Debian Science Chemistry packages

Adun er en biomolekulær simulator, som også inkluderer datahåndtering og analysemuligheder. Programmet blev udviklet ved Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory, en del af Research Unit on Biomedical Informatics of the UPF.

Denne pakke indeholder UL, den grafiske brugerflade for Adun.

APBS er et en programpakke til numerisk problemløsning af Poisson- Boltzmann-ligningen, én af de mest populære kontinuum-modeller til beskrivelse af elektrostatisk interaktion mellem molekylære opløsninger i salte, vandholdige medier. Elektrostatisk kontinuum spiller en vigtig rolle i forskellige områder inden for biomolekylær simulering, inklusive:

• simulering af diffusionsprocesser til fastlæggelse af kinetiske ligang-protein- og protein-protein-bindinger,
• implicit opløsning af biomolekyler i molekylær dynamik,
• energiberegninger i hydrater og bindinger til fastlæggelse af ligevægt mellem ligand-protein- og protein-protein-bindingskonstanter, og til at fremme rationelt design af medicin,
• og studier i biomolekylær titrering.

APBS blev designet for effektiv evaluering af elektrostatiske egenskaber for sådanne simuleringer inden for bred række af længdeskalaer for at muliggøre undersøgelsen af molekyler med bestående af ti til millionvise af atomer.

Denne pakke indeholder programmet apbs og redskaber.

Atomes er en værktøjskasse til at analysere (fysiske-kemiske egenskabsberegninger), visualisere (atomer, bindinger, farvekort, målinger, koordinatiosnpolyedra ...) opret (krystalbygger, molekylært bibliotek, overfladeoprettelse og passivering ...) 3D atomistiske modeller. Atomes tilbyder et arbejdsrum, der kan håndtere mange projekter åbnet på samme tidspunkt. De forskellige projekter i arbejdsrummet kan udveksle data: analysere resultater, atomiske koordinater ... Atomes tilbyder også et avanceret system til forberedelse af data for yderligere beregninger via velkendte molekylære dynamiske koder: Klassisk MD: DLPOLY og LAMMPS

• ab-initio MD: CPMD og CP2K
• QM-MM MD: CPMD og CP2K At forberede datafilerne for disse beregninger er sandsynligvis nøglen og de mest komplicerede trin mod MD-simuleringer. Atomes tilbyder en brugervenlig assistent til at hjælpe og vejlede videnskabsmanden trin for trin for at opnå dette afgørende stadie.

Denne pakke indeholder de binære filer.

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

• Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
• Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
• Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
• Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
• Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
• Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
• Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Bkchem er et frit kemisk tegneprogram, som er skrevet i Python.

Nogle af de funktioner du kan forvente:

• Tegning (tegning fra binding-til-binding; skabeloner for fælles ringe; udvidelse af fælles grupper; tegner radikaler, ladninger, pile; farveunderstøttelse ...)
• Redigering (ubegrænset fortryd og gendan; justering; skalering; rotation (2D, 3D) ...)
• Eksport/import (fuldt understøttet SVG-, OpenOffice.org-Draw-, EPS- eksport; grundlæggende understøttelse af import og eksport af CML1 og CML2 )

Fælles arkiv for kemiske og fysiske fakta som forsøger at øge interoperabiliteten mellem kemiprogrammer.

https://dx.doi.org/10.1021/ci050400b

Chemeq er et grundlæggende og uafhængigt filter skrevet i C-sproget, flex og bison. Det indsætter strenge som:

 2H2 + O2 ---> 2 H2O
og giver som resultat LaTeX-kode og beskeder om ligevægten for en kemisk

reaktion.

 Eksempel:~/src$ echo "2H2 + O2 ---> 2 H2O" | chemeq -lc
 2\,H_{2}\,+\,O_{2}\,\rightarrow\,2\,H_{2}O
 OK

Den kemiske medietype og diverse undertyper er blevet foreslået af Henry Rzepa, Peter-Murray Rust og Benjamin Whitaker i 1996 som en tilføjelse til de eksisterende MIME-typer. Forslaget fik ikke succes men diverse programmer gør brug af disse MIME/file-typer. Denne pakke tilføjer understøttelse til Linuxskriveborde, så de kan registrere og genkende filer for chemical/*-medietypen.

Se også http://www.ch.ic.ac.uk/chemime/.

Denne nettjeneste gør det muligt at gennemse et rigt sæt af molekylære strukturer tilbudt af pakken chemical-structures-data, og eventuelt få dem oversat til andre åbne formater, takket være openbabel.

Chemtool er en GTK+-baseret 2D kemisk strukturredigering i X11. Den understøtter mange bindingstyper, de fleste former for tekst, der benyttes i kemisk tegnsætning samt splines, cirkelstykker og kurvede pile.

