Debian Med Imaging packages

AMIDE: (Amide's a Medical Imaging Data Examiner). AMIDE è uno strumento per visualizzare e analizzare insiemi di dati di immagini medicali. Tra le sue funzionalità sono incluse: la gestione simultanea di insiemi di dati multipli importati da diversi formati di file, la fusione di immagini, il disegno e l'analisi di regioni 3D di interesse, la resa dei volumi e l'allineamento di corpi rigidi.

Amide importa la maggior parte dei file DICOM clinici (usando la libreria DCMTK).

Advanced Normalization Tools (ANTS) è una suite basata su ITK di strumenti di normalizzazione, segmentazione e costruzione di modelli per l'analisi morfometrica quantitativa. Molti degli strumenti di registrazione in ANTS sono diffeomorfi, ma sono disponibili trasformazioni di deformazione (elastica e BSpline). Tra le caratteristiche uniche di ANTS: metriche di somiglianza multivariata, guida al landmark, possibilità di usare immagini etichetta per guidare la mappatura, implementazioni dei diffeomorfismi sia greedy sia ottimali in spazio-tempo. La strategia di normalizzazione simmetrica (SyN) fa parte di ANTS in quanto Diretta Manipolazione di Forme libere (Free) di Deformazione (DMFFD).

Questo pacchetto fornisce la configurazione di moduli di ambiente. Usare "module load ants" per rendere tutti gli strumenti a riga di comando disponibili nella propria shell.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging). Consiste di una libreria di programmazione e di un toolbox di programmi a riga di comando. La libreria fornisce operazioni comuni su array multidimensionali, trasformazioni di Fourier e wavelet, e anche implementazioni generiche di algoritmi di ottimizzazione iterativa. Gli strumenti a riga di comando forniscono accesso diretto alle operazioni di base su array multidimensionali e anche implementazioni efficienti di molti algoritmi di ricostruzione e calibrazione per acquisizione parallela, compressed sensing e apprendimento macchina.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) è un'infrastruttura libera e open source per la ricostruzione di immagini di risonanza magnetica computazionale (Computational Magnetic Resonance Imaging).

Questo pacchetto fornisce un visualizzatore di immagini come componente opzionale dell'infrastruttura BART. Il visualizzatore è progettato per dati multidimensionali a valori complessi.

Questo pacchetto, basato sulla libreria BioSig, fornisce strumenti a riga di comando, come:

• save2gdf: converte tra diversi formati di file inclusi, ma non limitati a, SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB;
• biosig2gdf: converte file di dati biosig in GDF, per semplificare l'analisi e il caricamento da parte di linguaggi di scripting (es. loadgdf.{py,r});
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: diversi strumenti di conversione basati su save2gdf;
• biosig_fhir: impacchetta dati biosignal in file modello HL7/FHIR binari;
• physicalunits: convertitore per codifica e decodifica di unità di misura fisiche secondo la ISO 11073-10101.

CamiTK aiuta i ricercatori e i clinici a collaborare semplicemente e velocemente allo scopo di creare prototipi di applicazioni CAMI che hanno immagini medicali, navigazione chirurgica e simulazioni biomediche.

camitk-imp è l'applicazione workbench di CamiTK con cui si possono provare tutte le estensioni disponibili per fare prototipazione. Fornisce un accesso facile e interattivo a tutti i dati disponibili e tutti i parametri degli algoritmi, inclusi quelli che sono creati dall'utente usando l'SDK CamiTK.

camitk-imp può, ad esempio, visualizzare immagini medicali da moltissimi diversi formati (standard), offre algoritmi di elaborazione e segmentazione di immagini per ricostruire una geometria a griglie ed eseguire una simulazione biomeccanica.

DICOM è uno standard per la memorizzazione, annotazione e condivisione di immagini. È ampiamente usato in ambito medico. Il software Centrale Test Node (CTN) è un'implementazione di tale standard.

Questo pacchetto comprende il file binario e i file di configurazione di CTN.

CTSim è un simulatore interattivo di tomografia assiale computerizzata. Questa è una tecnica che stima l'interno degli oggetti mediante la misura dell'assorbimento dei raggi X che li attraversano.

Sono disponibili sia un'interfaccia grafica che strumenti da riga di comando. CTSim presenta delle modalità estremamente educative sia per vedere la simulazione della raccolta dati, che per la ricostruzione.

dcm2niix è il successore di dcm2nii, un popolare strumento per la conversione di immagini dai complicati formati utilizzati dai produttori di scanner (DICOM, PAR/REC) al più semplice formato NIfTI utilizzato da molti strumenti scientifici. Funziona per tutte le modalità (CT, MRI, PET, SPECT) e i tipi di sequenza.

