Debian Med Imaging packages

AMIDE (Amide's a Medical Image Data Examiner) Amide ist ein Werkzeug, um medizinische Bilddaten anzuzeigen und zu analysieren. Seine Fähigkeiten umfassen die simultane Behandlung von mehreren, aus einer Vielzahl von Dateiformaten, importierten Datensätzen, Bildzusammenführungen, dreidimensionales Zeichnen von betroffenen Regionen und deren Analyse, Volumenberechnung und starre Körperausrichtungen.

Amide importiert die meisten klinischen DICOM-Dateien, unter Verwendung der DCMTK-Bibliothek.

Advanced Normalization Tools (ANTS) ist ein ITK-basierte Suite von Normalisierungs-, Segmentierungs und Maskierungswerkzeugen für die quantitative morphometrische Analyse. Viele der ANTS-Erfassungswerkzeuge sind diffeomorph, aber verformende (elastisch und B-Spline) Transformationen stehen zur Verfügung. Zu den einzigartigen Komponenten der ANTS gehören multivariate Ähnlichkeitsmetriken, Führung anhand von Orientierungshilfen, die Fähigkeit der Verwendung von Markierungsbildern für die Kartierung und sowohl greedy als auch in Raum und Zeit optimierende Implementierungen von Diffeomorphismen. Die symmetrische Normalisierungsstrategie (SyN) ist ein Teil des ANTS-Werkzeugsatzes ebenso wie direkt manipulierte Freiform-Deformation (DMFFD).

Dieses Paket bietet die Konfiguration von Umgebungsmodulen. Verwenden Sie »module load ants«, um alle Befehlszeilenwerkzeuge in Ihrer Shell verfügbar zu machen.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging.

This package provides an image viewer as an optional component of the BART framework. The viewer is designed for multi-dimensional complex-valued data.

Based on BioSig library, this package provides command line tools, such as

• save2gdf: converter between different file formats, including but not limited to SCP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB.
• biosig2gdf: converts biosig data files into GDF, to simplify parsing and loading by scripting languages (e.g. loadgdf.{py,r})
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: several converter tools based on save2gdf
• biosig_fhir: packs biosignal data into HL7/FHIR binary template file.
• physicalunits: converter for encoding and decoding of physical units according to ISO 11073-10101

CamiTK hilft Forscherinnen und Klinikärztinnen einfach und schnell zusammenzuarbeiten, um CAMI-Anwendungen (Computer Assisted Medical Intervention, computergestützte medizinische Eingriffe) zu testen und entwickeln, die medizinische Bildgebung, chirurgische Navigation und biomechanische Simulationen ermöglichen.

camitk-imp ist CamiTKs Werkbank-Anwendung, mit der alle verfügbaren Erweiterungen für die Prototypenentwicklung getestet werden können. camitk-imp stellt einfachen und interaktiven Zugriff auf alle verfügbaren Daten und Algorithmenparameter bereit, inklusive den mit CamiTKs SDK selbst erstellten.

camitk-imp kann zum Beispiel medizinische Bilder in einer Vielzahl an unterschiedlichen (Standard-)Formaten anzeigen. Dabei bietet camitk-imp Bildverarbeitung und Segmentierungsalgorithmen an, um eine Gittergeometrie zu rekonstruieren und eine biomechanische Simulation zu starten.

DICOM ist der Standard für die Speicherung, Kommentierung und den Austausch von Bildern. Es wird sehr oft für medizinische Bildverarbeitung benutzt. Die »Central Test Node«-Software (CTN) liefert eine Implementierung dieses Standards.

Dieses Paket enthält das Binärprogramm und Laufzeit-Konfigurationsdateien für CTN.

CTSim enthält einen interaktiven Simulator für berechnete Tomografien. Berechnete Tomografie ist die Technik, das Innere eines Objektes, durch Messung der Absorption der Röntgenstrahlung durch das Objekt, zu schätzen.

Es enthält sowohl Befehlszeilenprogramme als auch eine grafische Benutzeroberfläche. CTSim besitzt sehr lehrreiche Modi zum Betrachten der Datensammelsimulation als auch für die Rekonstruktion.

dcm2niix is the successor of dcm2nii, a popular tool for converting images from the complicated formats used by scanner manufacturers (DICOM, PAR/REC) to the simpler NIfTI format used by many scientific tools. It works for all modalities (CT, MRI, PET, SPECT) and sequence types.

