Debian Med Imaging packages

AMIDE: (Amide's a Medical Imaging Data Examiner, på dansk: Amides er et dataundersøgelsesværktøj til medicinsk billedbehandling) AMIDE er et værktøj til at fremvise og analysere medicinske billeder af datasæt. Dets egenskaber inkluderer simultan håndtering af adskillige datasæt, importeret fra en vifte af filformater, billedfusion, optegning og analyse for områder af interesse i 3D, optegnelse af volumen, og justering af stive legemer.

Amide importerer de fleste kliniske DICOM-filer (via DCMTK-biblioteket).

Advanced Normalization Tools (ANTS) er en ITK-baseret programpakke af normaliserings-, segmenterings- og skabelonbygningsværktøjer til kvantitativ morfometrisk analyse. Mange af ANTS-registreringsværktøjerne er diffeomorfiske, men deformationstransformationer (elastiske og med BSpline) er også tilgængelige. Unikke komponenter af ANTS inkluderer similaritetsbestemmelse i flere variable, brug af »landmærker«, mulighed for at bruge etiketbilleder til at vejlede kortlægningen, og både grådige og rumtidsoptimale implementeringer af diffeomorfier. Den symmetriske normaliseringsstrategi (SyN) er en del af ANTS-værktøjssættet sammen med directly manipulated free form deformation (DMFFD).

Denne pakke tilbyder konfiguration af miljømoduler. Brug »module load ants« til at gøre alle værktøjer for kommandolinjen tilgængelige i din skal.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) er en fri ramme til billedrekonstruktion for Computational Magnetic Resonance Imaging. Det består af et programmeringsbibliotek og en værktøjskasse for kommandolinjeprogrammer. Biblioteket tilbyder fælles operationer på tabeller med flere dimensioner, Fourier- og wavelet-tranformationer samt generiske implementeringer af iterative optimeringsalgoritmer. Værktøjerne for kommandolinjen tilbyder direkte adgang til grundlæggende operationer på tabeller med flere dimensioner samt effektive implementeringer af mange kalibrerings- og rekonstruktionsalgoritmer for parallel billedoprettelse, pakket opfattelse og maskinlæring.

Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) er en fri ramme til billedrekonstruktion for Computational Magnetic Resonance Imaging.

Denne pakke tilbyder en billedfremviser som en valgfri komponent for BART-rammen. Fremviseren er designet til flerdimensionale kompleks-vurderede data.

Baseret på BioSig-biblioteket tilbyder denne pakke værktøjer for kommandolinjen, såsom:

• save2gdf: konverteringsprogram mellem forskellige filformater, inklusive men ikke begrænset til CP-ECG(EN1064), HL7aECG (FDA-XML), GDF, EDF, BDF, CWFB
• biosig2gdf: konverterer biosig-datafiler til GDF, for at forenkle fortolkning og indlæsning af skriptsprog (f.eks. loadgdf.{py,r})
• rec2bin, bin2rec, heka2itx, save2aecg, save2scp: flere konverteringsværktøjer baseret på save2gdf
• biosig_fhir: pakker biosignal-data til HL7/FHIR-binær skabelonfil
• physicalunits: konverteringsprogram til at kode og afkode fysiske enheder jævnfør ISO 11073-10101

CamiTK hjælper forskere og klinikere med nemt og hurtigt at samarbejde om at udarbejde prototyper for CAMI-programmer, som indeholder medicinske billeder, kirurgisk navigation og biomekaniske simuleringer.

Camitk-imp er CamiTK-arbejdsbordprogrammet, hvor du kan teste alle tilgængelige udvidelser som prototype. Det giver en nem og interaktiv adgang til alle tilgængelige data og algoritmeparametre, herunder dem du selv bygger ved hjælp af CamiTK SDK'en.

For eksempel kan camitk-imp visualisere medicinske billeder fra en masse forskellige (standard)formater, tilbyde billedbehandling og segmenteringsalgoritmer til at rekonstruere en mesh-geometri og køre en biomekanisk simulering.

DICOM er standarden for billedlagring, annotation og netværk. Det er vidt udbredt for medicinske billeder. Central Test Node-programmet (CTN) tilbyder en implementering af denne standard.

Denne pakke inkluderer de binære filer og kørselstids konfigurationsfiler for CTN.

CTSim tilbyder en interaktiv beregnet tomografisimulator. Beregnet tomografi er en teknik til stimering af interiøret for et objekt ved at måle x-strålingabsorbering igennem objektet.

CTSim har både kommandolinjeværktøjer og en grafisk brugerflade. CTSim har meget undervisende sporingstilstande for visning af dataindsamlingssimuleringen samt rekonstruktionen.

Dcm2niix er efterfølgeren til dcm2nii, et populært værktøj for konvertering af billeder fra de kompilerede formater brugt af skannerproducenter (DICOM, PAR/REC) til det simplere NIfTI-format brugt af mange videnskabelige værktøjer. Den fungerer for alle modaliteter (T, MRI, PET, SPECT) og sekvenstyper.

DCMTK inkluderer en samling af biblioteker og applikationer til at undersøge, konstruere og konvertere DICOM-billedfiler, håndtere medier uden forbindelse, sende og modtage billeder over en netværksforbindelse, såvel som demonstrative servere til billedlagring og arbejdslister (»worklist«).

Denne pakke indeholder DCMTK-redskabsprogrammerne.

Bemærk: Denne version blev kompileret med libssl-understøttelse.