DCMTK è una raccolta di librerie e applicazioni per esaminare, costruire e convertire file immagine DICOM, maneggiare supporti offline, inviare e ricevere immagini tramite connessione di rete, così come esempi di server per archiviazione di immagini e worklist.

Questo pacchetto contiene le applicazioni di utilità di DCMTK.

Nota: questa versione è stata compilata con il supporto per libssl.

Utilità a riga di comando per creare, modificare, fare il dump e convalidare file di attributi DICOM. Supporta la conversione di alcuni formati per immagini medicali proprietari in DICOM. Può gestire dati nel vecchio formato ACR/NEMA e alcune versioni proprietarie di esso come SPI.

DICOMscope è un visualizzatore DICOM libero che può mostrare immagini DICOM non compresse, monocrome da tutte le modalità e che gestisce la calibrazione del monitor in accordo a DICOM parte 14 oltre agli stati di presentazione.

DICOMscope offre un client per stampa (DICOM Basic Grayscale Print Management) che implementa anche la classe opzionale Presentation LUT SOP.

Lo sviluppo di questo prototipo è stato commissionato dal "Committee for the Advancement of DICOM" e dimostrato all'European Congress of Radiology ECR 1999. Una versione migliorata è stata sviluppata per la "DICOM Display Consistency Demonstration" al RSNA InfoRAD 1999.

Il rilascio attuale è stato dimostrato all'ECR 2001 e contiene numerose estensioni, incluso un server di stampa, la gestione di comunicazioni DICOM cifrate, firme digitali e rapporti strutturati.

GDF (General Dataformat for Biosignals, formato di dati generico per biosegnali) è pensato per fornire un'archiviazione generica per segnali biologici come EEG, ECG, MEG, ecc.

Questo pacchetto fornisce lo strumento incluso con la libreria (gdf_merger).

Ginkgo CADx fornisce una soluzione completa per visualizzatore DICOM con capacità avanzate e gestione di estensioni.

• Interfaccia facile e personalizzabile attraverso profili.
• Visualizzazione completa di immagini DICOM.
• Insieme completo di strumenti (misuratori, marcatori, testo, ...).
• Gestione di più modalità (neurologica, radiologica, dermatologica, oftalmologica, ultrasuoni, endoscopia, ...).
• Gestione della trasformazione in DICOM di JPEG, PNG, GIF e TIFF.
• Gestione dell'integrazione EMH completa: flussi di lavoro standard HL7 e conformi con IHE.
• Workstation PACS (C-FIND, C-MOVE, C-STORE, ...).
• Estensibile tramite estensioni personalizzate:
• composizione di mosaici di immagini retinali;
• diagnostica automatica di analisi retinali;
• diagnostica automatica di psoriasi.

Gwyddion è un programma modulare per la visualizzazione e l'analisi di dati ottenuti con microscopia a sonda a scansione (SPM, Scanning Probe Microscopy). È principalmente pensato per l'analisi di dati nel campo dell'altezza ottenuti con tecniche di microscopia quali:

• microscopia a forza atomica (AFM);
• microscopia a forza magnetica (MFM);
• microscopia a scansione per effetto tunnel (STM);
• microscopia ottica a scansione in campo prossimo (SNOM o NSOM) e altri. Tuttavia può essere usato per analisi di immagini e campi altezza arbitrari.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale ed i suoi moduli. Contiene anche un creatore di miniature per GNOME, e Xfce, che crea anteprime per tutti i tipi di file gestiti da Gwyddion.

This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and naming schemes through customizable heuristics implementations. It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory. It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c prov format.

Può visualizzare, modificare, analizzare, processare, salvare e stampare immagini a 8, 16 e 32 bit. Può leggere molti formati immagine inclusi TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e "raw". Gestisce "stack": una serie di immagini che condividono un'unica finestra.

Può calcolare statistiche su valori di area e pixel di selezioni definite dall'utente. Può misurare distanze ed angoli. Può creare istogrammi di densità e grafici con linee di contorno. Gestisce le funzioni standard di elaborazione delle immagini come manipolazione del contrasto, sharpening, sfumatura, rilevamento dei bordi e filtri mediani.

La calibrazione spaziale è disponibile per fornire misure dimensionali nel mondo reale in unità quali i millimetri. È anche disponibile la calibrazione della densità o della scala di grigi.

ImageJ è sviluppato da Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov) al Research Services Branch del National Institute of Mental Health di Bethesda nel Maryland, USA.

