Debian Science Project
Summary
Chemistry
paquets pour la chimie de Debian Science

Ce métapaquet installe les paquets de Debian Science concernant la chimie. L’utilisateur peut aussi être intéressé par field::chemistry de debtag et, en fonction de ses priorités, par le métapaquet education-chemistry.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Chemistry packages

Official Debian packages with high relevance

adun.app
simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique
Versions of package adun.app
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.81-13amd64,arm64,armhf,i386
jessie0.81-6amd64,armel,armhf,i386
stretch0.81-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.81-14amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package adun.app:
fieldbiology, biology:structural
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
suitegnustep
uitoolkitgnustep
useanalysing, organizing, viewing
works-with3dmodel, db
x11application
Popcon: 6 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.

Ce paquet fournit UL, le frontal graphique d'Adun.

Please cite: Michael A. Johnston, Ignacio Fdez. Galván and Jordi Villà-Freixa: Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: The Adun simulator. (PubMed) J. Comp. Chem. 26(15):1647-1659 (2005)
Screenshots of package adun.app
apbs
solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
Versions of package apbs
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.0+dfsg1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.4-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm3.4.1-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.4-1amd64,armel,armhf,i386
sid3.4.1-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package apbs:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
Popcon: 22 users (25 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

APBS est un paquet pour la résolution numérique de l'équation de Poisson-Boltzmann (PBE), un des modèles continus les plus populaires décrivant les interactions entre solutés moléculaires en milieu aqueux et salin. Le continuum électrostatique joue un rôle important dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, incluant :

 – la simulation des processus de diffusion pour déterminer les cinétiques
    de liaison ligand-protéine et protéine-protéine ;
 – la dynamique moléculaire de solvatation des biomolécules ;
 – le calcul de l'énergie de solvatation et de liaison pour déterminer
   les constantes d'équilibre de liaison ligand-protéine et
   protéine-protéine afin d'aider à la conception rationnelle de
   médicaments ;
 – les études de titration biomoléculaire.

APBS est conçu pour évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles simulations dans un large spectre d'échelles de longueur pour permettre l'étude de molécules de dix à des millions d'atomes.

Ce paquet fournit de programme apbs et des utilitaires.

Please cite: Nathan A. Baker, David Sept, Simpson Joseph, Michael J. Holst and J. Andrew McCammon: Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome. (eprint) Proc. Natl. Acad. Sci. 98(18):10037-10041 (2001)
atomes
atomic-scale 3D modeling toolbox
Versions of package atomes
ReleaseVersionArchitectures
trixie1.1.14-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm-backports1.1.14-1.1~bpo12+1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.1.14-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.1.15
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Atomes is a tool box to analyze (physico-chemical properties calculations), visualize (atoms, bonds, colormaps, measurements, coordination polyedra ...) create (crystal builder, molecular library, surface creation and passivation ...) 3D atomistic models. Atomes offers a workspace capable of handling many projects opened simultaneously. The different projects in the workspace can exchange data: analysis results, atomic coordinates... Atomes also provides an advanced input preparation system for further calculations using well known molecular dynamics codes: Classical MD: DLPOLY and LAMMPS

  • ab-initio MD: CPMD and CP2K
  • QM-MM MD: CPMD and CP2K To prepare the input files for these calculations is likely to be the key, and most complicated step towards MD simulations. Atomes offers a user-friendly assistant to help and guide the scientist step by step to achieve this crucial step.

This package provides the binaries.

The package is enhanced by the following packages: atomes-data
avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 52 users (21 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
bkchem
éditeur de structures chimiques
Versions of package bkchem
ReleaseVersionArchitectures
buster0.13.0-6all
bookworm0.14.0~pre4+git20211228-3all
trixie0.14.0~pre4+git20211228-4all
sid0.14.0~pre4+git20211228-4all
jessie0.13.0-4all
stretch0.13.0-5all
Debtags of package bkchem:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 7 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

BKchem est un logiciel libre de dessin de structures chimiques écrit en Python.

Quelques fonctionnalités disponibles :

 − dessin : lien par lien, patrons pour les anneaux courants, expansion
    de groupes, dessin des radicaux, charges, flèches, gestion des
    couleurs, etc. ;
 − édition : possibilité d'annuler les actions et vice versa sans limite,
    alignement, mise à l'échelle, rotation 2D et 3D, etc. ;
 − import/export : gestion complète des formats SVG et Open Office Draw,
    export en EPS, import/export basique en CML1 et CML2.
Screenshots of package bkchem
bodr
dépôt de données Blue Obelisk
Versions of package bodr
ReleaseVersionArchitectures
sid10-3all
bookworm10-2all
bullseye10-2all
buster10-1all
stretch10-1all
jessie10-1all
trixie10-3all
Debtags of package bodr:
roleapp-data
Popcon: 69 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Il s'agit d'un dépôt commun de faits chimiques et physiques visant à augmenter l'interopérabilité entre les programmes de chimie.

Voir https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b.

Please cite: Peter Murray-Rust: The Blue Obelisk (eprint) CDK News 2(2):43-46 (2005)
chemeq
Évaluateur de formule chimique et de leur équilibre
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemeq
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.12-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm2.23-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.19-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.18-1amd64,arm64,armhf,i386
trixie3.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch2.12-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.6-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package chemeq:
develinterpreter
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
usecalculating, learning, text-formatting, typesetting
works-withtext
works-with-formattex
Popcon: 9 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

chemeq est un filtre basique indépendant écrit en C, flex et bison. Il accepte en entrée des chaînes comme :

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
et produit en sortie du code LaTeX et des messages à propos de l'équilibre

de la réaction chimique.

 Exemple : :~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK
chemical-mime-data
prise en charge de types MIME et de fichiers chimiques pour des bureaux
Versions of package chemical-mime-data
ReleaseVersionArchitectures
buster0.1.94-7all
jessie0.1.94-6all
stretch0.1.94-6all
bullseye0.1.94-7.1all
bookworm0.1.94-7.2all
trixie0.1.94-7.2all
sid0.1.94-7.2all
Debtags of package chemical-mime-data:
fieldbiology, chemistry
roleapp-data
useorganizing
Popcon: 70 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Des types de composants chimiques et divers sous-types ont été proposés par Henry Rzepa, Peter-Murray Rust et Benjamin Whitaker en 1996 en complément des types MIME existants. La proposition n’a pas aboutie mais diverses applications utilisent ces types de fichiers ou MIME. Ce paquet ajoute la prise en charge par les bureaux de Linux de la détection et la reconnaissance des fichiers de type constituant chimique/*.