Redskaber til kommandolinjen for oprettelse, ændring, dumpning og validering af filer for DICOM-attributter. Understøtter konvertering af nogle proprietære medicinske billedformater til DICOM. Kan håndtere ældre ACR/NEMA-formatdata og nogle proprietære versioner såsom SPI.

DICOMscope er en fri DICOM-fremviser som kan vise ukomprimerede monochrome DICOM-billeder fra alle modaliteter og som understøtter kalibrering af skærm jævnfør DICOM part 14 samt præsentationstilstande.

DICOMscope tilbyder en udskrivningsklient (DICOM Basic Grayscale Print Management) som også implementerer den valgfrie Presentation LUT SOP- klasse.

Udviklingen af denne prototype blev igangsat af »Committee for the Advancement of DICOM« og fremvist på European Congress of Radiology ECR 1999. En forbedret udgave blev udviklet for »DICOM Display Consistency Demonstration« på RSNA InfoRAD 1999.

Den aktuelle version 3.5.1 er blevet demonstreret på ECR 2001 og indeholder mange udvidelser, inklusiv en udskrivningsserver, understøttelse af krypteret DICOM-kommunikation, digitale underskriftere og struktureret rapportering.

GDF (General Dataformat for Biosignals) er lavet for at tilbyde et generisk lager for biosignaler, såsom EEG, ECG, MEG etc.

Denne pakke tilbyder værktøjet leveret med biblioteket (gdf_merger).

Ginkgo CADx tilbyder en komplet løsning til DICOM-fremvisning, der har avancerede egenskaber og understøtter udvidelsesmoduler.

• Nem grænseflade som kan tilpasses gennem profiler.
• Visualisering af DICOM-billeder med fuld funktionalitet.
• Komplet værktøjssæt (måling, markører, tekst, ...).
• Understøttelse af flere modaliteter (neurologisk, radiologisk, dermatologisk, oftalmologisk, ultralyd, endoskopi, ...).
• Understøttelse af dikomisering fra JPEG, PNG, GIF og TIFF.
• Understøttelse af fuld EMH-integration: HL7-standardiserede og IHE-kompatible arbejdsgange.
• PACS-arbejdsstation (C-FIND, C-MOVE, C-STORE, ...).
• Kan udvides gennem tilpassede udvidelsesmoduler.
• Mosaik-komposition af retina-billeder.
• Automatisk diagnostik af retina-analyse.
• Automatisk psoriasis-diagnostik.

Gwyddion er et modulopbygget program for skanning (Skanning Probe Mikroskopi, SPM), samt visualisering og analyse af data. Det er primært beregnet til analyse af højdefeltdata indhentet via mikroskopiteknikker som

• Atomar Force Mikroskopi (AFM),
• Magnetisk Force Mikroskopi (MFM),
• Skanning Tunneling Mikroskopi (STM),
• Nær-felt Skanning Optisk Mikroskopi (SNOM eller NSOM) og andet. Det kan dog bruges til vilkårlige højdefelter og til billedanalyse.

Denne pakke indeholder det primære program og dets moduler. Den indeholder også en GNOME (og Xfce) miniaturefremstiller som opretter forhåndsvisninger af alle kendte filtyper til Gwyddion.

This is a flexible dicom converter for organizing brain imaging data into structured directory layouts. It allows for flexible directory layouts and naming schemes through customizable heuristics implementations. It only converts the necessary dicoms, not everything in a directory. It tracks the provenance of the conversion from dicom to nifti in w3c prov format.

Det kan vise, redigere, analysere, behandle, gemme og udskrive 8-bit, 16- bit og 32-bit billeder. Det kan læse mange billedformater inklusive TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS og »raw«. Det understøtter »stakke«, en serie af billeder som deler et enkelt vinude.

Den kan udarbejde værdistatistikker for områder og billedepunkter fra brugerdefinerede markeringer. Det kan måle afstande og vinkler. Det kan oprette histogrammer over tæthed og plotte linjeprofiler. Det understøtter standardfunktioner til billedbehandling såsom manipulation af kontrast, øget skarphed, udjævning, kantdetektering og median-filtrering.

Rumlig kalibrering er tilgængelig for at tilbyde målinger af dimensioner fra den virkelige verden i enheder som milimeter. Tætheds- eller gråskala- kalibrering er også tilgængelig.

ImageJ er udviklet af Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov), der er ved: the Research Services Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda, Maryland, USA.

ImageVis3D er et optegningsprogram for volumener specifikt designet til at optegne store datasæt. Dette opnås ved at opdele datasættene i flere detaljeniveauer (LoD), hvor hvert niveau i sig selv er opdelt i flere sten (atomisk optegningsprimitiver). Interaktion opstår på den groveste LoD, som kan gengives øjeblikkeligt på næsten alle moderne systemer. Efter en forsinkelse, der kan konfigureres, vil ImageVis3D successivt gengive finere niveauer af detaljer, indtil data er synlige på deres standardopløsning.

Udvikling af ImageVis3D er sponsoreret af NIH/NCRR Center for Integrative Biomedical Computing (CIBC) og DOE Visualization And Analytics Center for Enabling Technologies (VACET).