ImageVis3D è un'applicazione per il rendering volumetrico progettata specificamente per grandi quantità di dati. Questo è ottenuto suddividendo l'insieme dei dati in più LoD (levels of detail, livelli di dettaglio), con ogni livello a sua volta scomposto in più blocchetti (primitive di rendering atomiche). Le interazioni avvengono sul LoD più grezzo, di cui può essere fatto il rendering istantaneamente su quasi tutti i sistemi moderni. Dopo un ritardo configurabile, ImageVis3D farà successivamente il rendering di livelli di dettaglio più precisi, fino a che i dati saranno visibili alla loro risoluzione nativa.

Lo sviluppo di ImageVis3D è sponsorizzato dal NIH/NCRR Center for Integrative Biomedical Computing (CIBC) e dal DOE Visualization And Analytics Center for Enabling Technologies (VACET).

InVesalius genera ricostruzioni 3D per immagini medicali basate su una sequenza di file 2D DICOM acquisiti con apparecchiature TC o RM. InVesalius è internazionalizzato (attualmente disponibile in inglese, portoghese, francese, spagnolo, turco, italiano, ceco, giapponese, catalano, coreano, romeno e tedesco) e fornisce diversi strumenti:

• compatibilità DICOM che include: (a) ACR-NEMA versione 1 e 2; (b) DICOM versione 3.0 (incluse varie codifiche di JPEG, senza perdita e con perdita, RLE),
• funzionalità di manipolazione immagini (zoom, panoramica, rotazione, luminosità/contrasto, ecc.),
• segmentazione basata su fette 2D,
• gamme di soglie predefinite secondo il tessuto di interesse,
• segmentazione basata su spartiacque,
• segmentazioni di regioni crescenti,
• strumenti di modifica (simili a Paint Brush) basati su fette 2D,
• segmentazione semi-automatica basata su Watershed,
• creazione di superfici 3D,
• strumenti di connessione di superfici 3D,
• esportazione di superfici 3D (include: STL binario, OBJ, VRML, Inventor),
• proiezione di rendering volumetrico di alta qualità,
• preimpostazioni predefinite per il rendering volumetrico,
• piano di taglio del rendering volumetrico,
• esportazione di immagini (incluse: BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray),
• visualizzazioni di proiezioni di intensità minima, massima o media, Maximum Intensity Difference Accumulation e basate sui contorni.

Il formato ISMRMRD combina una miscela di strutture dati flessibili (intestazioni XML) e strutture fisse (equivalenti alle struct del C) per rappresentare dati MRI.

Inoltre, il formato ISMRMRD specifica anche un'intestazione per le immagini per memorizzare le immagini ricostruite e la libreria C++ di accompagnamento fornisce un modo comodo per scrivere tali immagini in file HDF5 insieme ad array generici per memorizzare strutture dati definite meno bene, es. mappe di sensibilità degli avvolgimenti o altri dati di calibrazione.

Questo pacchetto fornisce gli strumenti a riga di comando.

SNAP fornisce la segmentazione semiautomatica di strutture in immagini medicali (es. immagini di risonanza magnetica del cervello) usando metodi di contorno attivo e delineazione manuale e navigazione di immagini. Funzionalità notevoli sono:

• cursore collegato per navigazione 3D senza interruzioni;
• segmentazione manuale in 3 piani ortogonali contemporaneamente;
• gestione di molti formati differenti di immagini 3D, incluso NIfTI;
• gestione di visualizzazioni collegate concorrenti e segmentazione di immagini multiple;
• gestione limitata di immagini a colori (es. mappe di tensori di diffusione);
• strumento di taglio di piani 3D per post-elaborazione veloce dei risultati della segmentazione.

KiNG (Kinemage, Next Generation) è un sistema interattivo per grafica vettoriale tridimensionale. Gestisce un insieme di primitive grafiche che lo rendono adatto per molti tipi di grafi, disegni e altre illustrazioni, anche se il suo uso primario era la visualizzazione di strutture macromolecolari per la ricerca biofisica. KiNG si basa su Mage, JavaMage e il concetto "kinemage" (immagine cinetica) per fornire un'applicazione Java completa con un'interfaccia utente facile da usare e funzionalità di modifica integrate. Il file jar di KiNG può essere usato in una pagina web come applet Java oppure oggetto Java per promuovere un facile accesso alle "kinemage" o ai file di coordinate da un browser web.

Grassroots DiCoM è una libreria C++ per file medicali DICOM. È inglobata automaticamente in Python/C#/Java (tramite swig). Gestisce RAW, JPEG (con e senza perdita di dati), J2K, JPEG-LS, RLE e deflated.

Installare questo pacchetto per i programmi: gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv, gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf, gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml.