DCMTK enthält eine Sammlung von Bibliotheken und Anwendungen zum Überprüfen, Konstruieren und Umwandeln von DICOM-Bilddateien, Handhaben von Offline-Medien, Senden und Empfangen von Bildern über eine Netzwerkverbindung, sowie für demonstrative Bildspeicher- und Worklist-Server.

Dieses Paket enthält die DCMTK-Dienstprogramme.

Anmerkung: Diese Version wurde mit Unterstützung für libssl kompiliert.

Befehlszeilenprogramme zum Erstellen, Modifizieren, Ausgeben und Validieren von Dateien von DICOM-Attributen. Unterstützt die Umwandlung einiger proprietärer medizinischer Bildformate zu DICOM. Kann Daten in den älteren Formaten ACR/NEMA und einige proprietäre Versionen dieser Formate wie beispielsweise SPI handhaben.

DICOMscope ist ein freier Betrachter für unkomprimierte, monochrome DICOM-Bilder aller Arten. Er unterstützt die Monitorkalibrierung nach DICOM Part 14 und setzt Vorgaben für die Darstellung (presentation states) um.

DICOMscope bietet einen Druckclient (DICOM Basic Grayscale Print Management), der auch die optionale SOP-Klasse Presentation LUT realisiert.

Die Entwicklung dieses Prototyps wurde vom »Committee for the Advancement of DICOM« in Auftrag gegeben und auf dem European Congress of Radiology ECR 1999 demonstriert. Eine verbesserte Version wurde für die »DICOM Display Consistency Demonstration« auf der RSNA InfoRAD 1999 entwickelt.

Die aktuelle Version wurde auf dem ECR 2001 demonstriert und enthält eine Vielzahl von Erweiterungen, darunter einen Druckserver, Unterstützung für verschlüsselte DICOM-Kommunikation, digitale Signaturen und Structured Reporting.

GDF (General Dataformat for Biosignals) is intended to provide a generic storage for biosignals, such as EEG, ECG, MEG etc.

This package provides the tool shipped with the library (gdf_merger).

Ginkgo CADx enthält einen kompletten DICOM-Betrachter mit fortgeschrittenen Möglichkeiten und Unterstützung für Erweiterungen.

• einfache und anpassbare Oberfläche durch Profile
• vollfunktionale Visualisierung von DICOM-Bildern
• kompletter Werkzeugsatz (messen, markieren, Text, ...)
• unterstützt mehrere Modalitäten (neurologisch, radiologisch, dermatologisch, Augenheilkunde (Ophthalmologie), Ultraschall, Endoskopie, ...)
• DICOM-Konvertierung von JPEG, PNG, GIF und TIFF
• vollständige EMH-Integration: HL7-Standard und IHE-konforme Arbeitsabläufe
• PACS Workstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE...)
• Erweiterbar
  • »Retinal image mosaic composition«
  • automatische Analyse durch Retina-Diagnose
  • automatische Diagnose der Schuppenflechte (Psoriasis)

Gwyddion ist ein modular aufgebautes Programm zur Visualisierung und Analyse von Daten der Rastersondenmikroskopie (Scanning Probe Microscopy - SPM). Es ist vor allem zur Analyse von Höhenfelddaten gedacht, welche durch Mikroskopietechniken wie

• Rasterkraftmikroskopie (Atomic Force Microscopy - AFM),
• Magnetkraftmikroskopie (Magnetic Force Microscopy - MFM),
• Rastertunnelmikroskopie (Scanning Tunneling Microscopy - STM),
• Optische Rasternahfeldmikroskopie (Near-field Scanning Optical Microscopy - SNOM oder NSOM) oder andere erhalten wurden. Es kann jedoch zur Analyse beliebiger Höhenfeld- und Bilddaten genutzt werden.

Dieses Paket beinhaltet das Hauptprogramm und seine Module. Es umfasst außerdem ein Programm für GNOME (und Xfce), welches Vorschauansichten für alle Gwyddion bekannten Dateitypen erstellt.

This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and naming schemes through customizable heuristics implementations. It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory. It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c prov format.

It can display, edit, analyze, process, save and print 8-bit, 16-bit and 32-bit images. It can read many image formats including TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS and "raw". It supports "stacks", a series of images that share a single window.

It can calculate area and pixel value statistics of user-defined selections. It can measure distances and angles. It can create density histograms and line profile plots. It supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection and median filtering.

Spatial calibration is available to provide real world dimensional measurements in units such as millimeters. Density or gray scale calibration is also available.