InVesalius opretter 3D-medicinsk billedkontruktion baseret på en sekvens af 2D DICOM-filer hentet fra CT- eller MRI-udstyr. InVesalius er oversat til en række sprog (i øjeblikket tilgængelig på engelsk, portugisisk, fransk, spansk, tyrkisk, italiensk, tjekkisk, japansk, catalansk, koreansk, rumænsk og tysk) og tilbyder flere værktøjer:

• DICOM-understøttelse inklusive: (a) ACR-NEMA version 1 og 2; (b) DICOM version 3.0 (inklusive diverse kodninger af JPEG - med og uden kvalitetstab, RLE)
• Funktioner til billedmanipulation (zoom, panorer, rotation, lysstyrke /kontrast etc.).
• Segmentering baseret på 2D-dias
• Forhåndsdefinerede tærskelintervaller jævnfør væv under undersøgelse
• Segmentering baseret på watershed
• Regionsvoksende segmentering
• Editionværktøjer (svarer til Paint Brush) baseret på 2D-dias
• Semiautomatisk segmentering baseret på Watershed
• 3D-overfladeoprettelse
• 3D-overfladeforbindelsesværktøjer
• 3D-overfladeeksport (inklusive: binær STL, OBJ, VRML, Inventor)
• Enhedsoptegningsprojektion i høj kvalitet
• Forhåndsdefinitioner for enhedsoptegning
• Enhedsoptegning af crop-niveau
• Billedeksport (inklusive: BMP, TIFF, JPG, PostScript, POV-Ray)
• Minimum, Maksimum eller gennemsnitlig intensitetprojektion, maksimum intensitetforskelsakkumulering og konturbaserede visualiseringer

ISMRMRD-formatet kombinerer en blanding af fleksible datastrukturer (XML-teksthoveder) og faste strukturer (svarende til C-structs) til at repræsentere MRI-data.

Derudover specificerer ISMRMRD-formatet også et billedteksthoved for lagring af nykonstruerede billeder og det medfølgende C++-bibliotek, der tilbyder en passende måde at skrive sådanne billeder til HDF5-filer sammen med generiske arrayer for lagring mindre veldefinerede datastrukturer, f.eks. coil-sensitivitetskort eller andre kalibreringsdata.

Denne pakke indeholder værktøjerne for kommandolinjen.

SNAP tilbyder semiautomatisk segmentering af strukturer i medicinske billeder (f.eks. magnetisk ressonansbilleder af hjernen) med brug af aktiv konturmetoder, samt som manuel skitsetegning og billednavigering. Funktioner værd at nævne er:

• Lænket markør for let 3D-navigering
• Manuel segmentering i tre ortogonale planer på en gang
• Understøttelse af mange forskellige 3D-billedformater, inklusiv NIfTI
• Understøttelse af sammenfaldende, lænket visning og segmentering af flere billeder
• Begrænset understøttelse af farvebilleder (f.eks. diffusion tensor-kort)
• 3D-skæringsværktøj for hurtig efterbehandling af segmenteringsresultater

KiNG (Kinemage, Next Generation) er et interaktivt system for tredimensionel vektorgrafik. Den understøtter et sæt af grafikprimitiver, som gør det egnet til mange typer af grafer, plot og andre illustrationer; selvom dets første brug var at vise makromolekylære strukturer for biofysisk forskning. KiNG bygger på Mage, JavaMage og »kinemage«-konceptet (kinetisk billede) for at levere et Javaprogram med alle funktioner og en brugervenlig grænseflade samt integrerede redigeringsfunktioner. KiNG-jarfilen kan bruges i en netside som et Javapanelprogram eller Javaobjekt til at fremme nem adgang til kinemages eller koordinere filer fra en internetbrowser.

Grassroots DICOM er et C++-bibliotek for DICOm-medicinske filer. Den omsluttes automatisk om python/C#/Java (med swig). Den understøtter RAW,JPEG (med og uden kvalitetstab),J2K,JPEG-LS, RLE og deflated.

Installer denne pakke for programmerne gdcmanon, gdcmclean, gdcmconv, gdcmdiff, gdcmdump, gdcmpap3, gdcmgendir, gdcmimg, gdcminfo, gdcmpdf, gdcmraw, gdcmscanner, gdcmscu, gdcmtar, gdcmxml.

Dette projekt står for Medical Image Conversion, dvs. et medicinsk billedkonverteringsværktøj. Programmet er udgivet under (L)GPL. Den fulde C-kildekode fra biblioteket følger med. Det er et fleksibelt kommandolinjeredskab med en pæn grafisk grænseflade, som anvender GTK+- værktøjssættet. Formater som aktuelt understøttes er: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 og PNG.

Programmet giver også mulighed for at læse ej understøttede filer uden komprimering, at udskrive billedpunktsværdier eller at udtrække/ændre rækkefølge på specificerede billeder. Det er muligt at hente de rå binære/ascii-billedarray'er eller at skrive PNG for skrivebordsprogrammer.

Dette er kommandolinjeværktøjet for jobbehandling.

Kommandolinjeværktøjer til at køre almene billedbehandlingsopgaver på 2D- og 3D-gråtonebilleder, og grundlæggende operationer på triangulære mesher. Understøttede billedbehandlingsalgoritmer er billedfiltrering, kombinering, billedregistrering, bevægelseskompensation for billedserier og estimering af forskellig statistik over billeder. Denne pakke indeholder også nipype-grænsefladerne for disse kommandolinjeværktøjer.

MIA-fremviserprogram for visualiseringen af 3D-datasæt. Grænsefladerne og understøttede datatyper fokuserer på resultaterne, som kan indhentes ved at køre programmer fra pakken mia-tools.

Dette værktøj tilbyder en simpel 3D-optegner, som kan visualisere overflader direkte fra 3D-volumeer og kan bruges til at angive 3D-landemærker. Det er bedst egnet for CT-datasæt.

