Debian Med Statistics packages

Il pacchetto bioconductor per analisi dell'espressione differenziale di sequenziamenti di trascrittoma completo (sequenziamento di RNA) e profili digitali di espressione genica con replicazione biologica. Usa stimatori bayesiani empirici e test esatti basati sulla distribuzione binomiale negativa. È anche utile per analisi di segnali differenziali con altri tipi di dati di conteggio a livello di genoma.

I microarray sono piastre microscopiche con filamenti corti di DNA attentamente disposti e/o superfici preparate chimicamente su cui altro DNA si lega in modo preferenziale. La quantità di DNA che si lega in diverse posizioni di questi chip, tipicamente determinata sulla base di un colorante fluorescente, deve essere interpretata. La tecnologia viene tipicamente usata con DNA derivato da RNA, cioè per determinare l'attività di un gene e/o delle sue varianti di splice. La tecnologia però è anche usata per determinare variazioni di sequenza in DNA genomico.

Questo pacchetto Bioconductor gestisce l'analisi di dati microarray di espressione genica, specialmente per l'uso di modelli lineari per l'analisi di esperimenti progettati e la valutazione dell'espressione differenziale. Il pacchetto include funzionalità di pre-elaborazione per array colorati con due colori. I metodi di espressione differenziale si applicano a tutte le piattaforme di array e trattano gli esperimenti Affymetrix, a singolo canale e a due canali in un modo unificato.

Non-parametric bootstrap and permutation resampling-based multiple testing procedures (including empirical Bayes methods) for controlling the family-wise error rate (FWER), generalized family-wise error rate (gFWER), tail probability of the proportion of false positives (TPPFP), and false discovery rate (FDR). Several choices of bootstrap-based null distribution are implemented (centered, centered and scaled, quantile-transformed). Single-step and step-wise methods are available. Tests based on a variety of t- and F-statistics (including t-statistics based on regression parameters from linear and survival models as well as those based on correlation parameters) are included. When probing hypotheses with t-statistics, users may also select a potentially faster null distribution which is multivariate normal with mean zero and variance covariance matrix derived from the vector influence function. Results are reported in terms of adjusted p-values, confidence regions and test statistic cutoffs. The procedures are directly applicable to identifying differentially expressed genes in DNA microarray experiments.

Questo pacchetto prende una lista di valori p ottenuti dai test simultanei di molte ipotesi e stima i loro valori q. Il valore q di un test misura la proporzione di falsi positivi occorsi (chiamato False Discovery Rate) quando quel test particolare è risultato significativo. Vengono generati automaticamente alcuni grafici, che permettono di stabilire valori soglia di significatività ragionevoli. Diversi risultati matematici sono stati mostrati recentemente sull'accuratezza conservativa dei valori q stimati da questo software. Il software può essere applicato a problemi di genomica, immagini del cervello, astrofisica e data mining.

Questo pacchetto per GNU R permette l'analisi di dati ecologici e contiene metodi esploratori ed euclidei per le scienze ambientali.

Permette l'analisi e la visualizzazione grafica di dati multivariati.

Beeswarm è un pacchetto aggiuntivo per l'ambiente statistico R. Il grafico a sciame di api è un grafico di dispersione monodimensionale come "stripchart", ma con punti non sovrapposti strettamente raggruppati.

pvclust è un pacchetto per valutare il grado di incertezza in analisi di cluster gerarchici. Fornisce p-value AU (Approximately Unbiased), oltre a valori BP (probabilità bootstrap) calcolati mediante ricampionamento bootstrap multiscala.

RandomForest implementa l'algoritmo per foresta stocastica di Breiman (basato sul codice Fortran originale di Breiman e Cutler) per la classificazione e regressione. Può anche essere usato in modalità senza supervisione per valutare la prossimità tra punti dei dati.

La tecnica usa alberi decisionali multipli e combina i loro voti individuali.

A set of R functions which provide an environment for the Time-Frequency analysis of 1-D signals (and especially for the wavelet and Gabor transforms of noisy signals). It was originally written for Splus by Rene Carmona, Bruno Torresani, and Wen L. Hwang, first at the University of California at Irvine and then at Princeton University. Credit should also be given to Andrea Wang whose functions on the dyadic wavelet transform are included. Rwave is based on the book: "Practical Time-Frequency Analysis: Gabor and Wavelet Transforms with an Implementation in S", by Rene Carmona, Wen L. Hwang and Bruno Torresani (1998, eBook ISBN:978008053942), Academic Press.

Wrapper di usabilità per snow, per un più facile sviluppo di programmi R paralleli. Questo pacchetto offre, ad esempio, controlli estesi per errori e funzioni aggiuntive. Tutte le funzioni lavorano anche in modo sequenziale, se non è presente un cluster o non è desiderato. Il pacchetto è anche pensato come connessione con lo strumento di gestione di cluster sfCluster, ma può essere usato anche senza di esso.

Basic wavelet routines for time series (1D), image (2D) and array (3D) analysis. The code provided here is based on wavelet methodology developed in Percival and Walden (2000); Gencay, Selcuk and Whitcher (2001); the dual-tree complex wavelet transform (DTCWT) from Kingsbury (1999, 2001) as implemented by Selesnick; and Hilbert wavelet pairs (Selesnick 2001, 2002). All figures in chapters 4-7 of GSW (2001) are reproducible using this package and R code available at the book website(s) below.

Performs 1, 2 and 3D real and complex-valued wavelet transforms, nondecimated transforms, wavelet packet transforms, nondecimated wavelet packet transforms, multiple wavelet transforms, complex-valued wavelet transforms, wavelet shrinkage for various kinds of data, locally stationary wavelet time series, nonstationary multiscale transfer function modeling, density estimation.

Questo metapacchetto fa parte del Debian Pure Blend "Debian Science" e installa pacchetti relativi alla statistica. Questa è un'attività generica che può essere utile per qualsiasi lavoro scientifico. Dipende da moltissimi pacchetti R, oltre che da alcuni altri strumenti che sono utili per fare statistiche. Inoltre è suggerita l'attività Debian Science per la matematica per installare, in modo opzionale, tutto il software relativo alla matematica.

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