Consulter aussi http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

chemical-structures
service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package chemical-structures
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2.2.dfsg.0-18all
trixie2.2.dfsg.0-20all
sid2.2.dfsg.0-20all
buster2.2.dfsg.0-13all
stretch2.2.dfsg.0-12all
jessie2.2.dfsg.0-12all
bookworm2.2.dfsg.0-20all
Debtags of package chemical-structures:
fieldbiology, biology:bioinformatics, chemistry
interfacecommandline, web
roledata, program
sciencevisualisation
usecomparing, converting, learning, viewing
Popcon: 10 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce service web permet de parcourir un ensemble abondant de structures moléculaires fourni par le paquet chemical-structures-data, et finalement d’obtenir leurs transcriptions dans d’autres formats ouverts, grâce à openbabel.

Screenshots of package chemical-structures
chemtool
programme de dessin de structures chimiques
Versions of package chemtool
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6.14-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.6.14-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.6.14-1amd64,armel,armhf,i386
sid1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.6.14-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package chemtool:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useediting, learning
works-withimage, image:vector
works-with-formatsvg
x11application
Popcon: 23 users (14 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Chemtool est un éditeur de structure chimique 2D en GTK+ pour X11. Il prend en charge plusieurs types de liaisons, la plupart des formats de texte nécessaires à l'écriture en chimie et les flèches en forme de cerce, d'arc ou courbées.

Les dessins peuvent être exportés dans les formats MOL et PDB, SVG ou XFig pour des annotations ultérieures, en tant que dessin PiCTex ou comme fichier bitmap ou Postscript (plusieurs de ces formats grâce au programme fig2dev, pendant de XFig).

Le paquet contient également un programme d'aide, cht, pour calculer des formules et des masses moléculaires exactes à partir d'un fichier de dessin chemtool. Cht peut être appelé directement depuis Chemtool ou bien depuis la ligne de commande.

Please cite: Matthias Brüstle: Chemtool - Moleküle zeichnen mit dem Pinguin. (eprint) Nachr. Chem. 49(11):1310-1313 (2001)
Screenshots of package chemtool
cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
Versions of package cp2k
ReleaseVersionArchitectures
sid2023.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
stretch4.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2023.1-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster6.1-2amd64,arm64,armhf,i386
bullseye8.1-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.5.1-3amd64,armel,armhf,i386
upstream2024.3
Popcon: 11 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular dynamics (AIMD) simulations.

CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian calculations as well. Features include:

Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:

  • Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
  • Hartree-Fock (HF) energies and forces
  • Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
  • Random Phase Approximation (RPA) energies
  • Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
  • Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo- potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave approach (GPW/GAPW)
  • Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
  • Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5, PW92 and PADE
  • Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
  • Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including B3LYP, PBE0 and MCY3
  • Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
  • Additional XC functionals via LibXC
  • Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
  • Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW, PBE-vdW and B97X-D
  • DFT+U (Hubbard) correction
  • Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges (DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
  • Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS) matrix computation
  • Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace (DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
  • Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
  • Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear scaling of molecular systems
  • Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory (TDDFPT)

Ab-initio Molecular Dynamics:

  • Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
  • Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
  • PS extrapolation of initial wavefunction
  • Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
  • Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))

Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:

  • Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb interactions between the QM and the MM part
  • Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary conditions
  • Adaptive QM/MM

Further Features include:

  • Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
  • Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) for minimum energy path (MEP) calculations
  • Global optimization of geometries
  • Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
  • Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without periodic boundary conditions
  • Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble (NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling through velocity rescaling (CSVR) thermostats
  • Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy calculations
  • Classical Force-Field (MM) simulations
  • Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
  • Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
  • ATOM code for pseudopotential generation
  • Integrated molecular basis set optimization

CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).

drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
Versions of package drawxtl
ReleaseVersionArchitectures
stretch5.5-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.5-3amd64,arm64,armhf,i386
jessie5.5-3amd64,armel,armhf,i386
trixie5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid5.5-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm5.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye5.5-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package drawxtl:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut
x11application
Popcon: 12 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

À partir d'une description basique de la structure cristallographique, incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de Fourier et la limite de la maille élémentaire.

Quatre types de dessins sont produits :

  • une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
  • un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de haute qualité destinés à des publications ;

  • le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur Internet ;

  • un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.

DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS et WIEN2k.

Please cite: Larry W. Finger, Martin Kroeker and Brian H. Toby: DRAWxtl, an open-source computer program to produce crystal-structure drawings. (eprint) J. Appl. Cryst. 40:188-192 (2007)
Screenshots of package drawxtl
easychem
trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité
Versions of package easychem
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.6-8amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.6-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.6-8amd64,armel,armhf,i386
sid0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye0.6-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package easychem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
x11application
Popcon: 21 users (16 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

EasyChem vous permet de créer des diagrammes de haute qualité de molécules et de formules chimiques 2D, qui peuvent être exportées en PDF, PS, LaTex et fig.

EasyChem a été développé pour créer des diagrammes pour des livres de chimie ; il est maintenant fréquemment utilisé dans des livres relatifs à la chimie, commerciaux ou non.

Screenshots of package easychem
feff85exafs
calculs théoriques au code source ouvert pour EXAFS
Versions of package feff85exafs
ReleaseVersionArchitectures
trixie0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.2+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 10 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Le projet feff85exafs vise à fournir des normes théoriques de haute qualité pour l’analyse d’EXAFS avec un cadriciel au code source ouvert et librement redistribuable.

gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 18 users (7 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :

 – MPQC
 – GAMESS-US
 – Gaussian
 – Molcas
 – Molpro
 – Q-Chem

Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.

slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
galculator
calculatrice scientifique
Versions of package galculator
ReleaseVersionArchitectures
sid2.1.4-1.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.1.4-1.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster2.1.4-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm2.1.4-1.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.1.4-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.1.3-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.1.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package galculator:
fieldmathematics
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 1080 users (639 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Galculator est une calculatrice scientifique. Elle prend en charge différents systèmes de numération (décimal, hexadécimal, octal, binaire) et d’unités d'angle (degré, radian, grade) et intègre une large gamme de fonctions mathématiques (opérations arithmétiques de base, fonctions trigonométriques, etc.) et d'autres fonctions utiles (mémoire, etc.). Galculator peut être utilisé autant en mode algébrique qu'en mode de notation polonaise inverse (NPI).

gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
Versions of package gamgi
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.17.3-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.17.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch0.17.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.17.3-2amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.17.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gamgi:
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 14 users (4 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose une interface graphique pour étudier les structures des atomes et préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de l'atome.