Denne pakke indeholder værktøjer til at manipulere MINC-filer.

Minc-filformatet er et stærkt fleksibelt medicinsk billedfilformat bygget oven på det NetCDF-generaliserede dataformat. Formatet er simpelt, selvbeskrivende, kan udvides, flytbart og n-dimensionelt med programmeringsgrænseflader for dataadgang på lavt niveau og manipulering af diskenhed (volume) på højt niveau. Oven på bibliotekerne er en programpakke af generiske manipulationsværktøjer for billedfiler. Formatet, biblioteket og værktøjer er designet for brug i forskningsmiljøer for medicinsk billedfremstilling: De er simple og funktionsrige og gør intet for at vise en pæn brugerflade for brugerne.

Dette er et visualiserings- og analyseværktøj baseret på en grafisk brugerflade for (funktionelle) magnetiske resonansbilleder. MRIcon kan bruges til at oprette 2D- eller 3D-optegninger af statistiske overlagskort på billeder med hjerneanatomi. Derudover tegner det anatomiske regioner-af-interesse (ROI), eller læsionskortlægning, samt grundlæggende analyse af funktionelle tidsserier (f.eks. oprettelse af plot af peristimulus signal-change).

Udover »mricorn« tilbyder denne pakke også »dcm2nii«, der understøtter konvertering af DICOM- og PAR/REC-billeder til NIfTI-formatet og »npm« for ikkeparametrisk dataanalyse.

Værktøjssæt til at udføre diffusion-vægtet MRI-hvidt stof traktografi i hjernen ved tilstedeværelse af krydsende fibre, via Constrained Spherical Deconvolution og en probabilistisk streamlines-algoritme. Magnetiske resonansbilleder i DICOM-, ANALYZE- eller ikke komprimeret NIfTI-format er understøttet.

Niftilib er et sæt af i/o-biblioteker for læsning og skrivning af filer i NIfTI-1-dataformatet. NIfTI-l er et binært filformat for lagring af medicinske billeddata, f.eks. magnetisk resonansbillede (MRI) og funktionel MRI (fMRI) hjernebilleder.

Denne pakke tilbyder værktøjerne som leveres med biblioteket (nifti_tool, nifti_stats og nifti1_test).

Odil udnytter C++-konstruktioner til at tilbyde en brugervenlig API for forskellige dele af DICOM-standarden. Inkluderet i Odil er undtagelsesbaseret fejlhåndtering, generisk adgang til datasætelementer, JSON- og XML-repræsentation af datasæt og generisk implementering af beskeder, klienter og servere for forskellige DICOM-protokoller.

Denne pakke indeholder programmet for kommandolinjen.

ODIN er en ramme for magnetisk resonansbilledoprettelse (MRI). Den dækker hele værktøjskæden for MRI, fra dataindhentelse på lavt niveau til billedrekonstruktion. Specielt forsøger programmet at lave hurtige prototyper for MRI-sekvenser. Sekvenserne kan programmeres via en højniveau, objektorienteret, C++-programmeringsgrænseflade. Den tilbyder avancerede sekvensanalyseværktøjer, såsom interaktiv plotning af k-space baner, en brugerflade for en hurtig compile-link-test cyklus og en funktionsrig MRI-simulator, som understøtter forskellige virtuelle prøver. For hurtig og fleksibel billedrekonstruktion indeholder ODIN en flertrådet databehandlingsramme, der kan tilpasses.

OpenSlide er et C-bibliotek, som tilbyder en simpel grænseflade til at læse whole-slide-billeder også kendt som virtuelle dias.

Whole-slide-billeder, også kendt som virtuelle dias, er store, højopløste billeder brugt i digital patologi. Læsning af disse billeder med normale billedværktøjer eller biblioteker er en udfordring, da disse værktøjer typisk er designet for billeder som komfortabelt kan udpakkes i RAM eller en swap-fil. Whole-slide-billeder overgår normalt RAM-størrelsen og fylder ofte en masse gigabyte, når de er udpakket. Derudover er whole-slide typisk i flere opløsninger, og kun en lille mængde af billeddata er krævet ved en bestemt opløsning.

Dette bibliotek understøtter i øjeblikket:

• Aperio (.svs, .tif)
• Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi)
• Leica (.scn)
• MIRAX (.mrxs)
• Sakura (.svslide)
• Trestle (.tif)
• Generic tiled TIFF (.tif)

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjer for filmanipulering.

Orthanc forsøger at tilbyde en simpel, men funktionsrig DICOM-server for medicinske billeder. Orthanc kan omdanne enhver computer, der afvikler Windows eller Linux til et Vendor Neutral Archive (med andre ord et mini-PACS-system). Dets arkitektur er simpel, så ingen kompleks databaseadministration er krævet eller installation af tredjepartsafhængigheder.

Det som gør Orthanc unik er det faktum, at det tilbyder en RESTful-API. Takket være denne vigtige funktioner er det muligt at afvikle Orthanc fra ethvert computersprog. DICOM-mærkerne for lagrede medicinske billeder kan hentes i JSON-filformatet. Derudover kan PNG-billeder oprettes løbende fra DICOM-instanser af Orthanc.

Orthanc lader sine brugere fokusere på indholdet af DICOM-filerne og skjuler kompleksiteten for DICOM-formatet og for DICOM-protokollen.

