Summary
Chemistry
paquets pour la chimie de Debian Science
Ce métapaquet installe les paquets de Debian Science concernant la
chimie. L’utilisateur peut aussi être intéressé par field::chemistry de
debtag et, en fonction de ses priorités, par le métapaquet
education-chemistry.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Chemistry packages
Official Debian packages with high relevance
adun.app
simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique
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Versions of package adun.app |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.81-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.81-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.81-13 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.81-14 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package adun.app: |
field | biology, biology:structural |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
suite | gnustep |
uitoolkit | gnustep |
use | analysing, organizing, viewing |
works-with | 3dmodel, db |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Adun est un simulateur bio-moléculaire qui inclut aussi une gestion des
données et des capacités d'analyse. Il a été développé au « Computational
Biophysics and Biochemistry Laboratory », qui fait partie de l'unité de
recherche sur l'informatique biomédicale de l'UPF.
Ce paquet fournit UL, le frontal graphique d'Adun.
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apbs
solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
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Versions of package apbs |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.4.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.4.1-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 1.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.4.1-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.0.0+dfsg1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package apbs: |
field | chemistry |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
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License: DFSG free
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APBS est un paquet pour la résolution numérique de l'équation de Poisson-Boltzmann (PBE), un
des modèles continus les plus populaires décrivant les interactions entre solutés
moléculaires en milieu aqueux et salin. Le continuum électrostatique joue un rôle important
dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, incluant :
– la simulation des processus de diffusion pour déterminer les cinétiques
de liaison ligand-protéine et protéine-protéine ;
– la dynamique moléculaire de solvatation des biomolécules ;
– le calcul de l'énergie de solvatation et de liaison pour déterminer
les constantes d'équilibre de liaison ligand-protéine et
protéine-protéine afin d'aider à la conception rationnelle de
médicaments ;
– les études de titration biomoléculaire.
APBS est conçu pour évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles
simulations dans un large spectre d'échelles de longueur pour permettre l'étude de molécules
de dix à des millions d'atomes.
Ce paquet fournit de programme apbs et des utilitaires.
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atomes
atomic-scale 3D modeling toolbox
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Versions of package atomes |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.1.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm-backports | 1.1.14-1.1~bpo12+1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.1.15-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.1.16 |
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License: DFSG free
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Atomes is a tool box to analyze (physico-chemical properties calculations),
visualize (atoms, bonds, colormaps, measurements, coordination polyedra ...)
create (crystal builder, molecular library, surface creation and
passivation ...) 3D atomistic models.
Atomes offers a workspace capable of handling many projects opened
simultaneously.
The different projects in the workspace can exchange data: analysis results,
atomic coordinates...
Atomes also provides an advanced input preparation system for further
calculations using well known molecular dynamics codes:
Classical MD: DLPOLY and LAMMPS
- ab-initio MD: CPMD and CP2K
- QM-MM MD: CPMD and CP2K
To prepare the input files for these calculations is likely to be the key, and
most complicated step towards MD simulations.
Atomes offers a user-friendly assistant to help and guide the scientist step
by step to achieve this crucial step.
This package provides the binaries.
The package is enhanced by the following packages:
atomes-data
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avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les
molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme
les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un
constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
— modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
de force automatique ;
— mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
conformation ;
— visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
— visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
— gestion des cellules cristallographiques ;
— création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
MOLPRO ;
— architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.
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bkchem
éditeur de structures chimiques
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Versions of package bkchem |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.13.0-6 | all |
jessie | 0.13.0-4 | all |
sid | 0.14.0~pre4+git20211228-5 | all |
trixie | 0.14.0~pre4+git20211228-5 | all |
bookworm | 0.14.0~pre4+git20211228-3 | all |
stretch | 0.13.0-5 | all |
Debtags of package bkchem: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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BKchem est un logiciel libre de dessin de structures chimiques écrit en
Python.
Quelques fonctionnalités disponibles :
− dessin : lien par lien, patrons pour les anneaux courants, expansion
de groupes, dessin des radicaux, charges, flèches, gestion des
couleurs, etc. ;
− édition : possibilité d'annuler les actions et vice versa sans limite,
alignement, mise à l'échelle, rotation 2D et 3D, etc. ;
− import/export : gestion complète des formats SVG et Open Office Draw,
export en EPS, import/export basique en CML1 et CML2.
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bodr
dépôt de données Blue Obelisk
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Versions of package bodr |
Release | Version | Architectures |
buster | 10-1 | all |
sid | 10-3 | all |
trixie | 10-3 | all |
bookworm | 10-2 | all |
bullseye | 10-2 | all |
stretch | 10-1 | all |
jessie | 10-1 | all |
Debtags of package bodr: |
role | app-data |
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License: DFSG free
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Il s'agit d'un dépôt commun de faits chimiques et physiques visant à
augmenter l'interopérabilité entre les programmes de chimie.
Voir https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b.
Please cite:
Peter Murray-Rust:
The Blue Obelisk
(eprint)
CDK News
2(2):43-46
(2005)
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chemeq
Évaluateur de formule chimique et de leur équilibre
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Versions of package chemeq |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.6-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.23-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.19-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.18-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.12-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.12-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package chemeq: |
devel | interpreter |
field | chemistry |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | calculating, learning, text-formatting, typesetting |
works-with | text |
works-with-format | tex |
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License: DFSG free
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chemeq est un filtre basique indépendant écrit en C, flex et bison. Il
accepte en entrée des chaînes comme :
2H2 + O2 ---> 2 H2O
et produit en sortie du code LaTeX et des messages à propos de l'équilibre
de la réaction chimique.
Exemple : :~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
OK
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chemical-mime-data
prise en charge de types MIME et de fichiers chimiques pour des bureaux
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Versions of package chemical-mime-data |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.1.94-6 | all |
sid | 0.1.94-7.2 | all |
trixie | 0.1.94-7.2 | all |
bookworm | 0.1.94-7.2 | all |
bullseye | 0.1.94-7.1 | all |
buster | 0.1.94-7 | all |
stretch | 0.1.94-6 | all |
Debtags of package chemical-mime-data: |
field | biology, chemistry |
role | app-data |
use | organizing |
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License: DFSG free
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Des types de composants chimiques et divers sous-types ont été proposés par
Henry Rzepa, Peter-Murray Rust et Benjamin Whitaker en 1996 en complément
des types MIME existants. La proposition n’a pas aboutie mais diverses
applications utilisent ces types de fichiers ou MIME. Ce paquet ajoute la
prise en charge par les bureaux de Linux de la détection et la
reconnaissance des fichiers de type constituant chimique/*.
Consulter aussi http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.
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chemical-structures
service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts
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Versions of package chemical-structures |
Release | Version | Architectures |
sid | 2.2.dfsg.0-20 | all |
trixie | 2.2.dfsg.0-20 | all |
bookworm | 2.2.dfsg.0-20 | all |
bullseye | 2.2.dfsg.0-18 | all |
buster | 2.2.dfsg.0-13 | all |
stretch | 2.2.dfsg.0-12 | all |
jessie | 2.2.dfsg.0-12 | all |
Debtags of package chemical-structures: |
field | biology, biology:bioinformatics, chemistry |
interface | commandline, web |
role | data, program |
science | visualisation |
use | comparing, converting, learning, viewing |
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License: DFSG free
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Ce service web permet de parcourir un ensemble abondant de structures moléculaires fourni par le paquet chemical-structures-data, et finalement d’obtenir leurs transcriptions dans d’autres formats ouverts, grâce à openbabel.
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chemtool
programme de dessin de structures chimiques
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Versions of package chemtool |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.6.14-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6.14-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6.14-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6.14-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package chemtool: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning |
works-with | image, image:vector |
works-with-format | svg |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Chemtool est un éditeur de structure chimique 2D en GTK+ pour X11. Il prend
en charge plusieurs types de liaisons, la plupart des formats de texte
nécessaires à l'écriture en chimie et les flèches en forme de cerce, d'arc
ou courbées.