The package is enhanced by the following packages: gamgi-data gamgi-doc
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package gamgi
garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
Versions of package garlic
ReleaseVersionArchitectures
sid1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.6-1.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.6-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.6-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package garlic:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitxlib
useviewing
x11application
Popcon: 15 users (8 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
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Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.

Il dépend uniquement des bibliothèque  X, aucune autre bibliothèque n'est nécessaire.

Parmi ses fonctions :

 – la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
   fenêtre ;
 – les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
   indépendants pour l'affichage ;
 – la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
   modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
 – il est capable de représenter des images stéréographiques ;
 – il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
   membrane ;
 – l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
   la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
    pointeur au-dessus ;
 – il est capable de charger plus d'une structure ;
 – il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
   hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
   les moments hydrophobes ;
 – l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
   Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite: Damir Zucic and Davor Juretic: Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program (eprint) Croatica Chemica Acta 77(1-2):397-401 (2004)
Registry entries: Bio.tools 
gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.0.2-2all
trixie3.0.2-2all
jessie2.2.6.1-1all
sid3.0.2-2all
buster3.0.2-1all
bullseye3.0.2-2all
stretch3.0.1.1-1all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (2 upd.)*
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GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des informations utiles.

GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
gchempaint
éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2
Versions of package gchempaint
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package gchempaint:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning
x11application
Popcon: 25 users (18 upd.)*
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GChemPaint est un éditeur 2D de structures chimiques avec une interface multidocument. Vous pouvez retrouver les molécules tracées dans NIST Webbook et PubChem.

gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
Versions of package gcrystal
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gcrystal:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 11 users (2 upd.)*
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GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de structures cristallines en utilisant OpenGL.

Screenshots of package gcrystal
gcu-bin
outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires
Versions of package gcu-bin
ReleaseVersionArchitectures
bullseye0.14.17-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch0.14.15-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
sid0.14.17-6.2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster0.14.17-1.1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm0.14.17-6.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gcu-bin:
roleprogram
uitoolkitgtk
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GNOME Chemistry Utils fournit des classes C++ et des objets graphiques en GTK+.2 relatifs à la chimie. Ils seront utilisés dans les versions futures de gcrystal et gchempaint.

Ce paquet fournit quatre applications :

 .
 – un visualisateur de structures moléculaires (GChem3D) ;
 – un calculateur de masse molaire (GChemCalc) ;
 – un tableau périodique des éléments (GChemTable) ;
 – un visualisateur de spectrométrie de masse (GSpectrum).
gcu-plugin
??? missing short description for package gcu-plugin :-(
Versions of package gcu-plugin
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.14.9-1amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gcu-plugin:
fieldchemistry
roleplugin
uitoolkitgtk
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Svn
gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
Versions of package gdis
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.90-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0.90-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.90-5amd64,arm64,armhf,i386
jessie0.90-5amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gdis:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
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Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les caractéristiques suivantes :

 — prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
   MARVIN et GULP) ;
 — création de molécule simple et outil de manipulation ;
 — dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
   de dynamique moléculaire ;
 — outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
   mise en évidence de région, etc) ;
 — animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
   voir ci-dessous).

GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres paquets :

 — rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
 — minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
 — calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
 — traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
 — visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
 — chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
Screenshots of package gdis
gdpc
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
Versions of package gdpc
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.5-3amd64,armel,armhf,i386
trixie2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
sid2.2.5-16amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64
stretch2.2.5-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.2.5-9amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.2.5-14amd64,arm64,mips64el,ppc64el
bookworm2.2.5-15amd64,arm64,mips64el,ppc64el
Debtags of package gdpc:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
works-with3dmodel, image, video
works-with-formatjpg, png
x11application
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Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats de fichiers graphiques JPG et PNG.

gelemental
visionneuse de tableau périodique des éléments
Versions of package gelemental
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.0.2-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch1.2.0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-12amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.0.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.0.2-1.1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.2.0-9amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package gelemental:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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gElemental est une visionneuse de la classification périodique qui fournit des informations détaillées sur les éléments chimiques.

Elle propose une vue du tableau qui permet la coloration thématique des éléments suivant plusieurs propriétés, une liste avec tri et une boîte de dialogue de propriétés des éléments affichant diverses informations comme les propriétés historiques, thermodynamiques, électrochimiques et cristallographiques.

Ce paquet fournit l'application principale.

ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
Versions of package ghemical
ReleaseVersionArchitectures
buster3.0.0-4amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch3.0.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package ghemical:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitegnome
uitoolkitgtk
useediting, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 16 users (5 upd.)*
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Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.

Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3 (« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet. Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour proposer des méthodes ab initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Screenshots of package ghemical
gperiodic
Table périodique des éléments
Versions of package gperiodic
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.0.10-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.0.3-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0.10-7amd64,armel,armhf,i386
bookworm3.0.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.0.3-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gperiodic:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau périodique des éléments chimiques et de consulter des informations détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.

gromacs
Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
Versions of package gromacs
ReleaseVersionArchitectures
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2024.4-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
trixie2024.3-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm2022.5-2amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs:
fieldbiology, biology:structural, chemistry
interfacecommandline, x11
roleprogram
uitoolkitxlib
x11application
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit des variantes pour l’exécution sur une seule machine et pour utiliser l’interface MPI sur plusieurs machines.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
gromacs-mpich
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH
Versions of package gromacs-mpich
ReleaseVersionArchitectures
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs-mpich:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface MPICH (v.3). Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
gromacs-openmpi
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI
Versions of package gromacs-openmpi
ReleaseVersionArchitectures
bullseye2020.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2019.1-1amd64,arm64,armhf,i386
jessie5.0.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2016.1-2amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package gromacs-openmpi:
devellang:c, library
fieldbiology, chemistry
interfacecommandline
roledevel-lib, program
scopeutility
works-withsoftware:package
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GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface OpenMPI. Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Please cite: Berk Hess, Carsten Kutzner, David van der Spoel and Erik Lindahl: GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. (eprint) J. Chem. Theory Comput. 4(3):435-447 (2008)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch  Bioconda 
jmol
visualisateur moléculaire
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
bookworm14.32.83+dfsg-2all
trixie16.2.33+dfsg-1all
sid16.2.33+dfsg-1all
upstream16.2.37
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 62 users (59 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique, l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et biochimie.

Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package jmol
kalzium
outil de table périodique et de chimie
Versions of package kalzium
ReleaseVersionArchitectures
bullseye20.12.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
experimental24.08.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie4.14.2-1amd64,armel,armhf,i386
stretch16.08.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster17.08.3-1amd64,arm64,armhf,i386
sid23.08.5-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream24.08.3
Debtags of package kalzium:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usebrowsing, learning, viewing
works-with3dmodel
x11application
Popcon: 165 users (186 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un visionneur de molécules en 3D.

Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.

Other screenshots of package kalzium
VersionURL
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-797c6653a678dee1d38a271cd31facd2.png
22.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/24823/simage/large-b37a5de92bf3698c7145844e1ea4a4bd.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-7ac385be3f63bd95d07fa6b5ed246c93.png
4:20.04.0-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/19284/simage/large-c4639dd58a0b434a43f09b7bd601a95e.png
21.12.3https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/simage/large-b337656907b2f4c884df0e2fef25b617.png
4:3.5.9-2https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/1228/simage/large-6d015b0dadb288a0cc6f6e5d5d3331fa.png
4:4.4.5-1https://screenshots.debian.net/shrine/screenshot/4862/simage/large-e344f66fe538f46bc890f8ed79d12678.png
Screenshots of package kalzium
katomic
jeu de puzzle atomix
Versions of package katomic
ReleaseVersionArchitectures
sid22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie4.12.4-1amd64,armel,armhf,i386
experimental24.08.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye20.12.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch16.08.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie22.12.3-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster18.04.1-1amd64,arm64,armhf,i386
upstream24.08.3
Debtags of package katomic:
gamepuzzle
interfacex11
roleprogram
suitekde
uitoolkitqt
usegameplaying
x11application
Popcon: 77 users (182 upd.)*
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License: DFSG free
Git

KAtomic est un jeu de puzzle dans lequel les joueurs bougent des atomes pour assembler des molécules.

Ce paquet fait partie du module de jeux de KDE.

Screenshots of package katomic
libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
Versions of package libcdk-java
ReleaseVersionArchitectures
buster1.2.10-7all
bullseye2.3.134.g1bb9a64587-2all
bookworm2.8-2all
trixie2.9-1all
sid2.9-1all
jessie1.2.10-6all
stretch1.2.10-6all
Debtags of package libcdk-java:
devellang:java, library
fieldchemistry
roledevel-lib
Popcon: 2 users (6 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

mmass
outil de spectrométrie de masse pour les protéomes
Versions of package mmass
ReleaseVersionArchitectures
buster5.5.0-5all
jessie5.5.0-4all
stretch5.5.0-5all
Debtags of package mmass:
fieldbiology, chemistry
interfacex11
roleprogram
scienceplotting, visualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk, wxwidgets
useanalysing
works-withbiological-sequence, db
works-with-formatxml
x11application
Popcon: 2 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
Git

mMass est un analyseur et visualisateur de spectrométrie de masse, libre, avec lequel peuvent être réalisées les tâches suivantes relatives aux protéomes :

 — lecture des données de spectrométrie aux formats texte brut, mzXML
   et mzData ;
 — définition d’une liste de pics ;
 — visualisation de spectrométrie puissante (zoom, curseur…) ;
 — recalibration des données ;
 — simulation uniquement de protéines ;
 — recherche en ligne avec Mascot.

Ce logiciel peut être élargi facilement avec des modules supplémentaires en Python. Ce paquet fournit les parties indépendantes de l’architecture du logiciel.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
Screenshots of package mmass
mmass-modules
Mass spectrometry tool for proteomics - extension modules
Versions of package mmass-modules
ReleaseVersionArchitectures
jessie5.5.0-4amd64,armel,armhf,i386
buster5.5.0-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch5.5.0-5amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 5 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the following proteomics-related tasks can be performed:

  • Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
  • Define peak lists;
  • Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
  • Data recalibration;
  • Protein-only simulations;
  • Online Mascot searches.

The software can be easily extended by additional Python modules. This package contains the platform-dependent parts of the software.

Please cite: Martin Strohalm, Daniel Kavan, Petr Novák, Michael Volný and Vladimír Havlíček: mMass 3: A Cross-Platform Software Environment for Precise Analysis of Mass Spectrometric Data. (PubMed,eprint) Analytical chemistry (ACS) 82(11):4648-4651 (2010)
mopac7-bin
bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires
Versions of package mopac7-bin
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.15-6amd64,armel,armhf,i386
sid1.15-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.15-7amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.15-6amd64,arm64,armhf,i386
stretch1.15-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mopac7-bin:
fieldchemistry
roleprogram
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License: DFSG free
Git

MOPAC fournit des routines pour résoudre la structure électronique des molécules au niveau semi-empirique. Les méthodes disponibles incluent MNDO, MINDO/3, AM1 et PM3.

Ce paquet fournit les fichiers binaires de MOPAC7.

Please cite: James J. P. Stewart: MOPAC: A semiempirical molecular orbital program. (eprint) J. Comput.-Aided Mol. Design 4(1):1-103 (1990)
mpqc
programme de chimie quantique massivement parallèle
Versions of package mpqc
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
sid2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpqc:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
x11application
Popcon: 18 users (7 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MPQC est un programme de chimie quantique ab initio. Il est spécialement conçu pour effectuer des calculs sur les molécules de manière hautement parallélisée.

Il peut calculer des énergies et gradients avec les méthodes suivantes :

 — méthode générale de Hartree-Fock restreinte pour couche ouverte
   ou fermée ;
 — théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP) de second ordre pour
   couche fermée.

De plus, il peut calculer des énergies avec les méthodes suivantes :

 — théorie pour les couches ouvertes MP2 et les couches fermées
   explicitement corrélées (MP2-R12) ;
 — théorie de la perturbation de second ordre pour couche fermée
   (OPT2[2]) ;
 — théorie de la perturbation « Z-averaged » (ZAPT2).

Il comporte également un optimiseur interne de géométrie analytique.

MPQC est basé sur la boîte à outils scientifique SC (« Scientific Computing Toolkit »).

mpqc-support
Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance
Versions of package mpqc-support
ReleaseVersionArchitectures
sid2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster2.3.1-19amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.3.1-18+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.1-16amd64,armel,armhf,i386
bookworm2.3.1-22amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.3.1-21amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package mpqc-support:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline, x11
roleprogram
scopeutility
suiteemacs
uitoolkittk
x11application
Popcon: 7 users (2 upd.)*
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License: DFSG free
Git

MPQC est un programme de chimie quantique ab-inito. Il est spécialement conçu pour calculer des molécules de manière hautement parallélisée.