Tegninger kan eksporteres i formaterne MOL og PDB; SVG og XFig til yderligere påtegninger eller som en PiCTeX-tegning, en bitmap- eller PostScript-fil (flere af disse gennem XFigs hjælpeprogram fig2dev).

Pakken indeholder også et hjælpeprogram, cht, der beregner sumformlen og (eksakt) molvægt af en fil tegnet i chemtool. Cht kan enten kaldes direkte af Chemtool eller fra kommandolinjen.

CP2K er et program til at udføre simuleringer af faststof-, fluid-, molekyl- samt biologiske systemer. Det er specielt rettet mod massivt parallelle og lineært skalerende elektronstrukturmetoder og simulationer med moderne ab-initio-molekylærdynamik (AIMD).

CP2K er optimeret til den blandede Gaussfunktions- og planbølgemetode (GPW) baseret på pseudopotentialer, men er også stand til at køre fuldelektron- eller rene planbølge-/Gaussfunktionsberegninger. Inkluderede funktioner:

Ab-initio elektronstrukturmetoder med QUICKSTEP-modulet:

• Energier og kræfter fra tæthedsfunktionalteori (DFT)
• Energier og kræfter fra Hartree-Fock (HF)
• Energier og kræfter fra andenordens perturbationsteori med Møller-Plesset (MP2)
• Energier med random phase approximation (RPA)
• Periodiske eller uperiodiske (gasfase) grænsebetingelser
• Basissæt omfatter flere standardtyper af Gaussorbitaler (GTO'er), pseudopotentialer med planbølger, »augmented« planbølger (APW) og en blandet Gaussmetode plus (»augmented«) planbølgemetode (GPW / GAPW)
• Normkonserverende, separable Goedecker-Teter-Hutter-pseudopotentialer (GTJH) og pseudopotentialer med ikke-lineære kernekorrektioner (NLCC), eller fuldelektronberegninger
• Lokaltæthedsapproksimationen (LDA) for XC inklusive SVWN3, SVWN5, PW92 og PADE
• Gradientkorrigerede (GGA) XC-funktionaler inklusive BLYP, BP86, PW91, PBE og HCTH120 såvel som meta-GGA-funktionalet TPSS
• Hybrid-XC-funktionaler med eksakt Hartree-Fockudveksling (HFX) inklusive B3LYP, PBE0 og MCY3
• Dobbelthybridfunktionaler inklusive B2PLYP og B2GPPLYP
• Yderligere XC-funktionaler med LibXC
• Dispersionskorrektioner via parpotentialmodellerne DFT-D2 og DFT-D3
• Ikke-lokale van der Waals-korrektioner for XC-funktionaler inklusive B88-vdW, PBE-vdW og B97X-D
• DFT+U-korrektion (Hubbard)
• Tæthedsfit for DFT via Blöchl eller tæthedsafledte atomare punktladninger (DDAPC) og HFX via »auxiliary density matrix methods« (ADMM) og for MP2/RPA via Resolution-of-identity (RI)
• Tynde (»sparse«) matrixrepræsentationer og prescreeningteknikker for lineært skalerende udregning af Kohn-Sham-matrixelementer (KS)
• Orbitaltransformation (OT) eller direkte inversion af det iterative underrum (DIIS) til selvkonsistent minimering (SCF)
• Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave-metode (LRIGPW)
• Energier med absolut lokaliseret molekylorbital-SCF (ALMO-SCF) til lineært skalerende molekylsystemer
• Exciterede tilstande via tidsafhængig tæthedsfunktionalperturbationsteori (TDDFPT)

Ab-initio-molekylærdynamik:

• Born-Oppenheimer-molekylærdynamik (BOMD)
• Ehrenfest-molekylærdynamik (EMD)
• PS-ekstrapolation af begyndelsesbølgefunktion
• Tidsreversibel altid stabil predictor-corrector-integrator (ASPC)
• Approksimativ Car-Parrinello-agtig Born-Oppenheimer-molekylærdynamik med Langevin (Andengenerations Car-Parrinello-molekylærdynamik (SGCP))

Blandede kvante-/klassiske simulationer (QM/MM):

• Multigrid-metoder til evaluering af Coulombvekselvirkninger mellem kvante- og klassiske dele
• Håndtering af periodiske grænsebetingelser ved hjælp af lineært skalerende elektrostatisk kobling
• Adaptiv QM/MM

Yderligere funktioner omfatter:

• Enkeltpunktsenergier, geometrioptimeringer og frekvensberegninger
• Adskillige algoritmer til nudged elastic band (NEB) til beregning af minimumenergivej (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB)
• Global optimering af geometrier.
• Solvation via Self-Consistent Continuum Solvation-modellen (SCCS)
• Semiempiriske beregninger med parametriseringerne AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL og PM6, tight-binding med tæthedsfunktionalteori (DFTB) og tight-binding med selfkonsistent polarisering (SCP-TB) med valgfri periodicitet
• Klassiske molekylærdynamiksimulationer (MD) i det mikrokanoniske ensemble (NVE) eller kanoniske ensemble (NVT) med Nose-Hoover og kanonisk sampling gennem termostater der omskalerer hastigheder (CSVR)
• Metadynamik inklusive veltempereret metadynamik til fri energi-beregninger
• Klassiske kraftfeltsimuleringer (MM)
• Monte Carlo-simuleringer med Kohn-Sham-DFT
• Statiske (f.eks. spektra) og dynamiske (f.eks. diffusion) egenskaber
• ATOM-koden til at generere pseudopotentialer
• Integreret optimering af molekylære basissæt

CP2K implementerer ikke konventionel Car-Parinello-molekylærdynamik (CPMD).

DRAWxtl læser en grundlæggende beskrivelse af krystalstrukturen, der inkluderer parametre for enhedscelle, rumgruppe, atomiske koordinater, termiske parametre eller et Fourier-kort, og udlæser et geometrisk objekt som indeholder polyedre, planer, enlige par af kegler, kugler eller ellipsoider, bindinger, iso-overflade for Fourier-konturer og grænserne for enhedscellen.

Der produceres fire former for grafik:

• et OpenGL-vindue til øjeblikkelig fremvisning
• scenesproget »Persistence of Vision Ray Tracer« (POV-RAY) til tegninger i publikationskvalitet
• sproget »Virtual Reality Modeling Language« (VRML) til udbredelse via internettet
• en PostScript-udskrift af OpenGL-vinduet til de som ønsker en udskrift i høj kvalitet, men som ikke har POV-RAY installeret.

De filformater som DRAWxtl kan læse inkluderer CIF, FDAT, FullProf (pcr), GSAS, SCHAKAL, SHELX, DISCUS og WIEN2k.

EasyChem er et program som hjælper dig med at oprette højkvalitetsdiagrammer af molekyler og 2D kemiske formler som kan eksporteres til PDF, PS, LaTeX og fig.

EasyChem blev oprindelig udviklet til at oprette diagrammer for kemibøger og bruges nu ofte til dette formål i kommercielle og ikkekommercielle kemirelaterede bøger.

Projektet feff85exafs forsøger at tilbyde teoretiske standarder i høj kvalitet for EXAFS-analyse i en frit distribueret ramme.

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

• MPQC
• GAMESS-US
• Gaussian
• Molcas
• Molpro
• Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekylære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Slurm-wlm-torque og gridengine-client er workload-programmer, der tilbyder omslag for PBS-kommandoer. Gabedit gør også, at du kan konfigurere den for ethvert andet workload-program.

Galculator er en videnskabelig lommeregner. Den understøtter forskellige talbaser (DEC/HEX/OCT/BIN) og vinkelbaser (DEG/RAD/GRAD) og har en bred vifte af matematik (grundlæggende aritmetiske beregninger, trigonometriske funktioner etc.) og andre brugbare funktioner (hukommelse etc.) i øjeblikket. Galculator kan bruges i algebraisk tilstand samt i omvendt polsk notation (RPN).

General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI) tilbyder en grafisk grænseflade til at bygge, se og analysere atomare strukturer. Programmet har som målgruppe det videnskabelige samfund og tilbyder en grafisk brugerflade til at studere atomare strukturer og forberede billeder til præsentationer og for undervisning i stofs atomare struktur.

Garlic er skrevet for undersøgelse af membranproteiner. Det kan bruges til at visualisere andre proteiner, samt nogle geometriske objekter. Denne version af Garlic genkender PDB-formatet i version 2.1. Garlic kan også bruges til at analysere proteinsekvenser.

Programmet afhænger kun af X-bibliotekerne, ingen andre biblioteker er krævet.

Inkluderede funktioner:

• »Slab«-placeringen og tykkelse er synlige i et lille vindue.
• Atomare bindinger samt atomer opfattes som uafhængige objekter der kan tegnes.
• Farverne for atomer og bindinger afhænger af placering. Fem oversættelsesmodeller er tilgængelige (som for slab).
• Kan vise stereobilleder.
• Kan vise andre geometriske objekter, såsom membran.
• Atomar information er tilgængelig for atom som musemarkøren placeres over. Ingen klik er krævet, bare flyt musemarkøren over strukturen!
• Kan indlæse mere end en struktur.
• Kan tegne Ramachandranplot, helisk hjul, Venn-diagram, gennemsnitlig hydrofobicitet og hydrofobisk momentplot.
• Kommandoprompten er tilgængelig i bunden af hovedvinduet. Den kan vise en fejlbesked og en kommandostreng.