Les dessins peuvent être exportés dans les formats MOL et PDB, SVG ou XFig
pour des annotations ultérieures, en tant que dessin PiCTex ou comme
fichier bitmap ou Postscript (plusieurs de ces formats grâce au programme
fig2dev, pendant de XFig).
Le paquet contient également un programme d'aide, cht, pour calculer des
formules et des masses moléculaires exactes à partir d'un fichier de dessin
chemtool. Cht peut être appelé directement depuis Chemtool ou bien depuis
la ligne de commande.
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cp2k
Ab Initio Molecular Dynamics
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Versions of package cp2k |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2023.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 4.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.5.1-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 6.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 8.1-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2023.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
upstream | 2024.3 |
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License: DFSG free
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CP2K is a program to perform simulations of solid state, liquid, molecular and
biological systems. It is especially aimed at massively parallel and linear
scaling electronic structure methods and state-of-the-art ab-initio molecular
dynamics (AIMD) simulations.
CP2K is optimized for the mixed Gaussian and Plane-Waves (GPW) method based on
pseudopotentials, but is able to run all-electron or pure plane-wave/Gaussian
calculations as well. Features include:
Ab-initio Electronic Structure Theory Methods using the QUICKSTEP module:
- Density-Functional Theory (DFT) energies and forces
- Hartree-Fock (HF) energies and forces
- Moeller-Plesset 2nd order perturbation theory (MP2) energies and forces
- Random Phase Approximation (RPA) energies
- Gas phase or Periodic boundary conditions (PBC)
- Basis sets include various standard Gaussian-Type Orbitals (GTOs), Pseudo-
potential plane-waves (PW), and a mixed Gaussian and (augmented) plane wave
approach (GPW/GAPW)
- Norm-conserving, seperable Goedecker-Teter-Hutter (GTH) and non-linear core
corrected (NLCC) pseudopotentials, or all-electron calculations
- Local Density Approximation (LDA) XC functionals including SVWN3, SVWN5,
PW92 and PADE
- Gradient-corrected (GGA) XC functionals including BLYP, BP86, PW91, PBE and
HCTH120 as well as the meta-GGA XC functional TPSS
- Hybrid XC functionals with exact Hartree-Fock Exchange (HFX) including
B3LYP, PBE0 and MCY3
- Double-hybrid XC functionals including B2PLYP and B2GPPLYP
- Additional XC functionals via LibXC
- Dispersion corrections via DFT-D2 and DFT-D3 pair-potential models
- Non-local van der Waals corrections for XC functionals including B88-vdW,
PBE-vdW and B97X-D
- DFT+U (Hubbard) correction
- Density-Fitting for DFT via Bloechl or Density Derived Atomic Point Charges
(DDAPC) charges, for HFX via Auxiliary Density Matrix Methods (ADMM) and
for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
- Sparse matrix and prescreening techniques for linear-scaling Kohn-Sham (KS)
matrix computation
- Orbital Transformation (OT) or Direct Inversion of the iterative subspace
(DIIS) self-consistent field (SCF) minimizer
- Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave method (LRIGPW)
- Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF (ALMO-SCF) energies for linear
scaling of molecular systems
- Excited states via time-dependent density-functional perturbation theory
(TDDFPT)
Ab-initio Molecular Dynamics:
- Born-Oppenheimer Molecular Dynamics (BOMD)
- Ehrenfest Molecular Dynamics (EMD)
- PS extrapolation of initial wavefunction
- Time-reversible Always Stable Predictor-Corrector (ASPC) integrator
- Approximate Car-Parrinello like Langevin Born-Oppenheimer Molecular Dynamics
(Second-Generation Car-Parrinello Molecular Dynamics (SGCP))
Mixed quantum-classical (QM/MM) simulations:
- Real-space multigrid approach for the evaluation of the Coulomb
interactions between the QM and the MM part
- Linear-scaling electrostatic coupling treating of periodic boundary
conditions
- Adaptive QM/MM
Further Features include:
- Single-point energies, geometry optimizations and frequency calculations
- Several nudged-elastic band (NEB) algorithms (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
for minimum energy path (MEP) calculations
- Global optimization of geometries
- Solvation via the Self-Consistent Continuum Solvation (SCCS) model
- Semi-Empirical calculations including the AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL
and PM6 parametrizations, density-functional tight-binding (DFTB) and
self-consistent-polarization tight-binding (SCP-TB), with or without
periodic boundary conditions
- Classical Molecular Dynamics (MD) simulations in microcanonical ensemble
(NVE) or canonical ensmble (NVT) with Nose-Hover and canonical sampling
through velocity rescaling (CSVR) thermostats
- Metadynamics including well-tempered Metadynamics for Free Energy
calculations
- Classical Force-Field (MM) simulations
- Monte-Carlo (MC) KS-DFT simulations
- Static (e.g. spectra) and dynamical (e.g. diffusion) properties
- ATOM code for pseudopotential generation
- Integrated molecular basis set optimization
CP2K does not implement conventional Car-Parrinello Molecular Dynamics (CPMD).
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drawxtl
visionneur de structures cristallographiques
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Versions of package drawxtl |
Release | Version | Architectures |
sid | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 5.5-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 5.5-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 5.5-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 5.5-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package drawxtl: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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À partir d'une description basique de la structure cristallographique,
incluant les paramètres de la maille élémentaire, le groupe d'espace, les
positions atomiques, les paramètres thermiques ou une carte de densité
électronique (Fourier map), DRAWxtl produit un objet géométrique qui
contient les polyèdres, les plans, les cones de doublets non liants, les
sphères ou ellipsoides, les liaisons, les contours de l'isosurface de
Fourier et la limite de la maille élémentaire.
Quatre types de dessins sont produits :
- une fenêtre OpenGL pour un aperçu immédiat ;
-
un « Persistence of Vision Ray Tracer » (POV-RAY) pour des dessins de
haute qualité destinés à des publications ;
-
le « Virtual Reality modeling Language » (VRML) pour la publication sur
Internet ;
-
un rendu Postscript de la fenêtre OpenGL pour ceux qui souhaiteraient un
dessin de haute qualité mais qui n'ont pas POV-RAY installé.
DRAWxtl peut lire les formats CIF, FDAT, Fullprof (pcr), GSAS, SCHAKAL,
SHELX, DISCUS et WIEN2k.
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easychem
trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité
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Versions of package easychem |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.6-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.6-8 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.6-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0.6-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package easychem: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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EasyChem vous permet de créer des diagrammes de haute qualité de molécules
et de formules chimiques 2D, qui peuvent être exportées en PDF, PS, LaTex
et fig.
EasyChem a été développé pour créer des diagrammes pour des livres de
chimie ; il est maintenant fréquemment utilisé dans des livres relatifs à
la
chimie, commerciaux ou non.
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feff85exafs
calculs théoriques au code source ouvert pour EXAFS
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Versions of package feff85exafs |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.2+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Le projet feff85exafs vise à fournir des normes théoriques de haute qualité pour
l’analyse d’EXAFS avec un cadriciel au code source ouvert et librement
redistribuable.
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gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
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Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :
– MPQC
– GAMESS-US
– Gaussian
– Molcas
– Molpro
– Q-Chem
Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.
slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.
|
|
galculator
calculatrice scientifique
|
Versions of package galculator |
Release | Version | Architectures |
trixie | 2.1.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.1.3-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.1.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.1.4-1.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.1.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.1.4-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.1.4-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package galculator: |
field | mathematics |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Galculator est une calculatrice scientifique. Elle prend en charge
différents systèmes de numération (décimal, hexadécimal, octal, binaire) et
d’unités d'angle (degré, radian, grade) et intègre une large gamme de
fonctions mathématiques (opérations arithmétiques de base, fonctions
trigonométriques, etc.) et d'autres fonctions utiles (mémoire, etc.).