Ce paquet fournit les modules Perl permettant d'analyser les sorties du programme, des modes pour Emacs permettant de simplifier la modification de fichiers mpqc et enfin « molrender », un programme permettant de dessiner les molécules en format OOGL.

msxpertsuite
suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet
Versions of package msxpertsuite
ReleaseVersionArchitectures
bullseye5.8.9-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

MsXpertSuite fournit des programmes pour modéliser la chimie des (bio)polymères linéaires, la simulation de données spectrométriques de masse, l’analyse et l’exploration de données de masse. C’est le successeur de polyXmass de GNU et ensuite de massXpert.

Les programmes massXpert et mineXpert permettent les actions suivantes.

MassXpert :

 — faire de nouvelles définitions de la chimie des polymères ;
 — utiliser les définitions pour réaliser des calculs simples à la manière
   d'une calculatrice de bureau ;
 — réaliser la modification de séquences de polymères sophistiqués et des
   simulations ;
 — réaliser des comparaisons de listes m/z.

Les simulations chimiques incluent le clivage (chimique ou enzymatique), les fragmentations en phase gazeuse, la modification chimique d'un monomère de la séquence de polymères, la réticulation de monomères dans la séquence, les recherches massives et arbitraires, le calcul du modèle isotopique, etc.

MineXpert :

 — ouvrir les fichiers de données de spectrométrie de masse
   (mzML, mzXML, asc, xy…) ;
 — calculer et afficher le chromatogramme TIC ;
 — pour les données de mobilité, calculer et afficher une représentation
   colorée de mz=f(dt) ;
 — intégrer les données d’un chromatogramme TIC ou d’une représentation
   colorée :
   — en spectre de masse,
   — en spectre de dérive,
   — revenir à un chromatogramme TIC (chromatogramme XIC),
   — inverser les opérations,
   — en valeur unique d’intensité (pour des comparaisons
     d’intensités spectrale de masse) ;
 — modéliser des pics de centres de masse en spectre de masse en utilisant
   soit le modèle gaussien soit le modèle lorentzien ;
 — exporter les données en fichiers textuels ;
 — découper un gros fichier initial en plus petites tranches pour une
   exploration des données plus facile ;
 — définir comment l’exploration des données est enregistrée sur le disque
   pour une utilisation ultérieure ;
 — convertir les fichiers mzML dans un format privé (quoique ouvert) de
   spectrographie de masse qui permet une meilleure performance (basé
   sur SQLite3).

Ce paquet dépend à la fois des paquets massXpert et mineXpert et donc installera les deux. Pour un seul paquet, le paquet correspondant, msxpertsuite-massxpert ou msxpertsuite-minexpert est à installer.

Registry entries: Bio.tools 
openbabel
boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande
Versions of package openbabel
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.1+dfsg-3amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.3.2+dfsg-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.3.2+dfsg-2amd64,armel,armhf,i386
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package openbabel:
fieldchemistry
interfacecommandline
roleprogram
scopeutility
useconverting
Popcon: 72 users (62 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Open Babel est une boite à outils dans le domaine de la chimie. Elle a été conçue pour prendre en charge les nombreux langages des données chimiques. Elle permet de rechercher, convertir, analyser ou bien stocker les données de modélisation moléculaire, de chimie, de matériaux solides, de biochimie ou de domaines connexes. Les fonctionnalités comprennent :

 − ajout ou suppression d'hydrogène ;
 − gestion de la dynamique moléculaire ;
 − gestion de la syntaxe de reconnaissance moléculaire SMARTS ;
 − perception automatique des propriétés (cycles, liaisons,
    hybridation ou aromaticité) ;
 − typage flexible des atomes et perception des liaisons multiples
    d'après les coordonnées atomiques ;
 − calcul de charge partielle de Gasteiger-Marsili.

Les formats de fichiers traités par Open Babel comprennent : PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL, Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC et MPQC.

Ce paquet comprend les utilitaires suivants :

 – obabel : conversion entre divers formats de fichiers de chimie ;
 – obenergy : calcul de l'énergie d'une molécule ;
 – obminimize : optimisation de la géométrie, minimisation de l'énergie
                d'une molécule ;
 – obgrep : programme de recherche moléculaire utilisant le modèle
            SMARTS ;
 – obgen : génération des coordonnées en 3D d'une molécule ;
 – obprop : affichage des propriétés standard d'une molécule ;
 – obfit : superposition de deux molécules à partir d'un modèle ;
 – obrotamer : génération de coordonnées de conformères ou rotamères ;
 – obconformer : génération de conformères de faible énergie ;
 – obchiral : affichage des informations de chiralité moléculaire ;
 – obrotate : notation d’angle dièdre de molécules en mode automatique
              (batch) ;
 – obprobe : création d’une grille de sonde électrostatique.
Screenshots of package openbabel
openfoam
Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries
Versions of package openfoam
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1912.200626-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1812+dfsg1-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch4.1+dfsg1-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x
trixie1912.200626-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1912.200626-3amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1912.200626-1amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream2406
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License: DFSG free
Git

OpenFOAM is the free, open source CFD software released and developed primarily by OpenCFD Ltd since 2004. It has a large user base across most areas of engineering and science, from both commercial and academic organisations. OpenFOAM has an extensive range of features to solve anything from complex fluid flows involving chemical reactions, turbulence and heat transfer, to acoustics, solid mechanics and electromagnetics.

Package contains binaries.

pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
Versions of package pdb2pqr
ReleaseVersionArchitectures
trixie3.6.1+dfsg-1all
bullseye2.1.1+dfsg-7+deb11u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.1.1+dfsg-5amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.1.1+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.9.0+dfsg-1amd64,armel,armhf,i386
bookworm3.5.2+dfsg-3all
sid3.6.1+dfsg-1all
upstream3.6.2
Popcon: 11 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

  • Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
  • Determining side-chain pKas
  • Placing missing hydrogens
  • Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
  • Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
Please cite: Todd J Dolinsky, Paul Czodrowski, Hui Li, Jens E Nielsen, Jan H Jensen, Gerhard Klebe and Nathan A Baker: PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations. (PubMed,eprint) Nucleic Acids Research 35:W522-5 (2007)
psi3
suite de programme de chimie quantique
Versions of package psi3
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster3.4.0-6amd64,arm64,armhf,i386
jessie3.4.0-5amd64,armel,armhf,i386
stretch3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.4.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package psi3:
fieldchemistry, physics
interfacecommandline
roleprogram
sciencecalculation
scopesuite
usecalculating
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Versions and Archs
License: DFSG free
Svn

PSI3 est un programme de méthodes ab initio de chimie quantique. Il est spécialement conçu pour calculer avec précision les propriétés de molécules petites à moyennes en utilisant des techniques hautement corrélées.