ImageJ is developed by Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), is at the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

ImageVis3D is a volume rendering application specifically designed to render large data. This is achieved by splitting the dataset into multiple levels of detail (LoD), with each level itself decomposed into multiple bricks (atomic rendering primitive). Interaction occurs at the coarsest LoD, which can be rendered instantaneously on almost all modern systems. After a configurable delay, ImageVis3D will successively render finer levels of detail, until the data are visible at their native resolution.

Development of ImageVis3D is sponsored by the NIH/NCRR Center for Integrative Biomedical Computing (CIBC), and the DOE Visualization And Analytics Center for Enabling Technologies (VACET).

InVesalius generates 3D medical imaging reconstructions based on a sequence of 2D DICOM files acquired with CT or MRI equipments. InVesalius is internationalized (currently available in English, Portuguese, French, Spanish, Turkish, Italian, Czesh, Japanese, Catalan, Korean, Romanian and German) and provides several tools:

• DICOM support including: (a) ACR-NEMA version 1 and 2; (b) DICOM version 3.0 (including various encodings of JPEG -lossless and lossy-, RLE)
• Image manipulation features (zoom, pan, rotation, brightness/contrast, etc)
• Segmentation based on 2D slices
• Pre-defined threshold ranges according to tissue of interest
• Segmentation based on watershed
• Region growing segmentation
• Edition tools (similar to Paint Brush) based on 2D slices
• Semi-automatic segmentation based on Watershed
• 3D surface creation
• 3D surface connectivity tools
• 3D surface exportation (including: binary STL, OBJ, VRML, Inventor)
• High-quality volume rendering projection
• Pre-defined volume rendering presets
• Volume rendering crop plane
• Picture exportation (including: BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray)
• Minimum, Maximum or Mean Intensity Projection, Maximum Intensity Difference Accumulation and Contour based visualizations

The ISMRMRD format combines a mix of flexible data structures (XML header) and fixed structures (equivalent to C-structs) to represent MRI data.

In addition, the ISMRMRD format also specifies an image header for storing reconstructed images and the accompanying C++ library provides a convenient way of writing such images into HDF5 files along with generic arrays for storing less well defined data structures, e.g. coil sensitivity maps or other calibration data.

This package provides the command-line tools.

SNAP ermöglicht die halbautomatische Segmentierung von Strukturen in medizinischen Aufnahmen (z.B. von Magnetresonanztomographien des Gehirns) durch Aktiv-Kontur-Methoden, genauso wie eine manuelle Abgrenzung und die Navigation in der Aufnahme. Nennenswerte Fähigkeiten sind:

• verlinkte Zeiger für eine nahtlose 3D-Navigation
• gleichzeitige manuelle Aufteilung in drei orthogonalen Ebenen

• Unterstützung für viele verschiedene 3D-Bildformate, einschließlich

  NIfTI * Unterstützung für eine gleichzeitige, verlinkte Ansicht und Aufteilung

  von mehreren Aufnahmen * eingeschränkte Unterstützung für farbige Aufnahmen ( z.B. diffusion

  tensor maps) * 3D-Ebenen-Schneidewerkzeug für schnelle Nachbearbeitung von

  Segmentierungsergebnissen

KiNG (Kinemage, Next Generation) ist ein interaktives System für dreidimensionale Vektorgrafiken. Es unterstützt eine Sammlung von Grafikprimitiven, die es für viele Arten von Grafiken, Plots und weitere Bilddarstellungen geeignet macht, auch wenn seine erste Anwendung die Darstellung makromolekularer Strukturen für die biophysikalische Forschung war. KiNG basiert auf Mage, JavaMage und dem »kinemage«-Konzept (kinetic image) zur Bereitstellung einer funktionsreichen Java-Anwendung mit nutzerfreundlicher Schnittstelle und integrierten Editiermöglichkeiten. Die KiNG jar-Datei kann innerhalb einer Webseite als Java-Applet oder als Java-Objekt verwendet werden, um von einem Webbrowser aus einen einfachen Zugang zu »kinemages« oder Koordinatendateien zu ermöglichen.

Grassroots DiCoM is a C++ library for DICOM medical files. It is automatically wrapped to python/C#/Java (using swig). It supports RAW,JPEG (lossy/lossless),J2K,JPEG-LS, RLE and deflated.

Install this package for the gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv, gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf, gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml programs.