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

GChemPaint er et redigeringsprogram til 2D-kemiske strukturer. Programmet har en flerdokument grænseflade. Tegnede molekyler kan søges på NIST Webbook og PubChem.

GNOME Crystal er en let modelvisualisering af krystalstrukturer. Programmet er baseret på GNOME Chemistry Utils og bør vise modeller for alle slags mikroskopiske krystalstrukturer, der bruger OpenGL.

GNOME Chemistry Utils tilbyder C++-klasser og Gtk+-2-kontroller relateret til kemi. De vil blive brugt i fremtidige versioner for både gcrystal og gchempaint.

Denne pakke tilbyder 4 programmer:

• en molekylær strukturfremviser (GChem3D)
• en lommeregner for molmasse (GChemCalc)
• det periodiske system (GChemTable)
• en spektrefremviser (GSpectrum)

Et program baseret på GTK+ til visning og manipulation af isolerede molekyler, periodiske systemer og krystalformer. Det er under udvikling, men dog stadig rimelig funktionelt. Det har følgende funktioner:

• Understøtter adskillige filtyper (CIF, BIOSYM, XYZ, XTL, MARVIN og GULP)
• Et simpelt værktøj til at skabe og manipulere molekyler
• Et vindue til at skabe startkonfigurationer for simulationer af molekylære dynamikker
• Et udvalg af værktøj til visualisering (information om geometri, fremhævelse af region, osv.)
• Animation af BIOSYM-filer (også animationsgengivelser, se nedenfor)

GDIS lader dig også udføre følgende funktioner gennem andre pakker:

• Optegning af model (takket være POVRay)
• Minimering af energi (takket være GULP)
• Morfologi-beregninger (takket være cdd)
• Behandling af rumgrupper (takket være SgInfo)
• Se den periodiske tabel (takket være GPeriodic)
• Indlæs yderligere filtyper, såsom PDB (takket være Babel)

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

gElemental er en GTK+-fremviser for den periodiske tabel, som tilbyder detaljerede information om kemiske elementer.

Programmet har en tabelvisning, som tillader at elementerne bliver vist tematisk med farve via flere egenskaber, en sorteret listevisning og en dialog for elementegenskaber, viser en mængde information, inklusiv historiske, termodynamiske, elektrokemiske og krystallografiske egenskaber.

Denne pakke indeholder selve programmet.

Ghemical er en beregningsmæssig kemi-programpakke skrevet i C++. Den har en grafisk brugergrænseflade og den understøtter både kvantemekaniske (semi- empiriske) modeller og molekylær-mekaniske modeller. Geometri-optimering, molekylære dynamikker og store sæt af visualiseringsværktøjer med brug af OpenGL er på nuværende tidspunkt tilgængelige.

Ghemical afhænger af ekstern kode som tilbyder de kvantemekaniske beregninger. De semi-empiriske metoder MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3 kommer fra pakken MOPAC7 (Public Domain, dvs. offentlig ejendom), og inkluderes i pakken. Pakken MPQC anvendes for at tilbyde ab initio-metoder: metoderne som er baseret på Hartee-Fock-teori understøttes aktuelt med basissæt, der strækker sig fra STO-3G til 6-31G**.

GPeriodic er et lille X/GTK+-baseret program, der gør det muligt at bladre gennem det periodiske system over kemiske grundstoffer og aflæse detaljer om hvert grundstof. Indeholder 118 grundstoffer.

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder varianter både for afvikling på en enkelt maskine og via MPI-grænsefladen på tværs af flere maskiner.

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder kun den grundlæggende simuleringsmotor med parallel understøttelse, der bruger MPICH (v3)-grænsefladen. Den er egnet for knuder for en behandlingsklynge, eller for maskiner med flere processorer.

GROMACS er en alsidig pakke til at udføre molekyldynamik med, dvs. simulere Newtons bevægelsesligninger for systemer med hundrede til millioner partikler.

GROMACS er primært designet til biokemiske molekyler såsom proteiner og lipider, som har en masse komplicerede bindingsvekselvirkninger, men da GROMACS er ekstremt hurtig til at beregne ikke-bindingsvekselvirkninger (som plejer at dominere simuleringer), anvender mange grupper det også til forskning inden for ikke-biologiske systemer, f.eks. polymerer.

Denne pakke indeholder kun simuleringens grundmotor med parallel understøttelse via OpenMPI-grænsefladen. Den er egnet for knuder i en behandlingsklynge eller for maskiner med flere processorer.

Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Kalzium er et kemiprogram med alle funktioner, inklusiv en periodisk tabel, kemisk reference, kemisk ligningsløser og 3D-molekylefremviser.