Il peut calculer les énergies et les gradients par les méthodes suivantes :

 — méthodes de Hartree-Fock pour couche complète et restreinte pour
   couche ouverte (RHF/ROHF) (incluant les matrices analytiques
   hessiennes pour RHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP2) ;
 — champ auto-cohérent de l'espace actif complet (CASSCF) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » (CCSD) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) (seulement pour les fonctions d’onde de
   référence d’Hartree-Fock non restreinte (UHF).

De plus, il peut calculer les énergies par les méthodes suivantes :

 — méthode de Hartree-Fock non restreinte (UHF) ;
 — théorie de la perturbation de Møller-Plesset pour couche ouverte et
   complète (MP2) ;
 — théorie MP2 explicitement corrélée de couche complète (MP2-R12) et
   théorie MP2 adaptée au composant spin (SCS-MP2) ;
 — interaction de configuration multi-référence (MRCI) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
   « triples » (CCSD(T)) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » avec approximation du
   premier au second ordre (CC2/CC3) ;
 — méthode du cluster couplé « singles, doubles » multiréférence
   (MRCCSD) ;
 — méthodes pour couche complète et restreinte pour couche ouverte
   d’équations de mouvement de cluster couplé « singles, doubles »
   (EOM-CCSD)

Les autres fonctions incluent :

 — format d’entrée flexible, modulaire et personnalisable ;
 — calcul d’états excités avec les méthodes CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF,
   MRCI et MRCCSD ;
 — optimiseur de géométrie de coordonnées interne ;
 — calcul des fréquences harmoniques ;
 — propriétés d’un électron tels que les moments dipolaires ou
   quadrupolaires, orbites naturelles, potentiel électrostatique,
   constantes de couplage hyperfin ou densité de spin ;
 — utilisation de groupe ponctuel de symétrie moléculaire pour une
   amélioration de l’efficacité.
Screenshots of package psi3
pyfai
Fast Azimuthal Integration scripts
Versions of package pyfai
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.13.0+dfsg-1all
jessie0.10.2-1amd64,armel,armhf,i386
sid2024.05-3all
trixie2024.05-3all
bookworm-backports2023.9.0-1~bpo12+1all
bookworm0.21.3+dfsg1-4all
bullseye0.20.0+dfsg1-3all
buster-backports0.19.0+dfsg1-3~bpo10+1all
buster0.17.0+dfsg1-3all
stretch-backports0.15.0+dfsg1-1~bpo9+1all
upstream2024.09
Popcon: 9 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyFAI is a Python library for azimuthal integration; it allows the conversion of diffraction images taken with 2D detectors like CCD cameras into X-Ray powder patterns that can be used by other software like Rietveld refinement tools (i.e. FullProf), phase analysis or texture analysis.

As PyFAI is a library, its main goal is to be integrated in other tools like PyMca, LiMa or EDNA. To perform online data analysis, the precise description of the experimental setup has to be known. This is the reason why PyFAI includes geometry optimization code working on "powder rings" of reference samples. Alternatively, PyFAI can also import geometries fitted with other tools like Fit2D.

PyFAI has been designed to work with any kind of detector with any geometry (transmission, reflection, off-axis, ...). It uses the Python library FabIO to read most images taken by diffractometer.

pymol
système de graphismes moléculaires
Versions of package pymol
ReleaseVersionArchitectures
buster2.2.0+dfsg-4all
bullseye2.4.0+dfsg-2all
bookworm2.5.0+dfsg-1all
jessie1.7.2.1-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.8.4.0+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.0.0+dfsg-1all
trixie3.0.0+dfsg-1all
Debtags of package pymol:
fieldbiology:structural, chemistry
interface3d, x11
roleprogram
scopeutility
uitoolkittk
uselearning, viewing
works-withimage
x11application
Popcon: 60 users (24 upd.)*
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License: DFSG free
Git

PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules de qualité professionnelle.

Les fonctions incluent :

 – la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
   structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
 – un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
 – un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
 – la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
   en Python.

Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF, MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.

Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
Topics:
python3-mpiplus
cadriciel de Python avec GPU pour le calcul d’énergie libre alchimique – Python 3
Versions of package python3-mpiplus
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.0.1-2all
trixie0.0.2+ds-1all
sid0.0.2+ds-1all
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License: DFSG free
Git

Il s’agit d’un cadriciel de Python avec accélération graphique pour l’étude des algorithmes de calcul d’énergie libre alchimique.

python3-openbabel
Chemical toolbox library (Python bindings)
Versions of package python3-openbabel
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.1.1+dfsg-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.1.1+dfsg-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.1.1+dfsg-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 17 users (14 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas. Features include:

  • Hydrogen addition and deletion
  • Support for Molecular Mechanics
  • Support for SMARTS molecular matching syntax
  • Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
  • Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
  • Gasteiger-Marsili partial charge calculation

File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.

This package contains the Python binding.

python3-pymzml
mzML mass spectrometric data parsing (Python 3.x)
Versions of package python3-pymzml
ReleaseVersionArchitectures
trixie2.5.10+repack1-1all
bullseye2.4.7-3all
bookworm2.5.2+repack1-1all
sid2.5.10+repack1-1all
stretch0.7.6-dfsg-4all
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License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
qutemol
visualisation interactive de macromolécules
Versions of package qutemol
ReleaseVersionArchitectures
sid0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye0.4.1~cvs20081111-13amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0.4.1~cvs20081111-12amd64,arm64,armhf,i386
trixie0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch0.4.1~cvs20081111-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm0.4.1~cvs20081111-15amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0.4.1~cvs20081111-3.2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package qutemol:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitglut, wxwidgets
x11application
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License: DFSG free
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QuteMol est un système de visualisation moléculaire interactif et de haute qualité. Il exploite les capacités des GPU actuels grâce aux shaders OpenGL pour proposer un ensemble d'effets visuels innovants. Les techniques de visualisation de QuteMole sont destinées à améliorer la clarté et la compréhension de la forme en 3D et de la structure de grandes molécules ou de protéines complexes.