Der Name dieses Projektes leitet sich von »Medical Image Conversion« (Umwandlung von Bildern in der Medizin) ab. Die Software wurde unter der (L)GPL veröffentlicht, stellt den kompletten C-Quellcode der Bibliothek zur Verfügung sowie ein flexibles Kommandozeilenwerkzeug und eine ansprechende grafische Benutzeroberfläche auf Grundlage von GTK+. Aktuell werden die folgenden Formate unterstützt: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 und PNG.

Das Programm ermöglicht außerdem, nicht unterstützte Dateien ohne Kompression zu lesen, die Pixelwerte auszugeben oder angegebene Bilder zu extrahieren/neu zu ordnen. Es ist möglich, rohe Binär-/ASCII-Bildfelder auszulesen oder PNG für Desktopanwendungen zu schreiben.

Dieses ist das Befehlszeilenwerkzeug für die Stapelverarbeitung.

Command lines tools to run general purpose image processing tasks on 2D and 3D gray scale images, and basic operations on triangular meshes. Supported image processing algorithms are image filtering, combining, image registration, motion compensation for image series, and the estimation of various statistics over images. This package also contains the nipype interfaces for these command line tools.

This tool provides a simple 3D renderer that can visualize surfaces directly from 3D volumes and can be used to set 3D landmarks. It is best suited for CT data sets.

Dieses Paket enthält Programme zur Manipulation von MINC-Dateien.

Das Minc-Dateiformat ist ein sehr flexibles medizinisches Bild-Dateiformat, das auf dem generalisierten NetCDF-Datenformat aufbaut. Das Format ist einfach, selbstbeschreibend, erweiterbar, portabel und N-dimensional, mit Programmierschnittstellen sowohl für Datenzugriff auf niederer Ebene als auch zur Volume-Manipulation auf hoher Ebene. Auf diesen Bibliotheken aufbauend gibt es eine Sammlung von allgemeinen Bilddatei-Verarbeitungsprogrammen. Das Format, die Bibliotheken und Programme sind zur Verwendung in einer Forschungsumgebung für medizinische Bildverarbeitung gedacht; sie sind einfach und mächtig und versuchen nicht, gegenüber dem Benutzer eine nette Oberfläche zu bieten.

This is a GUI-based visualization and analysis tool for (functional) magnetic resonance imaging. MRIcron can be used to create 2D or 3D renderings of statistical overlay maps on brain anatomy images. Moreover, it aids drawing anatomical regions-of-interest (ROI), or lesion mapping, as well as basic analysis of functional timeseries (e.g. creating plots of peristimulus signal-change).

In addition to 'mricron', this package also provides 'dcm2nii' that supports converting DICOM and PAR/REC images into the NIfTI format, and 'npm' for non-parametric data analysis.

Set of tools to perform diffusion-weighted MRI white matter tractography of the brain in the presence of crossing fibres, using Constrained Spherical Deconvolution, and a probabilisitic streamlines algorithm. Magnetic resonance images in DICOM, ANALYZE, or uncompressed NIfTI format are supported.

Niftilib ist eine Sammlung von Ein- und Ausgabebibliotheken zum Lesen und Schreiben von Dateien im NIfTI-1-Datenformat. NIfTI-1 ist ein binäres Dateiformat zum Speichern von medizinischen Bilddaten wie Magnetresonanzbildern (MRI) und funktionalen Magnetresonanztomographiebildern (fMRI) des Gehirns.

Dieses Paket enthält die Hilfsprogramme, die mit der Bibliothek mitgeliefert werden (nifti_tool, nifti_stats und nifti1_test).

Odil leverages C++ constructs to provide a user-friendly API of the different parts of the DICOM standard. Included in Odil are exception-based error handling, generic access to datasets elements, standard JSON and XML representation of datasets, and generic implementation of messages, clients and servers for the various DICOM protocols.

This package contains the command-line application.

ODIN ist ein Rahmenwerk für Magnetresonanztomographie (MRT). Es beinhaltet die komplette MRT-Werkzeugkette, von grundlegender Datenerfassung bis zur Bildrekonstruktion. Im Besonderen zielt es auf das schnelle Erzeugen der Prototypen von MRT-Sequenzen ab. Die Sequenzen können mit einer hochentwickelten objektorientierten C++-Programmierschnittstelle programmiert werden. Es enthält fortgeschrittene Werkzeuge zur Sequenzanalyse, wie das interaktive Plotten von k-dimensionalen Trajektorien, eine Benutzerschnittstelle für ein schnelles Kompilieren-Linken-Testen und einen mächtigen MRT-Simulator, der verschiedene virtuelle Muster unterstützt. Für die schnelle und flexible Bildrekonstruktion beinhaltet ODIN ein sehr weitgehend anpassbares, multithreadfähiges Rahmenwerk zur Datenverarbeitung.