Orthanc-WSI har understøttelse af whole-slide-billedbehandling til digital patologi i Orthanc, den simple, RESTful Vendor Neutral Archive til medicinsk billeddannelse.

Denne pakke indeholder to kommandolinjeværktøjer til konvertering af whole-slide billeder til og fra DICOM. Understøttelse af proprietære filformater er tilgængelig via OpenSlide. Pakken indeholder også et Orthanc-udvidelsesmodul til at vise sådanne DICOM-billeder for enhver internetbrowser. Implementeringen følger DICOM-tillæg 145.

Dette er et uafhængigt DICOM-værktøjssæt, som implementerer kode til læsning og oprettelse af DICOM-data, DICOM-netværks- og filunderstøttelse, en database for DICOM-objekter, understøttelse for visning af mapper, billeder, rapporter og spektra samt DOCOM- objektvalidering.

Tilbyder kommandolinjeprogrammer til at bruge pixelmed.

Plastimatch er et program for deformationsbilledregistrering, udarbejdet i åben kildekode. Det er designet for højtydende rumfangsregistrering for medicinske billeder, såsom x-røntgen beregnet tomografi (CT), magnetisk resonans billedbehandling (MRI) og positron-emissionstomografi (PET). Inkluderede funktioner:

• B-spline-metode for deformationsbilledregistrering (GPU- og multikerneaccelereret), inklusive understøttelse for billedmaskering, skelsættende sanktioner, og legalisering
• Demons method for deformable image registration (GPU-accelereret)
• Fleratlassegmentering
• ITK-baserede algoritmer for oversættelse, rigid, affine, flere dæmonmetoder og B-spline-registrering
• Pipelined, flertrins registreringsrammeværktøj med seamless konvertering mellem de fleste algoritmer og transformeringstyper
• Landmark-based deformable registrering med brug af thin- plate splines for global registrering
• Landmark-based deformable registration med brug af radial grundfunktioner for lokale rettelser
• Bred understøttelse for 3D-billedformater (der bruger ITK), inklusive DICOM, Nifti, NRRD, MetaImage og Analyze

• Omfattende værktøjskæde for radioterapiforskning, inklusive understøttelse for DICOM- DICOM-RT-, DICOM SRO- og XiO-filformatet, gammaanalyse, kontourmanipulering, kontouroverlapsanalyse og analyse af vektorfelt Plastimatch indeholder også to nyttige redskaber, som ikke er direkte forbundet med billedregistrering:

• FDK cone-beam CT reconstruction (GPU og accelereret via flere kerner)

• Digitalt rekonstrueret radiograf-oprettelse (DRR) (GPU- og flerkerneaccelereret)

DIPY er et program til beregningsneuroanatomi. Det fokuserer på diffusionsmagnetisk resonansbilleddannelsesanalyse (dMRI) og traktografi, men indeholder også implementeringer af andre beregningsmæssige billedbehandlingsmetoder, som f.eks. fjernelse af støj og registrering, der er anvendelige til større medicinsk billeddannelse og billedbehandlingsfællesskaber. Derudover er DIPY et internationalt projekt, som samler forskere på tværs af laboratorier og lande for at dele deres moderne kode og ekspertise i den samme kodebase, hvilket fremskynder videnskabelig forskning inden for medicinsk billeddannelse.

Her er nogle af højdepunkterne:

• Genopbygningsalgoritmer: CSD, DSI, GQI, DTI, DKI, QBI, SHORE og MAPMRI
• Fibersporingsalgoritmer: deterministisk og sandsynlig
• Medfølgende lineær og ikke-lineær registrering af billeder
• Hurtige operationer ved strømlinjeformning (udvælgelse, resampling, registrering)
• Traktografisegmentering og gruppering
• Mange billedoperationer, f.eks. ændr af størrelse eller fjernelse af støj NLMEANS
• Estimering af afstande/korrespondance mellem strømlinjer og forbindelsesmatricer
• Interaktiv visualisering af strømlinjer i billedrummet

Denne pakke indeholder Python 3-versionen.

NiBabel tilbyder læse- og skriveadgang til nogle almindelige filformater for medicinske og neuromæssige billeder inklusive: ANALYZE (plain, SPM99, SPM2), GIFTI, NIfTI1, MINC samt PAR/REC. De forskellige billedformatklasser giver fuld eller selektiv adgang til hovedinformation (meta) og adgang til billeddata gøres tilgængelig via NumPy-rammer. NiBabel er efterfølgeren til PyNIfTI.

NiPy er en Pythonbaseret ramme til analyse af strukturelle og funktionelle neuroimaging-data. Rammen tilbyder funktionalitet for

• Generel lineær model (GLM) statistisk analyse
• Kombineret kurvetidskorrektion og bevægelseskorrektion
• Generelle rutiner til billedregistrering med fleksible kostfunktioner, optimeringsprogrammer og re-sampling skemaer
• Billedsegmentering
• Grundlæggende visualisering af resultater i 2D og 3D
• Grundlæggende diagnostik af tidsserier
• Analyse af klynger og aktivitetsmønstre på tværs af emner
• Reproducerbar analyse for gruppestudier

Nipype har en grænseflade for Python til andre neuroimaging-pakker og opretter en API til at angive en fuld analysedatakanal i Python. I øjeblikket er der grænseflader for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, men kan udvides for andre pakker (såsom lipsia).