Galculator peut être utilisé autant en mode algébrique qu'en mode de
notation polonaise inverse (NPI).
|
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gamgi
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
|
Versions of package gamgi |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.17.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.17.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.17.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.17.3-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.17.3-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gamgi: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
GAMGI (« General Atomistic Modelling Graphic Interface ») propose une
interface graphique pour construire, visualiser et analyser les structures
des atomes. Le programme est destiné à la communauté scientifique et propose
une interface graphique pour étudier les structures des atomes et
préparer les images pour les présentations, et pour enseigner la structure de
l'atome.
|
|
garlic
logiciel de visualisation de biomolécules
|
Versions of package garlic |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.6-1.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.6-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.6-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package garlic: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | xlib |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet
aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets
géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1.
Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques.
Il dépend uniquement des bibliothèque X, aucune autre bibliothèque n'est
nécessaire.
Parmi ses fonctions :
– la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite
fenêtre ;
– les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets
indépendants pour l'affichage ;
– la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq
modes sont disponibles (comme pour la tranche) ;
– il est capable de représenter des images stéréographiques ;
– il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une
membrane ;
– l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de
la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le
pointeur au-dessus ;
– il est capable de charger plus d'une structure ;
– il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues
hélicoïdales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité et
les moments hydrophobes ;
– l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale.
Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés.
Please cite:
Damir Zucic and Davor Juretic:
Precise Annotation of Transmembrane Segments with Garlic - a Free Molecular Visualization Program
(eprint)
Croatica Chemica Acta
77(1-2):397-401
(2004)
|
|
gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
|
Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.0.2-2 | all |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
|
License: DFSG free
|
GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF,
GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des
informations utiles.
GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations
géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres
ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres
Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi
afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.
|
|
gchempaint
éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2
|
Versions of package gchempaint |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.14.17-6.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bullseye | 0.14.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.14.17-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package gchempaint: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GChemPaint est un éditeur 2D de structures chimiques avec une interface
multidocument. Vous pouvez retrouver les molécules tracées dans NIST Webbook
et PubChem.
|
|
gcrystal
visualiseur léger de structures cristallines
|
Versions of package gcrystal |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.14.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.14.17-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.14.17-6.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gcrystal: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GNOME Crystal est un visualiseur léger de modèles de structures
cristallines. Il est basé sur les utilitaires de chimie GNOME « GNOME
Chemistry Utils » et devrait afficher les modèles de toutes sortes de
structures cristallines en utilisant OpenGL.
|
|
gcu-bin
outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires
|
Versions of package gcu-bin |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.14.17-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.14.17-6.2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.14.15-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0.14.17-6.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.14.17-1.1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package gcu-bin: |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
GNOME Chemistry Utils fournit des classes C++ et des objets graphiques en
GTK+.2 relatifs à la chimie. Ils seront utilisés dans les versions futures
de gcrystal et gchempaint.
Ce paquet fournit quatre applications :
.
– un visualisateur de structures moléculaires (GChem3D) ;
– un calculateur de masse molaire (GChemCalc) ;
– un tableau périodique des éléments (GChemTable) ;
– un visualisateur de spectrométrie de masse (GSpectrum).
|
|
gcu-plugin
??? missing short description for package gcu-plugin :-(
|
Versions of package gcu-plugin |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.14.9-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gcu-plugin: |
field | chemistry |
role | plugin |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
|
|
gdis
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
|
Versions of package gdis |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.90-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.90-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 0.90-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 0.90-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gdis: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’un programme basé sur GTK+ pour l’affichage et la manipulation
de molécules isolées, de systèmes périodiques et de formes cristallines. Il
est en développement, mais néanmoins à peu près fonctionnel. Il possède les
caractéristiques suivantes :
— prise en charge de plusieurs types de fichier (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL,
MARVIN et GULP) ;
— création de molécule simple et outil de manipulation ;
— dialogue pour la création de configurations de départ pour la simulation
de dynamique moléculaire ;
— outils complémentaires pour la visualisation (information de géométrie,
mise en évidence de région, etc) ;
— animation de fichiers BIOSYM (ainsi que d’autres animations de rendu,
voir ci-dessous).
GDIS permet aussi de réaliser les fonctions suivantes à l’aide d’autres
paquets :
— rendu de modèle (grâce à POVRay) ;
— minimisation d’énergie (grâce à GULP) ;
— calcul de morphologie (grâce à cdd) ;
— traitement de groupe d’espace (grâce à SgInfo) ;
— visualisation de la table périodique des éléments (grâce à GPeriodic) ;
— chargement de types de fichier supplémentaires, tel PDB (grâce à Babel).
|
|
gdpc
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
|
Versions of package gdpc |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.2.5-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.2.5-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.2.5-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
trixie | 2.2.5-16 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64 |
bookworm | 2.2.5-15 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
bullseye | 2.2.5-14 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el |
Debtags of package gdpc: |
field | biology, biology:structural, chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
works-with | 3dmodel, image, video |
works-with-format | jpg, png |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données
issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le
format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats
de fichiers graphiques JPG et PNG.
|
|
gelemental
visionneuse de tableau périodique des éléments
|
Versions of package gelemental |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.2.0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.0.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 2.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2.0.2-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 2.0.2-1.1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 1.2.0-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 1.2.0-9 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package gelemental: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
gElemental est une visionneuse de la classification périodique qui fournit
des informations détaillées sur les éléments chimiques.
Elle propose une vue du tableau qui permet la coloration thématique des
éléments suivant plusieurs propriétés, une liste avec tri et une boîte de
dialogue de propriétés des éléments affichant diverses informations comme
les propriétés historiques, thermodynamiques, électrochimiques et
cristallographiques.
Ce paquet fournit l'application principale.
|
|
ghemical
environnement de modélisation moléculaire sous GNOME
|
Versions of package ghemical |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.0.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.0.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.0.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
Debtags of package ghemical: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | gnome |
uitoolkit | gtk |
use | editing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Ghemical est un logiciel de modélisation de chimie écrit en C++. Il dispose
d'une interface graphique utilisateur et prend en charge des modèles de
mécanique quantique (semi-empirique) et des modèles de mécanique
moléculaire. L'optimisation de la géométrie, la dynamique moléculaire et
un grand ensemble d'outils de visualisation, réalisés à l'aide de la
technologie OpenGL, sont actuellement disponibles.
Le logiciel Ghemical repose sur un code externe pour fournir les calculs de
la mécanique quantique. Les méthodes semi-empiriques MNDO (« Modified
Neglect of Diatomic Overlap »), MINDO/3 (« Modified Intermediate Neglect of
Differential Overlap version 3 »), AM1 (« Austin Model 1 ») et PM3
(« Parameterized Model number 3 ») viennent du paquet MOPAC7 (« Molecular
Orbital PACkage 7 ») dans le domaine public et sont inclus dans le paquet.
Le paquet MPQC (« Massively Parallel Quantum Chemistry ») est utilisé pour
proposer des méthodes ab
initio (méthodes de chimie numérique basées sur la chimie quantique) : les
méthodes basées sur la théorie Hartree-Fock sont actuellement prises en charge
avec des ensembles de base allant de STO-3G à 6-31G**.
|
|
gperiodic
Table périodique des éléments
|
Versions of package gperiodic |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.0.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 2.0.10-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.0.10-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.3-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gperiodic: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Gperiodic est un petit programme X/GTK+ qui permet de parcourir un tableau
périodique des éléments chimiques et de consulter des informations
détaillées sur chacun d'eux. 118 éléments sont actuellement intégrés.
|
|
gromacs
Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
|
Versions of package gromacs |
Release | Version | Architectures |
sid | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 2024.4-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 2022.5-2 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
experimental | 2025.0~beta-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs: |
field | biology, biology:structural, chemistry |
interface | commandline, x11 |
role | program |
uitoolkit | xlib |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire,
comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de
millions de particules.
Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les
protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les
interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations),
beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes
non biologiques, comme les polymères.
Ce paquet fournit des variantes pour l’exécution sur une seule machine et
pour utiliser l’interface MPI sur plusieurs machines.
|
|
gromacs-mpich
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH
|
Versions of package gromacs-mpich |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs-mpich: |
devel | lang:c, library |
field | biology, chemistry |
interface | commandline |
role | devel-lib, program |
scope | utility |
works-with | software:package |
|
License: DFSG free
|
GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire,
comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de
millions de particules.
Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les
protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les
interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations),
beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes
non biologiques, comme les polymères.
Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en
charge de la parallélisation utilisant l’interface MPICH (v.3). Il convient
pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.
|
|
gromacs-openmpi
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI
|
Versions of package gromacs-openmpi |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2020.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 5.0.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2019.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2016.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 2025.0~beta |
Debtags of package gromacs-openmpi: |
devel | lang:c, library |
field | biology, chemistry |
interface | commandline |
role | devel-lib, program |
scope | utility |
works-with | software:package |
|
License: DFSG free
|
GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire,
comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de
millions de particules.
Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les
protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes
compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les
interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations),
beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes
non biologiques, comme les polymères.
Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en
charge de la parallélisation utilisant l’interface OpenMPI. Il convient
pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.
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jmol
visualisateur moléculaire
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Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en
trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de
types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique,
l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à
partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits
chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être
utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et
biochimie.
Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile,
Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.
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kalzium
outil de table périodique et de chimie
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Versions of package kalzium |
Release | Version | Architectures |
stretch | 16.08.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
experimental | 24.08.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 23.08.5-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 20.12.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 4.14.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 17.08.3-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
upstream | 24.12.0 |
Debtags of package kalzium: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | browsing, learning, viewing |
works-with | 3dmodel |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Kalzium est une application de chimie comprenant une table périodique des
éléments, une référence chimique, un résolveur d'équations chimiques et un
visionneur de molécules en 3D.
Ce paquet fait partie du module éducatif de KDE.
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katomic
|
Versions of package katomic |
Release | Version | Architectures |
jessie | 4.12.4-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 24.12.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 24.08.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 22.12.3-1 | mips64el |
trixie | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 22.12.3-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 20.12.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 18.04.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 16.08.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package katomic: |
game | puzzle |
interface | x11 |
role | program |
suite | kde |
uitoolkit | qt |
use | gameplaying |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
KAtomic est un jeu de puzzle dans lequel les joueurs bougent des atomes pour
assembler des molécules.
Ce paquet fait partie du module de jeux de KDE.
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libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
|
Versions of package libcdk-java |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.3.134.g1bb9a64587-2 | all |
buster | 1.2.10-7 | all |
trixie | 2.9-2 | all |
stretch | 1.2.10-6 | all |
bookworm | 2.8-2 | all |
jessie | 1.2.10-6 | all |
sid | 2.9-2 | all |
Debtags of package libcdk-java: |
devel | lang:java, library |
field | chemistry |
role | devel-lib |
|
License: DFSG free
|
The CDK is a library of Java classes used in computational and
information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers,
file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure
algorithms, fingerprinting and much, much more.
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mmass
outil de spectrométrie de masse pour les protéomes
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Versions of package mmass |
Release | Version | Architectures |
jessie | 5.5.0-4 | all |
buster | 5.5.0-5 | all |
stretch | 5.5.0-5 | all |
Debtags of package mmass: |
field | biology, chemistry |
interface | x11 |
role | program |
science | plotting, visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk, wxwidgets |
use | analysing |
works-with | biological-sequence, db |
works-with-format | xml |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
mMass est un analyseur et visualisateur de spectrométrie de masse, libre,
avec lequel peuvent être réalisées les tâches suivantes relatives aux
protéomes :
— lecture des données de spectrométrie aux formats texte brut, mzXML
et mzData ;
— définition d’une liste de pics ;
— visualisation de spectrométrie puissante (zoom, curseur…) ;
— recalibration des données ;
— simulation uniquement de protéines ;
— recherche en ligne avec Mascot.
Ce logiciel peut être élargi facilement avec des modules supplémentaires
en Python. Ce paquet fournit les parties indépendantes de l’architecture
du logiciel.
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mmass-modules
Mass spectrometry tool for proteomics - extension modules
|
Versions of package mmass-modules |
Release | Version | Architectures |
stretch | 5.5.0-5 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.5.0-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.5.0-4 | amd64,armel,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the
following proteomics-related tasks can be performed:
- Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
- Define peak lists;
- Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
- Data recalibration;
- Protein-only simulations;
- Online Mascot searches.
The software can be easily extended by additional Python modules.
This package contains the platform-dependent parts of the software.
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mopac7-bin
bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires
|
Versions of package mopac7-bin |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.15-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.15-6 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.15-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.15-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.15-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.15-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.15-7 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mopac7-bin: |
field | chemistry |
role | program |
|
License: DFSG free
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MOPAC fournit des routines pour résoudre la structure électronique des
molécules au niveau semi-empirique. Les méthodes disponibles incluent MNDO,
MINDO/3, AM1 et PM3.
Ce paquet fournit les fichiers binaires de MOPAC7.
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mpqc
programme de chimie quantique massivement parallèle
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Versions of package mpqc |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.3.1-21 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.1-19 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 2.3.1-18+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.1-16 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mpqc: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
MPQC est un programme de chimie quantique ab initio. Il est spécialement
conçu pour effectuer des calculs sur les molécules de manière hautement parallélisée.
Il peut calculer des énergies et gradients avec les méthodes suivantes :
— méthode générale de Hartree-Fock restreinte pour couche ouverte
ou fermée ;
— théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP) de second ordre pour
couche fermée.
De plus, il peut calculer des énergies avec les méthodes suivantes :
— théorie pour les couches ouvertes MP2 et les couches fermées
explicitement corrélées (MP2-R12) ;
— théorie de la perturbation de second ordre pour couche fermée
(OPT2[2]) ;
— théorie de la perturbation « Z-averaged » (ZAPT2).
Il comporte également un optimiseur interne de géométrie analytique.
MPQC est basé sur la boîte à outils scientifique SC (« Scientific
Computing Toolkit »).
Please cite:
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC), Version 2.3.1, Curtis L. Janssen, Ida B. Nielsen, Matt L. Leininger, Edward F. Valeev, Joseph P. Kenny, Edward T. Seidl, Sandia National Laboratories, Livermore, CA.
(2008)
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mpqc-support
Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance
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Versions of package mpqc-support |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.1-16 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.3.1-18+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.3.1-19 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.3.1-21 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.3.1-22 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package mpqc-support: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline, x11 |
role | program |
scope | utility |
suite | emacs |
uitoolkit | tk |
x11 | application |
|
License: DFSG free
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MPQC est un programme de chimie quantique ab-inito. Il est spécialement
conçu pour calculer des molécules de manière hautement parallélisée.
Ce paquet fournit les modules Perl permettant d'analyser les sorties du
programme, des modes pour Emacs permettant de simplifier la modification
de fichiers mpqc et enfin « molrender », un programme permettant de
dessiner les molécules en format OOGL.
Please cite:
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program (MPQC), Version 2.3.1, Curtis L. Janssen, Ida B. Nielsen, Matt L. Leininger, Edward F. Valeev, Joseph P. Kenny, Edward T. Seidl, Sandia National Laboratories, Livermore, CA.
(2008)
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msxpertsuite
suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet
|
Versions of package msxpertsuite |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.8.9-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
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MsXpertSuite fournit des programmes pour modéliser la chimie des
(bio)polymères linéaires, la simulation de données spectrométriques de
masse, l’analyse et l’exploration de données de masse. C’est le successeur
de polyXmass de GNU et ensuite de massXpert.
Les programmes massXpert et mineXpert permettent les actions suivantes.