Denne pakke er en del af KDE-undervisningsmodulet.

KAtomic er et puslespil, hvori spilleren rykker atomer rundt på brættet for at samle et molekyle.

Pakken er en del af KDE's spilmodul.

CDK'en er et bibliotek med Javaklasser brugt i beregnings- og informationskemi og i bioinformatik. Det indeholder optegnere, fil-IO, SMILES-oprettelse/fortolkning, maksimale fælles understrukturalgoritmer, fingeraftryk og meget, meget mere.

mMass er en fri massespektrum fremviser/analyseprogram hvor de følgende proteomikrelaterede opgaver kan udføres:

• Åbn rå tekst, mzXML- og mzData-massespektra
• Definer højdelister
• Funktionsrig massespektrumsfremviser (zoom, markør ...)
• Omkalibrering af data
• Simulationer kun med proteiner
• Mascot-søgninger på nettet

Programmet kan nemt udvides med yderligere Pythonmoduler. Denne pakke indeholder de platformsuafhængige dele af programmet.

mMass is a free mass spectrum viewer/analyzer in which the following proteomics-related tasks can be performed:

• Open raw text, mzXML and mzData mass spectra;
• Define peak lists;
• Powerful mass spectrum viewer (zoom, cursor...);
• Data recalibration;
• Protein-only simulations;
• Online Mascot searches.

The software can be easily extended by additional Python modules. This package contains the platform-dependent parts of the software.

MOPAC tilbyder rutiner til at løse de elektroniske strukturer for molekyler på et semiempirisk niveau. Tilgængelige metoder inkluderer MNDO, MINDO/3, AM1 og PM3.

Denne pakke indeholder de MOPAC7-binære filer.

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Programmet kan beregne energier og gradienter for de følgende metoder:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (HF)
• Density Functional Theory (DFT)
• Closed shell second-order Moeller-Plesset perturbation theory (MP2)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

• Open shell MP2 and closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12)
• Second order open shell pertubation theory (OPT2[2])
• Z-averaged pertubation theory (ZAPT2)

Programmet inkluderer også et internt optimiseringsprogram for koordinatgeometri.

MPQC er bygget oven på Scientific Computing Toolkit (SC).

MPQC er et ab-inito kvantum kemiprogram. Det er specielt designet til at beregne molekyler på en meget paralleliseret måde.

Denne pakke inkluderer Perlmoduler til at fortolke uddata, Emacs-tilstande til at facilitere redigering af mpqc-filer og molrender der er et program til at vise molekyler i OOGL-format.

msXpertSuite tilbyder programmer til at modelopbygge lineær (bio-) polymer kemi, simulere massespektrale data, analyse og data-mine masse. Det er efterfølgeren til GNU plyXmass, først, og så massXpert.

Programmerne massXpert og mineXpert gør følgende muligt:

massXpert:

• lav helt nye kemidefinitioner for polymerer
• brug definitionerne til at udføre nemme beregninger som i en lommeregner fra skrivebordet
• udfør sofistikeret sekvensredigering og simuleringer for polymerer
• udfør m/z-listesammenligninger

Kemiske simuleringer omfatter spaltning (enten kemisk eller enzymatiske), gas-fase fragmentationer, kemisk modifikation af enhver monomer i polymersekvensen, tværbinding af monomerer i sekvensen, vilkårlige massesøgninger, beregning af det isotopiske mønster ...

mineXpert:

• Åbn datafiler med massespektrometri (mzML, mzXML, asc, xy ...)
• Beregn og vis TIC-kromatogram
• For mobile data, beregn og vis et mz=f(dt)-farvekort
• Integrer dataene fra TIC-kromatogrammet eller farvekortet
• med massespektrum
• med driftspektrum
• tilbage til TIC-kromatogram (XIC-kromatogram)
• vendte operationer
• til enkelt TIC-intensistetsværdi
• Modelcentroidetoppe til massespektra via enten gaussisk model eller lorentziansk model
• Eksporter dataene til tekstfiler
• Opdel en stor fil til mindre dele for nemmere undersøgelse
• Definer hvordan undersøgelsesaktivitet optages på disken for senere brug
• Konverter mzML-filer til et privat (men dog åbent) format for massespektrometri, som tillader bedre ydelse (baseret på SQLite3)

Denne pakke afhænger af både massXpert og mineXpert og vil derfor installere begge. For kun at installere en af dem, så installer henholdsvis msxpertsuite-massxpert eller msxpertsuite-minexpert.