OpenSlide is a C library that provides a simple interface to read whole-slide images also known as virtual slides.

Whole-slide images, also known as virtual slides, are large, high resolution images used in digital pathology. Reading these images using standard image tools or libraries is a challenge because these tools are typically designed for images that can comfortably be uncompressed into RAM or a swap file. Whole-slide images routinely exceed RAM sizes, often occupying tens of gigabytes when uncompressed. Additionally, whole-slide images are typically multi-resolution, and only a small amount of image data might be needed at a particular resolution.

This library currently supports:

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Generic tiled TIFF (.tif)

This package contains command line tools for file manipulation.

Orthanc aims at providing a simple, yet powerful DICOM server for medical imaging. Orthanc can turn any computer running Windows or Linux into a Vendor Neutral Archive (in other words, a mini-PACS system). Its architecture is lightweight, meaning that no complex database administration is required, nor the installation of third-party dependencies.

What makes Orthanc unique is the fact that it provides a RESTful API. Thanks to this major feature, it is possible to drive Orthanc from any computer language. The DICOM tags of the stored medical images can be downloaded in the JSON file format. Furthermore, standard PNG images can be generated on-the-fly from the DICOM instances by Orthanc.

Orthanc lets its users focus on the content of the DICOM files, hiding the complexity of the DICOM format and of the DICOM protocol.

Orthanc-WSI brings support of whole-slide imaging for digital pathology into Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging.

This package contains two command-line tools to convert whole-slide images to and from DICOM. Support for proprietary file formats is available through OpenSlide. The package also contains an Orthanc plugin to display such DICOM images by any standard Web browser. The implementation follows DICOM Supplement 145.

This is a stand-alone DICOM toolkit that implements code for reading and creating DICOM data, DICOM network and file support, a database of DICOM objects, support for display of directories, images, reports and spectra, and DICOM object validation.

Provide command line applications for using pixelmed

Plastimatch is an open source software for deformable image registration. It is designed for high-performance volumetric registration of medical images, such as X-ray computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), and positron emission tomography(PET). Software features include:

• B-spline method for deformable image registration (GPU and multicore accelerated), including support for image masking, landmark penalties, and regularization
• Demons method for deformable image registration (GPU accelerated)
• Multi-atlas segmentation
• ITK-based algorithms for translation, rigid, affine, multiple demons methods, and B-spline registration
• Pipelined, multi-stage registration framework with seamless conversion between most algorithms and transform types
• Landmark-based deformable registration using thinplate splines for global registration
• Landmark-based deformable registration using radial basis functions for local corrections
• Broad support for 3D image file formats (using ITK), including DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage, and Analyze

• Extensive toolchain for radiotherapy research, including support for DICOM, DICOM-RT, DICOM SRO, XiO file format, gamma analysis, contour manipulation, contour overlap analysis, and vector field analysis Plastimatch also features two handy utilities which are not directly related to image registration:

• FDK cone-beam CT reconstruction (GPU and multicore accelerated)

• Digitally reconstructed radiograph (DRR) generation (GPU and multicore accelerated)

DIPY is a software project for computational neuroanatomy. It focuses on diffusion magnetic resonance imaging (dMRI) analysis and tractography but also contains implementations of other computational imaging methods such as denoising and registration that are applicable to the greater medical imaging and image processing communities. Additionally, DIPY is an international project which brings together scientists across labs and countries to share their state-of-the-art code and expertise in the same codebase, accelerating scientific research in medical imaging.

Here are some of the highlights:

• Reconstruction algorithms: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE and MAPMRI
• Fiber tracking algorithms: deterministic and probabilistic
• Native linear and nonlinear registration of images
• Fast operations on streamlines (selection, resampling, registration)
• Tractography segmentation and clustering
• Many image operations, e.g., reslicing or denoising with NLMEANS
• Estimation of distances/correspondences between streamlines and connectivity matrices
• Interactive visualization of streamlines in the space of images

This package contains the Python 3 version.

NiBabel provides read and write access to some common medical and neuroimaging file formats, including: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC, as well as PAR/REC. The various image format classes give full or selective access to header (meta) information and access to the image data is made available via NumPy arrays. NiBabel is the successor of PyNIfTI.

