulated over many decades in the field of crystallographic data processing. We benefit greatly from the altruism of experts who contribute their ideas and advice, either directly or via their detailed publications on existing algorithms and packages such as XDS [2] and MOSFLM [3]. At the heart of the DIALS framework lies a design philosophy of hardware abstraction and a generalised model of the experiment that is inspired directly by material published on the seminal workshops on position sensitive detector software [1]. Continuing in the spirit of these workshops we held our own series of meetings, with talks from invited speakers, and code camps in which specific problems are addressed by intensive effort across the collaboration. Summaries of these meetings and copies of slides given as presentations are available here.

DIALS is written using Python and C++, making heavy use of the cctbx [4] for core crystallographic calculations and much infrastructure including a complete build system. Seamless interaction between the C++ and Python components of this hybrid system is enabled by Boost.Python. Python provides a useful ground for rapid prototyping, after which core algorithms and data structures may be transferred over to C++ for speed. High level interfaces of the hybrid system remain in Python, facilitating further development and code reuse both within DIALS and by third parties.

CERNLIB è una serie di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

DZedit è un'interfaccia interattiva al sistema DZDOC (documentazione ZEBRA) sviluppato al CERN. ZEBRA, che fa parte della libreria Packlib, permette la creazione di strutture dati complesse nel linguaggio FORTRAN 77; il sistema DZDOC aiuta nella generazione e nel mantenimento della documentazione per le strutture di dati ZEBRA.

FeynMF è un pacchetto LaTeX per disegnare facilmente diagrammi di Feynman di qualità professionale, illustrazioni che descrivono le interazioni fondamentali delle particelle subatomiche. I diagrammi possono essere creati usando il programma Metafont o MetaPost. FeynMF impagina la maggior parte dei diagrammi in maniera soddisfacente dalla struttura del grafo senza nessun bisogno di un intervento manuale. Tuttavia tutte le potenzialità di Metafont e MetaPost sono disponibili per casi più oscuri.

Notare che si avrà bisogno del pacchetto texlive-metapost per poter usare la versione di FeynMF basata su MetaPost.

GEANT è una infrastruttura per simulare il passaggio di particelle subatomiche attraverso la materia, per esempio in rilevatori di particelle. Per la massima flessibilità, le simulazioni di GEANT sono effettuate facendo il link di codice FORTRAN fornito dall'utente con la libreria GEANT ed eseguendo l'eseguibile risultante.

Questo pacchetto contiene gxint, uno script che rende la fase di link più comoda.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dei dati, pensati per l'uso negli esperimenti di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

KUIPC, il "Kit for a User Interface Package Compiler", è uno strumento per semplificare la scrittura del codice per l'interfaccia utente di un programma. Prende in input un CDF (Command Definition File - file di definizione dei comandi), che descrive i comandi che devono essere appresi dal programma, e restituisce in output codice C o FORTRAN che effettua le chiamate a funzioni appropriate per impostare l'interfaccia utente. Questo codice può così essere compilato e linkato con il resto del programma. Poiché il codice generato usa le procedure KUIP, il programma deve anche essere linkato con la libreria Packlib che le contiene.

KUIPC non è più sviluppato attivamente, per questo, ad eccezione del suo uso nel processo di compilazione di CERNLIB, è principalmente di interesse storico.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

KXterm è un emulatore di terminale che combina le migliori caratteristiche delle finestre dell'ora defunto Apollo DM (come finestre di input e transcript, backup automatico su file delle finestre di transcript, ricerca di stringhe nelle finestre, ecc.) con il meccanismo di modifica e di richiamo della riga di comando in stile Emacs della shell Korn. Può supportare l'interfaccia a riga di comando di varie applicazioni CERNLIB.

LoopTools è un pacchetto per la valutazione di integrali scalari e tensoriali ad un loop basati sul pacchetto FF di G.J. van Oldenborgh. Implementa una semplice interfaccia Fortran, C++ e Mathematica per le funzioni scalari ad un loop di FF e in aggiunta fornisce le funzioni, a 2, 3 e 4 punti, dei coefficienti dei tensori.

Questo pacchetto fornisce il file programma di LoopTools: lt.

NEURON è un ambiente di simulazione per modellare neuroni individuali e reti di neuroni. Fornisce strumenti comodi per costruire, gestire e usare modelli in un modo che è numericamente solido e computazionalmente efficiente. È particolarmente bene adatto ai problemi che sono strettamente collegati a dati sperimentali, specialmente quelli che coinvolgono celle con proprietà biofisiche e anatomiche complesse.

NEURON offre

• "sintassi naturale", che permette di specificare proprietà del modello in idiomi familiari;
• discretizzazione efficiente e indolore, spaziale e temporale;
• svariati metodi numerici di integrazione differenti, selezionabili dall'utente;
• interfaccia utente comoda (interpreti + GUI);
• libreria di meccanismi biofisici ampliabile dall'utente.