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

• Indsættelse og fjernelse af hydrogen
• Understøttelse af molekylær-mekanik
• Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
• Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
• Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
• Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke inkluderer følgende redskaber:

• obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
• obenergy: Beregn energien for et molekyle
• obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
• obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
• obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
• obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
• obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
• obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
• obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
• obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
• obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
• obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter

OpenFOAM er det førende, frie program til at beregne væskedynamik (CFD), ejet af OpenFOAM Foundation og distribueret eksklusivt under General Public Licence (GPL).

Denne pakke indeholder de binære filer.

PDB2PQR er en Pythonprogrampakke, som automatiserer mange af de fælles opgaver med at forberede strukturer for kontinuum elektrostatik beregninger. Det giver således et af platformen uafhængigt værktøj til konvertering af proteinfiler i PDB-format til PQR-format. Disse opgaver omfatter:

• Tilføjelse af et begrænset antal manglende tunge atomer til biomolekylære strukturer
• Bestemmelse af sidekæde pKas
• Placering af manglende hydrogener
• Optimering af proteinet til gunstig hydrogenbinding
• Tildele ladnings- og radiusparametre fra en række kraftfelter

PSI3 er et ab-initio quantum chemistry program. Det er specielt designet til præcist at beregne egenskaber for små til mellemstørrelse molekyler, med brug af højt korrelerede teknikker.

Programmet kan beregne energier og overgange for de følgende metoder:

• Closed shell and general restricted open shell Hartree-Fock (RHF/ROHF) (inklusive analytiske hessianer for RHF)
• Closed shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Complete active space SCF (CASSCF)
• Coupled-cluster singles doubles (CCSD)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T)) (kun for ubegrænsede (UHF) reference-wavefunktioner)

Derudover kan programmet beregne energier for de følgende metoder:

• Unrestricted open shell Hartree-Fock (UHF)
• Closed/open shell Moeller-Plesset pertubation theory (MP2)
• Closed shell explicitly correlated MP2 theory (MP2-R12) and spin- component scaled MP2 theory (SCS-MP2)
• Multireference configuration-interaction (MRCI)
• Coupled-cluster singles doubles with pertubative triples (CCSD(T))
• Second/third-order approximate coupled-cluster singles doubles (CC2/CC3)
• Multireference coupled-cluster singles doubles (MRCCSD)
• Closed shell and general restricted open shell equation-of-motion coupled-cluster singles doubles (EOM-CCSD)

Yderligere funktioner inkluderer:

• Fleksibelt, modulært og tilpasningsparat inddataformat
• Spændte tilstandsberegninger med CC2/CC3-, EOM-CCSD-, CASSCF-, MRCI- og MRCCSD-metoderne
• Internal coordinate geometry optimizer
• Harmonic frequencies calculations
• One-electron properties like dipole/quadrupole moments, natural orbitals, electrostatic potential, hyperfine coupling constants or spin density
• Udnyttelse af molekylær point-group-symmetri for at øge effektivitet

PyFAI er et Pythonbibliotek for azimuthal integration; biblioteket giver mulighed for konvertering af diffraktionsbilleder taget med 2D-detektorer såsom CCD-kameraer til X-røntgen pulverbilleder, som kan bruges af andre programmer såsom Rietvelds forfiningsværktøjer (dvs. FullPorf), faseanalyse eller teksturanalyse.

Da PyFAI er et bibliotek, dets hovedformål er at være integreret i andre værktøjer såsom PyMca, LiMa eller EDNA. For at udføre dataanalyse på nettet skal den præcise beskrivelse af den eksperimentelle opsætning være kendt. Dette er årsagen til, at PyFAI inkluderer optimeringskode for geometri der arbejder på »powder rings« fra referenceprøver. Alternativt kan PyFAI også importere geometrier tilpasset med andre værktøjer såsom Fit2D.

PyFAI er blevet designet til at fungere med enhver slags detektor med enhver geometri (transmission, reflektion, off-axis ...). Den bruger Pythonbiblioteket FabIO til at læse de fleste billeder taget af diffractometer.

PyMOL er et system til molekylærgrafik målrettet mellemstore til store biomolekyler som proteiner. Det kan fremstille udgivelsesklare billeder og animationer af molekylærgrafik i høj kvalitet.

Egenskaber inkluderer:

• Visualisering af molekyler, molekylærbaner og overflader af data fra krystallografi eller orbitaler
• Molekylærbygger og -skulptør
• Intern strålesporing og filmgenerator
• Fuldt udvidelig og skriptbar via en Python-grænseflade

Filformater som PyMOL kan læse inkluderer PDB, XYZ, CIF, »MDL Molfile«, ChemDraw, CCP4-kort, XPLOR-kort og »Gaussian cube«-kort.

GPU-accelereret Pythonramme til at udforske algoritmer for alkymistiske beregninger af fri energi.