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate. È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.

Questo è lo strumento a riga di comando per l'elaborazione di massa.

Strumenti a riga di comando per eseguire compiti generici di elaborazione di immagini in scala di grigi a 2D e 3D, e operazioni basilari su reticoli triangolari. Gli algoritmi di elaborazione di immagine gestiti sono: filtraggi di immagine, combinazione, registrazione di immagine, compensazione del movimento per serie di immagini e la stima di diverse statistiche relative alle immagini. Questo pacchetto contiene anche le interfacce nipype per tali strumenti a riga di comando.

Il programma visualizzatore di MIA per la visualizzazione di insiemi di dati 3D. Le interfacce e i tipi di dati gestiti si concentrano sui risultati che possono essere ottenuti eseguendo programmi dal pacchetto mia-tools.

Questo strumento fornisce un semplice strumento per rendering 3D che può visualizzare superfici direttamente a partire da volumi 3D e può essere usato per impostare punti di riferimento 3D. È particolarmente adatto per insiemi di dati di tomografia computerizzata.

Questo pacchetto contiene strumenti per manipolare file MINC.

Il formato di file Minc è un formato per immagini medicali altamente flessibile costruito sulla base del formato dati generalizzato NetCDF. Il formato è semplice, auto-descrittivo, estensibile, portabile e a N dimensioni, con interfacce di programmazione sia per accesso di basso livello ai dati, sia per manipolazione di volumi ad alto livello. Sopra alle librerie è costruita una suite di strumenti generici per la manipolazione di file immagine. Il formato, le librerie e gli strumenti sono pensati per l'uso in ambienti di ricerca sulle immagini medicali: sono semplici e potenti e non cercano in alcun modo di fornire una bella interfaccia per gli utenti.

Questo è uno strumento di visualizzazione e analisi basato su GUI per immagini di risonanza magnetica (funzionale). MRIcron può essere usato per creare rendering 2D o 3D di mappe statistiche sovrapposte su immagini dell'anatomia del cervello. Inoltre aiuta a disegnare le ROI (regions-of-interest) anatomiche o la mappatura delle lesioni, e l'analisi di base delle serie temporali funzionali (es. creando grafici dei cambiamenti di segnali peristimolo).

Oltre a "mricron", questo pacchetto fornisce anche "dcm2nii", che gestisce la conversione di immagini DICOM e PAR/REC nel formato NIfTI, e "npm", per l'analisi di dati non parametrici.

Insieme di strumenti per effettuare trattografia MRI pesata in diffusione della materia bianca del cervello in presenza di fibre incrociate usando CSD (Constrained Spherical Deconvolution) e un algoritmo streamline probabilistico. Sono gestite le immagini di risonanza magnetica nei formati DICOM, ANALYZE o NIfTI non compresso.

Niftilib è un insieme di librerie di I/O per la lettura e la scrittura di file dati nel formato NIfTI-1. NIfTI-1 è un formato binario per l'archiviazione di immagini mediche, tipo risonanza magnetica (RMN) o immagini cerebrali da RMN funzionale (fRMN).

Questo pacchetto comprende gli strumenti forniti con la libreria (nifti_tool, nifti_stats e nifti1_test).

Odil sfrutta i costrutti C++ per fornire un'API facile da usare per le diverse parti dello standard DICOM. In Odil sono inclusi: gestione di errori basata su eccezioni, accesso generico a elementi di insiemi di dati, rappresentazione standard JSON e XML di insiemi di dati, implementazione generica di messaggi, client e server per i vari protocolli DICOM.

Questo pacchetto contiene l'applicazione a riga di comando.

ODIN è un'infrastruttura per immagini da risonanza magnetica (MRI). Copre l'intera catena di strumenti di MRI, dall'acquisizione di dati a basso livello alla ricostruzione dell'immagine. In particolare, ha l'obiettivo di una rapida prototipazione di sequenze MRI. Le sequenze possono essere programmate usando un'interfaccia di programmazione C++, orientata agli oggetti, di alto livello. Fornisce strumenti avanzati di analisi delle sequenze, come il disegno interattivo di traiettorie nello spazio k, un'interfaccia utente per un ciclo compilazione-link-test veloce e un potente simulatore di MRI che gestisce differenti campioni virtuali. Per una ricostruzione dell'immagine veloce e flessibile, ODIN contiene un'infrastruttura di elaborazione dati molto personalizzabile e multi-thread.

OpenSlide è una libreria C che fornisce una semplice interfaccia per leggere immagini whole-slide, anche conosciute come slide virtuali.