MassXpert :
— faire de nouvelles définitions de la chimie des polymères ;
— utiliser les définitions pour réaliser des calculs simples à la manière
d'une calculatrice de bureau ;
— réaliser la modification de séquences de polymères sophistiqués et des
simulations ;
— réaliser des comparaisons de listes m/z.
Les simulations chimiques incluent le clivage (chimique ou enzymatique),
les fragmentations en phase gazeuse, la modification chimique d'un
monomère de la séquence de polymères, la réticulation de monomères dans
la séquence, les recherches massives et arbitraires, le calcul du modèle
isotopique, etc.
MineXpert :
— ouvrir les fichiers de données de spectrométrie de masse
(mzML, mzXML, asc, xy…) ;
— calculer et afficher le chromatogramme TIC ;
— pour les données de mobilité, calculer et afficher une représentation
colorée de mz=f(dt) ;
— intégrer les données d’un chromatogramme TIC ou d’une représentation
colorée :
— en spectre de masse,
— en spectre de dérive,
— revenir à un chromatogramme TIC (chromatogramme XIC),
— inverser les opérations,
— en valeur unique d’intensité (pour des comparaisons
d’intensités spectrale de masse) ;
— modéliser des pics de centres de masse en spectre de masse en utilisant
soit le modèle gaussien soit le modèle lorentzien ;
— exporter les données en fichiers textuels ;
— découper un gros fichier initial en plus petites tranches pour une
exploration des données plus facile ;
— définir comment l’exploration des données est enregistrée sur le disque
pour une utilisation ultérieure ;
— convertir les fichiers mzML dans un format privé (quoique ouvert) de
spectrographie de masse qui permet une meilleure performance (basé
sur SQLite3).
Ce paquet dépend à la fois des paquets massXpert et mineXpert et donc
installera les deux. Pour un seul paquet, le paquet correspondant,
msxpertsuite-massxpert ou msxpertsuite-minexpert est à installer.
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openbabel
boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande
|
Versions of package openbabel |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1+dfsg-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 2.3.2+dfsg-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.3.2+dfsg-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package openbabel: |
field | chemistry |
interface | commandline |
role | program |
scope | utility |
use | converting |
|
License: DFSG free
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Open Babel est une boite à outils dans le domaine de la chimie. Elle a été
conçue pour prendre en charge les nombreux langages des données chimiques.
Elle permet de rechercher, convertir, analyser ou bien stocker les données
de modélisation moléculaire, de chimie, de matériaux solides, de biochimie
ou de domaines connexes. Les fonctionnalités comprennent :
− ajout ou suppression d'hydrogène ;
− gestion de la dynamique moléculaire ;
− gestion de la syntaxe de reconnaissance moléculaire SMARTS ;
− perception automatique des propriétés (cycles, liaisons,
hybridation ou aromaticité) ;
− typage flexible des atomes et perception des liaisons multiples
d'après les coordonnées atomiques ;
− calcul de charge partielle de Gasteiger-Marsili.
Les formats de fichiers traités par Open Babel comprennent :
PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL, Molfile, ChemDraw, Gaussian,
GAMESS, MOPAC et MPQC.
Ce paquet comprend les utilitaires suivants :
– obabel : conversion entre divers formats de fichiers de chimie ;
– obenergy : calcul de l'énergie d'une molécule ;
– obminimize : optimisation de la géométrie, minimisation de l'énergie
d'une molécule ;
– obgrep : programme de recherche moléculaire utilisant le modèle
SMARTS ;
– obgen : génération des coordonnées en 3D d'une molécule ;
– obprop : affichage des propriétés standard d'une molécule ;
– obfit : superposition de deux molécules à partir d'un modèle ;
– obrotamer : génération de coordonnées de conformères ou rotamères ;
– obconformer : génération de conformères de faible énergie ;
– obchiral : affichage des informations de chiralité moléculaire ;
– obrotate : notation d’angle dièdre de molécules en mode automatique
(batch) ;
– obprobe : création d’une grille de sonde électrostatique.
|
|
openfoam
Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries
|
Versions of package openfoam |
Release | Version | Architectures |
sid | 1912.200626-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 4.1+dfsg1-1 | amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,s390x |
buster | 1812+dfsg1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1912.200626-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1912.200626-1 | amd64,arm64,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1912.200626-3 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 2406 |
|
License: DFSG free
|
OpenFOAM is the free, open source CFD software released and developed
primarily by OpenCFD Ltd since 2004. It has a large user base across most
areas of engineering and science, from both commercial and academic
organisations. OpenFOAM has an extensive range of features to solve anything
from complex fluid flows involving chemical reactions, turbulence and heat
transfer, to acoustics, solid mechanics and electromagnetics.
Package contains binaries.
|
|
pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
|
Versions of package pdb2pqr |
Release | Version | Architectures |
buster | 2.1.1+dfsg-5 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.1.1+dfsg-7+deb11u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 3.5.2+dfsg-3 | all |
jessie | 1.9.0+dfsg-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 3.6.1+dfsg-1 | all |
sid | 3.6.1+dfsg-1 | all |
stretch | 2.1.1+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 3.6.2 |
|
License: DFSG free
|
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common
tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations.
It thus provides a platform-independent utility for converting protein files
in PDB format to PQR format. These tasks include:
- Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
- Determining side-chain pKas
- Placing missing hydrogens
- Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
- Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
|
|
psi3
suite de programme de chimie quantique
|
Versions of package psi3 |
Release | Version | Architectures |
jessie | 3.4.0-5 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 3.4.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package psi3: |
field | chemistry, physics |
interface | commandline |
role | program |
science | calculation |
scope | suite |
use | calculating |
|
License: DFSG free
|
PSI3 est un programme de méthodes ab initio de chimie quantique. Il est
spécialement conçu pour calculer avec précision les propriétés de
molécules petites à moyennes en utilisant des techniques hautement
corrélées.
Il peut calculer les énergies et les gradients par les méthodes
suivantes :
— méthodes de Hartree-Fock pour couche complète et restreinte pour
couche ouverte (RHF/ROHF) (incluant les matrices analytiques
hessiennes pour RHF) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset (MP2) ;
— champ auto-cohérent de l'espace actif complet (CASSCF) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » (CCSD) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
« triples » (CCSD(T)) (seulement pour les fonctions d’onde de
référence d’Hartree-Fock non restreinte (UHF).
De plus, il peut calculer les énergies par les méthodes suivantes :
— méthode de Hartree-Fock non restreinte (UHF) ;
— théorie de la perturbation de Møller-Plesset pour couche ouverte et
complète (MP2) ;
— théorie MP2 explicitement corrélée de couche complète (MP2-R12) et
théorie MP2 adaptée au composant spin (SCS-MP2) ;
— interaction de configuration multi-référence (MRCI) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » et perturbations
« triples » (CCSD(T)) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » avec approximation du
premier au second ordre (CC2/CC3) ;
— méthode du cluster couplé « singles, doubles » multiréférence
(MRCCSD) ;
— méthodes pour couche complète et restreinte pour couche ouverte
d’équations de mouvement de cluster couplé « singles, doubles »
(EOM-CCSD)
Les autres fonctions incluent :
— format d’entrée flexible, modulaire et personnalisable ;
— calcul d’états excités avec les méthodes CC2/CC3, EOM-CCSD, CASSCF,
MRCI et MRCCSD ;
— optimiseur de géométrie de coordonnées interne ;
— calcul des fréquences harmoniques ;
— propriétés d’un électron tels que les moments dipolaires ou
quadrupolaires, orbites naturelles, potentiel électrostatique,
constantes de couplage hyperfin ou densité de spin ;
— utilisation de groupe ponctuel de symétrie moléculaire pour une
amélioration de l’efficacité.
|
|
pyfai
Fast Azimuthal Integration scripts
|
Versions of package pyfai |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0.20.0+dfsg1-3 | all |
stretch | 0.13.0+dfsg-1 | all |
jessie | 0.10.2-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 0.21.3+dfsg1-4 | all |
experimental | 2024.09-1 | all |
sid | 2024.05-3 | all |
trixie | 2024.05-3 | all |
buster | 0.17.0+dfsg1-3 | all |
buster-backports | 0.19.0+dfsg1-3~bpo10+1 | all |
stretch-backports | 0.15.0+dfsg1-1~bpo9+1 | all |
bookworm-backports | 2023.9.0-1~bpo12+1 | all |
upstream | 2024.09 |
|
License: DFSG free
|
PyFAI is a Python library for azimuthal integration; it allows the conversion
of diffraction images taken with 2D detectors like CCD cameras into X-Ray
powder patterns that can be used by other software like Rietveld refinement
tools (i.e. FullProf), phase analysis or texture analysis.