QuteMol utilise des techniques évoluées d'OpenGL et pourrait ne pas fonctionner correctement avec toutes les cartes graphiques et tous les pilotes.

Les fonctionnalités proposées par QuteMol incluent :

 − occlusion ambiante en temps réel ;
 − amélioration de la silhouette prenant en compte la profondeur ;
 − modes de visualisation en boule et bâton, remplissage de l'espace et
    « liquorice » ;
 − création automatique de gifs animés de molécules en rotation pour les
    animations de pages web ;
 − rendu interactif de macromolécules (plus de 100 atomes).

QuteMol lit les fichiers PDB en entrée.

Please cite: Marco Tarini, Paolo Cignoni and Claudio Montani: Ambient Occlusion and Edge Cueing for Enhancing Real Time Molecular Visualization. (eprint) IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 12(5):1237-1244 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package qutemol
rasmol
visualisation de macromolécules biologiques
Versions of package rasmol
ReleaseVersionArchitectures
stretch2.7.5.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x
buster2.7.6.0-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.7.6.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid2.7.6.0-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie2.7.5.2-2amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package rasmol:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
scopeutility
uitoolkitgtk
uselearning, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la qualité des publications.

Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK), des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des surfaces de points.

Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.

Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne interface graphique Xlib.

The package is enhanced by the following packages: rasmol-doc
Please cite: Roger A. Sayle and E. James Milner-White: RasMol: Biomolecular graphics for all. (PubMed) Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20(9):374 (1995)
Registry entries: Bio.tools 
Screenshots of package rasmol
tandem-mass
logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines
Versions of package tandem-mass
ReleaseVersionArchitectures
jessie2013.09.01-2amd64,armel,armhf,i386
stretch20151215-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster201702011-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid201702011-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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X! Tandem peut faire la correspondance de spectrométrie de masse en tandem avec des séquences de peptide, dans un processus qui est couramment utilisé pour réaliser l’identification de protéines.

Ce logiciel a une interface de programmation applicative (IPA) très simple et non sophistiquée : elle prend un fichier XML d’instructions sur sa ligne de commande et produit le résultat sous forme de fichier XML ayant été indiqué dans le fichier XML d’entrée. Le format de la sortie est décrit dans http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

Au contraire de quelques moteurs de recherche de générations précédentes, tous les moteurs des séries X! calculent la fiabilité statistique (valeurs espérées) pour toutes les affectations spectre-vers-séquence particulières. Ils réassemblent toutes les affectations de peptide dans un ensemble de données sur les séquences de protéine connues et affecte la fiabilité statistique de non aléatoirité de cet assemblage et alignement. La formule pour cela est disponible sur https://www.thegpm.org/docs/peptide_protein_expect.pdf. Par conséquent des logiciels d’assemblage et d’analyse statistique distincts, par exemple, PeptideProphet et ProteinProphet, n’ont pas besoin d’être utilisés.

v-sim
Visualize atomic structures
Versions of package v-sim
ReleaseVersionArchitectures
stretch3.7.2-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye3.7.2-8amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.7.2-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package v-sim:
fieldchemistry, physics
interfacex11
roleprogram
sciencevisualisation
scopeapplication
uitoolkitgtk
useviewing
x11application
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Git

V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries, molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).

The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins). The user can interact through many functions to choose the view, set the bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields, duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats. Some tools are also available to colorize atoms from data values or to animate on screen many position files.

Screenshots of package v-sim
viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
buster2.4.1-25amd64,arm64,armhf,i386
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à visualiser les résultats.

Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée que comme filtre de sortie pour les coordonnées.

Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package viewmol
xbs
3-d models and movies of molecules
Maintainer: Matthew Vernon
Versions of package xbs
ReleaseVersionArchitectures
stretch0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie0-8amd64,armel,armhf,i386
sid0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0-12amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0-11amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye0-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster0-10amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package xbs:
fieldchemistry
interface3d
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitxlib
useprinting, viewing
works-withtext
works-with-formatpostscript
x11application
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xbs ball-and-sticks plotting program can create still and moving three dimensional models of molecules. X11 and PostScript output are available. Models can be rotated, scaled, etc. Various labeling, shading, lighting, coloring options are available.

Screenshots of package xbs
xdrawchem
Chemical structures and reactions editor
Maintainer: Georges Khaznadar
Versions of package xdrawchem
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.11.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.10.2.1-2amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.0-6amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.0-3amd64,armel,armhf,i386
sid1.11.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie1.11.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.11.0-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xdrawchem:
fieldchemistry
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
useediting, learning, viewing
x11application
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Git

Xdrawchem is a 2D editor for chemical structures and reactions. It mirrors the abilities of the commercial ChemDraw suite and has file compatibility with it as well as other chemical formats through OpenBabel.

This packaged version comes from a fork available at https://gitlab.com/yamanq/xdrawchem, as the previous version was no longer actively maintained. More information about it in the copyright file.

Screenshots of package xdrawchem
xmakemol
program for visualizing atomic and molecular systems
Versions of package xmakemol
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armhf,i386
bullseye5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
Debtags of package xmakemol:
fieldchemistry
hardwareinput, input:mouse
interfacex11
roleprogram
scopeapplication
uitoolkitmotif
useediting, viewing
x11application
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License: DFSG free
Git

XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.

Features include:

  • Animating multiple frame files
  • Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
  • Control over atom/bond sizes
  • Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
  • Toggling the visibility of groups of atoms
  • Editing the positions of subsets of atoms
Screenshots of package xmakemol
xmakemol-gl
program for visualizing atomic and molecular systems (OpenGL)
Versions of package xmakemol-gl
ReleaseVersionArchitectures
bookworm5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
stretch5.16-9amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie5.16-7amd64,armel,armhf,i386
sid5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
buster5.16-9amd64,arm64,armhf,i386
bullseye5.16-10amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package xmakemol-gl:
uitoolkitmotif
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License: DFSG free
Git

XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.

Features include:

  • Animating multiple frame files
  • Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
  • Control over atom/bond sizes
  • Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
  • Toggling the visibility of groups of atoms
  • Editing the positions of subsets of atoms

This is the OpenGL-enabled XMakemol package. The images are rendered using true 3D graphics primitives, and can be exported using the Xpm format; red/blue stereo images can also be produced. The OpenGL package provides more display options, along with better support for displaying vectors. Ellipses can also be rendered.