Le immagini whole-slide, conosciute anche come slide virtuali, occupano molto spazio, sono immagini ad alta risoluzione usate in patologia digitale. Leggere queste immagini tramite strumenti o librerie per immagini standard è problematico, poiché questi strumenti sono tipicamente progettati per immagini che possono essere comodamente decompresse in RAM o in un file swap. Le immagini whole-slide di norma eccedono la dimensione della RAM, occupando spesso decine di gigabyte quando sono decompresse. In aggiunta, le immagini whole-slide sono tipicamente a multi-risoluzione e solo una piccola quantità di dati delle immagini può essere necessaria ad una determinata risoluzione.

Questa libreria attualmente gestisce:

• Aperio (.svs, .tif),
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi),
• Leica (.scn),
• MIRAX (.mrxs),
• Sakura (.svslide),
• Trestle (.tif),
• TIFF generiche affiancate (.tif).

Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando per la manipolazione di file.

Orthanc mira a fornire un server DICOM, semplice ma potente per le immagini medicali. Orthanc può trasformare qualsiasi computer con in esecuzione Windows o Linux in un archivio indipendente dal produttore (VNA) (in altre parole un sistema mini-PACS). La sua architettura è leggera e ciò significa che non è necessaria alcuna amministrazione di database complessa, né l'installazione di dipendenze di terze parti.

Ciò che rende unico Orthanc è il fatto che fornisce un'API RESTful. Grazie a questa fondamentale funzionalità, è possibile pilotare Orthanc da qualsiasi linguaggio per computer. Le etichette DICOM delle immagini medicali memorizzate possono essere scaricate in formato di file JSON. Inoltre Orthanc può generare al volo immagini PNG standard a partire da istanze DICOM.

Orthanc permette ai propri utenti di concentrarsi sul contenuto dei file DICOM, nascondendo la complessità del formato DICOM e del protocollo DICOM.

Orthanc-WSI brings support of whole-slide imaging for digital pathology into Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging.

This package contains two command-line tools to convert whole-slide images to and from DICOM. Support for proprietary file formats is available through OpenSlide. The package also contains an Orthanc plugin to display such DICOM images by any standard Web browser. The implementation follows DICOM Supplement 145.

Questo è un toolkit DICOM autonomo che implementa il codice per leggere e creare dati DICOM, la rete e la gestione di file DICOM, un database di oggetti DICOM, la gestione per la visualizzazione di cartelle, immagini, rapporti e spettri, e la validazione di oggetti DICOM.

Fornisce applicazioni a riga di comando per usare pixelmed.

Plastimatch è un software open source per registratura di immagini deformabili. È progettato per registrature volumetriche ad alte prestazioni di immagini medicali, come tomografie computerizzate (CT) ai raggi X, tomografie a risonanza magnetica (MRI) e tomografie a emissione di positroni (PET). Le caratteristiche del software includono:

• metodo B-spline per la registratura deformabile di immagini (con accelerazione GPU e multiprocessore), inclusa la gestione di maschere per le immagini, penalità per punti di confine e regolarizzazione;
• metodo Demons per la registratura deformabile di immagini (con accelerazione GPU);
• segmentazione multi-atlante;
• algoritmi basati su ITK per registratura a traslazione, rigide, affini, diversi metodi demons e B-spline;
• infrastruttura di registratura con pipe, multi-stadio con conversione perfetta tra la maggior parte degli algoritmi e i tipi di trasformazione;
• registratura deformabile basata su punti di confine usando spline thin-plate per la registratura globale;
• registratura deformabile basata su punti di confine usando funzioni a base radiale per correzioni locali;
• ampia gestione di formati di file per immagini 3D (usando ITK) inclusi DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage e Analyze;

• toolchain esaustiva per la ricerca radioterapica, inclusa la gestione per i formati di file DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO, XiO, l'analisi della gamma, la manipolazione dei contorni, l'analisi della sovrapposizione dei contorni e l'analisi vettoriale dei campi. Plastimatch ha anche due utili strumenti che non sono direttamente correlati con la registratura di immagini:

• ricostruzione di CT con fascio a cono FDK (con accelerazione GPU e multiprocessore);

• generazione di radiografie ricostruite digitalmente (DRR) (con accelerazione GPU e multiprocessore).

DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

• Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
• Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
• Native linear and nonlinear registration of images
• Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
• Tractography segmentation and clustering
• Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
• Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
• Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

NiBabel fornisce accesso in lettura e scrittura ad alcuni formati di file comuni per neuroimmagini e file medicali, inclusi: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, così come PAR/REC. Le varie classi per formato per immagini danno accesso pieno o selettivo alle informazioni delle intestazioni (metainformazioni) e l'accesso ai dati dell'immagine è reso disponibile attraverso matrici NumPy. NiBabel è il successore di PyNIfTI.

NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and functional neuroimaging data. It provides functionality for

• General linear model (GLM) statistical analysis
• Combined slice time correction and motion correction
• General image registration routines with flexible cost functions, optimizers and re-sampling schemes
• Image segmentation
• Basic visualization of results in 2D and 3D
• Basic time series diagnostics
• Clustering and activation pattern analysis across subjects
• Reproducibility analysis for group studies

Nipype interfaccia Python con altri pacchetti per neuroimmagini e crea un'API per specificare una completa catena di elaborazione dati per analisi in Python. Attualmente ha interfacce per SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, ma potrebbe essere estesa ad altri pacchetti (come lipsia).

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

pydicom è un modulo in Python puro per l'analisi di file DICOM. DICOM è uno standard (http://medical.nema.org) per comunicare le immagini medicali e le informazioni relative, come rapporti e oggetti di radioterapia.

pydicom rende facile la lettura di file DICOM in naturali strutture pythoniche per una facile manipolazione. Gli insiemi di dati modificati posso essere nuovamente scritti su file in formato DICOM.

Questo pacchetto installa il modulo per Python 3.

pyxid è una libreria Python per interfacciarsi con i dispositivi XID (eXperiment Interface Device) e StimTracker di Cedrus. I dispositivi XID sono utilizzati in software come SuperLab, Presentation ed ePrime per ricevere input come parte di esperimenti di test con stimoli/risposte.

pyxid gestisce tutta la parte a basso livello del dispositivo per i dispositivi XID nei progetti Python.

This is a Python3 package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

Applicazione facile da usare per calibrare telecamere mono e stereo.

SightCalibrator può prendere come input immagini, file video o qualsiasi dispositivo telecamera supportato. Rileva la presenza di scacchiere in immagini. I parametri della scacchiera possono essere personalizzati. Immagini singole possono poi essere contrassegnate per essere utilizzate nel calcolo della calibrazione. Da ultimo, i parametri intrinseci ed estrinseci possono essere esportati in formato OpenCV, Yaml o XML.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Reconstructions can also be imported from DICOM segmentations or VTK supported formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, SightViewer can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

SigViewer è un software di visualizzazione e valutazione per dati di segnali biomedici. Si basa sulla libreria biosig4c++ che gestisce svariati formati di dati (inclusi EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). L'elenco completo dei formati di file gestiti è disponibile su: http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Oltre a visualizzare i segnali biologici, SigViewer permette la creazione di annotazioni per selezionare artefatti o eventi specifici.

SOFA è un'infrastruttura Open Source mirata principalmente alla simulazione in tempo reale, in particolare alla simulazione medica. È rivolta soprattutto alla comunità della ricerca per aiutare nello sviluppo di nuovi algoritmi, ma può anche essere usata come efficiente strumento per costruire prototipi.

Questo pacchetto contiene l'applicazione principale di SOFA.

Teem è un gruppo coordinato di librerie per rappresentare, elaborare e visualizzare dati scientifici raster. Teem comprende strumenti a riga di comando che permettono di applicare velocemente le funzioni della libreria a file e flussi, senza dover scrivere codice. Le librerie più importanti e utili in Teem sono:

• Nrrd (e lo strumento a riga di comando unu che ne fa uso) gestisce una gamma di operazioni per trasformare dati raster a N dimensioni (ricampionamento, ritaglio, estrazione, proiezione, istogramma, ecc.), così come il formato di file NRRD per memorizzare array e le loro meta-informazioni;
• Gage: veloci misurazioni basate su convoluzione in posizioni di punti arbitrari in insiemi di dati di volume (scalare, vettore, tensore, ecc.);
• Mite: uno strumento di rendering ray-casting multi-thread con funzioni di trasferimento basate su qualsiasi quantità misurabile da Gage;
• Ten: per stima, elaborazione e visualizzazione di campi tensoriali di diffusione, compresi metodi di trattografia di fibre.

Questo pacchetto contiene alcuni semplici strumenti a riga di comando che forniscono accesso veloce e facile alle funzionalità nelle varie librerie.

Le immagini e i metadati possono essere letti da file TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ e GEL.

È gestito solo un sottoinsieme della specifica TIFF, per lo più immagini in scala di grigi e RGB(A) senza compressione e con compressione senza perdita di dati con interi a 2**(da 0 a 6) bit e 16, 32, 64 bit in virgola mobile, che sono comunemente usate nelle immagini bio-scientifiche. Nello specifico, non è gestita la lettura di dati immagine JPEG/TIFF compressi o di metadati EXIF/IPTC/GPS/XMP. Solo i record delle informazioni primarie sono letti dai formati immagine STK, FluoView, MicroManager e NIH.