As PyFAI is a library, its main goal is to be integrated in other tools like
PyMca, LiMa or EDNA. To perform online data analysis, the precise description
of the experimental setup has to be known. This is the reason why PyFAI
includes geometry optimization code working on "powder rings" of reference
samples. Alternatively, PyFAI can also import geometries fitted with other
tools like Fit2D.
PyFAI has been designed to work with any kind of detector with any geometry
(transmission, reflection, off-axis, ...). It uses the Python library FabIO
to read most images taken by diffractometer.
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pymol
système de graphismes moléculaires
|
Versions of package pymol |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 2.4.0+dfsg-2 | all |
trixie | 3.0.0+dfsg-1 | all |
sid | 3.0.0+dfsg-1 | all |
buster | 2.2.0+dfsg-4 | all |
bookworm | 2.5.0+dfsg-1 | all |
jessie | 1.7.2.1-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.8.4.0+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package pymol: |
field | biology:structural, chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | tk |
use | learning, viewing |
works-with | image |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
PyMOL est un programme de visualisation de molécules ciblant la biologie
structurale pour des biomolécules moyennes ou grosses telles que les
protéines. Il peut produire des graphismes et des animations de molécules
de qualité professionnelle.
Les fonctions incluent :
– la visualisation de molécules, de trajectoires moléculaires et de
structures de données cristallographiques ou d’orbitales ;
– un « constructeur » et « sculpteur » de molécules ;
– un lanceur de rayons et un générateur de film internes ;
– la possibilité de toutes extensions et scripts à l’aide d’une interface
en Python.
Les formats de fichier que PyMOL peut lire incluent PDB, XYZ, CIF,
MDL Molfile, ChemDraw, les « cartes » CCP4, XPLOR et Gaussian cube.
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python3-mpiplus
cadriciel de Python avec GPU pour le calcul d’énergie libre alchimique – Python 3
|
Versions of package python3-mpiplus |
Release | Version | Architectures |
trixie | 0.0.2+ds-1 | all |
sid | 0.0.2+ds-1 | all |
bookworm | 0.0.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
Il s’agit d’un cadriciel de Python avec accélération graphique pour
l’étude des algorithmes de calcul d’énergie libre alchimique.
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python3-openbabel
Chemical toolbox library (Python bindings)
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Versions of package python3-openbabel |
Release | Version | Architectures |
trixie | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 3.1.1+dfsg-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.1.1+dfsg-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 3.1.1+dfsg-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of
chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from
molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related
areas. Features include:
- Hydrogen addition and deletion
- Support for Molecular Mechanics
- Support for SMARTS molecular matching syntax
- Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity)
- Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates
- Gasteiger-Marsili partial charge calculation
File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL
Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.
This package contains the Python binding.
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python3-pymzml
mzML mass spectrometric data parsing (Python 3.x)
|
Versions of package python3-pymzml |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.2+repack1-1 | all |
stretch | 0.7.6-dfsg-4 | all |
trixie | 2.5.10+repack1-1 | all |
sid | 2.5.10+repack1-1 | all |
bullseye | 2.4.7-3 | all |
|
License: DFSG free
|
python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:
- easy access to mass spectrometry (MS) data that allows
the rapid development of tools;
- a very fast parser for mzML data, the standard in
mass spectrometry data format;
- a set of functions to compare or handle spectra.
This package contains python-pymzml for Python 3.
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qutemol
visualisation interactive de macromolécules
|
Versions of package qutemol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 0.4.1~cvs20081111-12 | amd64,arm64,armhf,i386 |
trixie | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 0.4.1~cvs20081111-13 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 0.4.1~cvs20081111-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0.4.1~cvs20081111-3.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
sid | 0.4.1~cvs20081111-15 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package qutemol: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | glut, wxwidgets |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
QuteMol est un système de visualisation moléculaire interactif et de haute
qualité. Il exploite les capacités des GPU actuels grâce aux shaders OpenGL
pour proposer un ensemble d'effets visuels innovants. Les techniques de
visualisation de QuteMole sont destinées à améliorer la clarté et la
compréhension de la forme en 3D et de la structure de grandes molécules ou
de protéines complexes.
QuteMol utilise des techniques évoluées d'OpenGL et pourrait ne pas
fonctionner correctement avec toutes les cartes graphiques et tous les pilotes.
Les fonctionnalités proposées par QuteMol incluent :
− occlusion ambiante en temps réel ;
− amélioration de la silhouette prenant en compte la profondeur ;
− modes de visualisation en boule et bâton, remplissage de l'espace et
« liquorice » ;
− création automatique de gifs animés de molécules en rotation pour les
animations de pages web ;
− rendu interactif de macromolécules (plus de 100 atomes).
QuteMol lit les fichiers PDB en entrée.
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rasmol
visualisation de macromolécules biologiques
|
Versions of package rasmol |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.7.6.0-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 2.7.6.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.7.6.0-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.7.5.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,s390x |
jessie | 2.7.5.2-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package rasmol: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
scope | utility |
uitoolkit | gtk |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
RasMol est un programme graphique moléculaire destiné à la visualisation de
protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Le programme est
destiné à l'affichage, l'apprentissage et la génération d'images de la
qualité des publications.
Le programme lit un fichier de coordonnées de molécule et l'affiche
interactivement à l'écran avec diverses couleurs et représentations. Les
molécules chargées peuvent être montrées comme des structures filaires, des
liaisons cylindriques (drieding), des sphères remplissant l'espace (CPK),
des rubans macromoléculaires, des boules avec des liaisons, des rubans de
biomoléculaires solides et en brins, des étiquettes d'atomes et des
surfaces de points.
Sont actuellement pris en charge les formats Brookhaven Protein Databank
(PDB), Tripos' Alchemy et Sybyl Mol2, les formats de fichiers Molecular
Design Limited's (MDL) Mol, le format Minnesota Supercomputer Center's
(MSC) XMol XYZ et les formats de fichiers CHARMm, CIF et mmCIF.
Ce paquet installe deux versions de RasMol : rasmol-gtk possède une
interface moderne en GTK et rasmol-classic est la version avec l'ancienne
interface graphique Xlib.
The package is enhanced by the following packages:
rasmol-doc
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tandem-mass
logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines
|
Versions of package tandem-mass |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2013.09.01-2 | amd64,armel,armhf,i386 |
trixie | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 201702011-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 20151215-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 201702011-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
X! Tandem peut faire la correspondance de spectrométrie de masse en
tandem avec des séquences de peptide, dans un processus qui est couramment
utilisé pour réaliser l’identification de protéines.
Ce logiciel a une interface de programmation applicative (IPA) très simple
et non sophistiquée : elle prend un fichier XML d’instructions sur sa
ligne de commande et produit le résultat sous forme de fichier XML ayant
été indiqué dans le fichier XML d’entrée. Le format de la sortie est
décrit dans http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.
Au contraire de quelques moteurs de recherche de générations précédentes,
tous les moteurs des séries X! calculent la fiabilité statistique (valeurs
espérées) pour toutes les affectations spectre-vers-séquence
particulières. Ils réassemblent toutes les affectations de peptide dans un
ensemble de données sur les séquences de protéine connues et affecte la
fiabilité statistique de non aléatoirité de cet assemblage et alignement.
