Summary
Biology
Debian Science - biologipakker
Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker relateret til biologi.
Du er måske også interesseret i debtag field::biology.
Denne metapakke bruger pakkerne med-bio og med-bio-dev (til udvikling af
biologiske programmer) som vedligeholdes af Debian Med - en anden Debian
Pure Blend). Hvis du er en biolog, så er du hovedsagelig mest interesseret
i Debian Med-projektet, som håndterer biologi og medicin i større
udstrækning end den mere generelle Debian Science.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the Debian Science mailing list
Links to other tasks
|
Debian Science Biology packages
Official Debian packages with high relevance
bauble
??? missing short description for package bauble :-(
|
Versions of package bauble |
Release | Version | Architectures |
jessie | 0.9.7-2 | all |
stretch | 0.9.7-2.1 | all |
Debtags of package bauble: |
field | biology |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | gtk |
use | organizing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
|
|
critterding
|
Versions of package critterding |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.0-beta12.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.0-beta12.1+dfsg-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
experimental | 1.0-beta14+dfsg-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x |
buster | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 1.0-beta12.1-1.2 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.0-beta12.1-1.3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package critterding: |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | sdl |
use | simulating |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Critterding er et »petriskål«-univers i 3D, som demonstrerer udvikling af
kunstig liv. Dyrene starter med fuldstændig vilkårlig hjerne og krop, men
vil automatisk begynde en evolution mod bedre overlevelsesevner.
|
|
med-bio
Debian Med - pakker for bioinformatik
|
Versions of package med-bio |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.3 | all |
bullseye | 3.7 | all |
sid | 3.8.1 | all |
trixie | 3.8.1 | all |
bookworm | 3.8.1 | all |
jessie | 2.0 | all |
stretch | 3.0.1 | all |
Debtags of package med-bio: |
field | biology |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Denne metapakke vil installere Debianpakker til brug indenfor molekylær
biologi, strukturel biologi og andre biologiske videnskaber.
|
|
nmodl
Kodeoprettelsesmotor for NEURON-modelleringssproget
|
Versions of package nmodl |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 0.5-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
trixie | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.0-alpha-llvm |
|
License: DFSG free
|
NMODL Framework er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL).
Er designet med moderne kompiler og kodeoprettelsesteknikker for at:
- tilbyde modulopbyggede værktøjer til at fortolke, analyse og
transformere NMODL
- tilbyde nem Python API på højt niveau
- Oprette optimeret kode for moderne beregningsarkitekturer inklusive
CPU'er, GPU'er
- Fleksibilitet til at implementere nye simulatormotorer
- Understøtte den fulde NMODL-specifikation
|
|
nrn-mod2c
NMODL til C-konverteringsprogram for CoreNEURON
|
Versions of package nrn-mod2c |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.9+git220919-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
upstream | 8.2.2 |
|
License: DFSG free
|
MOD2C er NMODL til C tilpasset for CoreNEURON-simulatoren.
NMOD1 er et beskrivelsessprog til at specificere en model for en fysisk neuron i form af samtidige ikkelineære algebraiske ligninger, differentialligninger eller kinetiske skemaer.
|
|
Official Debian packages with lower relevance
libinterviews-dev
InterViews 3.1 for NEURON-simulatoren
|
Versions of package libinterviews-dev |
Release | Version | Architectures |
sid | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 3.1+git20221204-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
|
License: DFSG free
|
InterViews er et bibliotek for den C++-grafiske brugerflade fra Stanford University og Silicon Graphics med et Motif-udseende.
Bruges af NEURON-simulatoren for forældet brugerfladeunderstøttelse, og bør ikke bruges med ny kode.
|
|
med-bio-dev
Debian Med-pakker til udvikling af bioinformatikprogrammer
|
Versions of package med-bio-dev |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.7 | all |
buster | 3.3 | all |
stretch | 3.0.1 | all |
trixie | 3.8.1 | all |
sid | 3.8.1 | all |
bookworm | 3.8.1 | all |
jessie | 2.0 | all |
Debtags of package med-bio-dev: |
field | biology |
role | metapackage |
suite | debian |
|
License: DFSG free
|
Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige til
udvikling af programmer indenfor biologisk forskning.
|
|
python3-nmodl
Pythonunderstøttelse for sprogmotoren for NEURON-modelopbygning
|
Versions of package python3-nmodl |
Release | Version | Architectures |
sid | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 0.6-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 0.5-1 | amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x |
upstream | 1.0-alpha-llvm |
|
License: DFSG free
|
NMODL-rammen er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL).
Denne pakke indeholder understøttelse for brug af nmodl fra Python.
|
|
siconos
Modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer - afv.værktøj for simulering
|
Versions of package siconos |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 4.3.1+dfsg-2 | all |
bookworm | 4.4.0+dfsg-2 | all |
sid | 4.4.0+dfsg-4 | all |
upstream | 4.5.0 |
|
License: DFSG free
|
Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:
- Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og
Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik,
multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
- Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal
og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter,
faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
- Systemer til glidende tilstand
- Biologi (genregulerende netværk)
Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.
Denne pakke indeholder værktøjet »siconos«, der gør det muligt at kompilere og afvikle Siconos-programmer/skripter via en enkelt kommando.
Please cite:
Vincent Acary and Bernard Brogliato:
The SICONOS Platform
:443-488
(2008)
|
|
siconos-mechanics-tools
Modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer - mekaniske værktøjer
|
Versions of package siconos-mechanics-tools |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.0+dfsg-2 | all |
bullseye | 4.3.1+dfsg-2 | all |
sid | 4.4.0+dfsg-4 | all |
upstream | 4.5.0 |
|
License: DFSG free
|
Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:
- Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og
Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik,
multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
- Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal
og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter,
faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
- Systemer til glidende tilstand
- Biologi (genregulerende netværk)
Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.
Denne pakke indeholder værktøjer til kørsel, analyse, manipulering, eksport og visning af resultatet af mekaniske simuleringer.
Please cite:
Vincent Acary and Bernard Brogliato:
The SICONOS Platform
:443-488
(2008)
|
|
Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS
genesis
general-purpose neural simulator
|
Versions of package genesis |
Release | Version | Architectures |
VCS | 2.3+dfsg-1 | all |
|
License: free
Debian package not available
Version: 2.3+dfsg-1
|
GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to
support the simulation of neural systems ranging from complex models of
single neurons to simulations of large networks made up of more abstract
neuronal components.
GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation
at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA.
Most current GENESIS applications involve realistic simulations of
biological neural systems. Although the software can also model more
abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation
and similar connectionist modeling.
|
|