Debian Med Statistics packages

Biokonduktor-pakke til differentieret udtryksanalyse af hel transskriptom- sekventering (RNA-seq) og digitale gen-udtryksprofiler med biologisk replikation. Det bruger empirisk Bayes-estimering og præcise test baseret på den negative binomial-fordelingsdistribution. Det er også nyttigt for differentieret signal-analyse med andre typer optællinger af genom-skala.

Mikrotabeller er mikroskopiske plader med omhyggeligt arrangerede korte DNS-striber og/eller kemisk forberedte overflader som DNA binder sig til.

En Bioconductor-pakke for analyse af microarray-data for genudtryk, specielt brugen af lineære modeller for analyse af designede eksperimenter og vurderingen af differentielle udtryk. Pakken inkluderer forbrænderfunktioner for tofarvede spottede tabeller (arrays). De differentielle udtryksmetoder gælder for alle tabelplatforme og opfatter Affymetrix, enkel kanals- og to kanalseksperimenter på en ensartet måde.

Ikke-parameteropsat bootstrap og permutationsresampling-baseret flertestprocedurer (herunder empiriske Bayes-metoder) til kontrol af den familiemæssige fejlrate (FWER), generaliseret familiemæssig fejlrate (gFWER), halesandsynlighed for andelen af ​​falske positive (TPPFP), og falsk opdagelsesrate (FDR). Flere valg af bootstrap-baseret null-distribution implementeres (centreret, centreret og skaleret, kvantil-transformeret). Enkelttrins og trinvise metoder er tilgængelige. Test baseret på en række forskellige t- og F-statistikker (inklusive t-statistikker også baseret på regressionsparametre fra lineære modeller og overlevelsesmodeller som dem, der er baseret på korrelationsparametre) er inkluderet. Ved prøvehypoteser med t-statistik, kan brugerne også vælge en potentielt hurtigere nulfordeling som er multivariat normal med middel nul og varianskovariansmatrix afledt af vektorpåvirkningsfunktionen. Resultater rapporteres i form af justerede p-værdier, konfidensregioner og teststatistiske beskæringer. Procedurerne er direkte gældende for identifikation af differentielt udtrykte gener i DNA-mikrotabeleksperimenter.

Denne pakke anvender en liste med p-værdier fra den samtidige test af mange hypoteser og estimerer deres q-værdier. Q-værdien for en test måler proportionen af falske positive opstået (kalde den falske registreringsrate) når den bestemte test bliver kaldt signifikant. Diverse plot oprettes automatisk, så der kan laves fornuftige signifikansafskæringer. Flere matematiske resultater er blevet vist som havende en konservativ præcision for de estimerede q-værdier fra dette program. Programmet kan anvendes til problemer indenfor genomforskning, hjernebilleder, astrofysik og dataudforskning.

Denne GNU R-pakke giver mulighed for at analysere økologiske data og indeholder udforskning og euklidiske metoder indenfor miljøvidenskab.

Pakken understøtter dataanalyse med flere variabler og grafisk visning.

Beeswarm er en udvidelsespakke for det statistiske miljø R. Bee swarm-plottet er en en-dimensional plotter ligesom »stripchart«, men med tæt pakkede, ikke overlappende punkter.

Pvclust er en pakke for vurdering af usikkerheden i hierarkisk klyngeanalyse. Pakken tilbyder AU (omtrentlig upartisk) p-værdier samt BP-værdier (bootstrap-sandsynlighed) beregnet via flerskaleret bootstrap-resampling.

RandomForest implementerer Breimans vilkårlige forest-algoritme (baseret på Breiman og Cutlers oprindelige Fortrankode) for klassifikation og regression. Programmet kan også bruges i uovervåget tilstand for bedømmelse af ligheder blandt datapunkter.

Teknikken bruger flere beslutningstræer og kombinerer deres individuelle stemmer.

Et sæt af R-funktioner der tilbyder et miljø for tidsfrekvensanalyse af 1-D signaler (og specielt for wavelet- og Gabor-transformeringer af støjende signaler). Blev oprindelig skrevet for Splus af Rene Carmona, Bruno Torresani og Wen L. Hwang, først på Californias Universitet i Irvine og senere på Princetons Universitet. Tak gives til Andrea Wang hvis funktioner på den dyadiske wavelet-transformering er inkluderet. Rwave er baseret på bogen: »Practical Time-Frequency Analysis: Gabor and Wavelet Transforms with an Implementation in S« af Rene Carmona, Wen L. Hwang og Bruno Torresani (1998, eBook ISBN:978008053942), Academic Press.

Nyttigt omslag omkring snow for nemmere udvikling af parallelle R-programmer. Denne pakke tilbyder f.eks. udvidede fejlkontroller og yderligere funktioner. Alle funktioner fungerer, også, i sekventiel tilstand, hvis ingen klynge er til stede eller ønsket. Pakken er også designet som forbindelse til klyngehåndteringsværktøjet sfCluster, men kan også bruges uden denne.

Grundlæggende wavelet-rutiner for tidsserier (1D), billede (2D) og tabelanalyse (3D). Koden tilbudt her er baseret på wavelet-metoden udviklet i Percival og Walden (2000); Gencay, Selcuk og Whitcher (2001); dual-træ kompleks wavelet transform (DTCWT) fra Kingsbury (1999, 2001) som implementeret af Selesnick; og Hilbert wavelet-par (Selesnick 2001, 2002). Alle figurer i afsnittene 4-7 af GSW (2001) kan genskabes ved at bruge denne pakke og R-kode tilgængelig på boginternetsiderne.

Udfører 1, 2 og 3D reel og kompleks-værdisat wavelet-transformeringer, uudslettede transformeringer, wavelet-pakketransformeringer, uudslettede wavelet-pakketransformeringer, flere wavelet-transformeringer, kompleks-værdisat wavelet-transformeringer, wavelet-formindskelse for diverse slags data, lokalt stationære wavelet-tidsserier, ikkestationære flerskala overførselsfunktionsmodellering, estimering af tæthed.

Denne metapakke er en del af Debians Pure Blend »Debian Science« og installerer pakker relateret til statistik. Denne opgave er en generel opgave, som kan være nyttig for videnskabelig arbejde. Den afhænger af en masse R-pakker samt andre værktøjer, som er nyttige til at udføre statistik. Derudover foreslås Videnskabelig matematik-opgaven som valgfri installation af alle matematikrelaterede programmer.

RStudio is an integrated development environment (IDE) for R. It includes a console, syntax-highlighting editor that supports direct code execution, as well as tools for plotting, history, debugging and workspace management.