Official Debian packages with lower relevance

gdpc-examples
fichiers d’exemples pour le programme gdpc
Versions of package gdpc-examples
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.2.5-3all
buster2.2.5-9all
bullseye2.2.5-14all
sid2.2.5-16all
trixie2.2.5-16all
bookworm2.2.5-15all
stretch2.2.5-6all
Debtags of package gdpc-examples:
fieldbiology, biology:structural, chemistry, physics
roledocumentation
Popcon: 0 users (0 upd.)*
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License: DFSG free
Git

Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats de fichiers graphiques JPG et PNG.

Ce paquet renferme des exemples d’utilisation du programme gdpc.

libcoordgen-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Versions of package libcoordgen-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.4.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm3.0.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie3.0.2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

libmaeparser-dev
Development files to parse Schrödinger Maestro files
Versions of package libmaeparser-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid1.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.2.4-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.3.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.3.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides header files to develop one's own software that uses a library wth an Open Source parser for Maestro (.mae) files.

libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev
ReleaseVersionArchitectures
buster1.1-3amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 0 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

python-pymzml-doc
mzML mass spectrometric data parsing - documentation
Versions of package python-pymzml-doc
ReleaseVersionArchitectures
stretch0.7.6-dfsg-4all
sid2.5.10+repack1-1all
bullseye2.4.7-3all
bookworm2.5.2+repack1-1all
trixie2.5.10+repack1-1all
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Versions and Archs
License: DFSG free
Git

python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:

  • easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
  • a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
  • a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains the documentation in PDF and HTML format, along with the text sources (processed with sphinx).

Please cite: T. Bald, J. Barth, A. Niehues, M. Specht, M. Hippler and C. Fufezan: pymzML - Python module for high throughput bioinformatics on mass spectrometry data. (PubMed,eprint) Bioinformatics, UK 28(7):1052-1053 (2012)
python3-amp
Atomistic Machine-learning Package (python 3)
Versions of package python3-amp
ReleaseVersionArchitectures
buster0.6.1-1amd64,arm64,armhf,i386
bullseye0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.6.1-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream4878fc892f2cbc5cd9f29f7a367d7b05bdeb6ee9
Popcon: 7 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Amp is an open-source package designed to easily bring machine-learning to atomistic calculations. This project is being developed at Brown University in the School of Engineering, primarily by Andrew Peterson and Alireza Khorshidi, and is released under the GNU General Public License. Amp allows for the modular representation of the potential energy surface, allowing the user to specify or create descriptor and regression methods.

Amp is designed to integrate closely with the Atomic Simulation Environment (ASE). As such, the interface is in pure python, although several compute-heavy parts of the underlying code also have fortran versions to accelerate the calculations. The close integration with ASE means that any calculator that works with ASE ─ including EMT, GPAW, DACAPO, VASP, NWChem, and Gaussian ─ can easily be used as the parent method.

This package provides the python 3 modules.

python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
Versions of package python3-periodictable
ReleaseVersionArchitectures
buster1.5.0-7all
bookworm1.6.0-1all
trixie1.7.1-1all
sid1.7.1-1all
bullseye1.5.3-1all
Popcon: 61 users (47 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

refmac-dictionary
dictionary for macromolecular refinement and model building
Versions of package refmac-dictionary
ReleaseVersionArchitectures
buster5.41-1all
bookworm5.41-2all
bullseye5.41-2all
trixie5.41-3all
sid5.41-3all
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Dictionary of ligands and constituent blocks (e.g. amino acids, nucleic acids, sugars) contains necessary stereochemical information (e.g. bond lengths, angles, torsion angles) about small molecules used in refinement and model building. Values in the dictionary are for an abstract form of monomers, i.e there is no conformational/configurational or environment dependence.

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
Versions of package fdmnes
ReleaseVersionArchitectures
VCS0.0.20120607-1all
Versions and Archs
License: To-be-clarified
Git
Version: 0.0.20120607-1

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

molden
processing program of molecular and electronic structure
Versions of package molden
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.2-1all
Versions and Archs
License: non-free
Debian package not available
Git
Version: 5.2-1

MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged atomic density or the oriented ground state atomic density can be subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other formats. It also can animate reaction paths and molecular vibrations. It can calculate and display the true or Multipole Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN has a powerful Z-matrix editor which give full control over the geometry and allows you to build molecules from scratch, including polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619), allthough the X version is considerably running behind on the current one.

molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
Versions of package molekel
ReleaseVersionArchitectures
VCS5.4-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 5.4-1

Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.

Some of the features are:

  • Different methods to speed-up rendering of molecules with support for billboards and view-dependent level of detail techniques
  • Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality, outline contours and perform sketch-like renderings are provided
  • Visualization of residues (ribbon or schematic)
  • Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding box and resolution)
  • Visualization of the following surfaces:
  • Orbitals
  • Iso-surface from density matrix
  • Iso-surface from Gaussian cube grid data
  • SAS
  • SES
  • Van der Waals
  • Animation of molecular surfaces
  • Animation of vibrational modes
  • Export high resolution images for 300+ DPI printing
  • Export to PostScript and PDF
  • Export animation
  • Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on the plane surface to show the exact value of the field at a specific point in space.
tinker
Software Tools for Molecular Design
Responsible: LI Daobing (LI Daobing)
Versions of package tinker
ReleaseVersionArchitectures
VCS4.2-5~devall
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 4.2-5~dev

The TINKER molecular modeling software is a complete and general package for molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials, and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS, UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.

The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new distance geometry metrization method that has greater speed and better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of continuum solvation treatments including several variants of the generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long range electrostatics, and more....

No known packages available but some record of interest (WNPP bug)

libegad - wnpp
rational protein design library
Responsible: LI Daobing
License: LGPL
Debian package not available

The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly, free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of different energy functions and minimization algorithms under the same physical model.

Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727

libint - wnpp
Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
Responsible: Daniel Leidert
License: GPL
Debian package not available

Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion) and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea of the library is to let computer write optimized code for computing such integrals. There are two primary advantages to this: much less human effort is required to write code for computing new integrals, and code can be optimized specifically for a particular computer architecture (e.g., vector processor).

Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF) and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods. The following software packages use Libint:

Improves mpqc (#409025) and psi3.

No known packages available

openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
License: EPL
Debian package not available

OpenChrom is an open source software for chromatography based on the Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps, e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a flexible approach, which allows others to implement their own methods, algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom shall be an efficiently system to process chromatographic and mass spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 246355