NiPy is a Python-based framework for the analysis of structural and functional neuroimaging data. It provides functionality for

• General linear model (GLM) statistical analysis
• Combined slice time correction and motion correction
• General image registration routines with flexible cost functions, optimizers and re-sampling schemes
• Image segmentation
• Basic visualization of results in 2D and 3D
• Basic time series diagnostics
• Clustering and activation pattern analysis across subjects
• Reproducibility analysis for group studies

Nipype interfaces Python to other neuroimaging packages and creates an API for specifying a full analysis pipeline in Python. Currently, it has interfaces for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, but could be extended for other packages (such as lipsia).

Nitime is a Python module for time-series analysis of data from neuroscience experiments. It contains a core of numerical algorithms for time-series analysis both in the time and spectral domains, a set of container objects to represent time-series, and auxiliary objects that expose a high level interface to the numerical machinery and make common analysis tasks easy to express with compact and semantically clear code.

pydicom is a pure Python module for parsing DICOM files. DICOM is a standard (http://medical.nema.org) for communicating medical images and related information such as reports and radiotherapy objects.

pydicom makes it easy to read DICOM files into natural pythonic structures for easy manipulation. Modified datasets can be written again to DICOM format files.

This package installs the module for Python 3.

pyxid is a Python library for interfacing with Cedrus XID (eXperiment Interface Device) and StimTracker devices. XID devices are used in software such as SuperLab, Presentation, and ePrime for receiving input as part of stimulus/response testing experiments.

pyxid handles all of the low level device handling for XID devices in Python projects.

This is a Python3 package for visualization and interaction with cortical surface representations of neuroimaging data from Freesurfer. It extends Mayavi’s powerful visualization engine with a high-level interface for working with MRI and MEG data.

PySurfer offers both a command-line interface designed to broadly replicate Freesurfer’s Tksurfer program as well as a Python library for writing scripts to efficiently explore complex datasets.

User-friendly application to calibrate mono and stereo cameras.

SightCalibrator can take images, video files, or any supported camera device as input. It detects the presence of a checkerboard in images. The parameters of the checkboard can be customized. Individual images can then be marked to be used in the computation of the calibration. Last, the intrinsic and extrinsic parameters can be exported in OpenCV format, Yaml or XML.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Reconstructions can also be imported from DICOM segmentations or VTK supported formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, SightViewer can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

SigViewer is a viewing and scoring software for biomedical signal data. It relies on biosig4c++ library which supports a number of data formats (including EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). The complete list of supported file formats is available at http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED .

Besides displaying biosignals, SigViewer supports creating annotations to select artifacts or specific events.

SOFA is an Open Source framework primarily targeted at real-time simulation, with an emphasis on medical simulation. It is mostly intended for the research community to help develop newer algorithms, but can also be used as an efficient prototyping tool.

This package contains the SOFA main application.

Teem is a coordinated group of libraries for representing, processing, and visualizing scientific raster data. Teem includes command-line tools that permit the library functions to be quickly applied to files and streams, without having to write any code. The most important and useful libraries in Teem are:

• Nrrd (and the unu command-line tool on top of it) supports a range of operations for transforming N-dimensional raster data (resample, crop, slice, project, histogram, etc.), as well as the NRRD file format for storing arrays and their meta-information.
• Gage: fast convolution-based measurements at arbitrary point locations in volume datasets (scalar, vector, tensor, etc.)
• Mite: a multi-threaded ray-casting volume render with transfer functions based on any quantity Gage can measure
• Ten: for estimating, processing, and visualizing diffusion tensor fields, including fiber tractography methods.

This package contains some simple command-line tools which provide fast and easy access to the functionality in the various libraries.

Image and meta-data can be read from TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ and GEL files.

Only a subset of the TIFF specification is supported, mainly uncompressed and losslessly compressed 2**(0 to 6) bit integer, 16, 32 and 64-bit float, grayscale and RGB(A) images, which are commonly used in bio-scientific imaging. Specifically, reading JPEG/CCITT compressed image data or EXIF/IPTC/GPS/XMP meta-data is not implemented. Only primary info records are read for STK, FluoView, MicroManager, and NIH image formats.

TIFF, the Tagged Image File Format, is under the control of Adobe Systems. BigTIFF allows for files greater than 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL, and OME-TIFF, are custom extensions defined by MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Molecular Dynamics, and the Open Microscopy Environment consortium respectively.

