Summary
Biology
pacchetti Debian Science per la biologia
Questo metapacchetto installa i pacchetti di Debian Science relativi alla
biologia. Si potrebbe essere interessati anche al debtag field::biology.
Questo metapacchetto fa uso dei pacchetti med-bio e med-bio-dev (per lo
sviluppo delle applicazioni biologiche) che sono mantenuti da Debian Med,
un altro Pure Blend di Debian. Se si è un biologo si sarà quasi certamente
interessati al progetto Debian Med che tratta di biologia e medicina in
maggior dettaglio rispetto al più generico Debian Science.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
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Debian Science Biology packages
Official Debian packages with high relevance
bauble
??? missing short description for package bauble :-(
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Versions of package bauble |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.9.7-2 | all |
stretch | 0.9.7-2.1 | all |
Debtags of package bauble: |
field | biology |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | organizing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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critterding
vita artificiale in evoluzione
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Versions of package critterding |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-beta12.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0-beta12.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.0-beta14+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0-beta12.1-1.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package critterding: |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | sdl |
use | simulating |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Critterding è un universo 3D in una "piastra Petri" che mostra l'evoluzione
di vita artificiale. All'inizio ci sono creaturine con cervelli e corpi
completamente casuali, ma esse iniziano automaticamente ad evolvere in
qualcosa con capacità di sopravvivenza molto migliori.
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med-bio
pacchetti di bioinformatica per Debian Med
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Versions of package med-bio |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.3 | all |
bullseye | 3.7 | all |
sid | 3.8.1 | all |
trixie | 3.8.1 | all |
bookworm | 3.8.1 | all |
jessie | 2.0 | all |
stretch | 3.0.1 | all |
Debtags of package med-bio: |
field | biology |
role | metapackage |
suite | debian |
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License: DFSG free
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Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian per l'uso in biologia
molecolare, biologia strutturale e altre scienze biologiche.
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nmodl
motore per generare codice per il linguaggio di modellazione NEURON
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Versions of package nmodl |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.5-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.0-alpha-llvm |
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License: DFSG free
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L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL
(NEURON MODeling Language).
È progettata con tecniche di generazione e compilatori moderni per:
- fornire strumenti modulari per scansionare, analizzare e trasformare
NMODL;
- fornire un'API Python di alto livello facile da usare;
- generare codice ottimizzato per le architetture di calcolo moderne
incluse CPU e GPU;
- flessibilità per implementare nuovi backend di simulazione;
- supportare tutta la specifica NMODL.
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nrn-mod2c
convertitore da NMODL a C per CoreNEURON
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Versions of package nrn-mod2c |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 8.2.2 |
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License: DFSG free
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MOD2C è NMODL in C adattato per il simulatore CoreNEURON.
NMODl è un linguaggio descrittivo per specificare un modello per un neurone
fisico in termini simultanei di equazioni algebriche non lineari, equazioni
differenziali o schemi cinetici.
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Official Debian packages with lower relevance
libinterviews-dev
InterViews 3.1 per il simulatore NEURON
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Versions of package libinterviews-dev |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
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License: DFSG free
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InterViews è una libreria C++ per GUI di Stanford University e Silicon
Graphics con l'aspetto e lo stile di Motif.
È usata dal simulatore NEURON per la compatibilità con UI obsolete e non
dovrebbe essere usata per il nuovo codice.
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med-bio-dev
pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni bioinformatiche
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Versions of package med-bio-dev |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.7 | all |
buster | 3.3 | all |
stretch | 3.0.1 | all |
trixie | 3.8.1 | all |
sid | 3.8.1 | all |
bookworm | 3.8.1 | all |
jessie | 2.0 | all |
Debtags of package med-bio-dev: |
field | biology |
role | metapackage |
suite | debian |
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License: DFSG free
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Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per
lo sviluppo di applicazioni per la ricerca biologica.
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python3-nmodl
supporto Python per il motore per linguaggio di modellazione NEURON
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Versions of package python3-nmodl |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.5-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
upstream | 1.0-alpha-llvm |
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License: DFSG free
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L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL
(NEURON MODeling Language).
Questo pacchetto contiene il supporto per usare nmodl da Python.
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siconos
modellazione e simulazione di sistemi dinamici non-smooth (strumento di esecuzione delle simulazioni)
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Versions of package siconos |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.3.1+dfsg-2 | all |
bookworm | 4.4.0+dfsg-2 | all |
sid | 4.4.0+dfsg-4 | all |
upstream | 4.5.0 |
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License: DFSG free
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Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente
alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici
non-smooth:
- sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e
collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del
contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
- circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con
componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza,
raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori
analogico-digitale;
- sistemi di controllo sliding mode;
- biologia (reti di regolazione genetica).
Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi,
inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato),
ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali),
meccanica dei fluidi e computer grafica.
Questo pacchetto contiene lo strumento "siconos" che permette di compilare
ed eseguire in un singolo comando programmi/script di Siconos.
Please cite:
Vincent Acary and Bernard Brogliato:
The SICONOS Platform
:443-488
(2008)
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siconos-mechanics-tools
modellazione e simulazione di sistemi dinamici non-smooth (strumenti per meccanica)
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Versions of package siconos-mechanics-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.0+dfsg-2 | all |
bullseye | 4.3.1+dfsg-2 | all |
sid | 4.4.0+dfsg-4 | all |
upstream | 4.5.0 |
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License: DFSG free
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Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente
alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici
non-smooth:
- sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e
collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del
contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
- circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con
componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza,
raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori
analogico-digitale;
- sistemi di controllo sliding mode;
- biologia (reti di regolazione genetica).
Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi,
inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato),
ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali),
meccanica dei fluidi e computer grafica.
Questo pacchetto contiene strumenti che permettono di eseguire, analizzare,
manipolare, esportare e visualizzare l'output di simulazioni meccaniche.
Please cite:
Vincent Acary and Bernard Brogliato:
The SICONOS Platform
:443-488
(2008)
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Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
genesis
general-purpose neural simulator
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Versions of package genesis |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.3+dfsg-1 | all |
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License: free
Debian package not available
Version: 2.3+dfsg-1
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GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to
support the simulation of neural systems ranging from complex models of
single neurons to simulations of large networks made up of more abstract
neuronal components.
GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation
at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA.
Most current GENESIS applications involve realistic simulations of
biological neural systems. Although the software can also model more
abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation
and similar connectionist modeling.
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