Debian Med Statistics packages

Il s’agit d’un paquet de Bioconductor pour l’analyse différentielle des expressions de tout le séquençage du transcriptome (RNA-seq) et des profils numériques d’expressions de gène avec réplication biologique. Il utilise l’estimation empirique de Bayes et des tests exacts basés sur la loi binomiale négative. Il est aussi utile pour l’analyse différentielle de signaux avec d’autres types de données de dénombrement à l’échelle du génome.

Les biopuces (puces à gènes) sont des plaques microscopiques de brins de courtes séquences d’ADN soigneusement arrangées ou des surfaces préparées chimiquement auxquelles d’autres ADN se lient de préférence. Le montant des liaisons d’ADN dans des emplacements différents de ces puces, déterminé classiquement par un colorant fluorescent, est à déterminer. La technologie est utilisée habituellement avec de l’ADN dérivant d’ARN, c'est-à-dire pour déterminer l’activité d’un gène ou des variantes d’épissage. Mais la technologie est aussi utilisée pour déterminer les variations de séquence dans l’ADN génomique.

Le paquet Bioconductor prend en charge l’analyse de données d’expression de biopuces (microarray), particulièrement l’utilisation de modèles linéaires pour l’analyse d’expériences imaginées et l’évaluation d’expression différentielle. Le paquet fournit des possibilités de pré- traitement pour les puces décolorées en deux couleurs. Les méthodes d’expression différentielle s’appliquent à toutes les plateformes de puce et traitent les expérimentations simple canal et double canaux d’Affymetrix, de manière unifiée.

Ce paquet concerne les procédures de bootstrap non paramétrique et de tests de permutation multiple basé sur le ré-échantillonnage (incluant les méthodes empiriques de Bayes) pour contrôler le taux d’erreur FEWR (family-wise error rate), celui gFWER (generalized family-wise error rate), la probabilité TPPFP (probabilité de queue de proportion de faux positifs), le FDR (taux de fausses découvertes). Plusieurs choix de distributions à hypothèse nulle basées sur bootstrap sont implémentés (centré, centré et échelonné, transformé en quantile). Les méthodes par simple pas ou pas à pas sont disponibles. Des tests basés sur une variété de t- et F-statistics (incluant t-statistics basé sur des paramètres de corrélation) sont fournis. Lors de l’examen d’hypothèses avec t-statistics, l’utilisateur peut aussi choisir une distribution « nulle » potentiellement plus rapide qui est normale multivariée avec moyenne zéro et une matrice variance covariance dérivée de la fonction d’influence de vecteur. Les résultats sont rapportés sous forme de valeurs-p ajustées, de régions de confiance et de seuils de statistiques de test. Les procédures sont directement applicables pour identifier de manière différentielle les gènes exprimés dans des expériences de puce à ADN.

Ce paquet prend une liste de valeurs-p résultant du test simultané de plusieurs hypothèses et calcule leurs valeurs-q. La valeur-q d’un test mesure la proportion de faux positifs (appelé false discovery rate — taux de fausses découvertes) occasionnée quand un test particulier est dit significatif. Divers tracés sont automatiquement générés, permettant de dégager des niveaux de seuil pertinents. Plusieurs résultats mathématiques ont récemment montré la précision conservative des valeurs-q estimées à partir de ce logiciel. Ce logiciel peut être utilisé pour des problèmes de génomique, d’imagerie cérébrale, d’astrophysique ou d’exploration de données.

This GNU R package allows analysis of ecological data and contains exploratory and euclidean methods in environmental sciences.

It supports multivariate data analysis and graphical display.

Beeswarm est un paquet d’extension pour R, l’environnement de statistiques. Le tracé « bee swarm » est un tracé en nuage de points à une dimension ressemblant au tracé « stripchart », mais plus étroitement groupé, sans chevauchement de points.

pvclust est un paquet pour évaluer l'incertitude d'une analyse d'un regroupement hiérarchique. Il offre des valeurs-p AU (approximativement non-biaisées) ainsi que des valeurs BP (probabilité du boostrap) calculées par de rééchantillonnage de bootstrap multi-échelle.

RandomForest met en œuvre l’algorithme des forêts d'arbres décisionnels (ou forêts aléatoires) de Breiman (en se basant sur le code original écrit en Fortran de Breiman et Cutler) pour la classification et la régression. Il peut être aussi utilisé dans le mode non surveillé (unsupervised) pour l’évaluation des proximités entre les points de données.

La technique utilise plusieurs arbres de décision et combine leurs votes individuels.

Il s’agit d’un ensemble de fonctions de R fournissant un environnement pour l’analyse temps-fréquence de signaux en 1D (et spécialement pour les transformées en ondelettes et de Gabor pour des signaux bruités). Il a été à l’origine écrit pour Splus par René Carmona, Bruno Torresani et Wen L. Hwang, au départ à l'université de Californie à Irvine et ensuite à l’université de Princeton. Doit aussi être crédité Andrea Wang dont les fonctions de transformée en ondelettes dyadique sont incluses. Rwave est basé sur le livre « Practical Time-Frequency Analysis : Gabor and Wavelet Transforms with an Implementation in S » de René Carmona, Wen L. Hwang et Bruno Torresani (1998, eBook ISBN : 978008053942), Academic Press.

Usability wrapper around snow for easier development of parallel R programs. This package offers e.g. extended error checks, and additional functions. All functions work in sequential mode, too, if no cluster is present or wished. Package is also designed as connector to the cluster management tool sfCluster, but can also used without it.

Basic wavelet routines for time series (1D), image (2D) and array (3D) analysis. The code provided here is based on wavelet methodology developed in Percival and Walden (2000); Gencay, Selcuk and Whitcher (2001); the dual-tree complex wavelet transform (DTCWT) from Kingsbury (1999, 2001) as implemented by Selesnick; and Hilbert wavelet pairs (Selesnick 2001, 2002). All figures in chapters 4-7 of GSW (2001) are reproducible using this package and R code available at the book website(s) below.

Performs 1, 2 and 3D real and complex-valued wavelet transforms, nondecimated transforms, wavelet packet transforms, nondecimated wavelet packet transforms, multiple wavelet transforms, complex-valued wavelet transforms, wavelet shrinkage for various kinds of data, locally stationary wavelet time series, nonstationary multiscale transfer function modeling, density estimation.

Ce paquet fait partie du mélange exclusif « Debian Science » et installe les paquets concernant les statistiques. Cette tâche est une tâche générale pouvant être utile pour n’importe quels travaux scientifiques. Elle dépend de beaucoup de paquets R ainsi que d’autres outils utiles pour faire des statistiques. De plus la tâche « Science Mathematics » est suggérée pour installer facultativement tous les logiciels relatifs aux mathématiques.

RStudio is an integrated development environment (IDE) for R. It includes a console, syntax-highlighting editor that supports direct code execution, as well as tools for plotting, history, debugging and workspace management.