Il formato TIFF (Tagged Image File Format) è sotto il controllo di Adobe Systems. BigTIFF permette di avere file più grandi di 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL e OME-TIFF sono estensioni personalizzate definite, rispettivamente, da MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics e il consorzio Open Microscopy Environment.

Questo è un toolkit per l'analisi di esperimenti di neuroimmagini funzionali (principalmente fMRI) e mappatura lesione-comportamento basata su voxel. VoxBo gestisce GLM modificato (per dati autocorrelati), oltre a GLM standard per dati non autocorrelati. Il toolkit è progettato per poter funzionare insieme a AFNI, FSL, SPM e altri.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Segmentations meshes can also be imported from DICOM and vtk formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, VRRender can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

Questo pacchetto contiene un insieme di classi per gestire file e metadati DICOM dall'interno di VTK, e alcuni programmi di utilità per interrogare e convertire file DICOM.

Strumenti a riga di comando.

Questo progetto riguarda la conversione di immagini medicali. È rilasciato sotto licenza (L)GPL e viene fornito con il completo codice sorgente in C della libreria, una flessibile utilità a riga di comando e una bella interfaccia grafica che usa il toolkit GTK+. I formati attualmente gestiti sono: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 e PNG.

Può anche leggere file non supportati senza compressione, visualizzare i valori dei pixel o estrarre/riordinare le immagini specificate. È possibile recuperare i vettori grezzi delle immagini in formato binario o ASCII o produrre immagini PNG per le applicazioni desktop.

Questa è la versione per X del programma, basata su GTK+. Elabora un solo file alla volta.

Un toolkit software per morfometria computazionale di immagini biomediche, CMTK comprende un insieme di strumenti a riga di comando e una libreria backend di uso generale per elaborazione e I/O.

Gli strumenti a riga di comando forniscono principalmente le seguenti funzionalità: registrazione (affine e non-rigida; canale singolo e multiplo; a coppie e a gruppi), correzione di immagini (stima del campo del bias MR; correzione degli artefatti delle immagini interlacciate), elaborazione (filtri; combinazione di segmentazioni tramite voto e STAPLE; media basata sulla forma), statistiche (t-test; regressione lineare generale).

The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging and connectomics.

Employing the Connectome File Format, diverse data types such as networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.

Registrazione di immagini basata sul ben conosciuto ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit). Il software consiste in una raccolta di algoritmi che sono usati comunemente per risolvere problemi di registrazione di immagini (medicali). Il progetto modulare di elastix permette all'utente di configurare, testare e confrontare velocemente diversi metodi di registrazione per un'applicazione specifica. Un'interfaccia a riga di comando abilita l'elaborazione automatica di un gran numero di insiemi di dati, grazie a script.

This package provides a binary to transform PDF-formatted proteins into simplified but instructive graphics. The software has been used for the Protein-of-the-month's biomolecular illustrations for the past 20 years.

Imview è un'applicazione che:

• visualizza immagini in un gran numero di formati;
• visualizza immagini 2D e 3D (come fette) con un ottimo ingrandimento e scorrimento;
• accetta serie temporali e multi-spettrali, o documenti con più pagine (per esempio immagini da satellite, pile TIFF, GIF animate e file con più componenti eterogenei);
• visualizza pixel di ogni tipo (dati da 1 a 64 bit, interi o virgola mobile);
• mostra profili 1D di immagini 2D (oppure fette 2D di immagini 3D);
• supporta mappe di colore arbitrarie per tutti i tipi di pixel (per esempio la visualizzazione in falsi colori);
• dispone delle funzioni standard di manipolazione (luminosità/contrasto, gamma, ingrandimento, ritaglio, rotazione, ecc.);
• può essere controllato da remoto via socket e comandi testuali (per essere facilmente integrato in diversi sistemi di analisi delle immagini);
• le immagini possono essere caricate in Imview via socket o memoria condivisa;
• e molto altro!

Orthanc DICOMweb è un plugin per Orthanc, un archivio per immagini mediche leggero, indipendente dal produttore e basato su REST. Estende il nucleo principale di Orthanc con la gestione degli standard WADO (ora noto come WADO-URI) e DICOMweb (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS).

Questo pacchetto installa un plugin per Orthanc, un archivio di immagini medicali leggero, RESTful e indipendente dal produtttore. Il plugin estende Orthanc con un transcodificatore/decodificatore di immagini DICOM che è costruito sopra alla libreria GDCM, mentre il transcodificatore/decodificatore incorporato di Orthanc usa DCMTK.