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

• Indsættelse og fjernelse af hydrogen
• Understøttelse af molekylær-mekanik
• Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
• Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering, aromaticitet)
• Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare koordinater med flere bånd
• Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke indeholder Pythonbindingerne.

python-pymzml (pymzML) is an extension to Python that offers:

• easy access to mass spectrometry (MS) data that allows the rapid development of tools;
• a very fast parser for mzML data, the standard in mass spectrometry data format;
• a set of functions to compare or handle spectra.

This package contains python-pymzml for Python 3.

QuteMol er et interaktivt, højkvalitetssystem til visualisering af molekyler. Det udnytter de aktuelle GPU-kapaciteter via OpenGL-skygger til at tilbyde en vifte af innovative visuelle effekter. QuteMols visualiseringsteknikker har som mål at skabe klarere og lettere forståelse af 3D-formen og strukturen i store molekyler eller komplekse proteiner.

Qutemol bruger avancerede OpenGL-teknikker og virker måske ikke korrekt med alle videokort og drivere.

Funktioner der tilbydes i QuteMol:

• Omgivende okklusion i realtid
• Dybdebevidst silhuet-forbedring
• Kugler-og-pinde, rumudfylding og »liquorice«-visualiseringstilstande
• Højopløste, udjævnede øjebliksbilleder til optegninger i trykkvalitet
• Automatisk oprettelse af animerede gif-billeder af roterende molekyler for animationer på internetsider
• Interaktiv optegning af makromolekyler (>100k atomer)

QuteMol læser PDB-filer som inddata.

RasMol er et molekylært grafikprogram lavet til visualisering af proteiner, xxx syrer og små molekyler. Programmet har som formål at vise, lære og oprette billeder i udgivelseskvalitet.

Programmet læser i en molekylær koordinatfil og viser interaktivt molekylet på skærmen i forskellige farveskemaer og molekylerepræsentationer. Blandt de tilgængelige repræsentationer findes trådgitter med dybdeeffekt, Dreiding-pinde, kalotmodeller (CPK), kugler og pinde, biomolekylære bånd (eller »ribbons«; massive og som tråde), atometiketter samt prikoverflader.

Understøttede filformater inkluderer Protein Data Bank (PDB), Tripos Asscociates' Alchemy- og Sybyl Mo12-formater, Molecular Design Limiteds (MDL) Mol-filformat, Minnesota Supercomputer Centers (MSC) XYZ-format (XMol), CHARMm-format, CIF-format og mmCIF-formatfiler.

Denne pakke installerer to versioner af RasMol: rasmol-gtk har en moderne GTK-baseret brugerflade og rasmol-classic har versionen med den gamle Xlib-grafiske brugerflade.

X! Tandem kan matche tandem-massespektre med peptidsekvenser, i en proces, der er almindeligt anvendt til at udføre proteinidentifikation.

Dette program har en meget enkel og ukompliceret programmeringsgrænseflade: Det tager simpelthen en XML-fil med instruktioner på sin kommandolinje, og viser resultaterne i en XML-fil, der er specificeret i den anvendte XML-fil. Resultatfilens format er beskrevet på http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf

I modsætning til nogle tidligere søgemaskiner beregner alle X!-seriens søgemaskiner statistisk tillid (forventningsværdier) for alle de individuelle spektrum-til-sekvens opgaver. De samler også alle peptidopgaverne i et datasæt på de kendte proteinsekvenser og tildeler den statistiske tillid at denne samling og justering ikke er tilfældig. Formlen for dette kan findes her. Derfor er der ikke brug for separate samlings- og statistiske analyseprogrammer, f.eks. PeptideProphet og ProteinProphet.

V_Sim visualiserer atomare strukturer såsom krystaller, korngrænser, molekyler og så videre (enten i et binært format eller i klartekst).

Optegningen udføres i pseudo-3D med sfærer (atomer) eller pile (»spins«). Brugeren kan interagere via mange funktioner for at vælge visningen, angive bindingerne, tegne klipniveauer, beregne overflader fra skalafelter, duplikere noder, måle geometri ... Derudover gør V_Sim det muligt at eksportere visningen som billeder i PNG, JPG, PDF (bitmap), SVG (scheme) og andre formater. Nogle værktøjer er også tilgængelige til at farvelægge atomer fra dataværdier eller til at animere - på skærmen - mange positionsfiler.

Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for beregninger og med at visualisere resultaterne.

I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian 9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.

xbs ball-and-sticks plotting program can create still and moving three dimensional models of molecules. X11 and PostScript output are available. Models can be rotated, scaled, etc. Various labeling, shading, lighting, coloring options are available.

Xdrawchem er et 2D-redigeringsprogram for kemiske strukturer og reaktioner. Programmet spejler mulighederne i den kommercielle ChemDraw-programpakke og har filkompatibilitet med dette program samt andre kemiske formater via OpenBabel.

