Debian Science Project
Summary
Biology
Debian Science - biologipakker

Denne metapakke vil installere Debian Science-pakker relateret til biologi. Du er måske også interesseret i debtag field::biology.

Denne metapakke bruger pakkerne med-bio og med-bio-dev (til udvikling af biologiske programmer) som vedligeholdes af Debian Med - en anden Debian Pure Blend). Hvis du er en biolog, så er du hovedsagelig mest interesseret i Debian Med-projektet, som håndterer biologi og medicin i større udstrækning end den mere generelle Debian Science.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for Debian Science to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the Debian Science mailing list

Links to other tasks

Debian Science Biology packages

Official Debian packages with high relevance

bauble
??? missing short description for package bauble :-(
Versions of package bauble
ReleaseVersionArchitectures
jessie0.9.7-2all
stretch0.9.7-2.1all
Debtags of package bauble:
fieldbiology
interfacex11
roleprogram
uitoolkitgtk
useorganizing
x11application
Popcon: 1 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
critterding
Udvikling af kunstig liv
Versions of package critterding
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.0-beta12.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.0-beta12.1+dfsg-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
experimental1.0-beta14+dfsg-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,s390x
buster1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie1.0-beta12.1-1.2amd64,armel,armhf,i386
stretch1.0-beta12.1-1.3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package critterding:
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitsdl
usesimulating
x11application
Popcon: 4 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Critterding er et »petriskål«-univers i 3D, som demonstrerer udvikling af kunstig liv. Dyrene starter med fuldstændig vilkårlig hjerne og krop, men vil automatisk begynde en evolution mod bedre overlevelsesevner.

Screenshots of package critterding
med-bio
Debian Med - pakker for bioinformatik
Versions of package med-bio
ReleaseVersionArchitectures
buster3.3all
bullseye3.7all
sid3.8.1all
trixie3.8.1all
bookworm3.8.1all
jessie2.0all
stretch3.0.1all
Debtags of package med-bio:
fieldbiology
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 3 users (2 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke vil installere Debianpakker til brug indenfor molekylær biologi, strukturel biologi og andre biologiske videnskaber.

Remark of Debian Science team: Maintained by Debian Med Blend

For more information see http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio

nmodl
Kodeoprettelsesmotor for NEURON-modelleringssproget
Versions of package nmodl
ReleaseVersionArchitectures
bookworm0.5-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
trixie0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.0-alpha-llvm
Popcon: 2 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NMODL Framework er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL). Er designet med moderne kompiler og kodeoprettelsesteknikker for at:

  • tilbyde modulopbyggede værktøjer til at fortolke, analyse og transformere NMODL
  • tilbyde nem Python API på højt niveau
  • Oprette optimeret kode for moderne beregningsarkitekturer inklusive CPU'er, GPU'er
  • Fleksibilitet til at implementere nye simulatormotorer
  • Understøtte den fulde NMODL-specifikation
nrn-mod2c
NMODL til C-konverteringsprogram for CoreNEURON
Versions of package nrn-mod2c
ReleaseVersionArchitectures
sid0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.9+git220919-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
upstream8.2.2
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

MOD2C er NMODL til C tilpasset for CoreNEURON-simulatoren.

NMOD1 er et beskrivelsessprog til at specificere en model for en fysisk neuron i form af samtidige ikkelineære algebraiske ligninger, differentialligninger eller kinetiske skemaer.

Official Debian packages with lower relevance

libinterviews-dev
InterViews 3.1 for NEURON-simulatoren
Versions of package libinterviews-dev
ReleaseVersionArchitectures
sid3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm3.1+git20221204-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Popcon: 4 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

InterViews er et bibliotek for den C++-grafiske brugerflade fra Stanford University og Silicon Graphics med et Motif-udseende.

Bruges af NEURON-simulatoren for forældet brugerfladeunderstøttelse, og bør ikke bruges med ny kode.

med-bio-dev
Debian Med-pakker til udvikling af bioinformatikprogrammer
Versions of package med-bio-dev
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.7all
buster3.3all
stretch3.0.1all
trixie3.8.1all
sid3.8.1all
bookworm3.8.1all
jessie2.0all
Debtags of package med-bio-dev:
fieldbiology
rolemetapackage
suitedebian
Popcon: 1 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Denne metapakke vil installere Debianpakker, som kan være nyttige til udvikling af programmer indenfor biologisk forskning.

Remark of Debian Science team: Maintained by Debian Med Blend

For more information see http://debian-med.alioth.debian.org/tasks/bio-dev

python3-nmodl
Pythonunderstøttelse for sprogmotoren for NEURON-modelopbygning
Versions of package python3-nmodl
ReleaseVersionArchitectures
sid0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie0.6-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm0.5-1amd64,arm64,mips64el,ppc64el,s390x
upstream1.0-alpha-llvm
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

NMODL-rammen er en kodeoprettelsesmotor for NEURON MODeling Language (NMODL).

Denne pakke indeholder understøttelse for brug af nmodl fra Python.

siconos
Modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer - afv.værktøj for simulering
Versions of package siconos
ReleaseVersionArchitectures
bullseye4.3.1+dfsg-2all
bookworm4.4.0+dfsg-2all
sid4.4.0+dfsg-4all
upstream4.5.0
Popcon: 0 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

  • Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
  • Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
  • Systemer til glidende tilstand
  • Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjet »siconos«, der gør det muligt at kompilere og afvikle Siconos-programmer/skripter via en enkelt kommando.

Please cite: Vincent Acary and Bernard Brogliato: The SICONOS Platform :443-488 (2008)
siconos-mechanics-tools
Modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer - mekaniske værktøjer
Versions of package siconos-mechanics-tools
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.4.0+dfsg-2all
bullseye4.3.1+dfsg-2all
sid4.4.0+dfsg-4all
upstream4.5.0
Popcon: 0 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

  • Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
  • Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
  • Systemer til glidende tilstand
  • Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjer til kørsel, analyse, manipulering, eksport og visning af resultatet af mekaniske simuleringer.

Please cite: Vincent Acary and Bernard Brogliato: The SICONOS Platform :443-488 (2008)

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

genesis
general-purpose neural simulator
Versions of package genesis
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.3+dfsg-1all
Versions and Archs
License: free
Debian package not available
Git
Version: 2.3+dfsg-1

GENESIS is a general purpose simulation platform which was developed to support the simulation of neural systems ranging from complex models of single neurons to simulations of large networks made up of more abstract neuronal components.

GENESIS has provided the basis for laboratory courses in neural simulation at both Caltech and the Marine Biological Laboratory in Woods Hole, MA. Most current GENESIS applications involve realistic simulations of biological neural systems. Although the software can also model more abstract networks, other simulators are more suitable for backpropagation and similar connectionist modeling.

*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 246355