Nitime er et Pythonmodul for analyse af tidsserier for data fra neurovidenskabelige eksperimenter. Det indeholder en kerne af numeriske algoritmer til analyse af tidsseriere både i tids- og spektraldomænet, et sæt af containerobjekter til at repræsentere tidsserier og diverse objekter der vise en grænseflade på højt niveau til det numeriske maskineri og gør gængse analyseopgaver nemt at udtrykke med kompakt og semantisk korrekt kode.

Pydicom er et rent Pythonmodul til at fortolke DICOM-filer. DICOM er en standard (http://medical.nema.org) til at kommunikere medicinske billeder og relateret information såsom rapporter og radioterapiobjekter.

Pydicom gør det nemt at læse DICOM-filer i naturlige pythoniske strukturer for nem manipulering. Ændrede datasæt kan skrives igen til DICOM-formatfiler.

Denne pakke installerer modulet for Python 3.

Pyxid er et Pythonbibliotek til interaktion med Cedrus XID (eXperiment Interface Device) og StimTracker-enheder. XID-enheder bruges i programmer såsom SuperLab, Presentation og ePrime til at modtage inddata som en del af stimulus/svar testeksperimenter.

Pyxid håndtere al enhedshåndtering på lavt niveau for XID-enheder i Pythonprojekter.

Dette er en Python 3-pakke for visualisering og interaktion med kortikale overfladerepræsentationer af neruobilleddata fra Freesurfer. Pakken udvider Mayavis funktionsrige visualiseringsmotor med en grænseflade på højt niveau for arbejde med MRI- og MEG-data.

PySurfer tilbyder både en grænseflade for kommandolinjen designet til bredt at replikere Freesurfers Tksurfer-program samt et Pythonbibliotek til at skrive skripter til effektivt at udforske komplekse datasæt.

Brugervenligt program til at kalibrere mono- og stereokameraer.

SightCalibrator kan optage billeder, videofiler eller andre understøttede kameraenheder. Programmet registrerer tilstedeværelse af et skakbræt i billeder. Parametrene for skakbrættet kan tilpasses. Individuelle billeder kan så markeres til brug i beregningen af kalibreringen. Sidst kan parametrene intrinsic og extrinsic eksporteres i OpenCV-formatet, Yaml eller XML.

Medicinsk billedfremviser der har negatoscope, rekonstruktion i flere plan og optegning af volumen.

Mange billedformater håndteres såsom DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti, ... Rekonstruktioner kan også importeres fra DICOM- og vtkf-formater og visualiseres i blandet optegning med billeder.

Værktøjer tilbydes til at måle afstande for strukturer i billedet og for at placere landmærker.

Sidst, så kan SightViewer også forbinde direkte til en PACS, og så forespørge, hente eller overføre DICOM-filer.

SigViewer er et fremvisnings- og bedømmelsesprogram for biomedicinske signaldata. Det afhænger af biosig4c++-biblioteket, som understøtter et antal dataformater (inklusive EDF, BDF, GDF, BrainVision, BCI2000, CFWB, HL7aECG, SCP_ECG (EN1064), MFER, ACQ, CNT(Neuroscan), DEMG, EGI, EEG1100, FAMOS, SigmaPLpro, TMS32). Den fuldstændige liste over understøttede filformater er tilgængelig på http://pub.ist.ac.at/~schloegl/biosig/TESTED.

Udover at vise biosignaler undestøtter SigViewer oprettelse af annotationer til at vælge artefakter eller specifikke hændelser.

SOFA (»Simulation Open Framework Architecture«) er et open souce- rammeværktøj primært målrettet mod realtidssimulering, med vægt på medicinsk simulering. Det er hovedsagelig rettet mod forskningssamfundet til at hjælpe med at udvikle nye algoritmer, men kan også bruges som et effektivt værktøj for prototyper.

Denne pakke indeholder hovedprogrammet for SOFA.

Teem er en koordineret gruppe af biblioteker til at repræsentere, behandle og visualisere videnskabelige rasterdata. Teem inkluderer værktøjer for kommandolinjen, som tillader at biblioteksfunktionerne hurtigt kan anvendes på filer og strømme, uden at der skal skrives kode. De mest vigtige og nyttige biblioteker i Teem er:

• Nrrd (og kommandolinjeværktøjet unu oven på) understøtter en bred vifte af operationer til at transformere N-dimensionelle rasterdata (resample, crop, slice, project, histogram etc.) samt NRRD-filformatet for lagring af tabeller og deres metainformation.
• Gage: Hurtig convolution-baserede målinger ved arbitrære punktlokationer i diskenhedsdatasæt (skala, vektor, tensor, etc.).
• Mite: En flertråde ray-casting diskenhedsoptegner med overførselsfunktioner baseret på enhver mængde som Gage kan måle
• Ten: til at estimere, behandle og visualisere diffusion tensor-felter, inklusive fibertraktografimetoder.

Denne pakke indeholder nogle simple værktøjer for kommandolinjen, som tilbyder hurtig og nem adgang til funktionaliteten i diverse biblioteker.

Billede og metadata kan læses fra filtyperne TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, STK, LSM, NIH, ImageJ, MicroManager, FluoView, SEQ og GEL.

Kun et undersæt af TIFF-specifikationen er understøttet, hovedsagelig uden komprimering og komprimeret med kvalitetstab 2** (0´til 6) bit- heltal, 16-, 32- og 64-bit kommatal, gråskala og RGB(A)-billeder, som ofte bruges i biovidenskabelige billeder. Specifikt er læsning af JPEG/CCITT-komprimerede billeddata eller EXIF/IPTC/GPS/XMP-metadata ikke implementeret. Kun primære informationsposter læses for STK-, FluoView-, MicroManager- og NIH-billedformaterne.