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Questo pacchetto contiene la famiglia di programmi Nypatchy, i successori di Patchy e Ypatchy. Questi programmi sono pensati per funzionare con insiemi di patch (ad esempio per l'uso su diverse architetture hardware) adatti a essere applicati ad un albero di codice sorgente. Gli insiemi di patch e il codice sorgente comune sono mantenuti come un unico file PAM (Patchy Master file) testuale. I file PAM possono contenere codice C, FORTRAN o assembly.

Nypatchy e le utilità correlate possono effettuare azioni su un file PAM come aggiornarlo, confrontarlo con una versione più vecchia o restituire il codice sorgente adatto all'input di un compilatore, avendo selezionato, per essere usati, alcuni sottoinsiemi di patch disponibili. Queste utilità possono essere usate interattivamente o possono funzionare in modalità non interattiva da un file di comandi "cradle".

Mentre Nypatchy è ancora attualmente utilizzato, principalmente nella fisica ad alte energie, questi programmi non sono più sviluppati attivamente. Non è raccomandato il loro uso nei nuovi progetti.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni di fisica ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

PAW è un programma interattivo che fornisce strumenti per presentazioni grafiche interattive e per analisi matematiche e statistiche. È progettato per lavorare su oggetti familiari per i fisici, come istogrammi, file evento (n-tuple), vettori, ecc.

Il programma, per funzionare in modo corretto su architetture a 64 bit, include le librerie CERN statiche poiché il modo in cui è stato progettato non è totalmente compatibile con tale architettura.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include Paw++, un programma interattivo per l'uso nelle analisi e nelle presentazioni grafiche. Paw++ è lo stesso programma di PAW (nel pacchetto "paw"), ma con un'interfaccia grafica più gradevole, basata su Motif, compilata con Lesstif in Debian.

Il programma è staticamente collegato alle librerie CERN su architetture a 64 bit per poter funzionare correttamente, poiché il suo disegno non è propriamente un 64 bit pulito.

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Questo pacchetto contiene il demone del server per client PAW remoti. PAW è il Physics Analysis Workstation (stazione di lavoro per l'analisi fisica), un programma di analisi grafica. Nello stesso binario è incluso zserv, il demone del server per il protocollo ZFTP; zserv è un programma di trasferimento file estensibile tramite macro che gestisce il trasferimento di file formattati, non formattati e ZEBRA RZ (CMZ, HBOOK, ecc.). È simile ad un demone FTP standard sebbene resti in ascolto su una porta differente. Entrambi i server operano attraverso inetd.

Poiché questi server accettano password in chiaro e non gestiscono SSL o altri metodi di criptografia, si dovrebbe probabilmente installare questo pacchetto soltanto all'interno di una LAN fidata. Deve essere visto come equivalente a telnetd originario in termini di sicurezza (o mancanza di questa).

SDPB is an open-source, arbitrary-precision, parallelized semidefinite program solver, designed for the conformal bootstrap. SDPB significantly outperforms less specialized solvers and should enable many new computations.

For more information, see "A Semidefinite Program Solver for the Conformal Bootstrap" at http://arxiv.org/abs/1502.02033.

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ZFTP è un programma per trasferimento file, estensibile tramite macro, che gestisce il trasferimento di file formattati, non formattati e ZEBRA RZ (CMZ, HBOOK, ecc.). Fornisce un'interfaccia comune per tutti i sistemi e evita i problemi di conversioni del formato dei file che avvengono quando si trasferiscono file CERNLIB tra architetture diverse.

Tranne che per il trattamento speciale dei file CERNLIB e l'uso di una porta diversa, zftp è molto simile ad un client FTP. Se non si ha già familiarità con questo programma, quasi certamente non se ne ha bisogno.

GEANT è una infrastruttura per simulare il passaggio di particelle subatomiche attraverso la materia, per esempio in rilevatori di particelle. Per la massima flessibilità, le simulazioni di GEANT sono effettuate facendo il link di codice FORTRAN fornito dall'utente con la libreria GEANT ed eseguendo l'eseguibile risultante.

Questo pacchetto include della documentazione, in formato testo, relativa a GEANT 3.21.

CERNLIB è una suite di strumenti e librerie per l'analisi dati, pensati per l'uso in sperimentazioni fisiche ma applicabili anche ad altri campi come ad esempio le scienze biologiche.

Questo pacchetto include script d'esempio da usare con PAW o Paw++ e script test per assicurarsi che i programmi PAW o Paw++ funzionino correttamente. Si possono eseguire gli esempi e i test con il programma incluso paw-demos.

Geant4 is a toolkit for the simulation of the passage of particles through matter. Its areas of application include high energy, nuclear and accelerator physics, as well as studies in medical and space science.

This is a metapackage depending on all libraries.