This is a toolkit for analysis of functional neuroimaging (chiefly fMRI) experiments and voxel-based lesion-behavior mapping. VoxBo supports the modified GLM (for autocorrelated data), as well as the standard GLM for non-autocorrelated data. The toolkit is designed to be interoperable with AFNI, FSL, SPM and others.

Medical image viewer featuring negatoscope, multi-planar reconstruction, and volume rendering.

Many image formats are handled such as DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti,... Segmentations meshes can also be imported from DICOM and vtk formats, and visualized in mixed rendering with images.

Tools are provided to measure distances of structures in the image and to place landmarks.

Last, VRRender can also connect directly to a PACS, and then request, download or upload DICOM files.

This package contains a set of classes for managing DICOM files and metadata from within VTK, and some utility programs for interrogating and converting DICOM files.

Command line tools

Der Name dieses Projektes leitet sich von »Medical Image Conversion« (Umwandlung von Bildern in der Medizin) ab. Die Software wurde unter der (L)GPL veröffentlicht, stellt den kompletten C-Quellcode der Bibliothek zur Verfügung sowie ein flexibles Kommandozeilenwerkzeug und eine ansprechende grafische Benutzeroberfläche auf Grundlage von GTK+. Aktuell werden die folgenden Formate unterstützt: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 und PNG.

Das Programm ermöglicht außerdem, nicht unterstützte Dateien ohne Kompression zu lesen, die Pixelwerte auszugeben oder angegebene Bilder zu extrahieren/neu zu ordnen. Es ist möglich, rohe Binär-/ASCII-Bildfelder auszulesen oder PNG für Desktopanwendungen zu schreiben.

Dieses Paket enthält die GUI-Version für X, basierend auf GTK+. Hiermit kann stets nur eine Datei zur Zeit bearbeitet werden.

A software toolkit for computational morphometry of biomedical images, CMTK comprises a set of command line tools and a back-end general-purpose library for processing and I/O.

The command line tools primarily provide the following functionality: registration (affine and nonrigid; single and multi-channel; pairwise and groupwise), image correction (MR bias field estimation; interleaved image artifact correction), processing (filters; combination of segmentations via voting and STAPLE; shape-based averaging), statistics (t-tests; general linear regression).

The Connectome Viewer is a extensible, scriptable, pythonic research environment for visualization and (network) analysis in neuroimaging and connectomics.

Employing the Connectome File Format, diverse data types such as networks, surfaces, volumes, tracks and metadata are handled and integrated. The Connectome Viewer is part of the MR Connectome Toolkit.

Auf dem bekannten Werkzeugsatz Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK) basierende Bildregistrierung. Die Software besteht aus einer Sammlung von Algorithmen, die oft zur Lösung von Problemen mit der (medizinischen) Bildregistrierung verwendet werden. Der modulare Aufbau von elastix ermöglicht eine schnelle Konfiguration, Tests und Vergleiche verschiedener Registrierungsmethoden für eine bestimmte Anwendung. Die Befehlszeilenschnittstelle ermöglicht eine automatische Verarbeitung einer großen Anzahl an Datensätzen mit Skripten.

This package provides a binary to transform PDF-formatted proteins into simplified but instructive graphics. The software has been used for the Protein-of-the-month's biomolecular illustrations for the past 20 years.

Imview ist eine Anwendung, die

• eine große Zahl von Bildformaten anzeigen kann.
• 2D- oder 3D-Bilder (als Querschnitte) mit guten Zoom- und Pan-Eigenschaften anzeigen kann.
• mit multispektralen, Zeitfolge- oder Mehrseitendokumenten (beispielsweise Satellitenbilder, TIFF-Stapel, animierte GIFs und heterogene Mehrkomponentendateien) arbeitet.
• alle Arten von Pixeltypen anzeigt. (1- bis 64-Bit-Daten, Ganzzahl- oder Fließkommaformat).
• frei wählbare, eindimensionale Profile von zweidimensionalen Bildern anzeigen kann. (Alternativ 2D-Querschnitte von 3D-Bildern).
• Unterstützung für frei wählbare Farbpaletten für alle Pixeltypen bietet (z.B. Fehlfarbanzeige).
• Standard-Bildbearbeitungswerkzeuge hat (Helligkeit/Kontrast, Gamma, Zoom, Beschneidung, Rotation, usw.).
• via Sockets und Konsolenbefehlen ferngesteuert werden kann. (Dies erleichtert die Integration in diverse Bildanalysesysteme.)
• Bilder via Sockets oder Shared Memory in Imview laden kann.
• noch vieles mehr bietet!