TIFF, Tagged Image File Format, er under kontrol af Adobe Systems. BigTiff tillader filer større end 4 GB. STK, LSM, FluoView, SEQ, GEL og OME-TIFF er tilpassede udvidelser defineret af MetaMorph, Carl Zeiss MicroImaging, Olympus, Media Cybernetics, Melecular Dynamics og Open Microscopy Environment-konsortiet respektivt.

Dette er et værktøjssæt til analyse af funktionelle eksperimenter for neurobilledoprettelse (hovedsagelig fMRI) og voxel-baserede læsion-adfærd kortlægning. VoxBo understøtter den modificerede GLM (for autokorrelerede data), samt standard-GLM for ikke automatiske korrelerede data. Værktøjskassen er designet til at være kompatibel med AFNI, FSL, SPM og andre.

Medicinsk billedfremviser der har negatoscope, rekonstruktion i flere plan og optegning af volume.

Mange billedformater håndteres såsom DICOM, mhd, inr.gz, vtk, vti, ... segmenteringsmesh'er kan også importeres fra DICOM og vtkf-formater og visualiseres i blandet optegning med billeder.

Værktøjer tilbydes til at måle afstande for strukturer i billedet og for at placere landmærker.

Sidst VRRender kan også forbinde direkte til en PACS, og så anmode om, hente eller overføre DICOM-filer.

Denne pakke indeholder et sæt af klasser for håndtering af DICOM-filer og metadata inden fra VTK, og nogle redskabsprogrammer til forståelse af og konvertering af DICOM-filer.

Værktøjer for kommandolinjen.

Dette projekt står for Medical Image Conversion, dvs. et medicinsk billedkonverteringsværktøj. Programmet er udgivet under (L)GPL. Den fulde C-kildekode fra biblioteket følger med. Det er et fleksibelt kommandolinjeredskab med en pæn grafisk grænseflade, som anvender GTK+- værktøjssættet. Formater som aktuelt understøttes er: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), DICOM 3.0, InterFile 3.3 og PNG.

Programmet giver også mulighed for at læse ej understøttede filer uden komprimering, at udskrive billedpunktsværdier eller at udtrække/ændre rækkefølge på specificerede billeder. Det er muligt at hente de rå binære/ascii-billedarray'er eller at skrive PNG for skrivebordsprogrammer.

Dette er programversionen til X baseret på GTK+. Behandler kun én fil ad gangen.

Et programværktøjssæt for beregningsmorfometri for biomedicinske billeder, CMTK består af et sæt af kommandolinjeværktøjer og et motorbibliotek til generelle formål for behandling og I/O.

Kommandolinjeværktøjerne tilbyder primært den følgende funktionalitet: registrering (affine og ikke-stive, enkel og flerkanal, parvis og gruppevis), billedkorrektion (MR-biasfeltestimering, interleaved billedartefaktkorrektion), forarbejdning (filtre, kombination af segmenter via afstemninger og STAPLE, formbaseret gennemsnit), statistik (t-test, generel lineær regression).

Fremviseren, »The Connectome Viewer« er et udvideligt, skriptbart, pythonisk forskningsmiljø for visualisering og (netværks-)analyse i neurobilledbehandling og »connectomics«.

Med brug af formatet »Connectone File Format«, bliver forskellige datatyper såsom netværk, overflader, volume, spor og metadata håndteret og integreret. Fremviseren »The Connectome Viewer« er en del af værktøjssættet »MR Connectome Toolkit«.

Billedregistrering baseret på den velkendte Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). Programmet består af en samling af algoritmer, som ofte bruges til at løse (medicinske) billedregistreringsproblemer. Det modulære design i elastix lader brugeren hurtigt konfigurere, teste og sammenligne forskellige registreringsmetoder for et specifik program. En kommandolinjegrænseflade aktiverer automatiseret behandling af et stort antal datasæt, ved hjælp af skripter.

Denne pakke tilbyder en binær fil til at omdanne PDF-formaterede proteiner til forenklet men instruktiv grafik. Programmet er blevet brugt for Månedens protein's biomolekylære illustrationer for de sidste 20 år.

Imview er et program som

• Viser et stort antal billedformater
• Viser 2D- eller 3D-billeder (som dias) med en udbygget zoom- og panoreringsfunktion.
• Virker med flerspektral, tidsserier eller flersidedokumenter (f.eks.: satellitbilleder, TIFF-stakke, animerede GIF'er og heterogene flerkomponentfiler).
• Viser alle billedpunktstyper (1-bit til 64-bit data, heltal eller kommatal.
• Arbitrær 1-D-profil af 2-D-billeder (eller af 2-D-dias af 3-D-billeder) kan vises.
• Har understøttelse for arbitrære farvekort for alle billedpunktstyper (dvs.: falsk farvevisning).
• Har standardfaciliteter for billedmanipulering (lysstyrke/kontrast, gamma, zoon, beskær, rotation etc.).
• Kan kontrolleres eksternt via sokler og tekstkommandoer (for nem integrering i forskellige analysesystemer for billeder).
• Billeder kan overføres til Imvies via sokler eller delt hukommelse.
• Og meget mere!

Orthanc DICOMweb er et udvidelsesmodul til Orthanc, det simple RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Det udvider Orthanc-kernen med understøttelse for WADO- (nu kendt som WADO-URI) og DICOMweb-standarderne (QIDO-RS, STOW-RS, WADO-RS).

