Debian Science Project
Summary
Biology
pacchetti Debian Science per la biologia

Questo metapacchetto installa i pacchetti di Debian Science relativi alla biologia. Si potrebbe essere interessati anche al debtag field::biology.

Questo metapacchetto fa uso dei pacchetti med-bio e med-bio-dev (per lo sviluppo delle applicazioni biologiche) che sono mantenuti da Debian Med, un altro Pure Blend di Debian. Se si è un biologo si sarà quasi certamente interessati al progetto Debian Med che tratta di biologia e medicina in maggior dettaglio rispetto al più generico Debian Science.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Biology packages

Official Debian packages with high relevance

bauble
??? missing short description for package bauble :-(
Versions of package bauble
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.9.7-2all
stretch0.9.7-2.1all
Debtags of package bauble:
fieldbiology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useorganizing
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
critterding
vita artificiale in evoluzione
Versions of package critterding
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.0-beta12.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.0-beta12.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
experimental1.0-beta14+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0-beta12.1-1.2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package critterding:
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitsdl
usesimulating
x11application
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Critterding è un universo 3D in una "piastra Petri" che mostra l'evoluzione di vita artificiale. All'inizio ci sono creaturine con cervelli e corpi completamente casuali, ma esse iniziano automaticamente ad evolvere in qualcosa con capacità di sopravvivenza molto migliori.

Screenshots of package critterding
med-bio
pacchetti di bioinformatica per Debian Med
Versions of package med-bio
ReleaseVersionArchitectures
buster3.3all
bullseye3.7all
sid3.8.1all
trixie3.8.1all
bookworm3.8.1all
jessie2.0all
stretch3.0.1all
Debtags of package med-bio:
fieldbiology
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto installa i pacchetti Debian per l'uso in biologia molecolare, biologia strutturale e altre scienze biologiche.

Remark of Debian Science team: Maintained by Debian Med Blend

For more information see http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio

nmodl
motore per generare codice per il linguaggio di modellazione NEURON
Versions of package nmodl
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.5-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
trixie0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.0-alpha-llvm
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL (NEURON MODeling Language). È progettata con tecniche di generazione e compilatori moderni per:

  • fornire strumenti modulari per scansionare, analizzare e trasformare NMODL;
  • fornire un'API Python di alto livello facile da usare;
  • generare codice ottimizzato per le architetture di calcolo moderne incluse CPU e GPU;
  • flessibilità per implementare nuovi backend di simulazione;
  • supportare tutta la specifica NMODL.
nrn-mod2c
convertitore da NMODL a C per CoreNEURON
Versions of package nrn-mod2c
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream8.2.2
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MOD2C è NMODL in C adattato per il simulatore CoreNEURON.

NMODl è un linguaggio descrittivo per specificare un modello per un neurone fisico in termini simultanei di equazioni algebriche non lineari, equazioni differenziali o schemi cinetici.

Official Debian packages with lower relevance

libinterviews-dev
InterViews 3.1 per il simulatore NEURON
Versions of package libinterviews-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

InterViews è una libreria C++ per GUI di Stanford University e Silicon Graphics con l'aspetto e lo stile di Motif.

È usata dal simulatore NEURON per la compatibilità con UI obsolete e non dovrebbe essere usata per il nuovo codice.

med-bio-dev
pacchetti Debian Med per lo sviluppo di applicazioni bioinformatiche
Versions of package med-bio-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.7all
buster3.3all
stretch3.0.1all
trixie3.8.1all
sid3.8.1all
bookworm3.8.1all
jessie2.0all
Debtags of package med-bio-dev:
fieldbiology
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Questo metapacchetto installa pacchetti Debian che possono essere utili per lo sviluppo di applicazioni per la ricerca biologica.

Remark of Debian Science team: Maintained by Debian Med Blend

For more information see http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio-dev

python3-nmodl
supporto Python per il motore per linguaggio di modellazione NEURON
Versions of package python3-nmodl
ReleaseVersionArchitectures
sid0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.5-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
upstream1.0-alpha-llvm
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

L'infrastruttura NMODL è un motore di generazione di codice per NMODL (NEURON MODeling Language).

Questo pacchetto contiene il supporto per usare nmodl da Python.

siconos
modellazione e simulazione di sistemi dinamici non-smooth (strumento di esecuzione delle simulazioni)
Versions of package siconos
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.3.1+dfsg-2all
bookworm4.4.0+dfsg-2all
sid4.4.0+dfsg-4all
upstream4.5.0
Popcon: 0 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

  • sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
  • circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
  • sistemi di controllo sliding mode;
  • biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene lo strumento "siconos" che permette di compilare ed eseguire in un singolo comando programmi/script di Siconos.

Please cite: Vincent Acary and Bernard Brogliato: The SICONOS Platform :443-488 (2008)
siconos-mechanics-tools
modellazione e simulazione di sistemi dinamici non-smooth (strumenti per meccanica)
Versions of package siconos-mechanics-tools
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.4.0+dfsg-2all
bullseye4.3.1+dfsg-2all
sid4.4.0+dfsg-4all
upstream4.5.0
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Siconos è un software scientifico open-source indirizzato principalmente alla modellazione e alla simulazione in C++ e Python di sistemi dinamici non-smooth:

  • sistemi meccanici (rigidi o solidi) con contatto unilaterale e collisione e attrito di Coulomb (meccanica non-smooth, dinamica del contatto, dinamica dei sistemi a molti corpi o materiali granulari);
  • circuiti elettrici con interruttori come circuiti elettrici con componenti lineari a tratti e ideali: convertitori di potenza, raddrizzatori, PLL (Phase-Locked Loop) o convertitori analogico-digitale;
  • sistemi di controllo sliding mode;
  • biologia (reti di regolazione genetica). Altre applicazioni si trovano in sistemi e controllo (sistemi ibridi, inclusioni differenziali, controllo ottimo con vincoli di stato), ottimizzazione (sistemi di complementarità e disuguaglianze variazionali), meccanica dei fluidi e computer grafica.

Questo pacchetto contiene strumenti che permettono di eseguire, analizzare, manipolare, esportare e visualizzare l'output di simulazioni meccaniche.

Please cite: Vincent Acary and Bernard Brogliato: The SICONOS Platform :443-488 (2008)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

genesis
general-purpose neural simulator
Versions of package genesis
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.3+dfsg-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 2.3+dfsg-1

GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to support the simulation of neural systems ranging from complex models of single neurons to simulations of large networks made up of more abstract neuronal components.

GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA. Most current GENESIS applications involve realistic simulations of biological neural systems. Although the software can also model more abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation and similar connectionist modeling.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 246355