La formule pour cela est disponible sur
https://www.thegpm.org/docs/peptide_protein_expect.pdf. Par conséquent des
logiciels d’assemblage et d’analyse statistique distincts, par exemple,
PeptideProphet et ProteinProphet, n’ont pas besoin d’être utilisés.
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v-sim
Visualize atomic structures
|
Versions of package v-sim |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.7.2-8 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.7.2-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 3.7.2-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package v-sim: |
field | chemistry, physics |
interface | x11 |
role | program |
science | visualisation |
scope | application |
uitoolkit | gtk |
use | viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
V_Sim visualizes atomic structures such as crystals, grain boundaries,
molecules and so on (either in binary format, or in plain text format).
The rendering is done in pseudo-3D with spheres (atoms) or arrows (spins).
The user can interact through many functions to choose the view, set the
bindings, draw cutting planes, compute surfaces from scalar fields,
duplicate nodes, measure geometry... Moreover V_Sim allows one to export the
view as images in PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) and other formats.
Some tools are also available to colorize atoms from data values or to
animate on screen many position files.
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viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
|
Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires
pour les calculs et à visualiser les résultats.
Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties
Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et
Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être
sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de
coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour
Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de
telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée
que comme filtre de sortie pour les coordonnées.
|
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xbs
3-d models and movies of molecules
|
Versions of package xbs |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 0-11 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0-12 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
buster | 0-10 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 0-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 0-8 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package xbs: |
field | chemistry |
interface | 3d |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | xlib |
use | printing, viewing |
works-with | text |
works-with-format | postscript |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
xbs ball-and-sticks plotting program can create still
and moving three dimensional models of molecules. X11 and
PostScript output are available. Models can be rotated,
scaled, etc. Various labeling, shading, lighting,
coloring options are available.
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xdrawchem
Chemical structures and reactions editor
|
Versions of package xdrawchem |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.11.0-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.11.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.11.1-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 2.0-3 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.0-6 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.10.2.1-2 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.11.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package xdrawchem: |
field | chemistry |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | editing, learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Xdrawchem is a 2D editor for chemical structures and reactions. It
mirrors the abilities of the commercial ChemDraw suite and has file
compatibility with it as well as other chemical formats through
OpenBabel.
This packaged version comes from a fork available at
https://gitlab.com/yamanq/xdrawchem, as the previous version was no
longer actively maintained. More information about it in the copyright
file.
|
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xmakemol
program for visualizing atomic and molecular systems
|
Versions of package xmakemol |
Release | Version | Architectures |
buster | 5.16-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
stretch | 5.16-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 5.16-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
Debtags of package xmakemol: |
field | chemistry |
hardware | input, input:mouse |
interface | x11 |
role | program |
scope | application |
uitoolkit | motif |
use | editing, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for
viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ
input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.
Features include:
- Animating multiple frame files
- Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
- Control over atom/bond sizes
- Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
- Toggling the visibility of groups of atoms
- Editing the positions of subsets of atoms
|
|
xmakemol-gl
program for visualizing atomic and molecular systems (OpenGL)
|
Versions of package xmakemol-gl |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
stretch | 5.16-9 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 5.16-9 | amd64,arm64,armhf,i386 |
jessie | 5.16-7 | amd64,armel,armhf,i386 |
bookworm | 5.16-10 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package xmakemol-gl: |
uitoolkit | motif |
|
License: DFSG free
|
XMakemol is a mouse-based program, written using the LessTif widget set, for
viewing and manipulating atomic and other chemical systems. It reads XYZ
input and renders atoms, bonds and hydrogen bonds.
Features include:
- Animating multiple frame files
- Interactive measurement of bond lengths, bond angles and torsion angles
- Control over atom/bond sizes
- Exporting to Xpm, Encapsulated PostScript and XYZ formats
- Toggling the visibility of groups of atoms
- Editing the positions of subsets of atoms
This is the OpenGL-enabled XMakemol package. The images are rendered using
true 3D graphics primitives, and can be exported using the Xpm format;
red/blue stereo images can also be produced. The OpenGL package provides more
display options, along with better support for displaying vectors. Ellipses
can also be rendered.
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Official Debian packages with lower relevance
gdpc-examples
fichiers d’exemples pour le programme gdpc
|
Versions of package gdpc-examples |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.2.5-3 | all |
sid | 2.2.5-16 | all |
trixie | 2.2.5-16 | all |
bookworm | 2.2.5-15 | all |
bullseye | 2.2.5-14 | all |
buster | 2.2.5-9 | all |
stretch | 2.2.5-6 | all |
Debtags of package gdpc-examples: |
field | biology, biology:structural, chemistry, physics |
role | documentation |
|
License: DFSG free
|
Le programme gpdc est un programme graphique de visualisation de données
issues de simulations de dynamique moléculaire. Il gère en entrée le
format standard xyz ainsi que d'autres formats et en sortie les formats
de fichiers graphiques JPG et PNG.
Ce paquet renferme des exemples d’utilisation du programme gdpc.
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libcoordgen-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
|
Versions of package libcoordgen-dev |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 3.0.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.4.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 3.0.2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines
for the 2D coordinate representation of chemical compounds.
This package provides header files for developing against the API of that
library.
|
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libmaeparser-dev
Development files to parse Schrödinger Maestro files
|
Versions of package libmaeparser-dev |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.3.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.3.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.3.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 1.2.4-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
This package provides header files to develop one's own software
that uses a library wth an Open Source parser for Maestro (.mae)
files.
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libschroedinger-coordgenlibs-dev
2D coordinate generation for chemical compounds - header files
|
Versions of package libschroedinger-coordgenlibs-dev |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.1-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines
for the 2D coordinate representation of chemical compounds.
This package provides header files for developing against the API of that
library.
|
|
python-pymzml-doc
mzML mass spectrometric data parsing - documentation
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Versions of package python-pymzml-doc |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.2+repack1-1 | all |
bullseye | 2.4.7-3 | all |
sid | 2.5.10+repack1-1 | all |
trixie | 2.5.10+repack1-1 | all |
stretch | 0.7.6-dfsg-4 | all |
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License: DFSG free
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python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:
- easy access to mass spectrometry (MS) data that allows
the rapid development of tools;
- a very fast parser for mzML data, the standard in
mass spectrometry data format;
- a set of functions to compare or handle spectra.
This package contains the documentation in PDF and HTML format,
along with the text sources (processed with sphinx).
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python3-amp
Atomistic Machine-learning Package (python 3)
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Versions of package python3-amp |
Release | Version | Architectures |
buster | 0.6.1-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
sid | 0.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 0.6.1-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 4878fc892f2cbc5cd9f29f7a367d7b05bdeb6ee9 |
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License: DFSG free
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Amp is an open-source package designed to easily bring machine-learning to
atomistic calculations. This project is being developed at Brown University in
the School of Engineering, primarily by Andrew Peterson and Alireza Khorshidi,
and is released under the GNU General Public License. Amp allows for the
modular representation of the potential energy surface, allowing the user to
specify or create descriptor and regression methods.
Amp is designed to integrate closely with the Atomic Simulation Environment
(ASE). As such, the interface is in pure python, although several
compute-heavy parts of the underlying code also have fortran versions to
accelerate the calculations. The close integration with ASE means that any
calculator that works with ASE ─ including EMT, GPAW, DACAPO, VASP, NWChem,
and Gaussian ─ can easily be used as the parent method.
This package provides the python 3 modules.
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python3-periodictable
Extensible periodic table of the elements (Python 3)
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Versions of package python3-periodictable |
Release | Version | Architectures |
buster | 1.5.0-7 | all |
sid | 2.0.1-1 | all |
bookworm | 1.6.0-1 | all |
bullseye | 1.5.3-1 | all |
trixie | 2.0.1-1 | all |
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License: DFSG free
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This package provides a periodic table of the elements with support
for mass, density and xray/neutron scattering information.
Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics
Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST
scientists.
Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic
Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding
to those from other packages, though there are some differences
depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for
gold in particular is significantly different from older value:
7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.
X-ray scattering calculations use a combination of empirical and
theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values
differ from those given in other sources such as the International
Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different
results from other packages.
This package installs the library for Python 3.
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refmac-dictionary
dictionary for macromolecular refinement and model building
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Versions of package refmac-dictionary |
Release | Version | Architectures |
trixie | 5.41-3 | all |
bookworm | 5.41-2 | all |
bullseye | 5.41-2 | all |
buster | 5.41-1 | all |
sid | 5.41-3 | all |
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License: DFSG free
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Dictionary of ligands and constituent blocks (e.g. amino acids, nucleic
acids, sugars) contains necessary stereochemical information (e.g. bond
lengths, angles, torsion angles) about small molecules used in refinement
and model building. Values in the dictionary are for an abstract form of
monomers, i.e there is no conformational/configurational or environment
dependence.
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
fdmnes
calculates spectra of different spectroscopies
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Versions of package fdmnes |
Release | Version | Architectures |
VCS | 0.0.20120607-1 | all |
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License: To-be-clarified
Version: 0.0.20120607-1
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FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to
the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the
absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is
in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed
with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same
way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or
resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the
comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help
of objective criteria.
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molden
processing program of molecular and electronic structure
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Versions of package molden |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.2-1 | all |
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License: non-free
Debian package not available
Version: 5.2-1
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MOLDEN is a package for displaying Molecular Density from the Ab
Initio packages GAMESS-UK , GAMESS-US and GAUSSIAN and the
Semi-Empirical packages Mopac/Ampac, it also supports a number of
other programs via the MOLDEN Format. MOLDEN reads all the required
information from the GAMESS / GAUSSIAN outputfile. MOLDEN is capable
of displaying Molecular Orbitals, the electron density and the
Molecular minus Atomic density. Either the spherically averaged
atomic density or the oriented ground state atomic density can be
subtracted for a number of standard basis sets. MOLDEN supports
contour plots, 3-d grid plots with hidden lines and a combination of
both. It can write a variety of graphics instructions; postscript, X,
VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, hpgl, hp2392 and Figure. The X
version of MOLDEN is also capable of importing and displaying of
chemx, PDB, and a variety of mopac/ampac files and lots of other
formats. It also can animate reaction paths and molecular
vibrations. It can calculate and display the true or Multipole
Derived Electrostatic Potential and atomic charges can be fitted to
the Electrostatic Potential calculated on a Connolly surface. MOLDEN
has a powerful Z-matrix editor which give full control over the
geometry and allows you to build molecules from scratch, including
polypeptides. MOLDEN was also submitted to the QCPE (QCPE619),
allthough the X version is considerably running behind on the current
one.
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molekel
Advanced Interactive 3D-Graphics for Molecular Sciences
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Versions of package molekel |
Release | Version | Architectures |
VCS | 5.4-1 | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 5.4-1
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Molekel is an open-source multi-platform molecular visualization program.
Some of the features are:
- Different methods to speed-up rendering of molecules with support
for billboards and view-dependent level of detail techniques
- Programmable shaders; standard shaders to enhance rendering quality,
outline contours and perform sketch-like renderings are provided
- Visualization of residues (ribbon or schematic)
- Complete control over the generation of molecular surfaces (bounding
box and resolution)
- Visualization of the following surfaces:
- Orbitals
- Iso-surface from density matrix
- Iso-surface from Gaussian cube grid data
- SAS
- SES
- Van der Waals
- Animation of molecular surfaces
- Animation of vibrational modes
- Export high resolution images for 300+ DPI printing
- Export to PostScript and PDF
- Export animation
- Plane widget to visualize a scalar field: the plane can be freely
moved in 3d space and the points on the plane surface will be colored
according to the value of the scalar field: a cursor can be moved on
the plane surface to show the exact value of the field at a specific
point in space.
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tinker
Software Tools for Molecular Design
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Versions of package tinker |
Release | Version | Architectures |
VCS | 4.2-5~dev | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 4.2-5~dev
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The TINKER molecular modeling software is a complete and general
package for molecular mechanics and dynamics, with some special
features for biopolymers. TINKER has the ability to use any of
several common parameter sets, such as Amber (ff94, ff96, ff98 and
ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS
(OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L), Liam Dang's polarizable potentials,
and our own AMOEBA polarizable atomic multipole force
field. Parameter sets for other standard force fields such as GROMOS,
UFF, ENCAD and MM4 are under consideration for future releases.
The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a
new distance geometry metrization method that has greater speed and
better sampling than standard methods, Elber's reaction path methods,
several of our Potential Smoothing and Search (PSS) methods for
global optimization, an efficient potential surface scanning
procedure, a flexible implementation of atomic multipole-based
electrostatics with explicit dipole polarizability, a selection of
continuum solvation treatments including several variants of the
generalized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG)
local optimizer, surface areas and volumes with derivatives, a simple
free energy perturbation facility, normal mode analysis, minimization
in Cartesian, torsional or rigid body space, velocity Verlet
stochastic dynamics, an improved spherical energy cutoff method,
Particle Mesh Ewald summation for partial charges and regular Ewald
for polarizable multipoles, a novel reaction field treatment of long
range electrostatics, and more....
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No known packages available but some record of interest (WNPP bug)
rational protein design library
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License: LGPL
Debian package not available
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The EGAD Library is a modular, object oriented approach to rational protein
design. It is platform-independent, written in C++ and, most importantly,
free. Its raison d'etre is to serve as a tool for building protein design
applications. It can also be used as a test-bed for the comparison of
different energy functions and minimization algorithms under the same physical
model.
Citations of EGAD Library should reference the paper in the Journal of
Computational Chemistry. doi:10.1002/jcc.20727
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Evaluate the integrals in modern atomic and molecular theory
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License: GPL
Debian package not available
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Libint library is used to evaluate the traditional (electron repulsion)
and certain novel two-body matrix elements (integrals) over Cartesian
Gaussian functions used in modern atomic and molecular theory. The idea
of the library is to let computer write optimized code for computing
such integrals. There are two primary advantages to this: much less
human effort is required to write code for computing new integrals, and
code can be optimized specifically for a particular computer
architecture (e.g., vector processor).
Libint has been utilized to implement methods such as Hartree-Fock (HF)
and Kohn-Sham density functional theory (KS DFT), second-order
Moller-Plesset perturbation theory (MP2), coupled cluster singles and
doubles (CCSD) method, as well as explicitly correlated R12 methods.
The following software packages use Libint:
Improves mpqc (#409025) and psi3.
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No known packages available
openchrom
process chromatographic and mass spectrometric data
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License: EPL
Debian package not available
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OpenChrom is an open source software for chromatography based on the
Eclipse Rich Client Platform (RCP). Its focus is to handle mass
spectrometry systems (e.g. GC/MS, LC/MS, Py-GC/MS, HPLC-MS) data files
natively. OpenChrom is able to import binary and textual chromatographic
data files, such as *.D chromatograms from Agilent Technologies or
NetCDF. Moreover, it offers a nice graphical user interface and is
available for various operating systems, e.g. Windows, Linux, Solaris
and Mac OSX. A basis set of methods to detect baselines, peaks and to
integrate peaks in a chromatogram are implemented. Preprocessing steps,
e.g. to remove certain mass fragments (m/z) such as nitrogen (28) or
water (18), are supported by applying filter on the chromatogram or mass
spectrum. Extensions are welcome, as OpenChrom is open source and uses a
flexible approach, which allows others to implement their own methods,
algorithms, filters, detectors or integrators. Therefore, OpenChrom
shall be an efficiently system to process chromatographic and mass
spectrometric data using an extensible and flexible plugin approach.
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