Denne pakke installerer et udvidelsesmodul for Orthanc, det simple, RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Udvidelsesmodulet udvider Orthanc med en transkoder/afkoder for DICOM-billeder, der er bygget på GDCM-biblioteket, hvorimod den indbyggede transkoder/afkoder i Orthanc bruger DCMTK.

Dette udvidelsesmodul er nødvendigt for at Orthanc kan transkode og afkode JPEG2k-overførselssyntakser.

Dette ImageJ-udvidelsesmodul gør det muligt for ImageJ at gennemse indholdet af en Orthanc-server og importere 2D/3D DICOM-billeder fra Orthanc til ImageJ. Orthanc er en simpel RESTful DICOM-server for sundhedspleje og medicinsk forskning.

Dette udvidelsesmodul forenkler indekseringen af DICOM-billeder, når ImageJ bruges (f.eks. for kvalitetskontrol af DICOM-modaliteter, eller til pædagogisk brug). Der er heller ikke noget behov for at udføre en kompleks netværkskonfiguration, da udvidelsesmodulet direkte bruger REST API'en for Orthanc. Dette gør dens installation og dens brug ret ligefrem.

Orthanc MySQL er et sæt med to udvidelsesmoduler til Orthanc, et simpelt, RESTful Vendor Neutral Archive til medicinske billeder. Disse udvidelsesmoduler overskriver SQLite-motoren til Orthanc med en MySQL- eller MariaDB-motor. De bringer skalerbarhed til Orthanc, hvilket gør programmet klar til virksomheder.

Denne pakke installerer et udvidelsesmodul for Orthanc, det simple, RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Dette udvidelsesmodul tilføjer understøtter for neurobilleder i Orthanc, specielt for nemt at konvertere fra DICOM til NIfTI.

Orthanc PostgreSQL er et sæt af to udvidelsesmoduler til Orthanc, et simpelt RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Disse udvidelsesmoduler overskriver SQLite-standardmotoren for Orthanc med en PostgreSQL-motor. De bringer skalering til Orthanc, hvilket gør den klar for virksomhedsbrug.

Orthanc-netfremviser er et udvidelsesmodul til Orthanc, et simpelt, RESTful Vendor Neutral Archive for medicinske billeder. Modulet udvider Orthanc med en integreret internetfremviser for DICOM-billeder.

ParaView er et program til flere platforme, udviklet i åben kildekode og designet til at visualisere datasæt med en størrelse der varierer fra lille til meget stor.

• Udvikl et visualiseringsprogram i åben kildekode og til flere platforme
• Understøt distribuerede beregningsmodeller til behandling af store datasæt.
• Opret en åben, fleksibel og intuitiv brugergrænseflade.
• Udvikl en arkitektur, der kan udvides, baseret på åbne standarder.

ParaView kører på distribueret og delt hukommelse parallelt samt på systemer kun med en processor. Er blevet testet med succes på Windows, Mac OS X, Linux og diverse Unix-arbejdsstationer, klynger og supercomputere. Under motorhjelmen bruger ParaView visualiseringsværktøjssættet da databehandlings- og optegningsmotoren har en brugergrænseflade skrevet med Qt.

pngquant er et kommandolinjekonverteringsredskab til at kvantisere og farvereducere truecolor PNG-billeder, specielt dem med en fuld alfakanal, ned til 8-bit (eller mindre) RGBA-palet PNG'er. Sådanne billeder er normalt to til fire gange mindre end de fulde 32-bit versioner, og delvis gennemsigtighed bevares ret så godt. Dette gør pngquant specielt nyttigt for internetsider og for PlayStation 2-udvikling, hvor et af teksturformaterne er RGBA-palet-baseret (dog ikke PNG-komprimeret). Dette er den samme teknik brugt for mange af billederne på siden for Miscellaneous Transparent PNG'er (http://www.libpng.org/pub/png/pngs- img.html), og der kan ofte ikke ses forskel til den originale fil i truecolor PNG.

Optimeringsprogrammer (såsom pngcrush og optipgn) optimerer komprimeringen, normalt uden kvalitetstab, mens pngquant kvantiserer farver ned til 256 (eller færre) distinkte RGBA-kombinationer, hvilket giver kvalitetstab.

Denne opgave viser nogle pakker, der tilbyder håndteringssystemer for arbejdsforløb, der er nyttige i videnskabelig forskning.

Trimage er en grafisk brugerflade og grænseflade for kommandolinjen som optimerer billedfiler via optipng, advpng, pngcrush og jpegoptim, afhængig af filtypen (i øjeblikket er PNG- og JPG-filer understøttet). Alle billedfiler er pakket uden kvalitetstab på det højeste mulige komprimeringsniveau. Trimage tilbyder dig diverse forskellige inddatafunktioner, så de passer til det arbejdsforløb: En normal fildialog, træk og slip og diverse indstillinger for kommandolinjen.

The Berkeley Advanced Reconstruction Toolbox (BART) is a free and open-source image-reconstruction framework for Computational Magnetic Resonance Imaging. It consists of a programming library and a toolbox of command-line programs. The library provides common operations on multi-dimensional arrays, Fourier and wavelet transforms, as well as generic implementations of iterative optimization algorithms. The command-line tools provide direct access to basic operations on multi-dimensional arrays as well as efficient implementations of many calibration and reconstruction algorithms for parallel imaging, compressed sensing, and machine learning.

This package provides BART with CUDA support.