Denne pakket version kommer fra en forgrening tilgængelig på https://gitlab.com/yamanq/xdrawchem, da den tidligere version ikke længere blev aktivt vedligeholdt. Yderligere information om den i filen med ophavsret.

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

• Animering af flere billedfiler
• Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
• Kontrol over atom/bindings-størrelser
• Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
• Skift af synligheden for atomgrupper
• Redigering af positionen for atomundersæt

XMakemol er et musebaseret program, skrevet med brug af LessTif-kontrolsættet, til at se og manipulere atomare og andre kemiske systemer. Programmet læser XYZ-inddata og optegner atomer, bindinger og hydrogen-bindinger.

Inkluderede funktioner:

• Animering af flere billedfiler
• Interaktiv måling af bindingslængder, bindingsvinkler og torsionsvinkler
• Kontrol over atom/bindings-størrelser
• Eksport til Xpm, Encapsulated PostScript og XYZ-formater
• Skift af synligheden for atomgrupper
• Redigering af positionen for atomundersæt

Dette er den OpenGL-aktiverede XMakemol-pakke. Billederne optegnes via rigtig 3D-grafikprimitiver og kan eksporteres via formatet Xpm; rød/blå stereobilleder kan også fremstilles. Pakken OpenGL tilbyder flere visningsindstillinger, sammen med bedre understøttelse for visning af vektorer. Ellipser kan også optegnes.

gpdc er et grafisk program til visualisering af uddata, der stammer fra simuleringer af molekylær dynamik. Det læser inddata i standardformatet xyz, såvel som fra andre brugerdefinerede formater, og kan producere billeder fra hvert trin i en billedsekvens i JPG- eller PNG-format.

Denne pakke indeholder eksempler, som kan bruges med programmet gdpc.

Denne pakke tilbyder Open Source-udgivelsen af Schroedingers rutiner for 2D-koordinatrepræsentation af kemiske forbindelser.

Denne pakke tilbyder teksthovedfiler for udvikling mod API'en for det bibliotek.

Denne pakke tilbyder teksthovedfiler til at udvikle ens egne programmer, der bruger et bibliotek med en åben kildekode-fortolker for Maestrofiler (.mae).

This package provides the Open Source release of Schroedinger's routines for the 2D coordinate representation of chemical compounds.

This package provides header files for developing against the API of that library.

Python-pymzml (pymzML) er en udvidelse til Python der tilbyder:

• nem adgang til massespektrometri-data (MS) der tillader hurtig udvikling af værktøjer
• en meget hurtig fortolker for mzML-data, standarden indenfor massespektrometridataformatet
• et sæt af funktioner til at sammenligne eller håndtere spektra

Denne pakke indeholder dokumentationen i formaterne pdf og html sammen med tekstkilderne (behandlet med sphinx).

Amp is an open-source package designed to easily bring machine-learning to atomistic calculations. This project is being developed at Brown University in the School of Engineering, primarily by Andrew Peterson and Alireza Khorshidi, and is released under the GNU General Public License. Amp allows for the modular representation of the potential energy surface, allowing the user to specify or create descriptor and regression methods.

Amp is designed to integrate closely with the Atomic Simulation Environment (ASE). As such, the interface is in pure python, although several compute-heavy parts of the underlying code also have fortran versions to accelerate the calculations. The close integration with ASE means that any calculator that works with ASE ─ including EMT, GPAW, DACAPO, VASP, NWChem, and Gaussian ─ can easily be used as the parent method.

This package provides the python 3 modules.

This package provides a periodic table of the elements with support for mass, density and xray/neutron scattering information.

Masses, densities and natural abundances come from the NIST Physics Laboratory, but do not represent a critical evaluation by NIST scientists.

Neutron scattering calculations use values collected by the Atomic Institute of the Austrian Universities. These values do corresponding to those from other packages, though there are some differences depending to the tables used. Bound coherent neutron scattering for gold in particular is significantly different from older value: 7.63(6) as measured in 1974 compared to 7.90(7) as measured in 1990.

X-ray scattering calculations use a combination of empirical and theoretical values from the LBL Center for X-ray Optics. These values differ from those given in other sources such as the International Tables for Crystallography, Volume C, and so may give different results from other packages.

This package installs the library for Python 3.

Ordbog for ligander og konstituerende blokke (f.eks. aminosyrer, nukleinsyrer, sukkerarter) indeholder nødvendig stereokemisk information (f.eks. bindingslængder, vinkler, torsionsvinkler) om små molekyler, der bruges til forfinelse og modelbygning. Værdier i ordbogen er for en abstrakt form for monomerer, dvs. at der ikke er nogen konformationel/konfigurationsmæssig eller miljømæssig karakter afhængighed.

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.