Orthanc DICOMweb is a plugin to Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. It extends the Orthanc core with support of the WADO (now known as WADO-URI) and DICOMweb (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS) standards.

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. The plugin extends Orthanc with a transcoder/decoder of DICOM images that is built on the GDCM library, whereas the built-in transcoder/decoder of Orthanc uses DCMTK.

This plugin is notably necessary for Orthanc to be able to transcode and decode JPEG2k transfer syntaxes.

This ImageJ plugin allows ImageJ to browse the content of an Orthanc server, then import 2D/3D DICOM images from Orthanc into ImageJ. Orthanc is a lightweight, RESTful DICOM server for healthcare and medical research.

This plugin simplifies the indexation of DICOM images if using ImageJ (e.g. for quality control of DICOM modalities, or for pedagogical use). There is also no need to carry on any complex network configuration, since the plugin directly uses the REST API of Orthanc. This makes its installation and its use quite straightforward.

Orthanc MySQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a MySQL or MariaDB back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

This package installs a plugin for Orthanc, the lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. This plugin adds support for neuroimaging in Orthanc, notably to easily convert from DICOM to NIfTI.

Orthanc PostgreSQL is a set of two plugins to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. These plugins override the default SQLite engine of Orthanc with a PostgreSQL back-end. They bring scalability to Orthanc, making it enterprise-ready.

Orthanc Web Viewer is a plugin to Orthanc, a lightweight, RESTful Vendor Neutral Archive for medical imaging. It extends Orthanc with an integrated Web viewer of DICOM images.

ParaView ist eine quelloffene, Multi-Plattform-Anwendung, konzipiert um Datensätze unterschiedlichster Größe zu visualisieren. Die Ziele des ParaView-Projekts:

* Entwickle eine quelloffene, Multi-Plattform-Visualisierungsanwendung.
* Unterstütze verteilt berechnete Modelle, um große Datensätze zu
  verarbeiten.
* Erstelle eine offene, flexible und intuitive Benutzerschnittstelle.
* Entwickele eine erweiterbare Architektur, basierend auf offenen
  Standards.

ParaView läuft auf verteiltem (distributed) und geteiltem (shared) Speicher parallel ebenso wie auf Einzelprozessorsystemen und wurde erfolgreich unter Windows, MacOS X, Linux und verschiedenen Unix-Arbeitsstationen, Rechner-Clustern und Supercomputern getestet. Unter der Haube gesehen verwendet ParaView das Visualization Toolkit als Datenverarbeitungs- und Render-Maschine, und hat eine in Qt programmierte Benutzerschnittstelle.

pngquant ist ein Befehlszeilen-Konvertierungswerkzeug für Quantisierung (Farbreduktion) und Dithering (Farbmischung) von Truecolor-PNG-Bildern, insbesondere solchen mit einem vollständigen Alphakanal. Die Bilder werden auf eine 8-bit (oder weniger) RGBA-Palette reduziert. Solche Bilder sind gewöhnlich zwei- bis viermal kleiner als die volle 32-bit Version, und Teiltransparenz bleibt sehr gut erhalten. Dies macht pngquant besonders nützlich für Webseiten und PlayStation 2-Entwicklungen, bei denen eines der Texturformate RGBA-Paletten-basiert (wenn auch nicht PNG-komprimiert) ist. Es handelt sich um die gleiche Technik, die für viele der Beispielbilder auf der »Miscellaneous Transparent PNGs«-Website verwendet wurde (http://www.libpng.org/pub/png/pngs-img.html). Oft kann man keinen Unterschied zu den ursprünglichen PNG-Bildern mit vollen Farbinformationen feststellen.

Optimierer (wie pngcrush und optipng) optimieren die Kompression, gewöhnlich verlustfrei, während pngquant Farben auf 256 (oder weniger) unterschiedliche RGBA-Kombinationen herunterrechnet, was verlustbehaftet ist.

This task lists some packages providing workflow management systems useful for scientific research.

Trimage is a cross-platform GUI and command-line interface to optimize image files via optipng, advpng, pngcrush and jpegoptim, depending on the filetype (currently, PNG and JPG files are supported). All image files are losslessly compressed on the highest available compression levels. Trimage gives you various input functions to fit your own workflow: A regular file dialog, dragging and dropping and various command line options.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

This package provides BART with CUDA support.