Questo plugin è in particolare necessario ad Orthanc per poter transcodificare e decodificare sintassi di trasferimento JPEG2k.

Questo plugin per ImageJ permette a ImageJ di sfogliare il contenuto di un server Orthanc e di importare immagini DICOM 2D/3D da Orthanc in ImageJ. Orthanc è un server DICOM RESTful e leggero per ricerche in campo sanitario e medico.

Questo plugin semplifica l'indicizzazione di immagini DICOM quando si usa ImageJ (es. per controllo di qualità delle modalità DICOM o per uso pedagogico). Non c'è nemmeno bisogno di intraprendere una complicata configurazione della rete dal momento che il plugin usa direttamente l'API REST di Orthanc. Ciò rende la sua installazione e il suo uso piuttosto diretti.

Orthanc MySQL è un insieme di due plugin per Orthanc, un archivio di immagini medicali leggero, RESTful e indipendente dal fornitore. Tali plugin sostituiscono il motore SQLite predefinito di Orthanc con un backend MySQL o MariaDB. Essi portano scalabilità in Orthanc, rendendolo pronto per ambienti professionali.

Questo pacchetto installa un plugin per Orthanc, un archivio per immagini medicali leggero e indipendente dal venditore basato su REST. Questo plugin aggiunge la gestione di neuroimmagini in Orthanc, in particolare per convertire facilmente da DICOM a NIfTI.

Orthanc PostgreSQL è un insieme di due plugin per Orthanc, un archivio per immagini mediche leggero, indipendente dal produttore e basato su REST. Questi plugin sostituiscono il motore SQLite predefinito di Orthanc con un backend PostgreSQL. Essi portano la scalablilità in Orthanc rendendolo pronto per ambienti professionali.

Orthanc Web Viewer è un plugin per Orthanc, un archivio per immagini medicali leggero e indipendente dal venditore basato su REST. Estende Orthanc con un visualizzatore web integrato di immagini DICOM.

ParaView è un'applicazione multipiattaforma e open source progettata per visualizzare insiemi di dati di dimensioni variabili da piccole a molto grandi. Tra gli scopi del progetto ParaView sono inclusi i seguenti:

• sviluppare un'applicazione di visualizzazione open source e multipiattaforma;
• gestire modelli di calcolo distribuito per elaborare grandi insiemi di dati;
• creare un'interfaccia utente aperta, flessibile e intuitiva;
• sviluppare un'architettura estensibile basata su standard aperti.

ParaView gira su sistemi paralleli a memoria distribuita e condivisa così come con processori singoli ed è stata testata con successo su Windows, Mac OS X, Linux e varie workstation Unix, cluster e supercomputer. Sotto il cofano, ParaView usa il Visualization Toolkit come motore di elaborazione e rendering dei dati ed ha un'interfaccia utente scritta usando Qt.

pngquant è un'utilità di conversione a riga di comando per la quantizzazione e la retinatura di immagini PNG truecolor, specialmente quelle con un canale alfa completo, fino a ottenere immagini PNG con tavolozza RGBA a 8 bit (o meno). Queste immagini sono solitamente da due a quattro volte più piccole che le versioni a 32 bit, e la trasparenza parziale è mantenuta abbastanza bene. Questo rende pngquant particolarmente utile sia per siti web che per lo sviluppo per la PlayStation 2, dove uno dei formati di texture è bastato su tavolozze RGBA (ma senza la compressione PNG). Questa è la stessa tecnica usata da molte delle immagini nella pagina "Miscellaneous Transparent PNGs" (http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html) e i risultati sono spesso indistinguibili dalle immagini PNG originali in truecolor.

Gli ottimizzatori (come pngcrush e optipng) ottimizzano la compressione, solitamente senza degrado, mentre pngquant quantizza i colori a 256 (o meno) combinazioni distinte RGBA, il che comporta un degrado.

Questo task elenca alcuni pacchetti che forniscono sistemi di gestione dei flussi di lavoro utili per la ricerca scientifica.

Trimage è un'interfaccia multipiattaforma con GUI e a riga di comando per l'ottimizzazione di immagini mediante optipng, advpng, pngcrush e jpegoptim, in funzione del tipo di file (attualmente sono gestiti i file PNG e JPG). Tutti i file delle immagini sono compressi senza perdita al livello di compressione massimo disponibile. Trimage fornisce varie funzioni di input per adattarsi al flusso di lavoro dell'utente: un classico dialogo per i file, trascinamento e rilascio e varie opzioni a riga di comando.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

This package provides BART with CUDA support.