Debian Med Biology Development packages

Bio-Tradis contiene un insieme di strumenti per analizzare l'output da analisi TraDIS.

La catena di pipe Bio-Tradis è implementata sotto forma di libreria Perl estensibile che può essere usata tale e quale o come base per lo sviluppo di strumenti di analisi più avanzati.

Notare che è necessario installare manualmente BioConductor Edger che non può essere distribuito da Debian nella versione recente perché usa il codice non distribuibile locfit.

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per elaborare file BAM e include:

  bamsormadup:       ordinamento parallelo e marcatura di duplicati;
  bamcollate2:       legge BAM e scrive BAM riordinati in modo che siano
                     allineati o accorpati in base al nome
                     dell'interrogazione;
  bammarkduplicates: legge BAM e scrive BAM con allineamenti duplicati
                     segnati usando il campo dei flag di BAM;
  bammaskflags:      legge BAM e scrive BAM mascherando (rimuovendo) bit
                     dalla colonna dei flag;
  bamrecompress:     legge BAM e scrive BAM con un'impostazione di
                     compressione definita; questo strumento è in grado di
                     usare il multi-threading;
  bamsort:           legge BAM e scrive BAM riordinati per coordinate o per
                     nome dell'interrogazione;
  bamtofastq:        legge BAM e scrive FastQ; l'output può essere confrontato
                     * meno con il nome dell'interrogazione.

Il progetto Bioperl è uno sforzo coordinato per raccogliere metodi computazionali comunemente utilizzati in bioinformatica in un insieme di moduli Perl standard in stile CPAN ben documentati e liberamente disponibili. È ben accettato dalla comunità ed è usato da molti progetti di alto profilo, ad esempio Ensembl.

I pacchetti raccomandati sono necessari per eseguire alcuni dei binari inclusi; per una spiegazione dettagliata che include gli specifici moduli Perl inclusi, vedere README.Debian.

Il pacchetto suggerito migliora le pagine del manuale.

Contiene script dal pacchetto BioPerl-Run. Questo pacchetto installa anche tutte le applicazioni pacchettizzate in Debian per cui possono essere creati wrapper; quelle che non sono Libere sono "Consigliate" da questo pacchetto.

SQUID è una libreria di funzioni in C per l'analisi delle sequenze. Include molti piccoli programmi di utilità per convertire, mostrare statistiche, manipolare e fare altre operazioni sui file di sequenza.

Il nome originale del pacchetto è "squid" ma, visto che già era presente un pacchetto squid nell'archivio (il server proxy), è stato rinominato in "biosquid".

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per dimostrare le funzionalità della libreria SQUID.

Questa è l'implementazione di riferimento degli standard del Common Workflow Language.

Gli standard aperti CWL servono a descrivere flussi di lavoro e strumenti di analisi in un modo che li renda portabili e scalabili su una varietà di ambienti software e hardware, dalle workstation a cluster, cloud e ambienti HPC (High Performance Computing). CWL è progettato per soddisfare le esigenze di scienze con grande uso di dati, come la bioinformatica. le immagini medicali, l'astronomia, la fisica e la chimica.

L'implementazione di riferimento di CWL (cwltool) è pensata per essere ricca di funzionalità e per fornire una validazione completa di file CWL, oltre a fornire altri strumenti correlati al lavoro con descrizioni CWL.

Gffread è una utilità per analizzare GFF/GTF che fornisce conversioni di formato, filtraggio di regioni, estrazione di sequenze FASTA e altro.

Goby is a next-gen data management framework designed to facilitate the implementation of efficient data analysis pipelines.

Goby provides very efficient file formats to store next-generation sequencing data and intermediary analysis results.

Goby also provides utilities that implement common next-gen data computations. These utilities are designed to be relatively easy to use, yet very efficient.

This package provides the entire Goby framework, including application programs (i.e., Goby modes). It is released under the GPL3 license.

AcePerl è un'interfaccia Perl orientata agli oggetti per il database AceDB. Fornisce funzionalità per connettersi ai database AceDB remoti, eseguire query, caricare oggetti ACE e aggiornare database. La API di programmazione è compatibile con la API Java JADE ed è interoperabile con le API usate da BoulderIO.

AceDB è un sistema di database genomico sviluppato a partire dal 1989 principalmente da Jean Thierry-Mieg (CNRS, Montpellier) e Richard Durbin (Istituto Sanger). È stato originariamente sviluppato per il progetto del genoma C.elegans, dal quale è stato derivato il suo nome (A C. elegans DataBase).

Questo modulo fornisce un wrapper Perl per la libreria FANN (Fast Artificial Neural Network) (http://leenissen.dk/fann/wp/).

L'interfaccia orientata agli oggetti AI::FANN fornisce una mappatura quasi diretta all'API della libreria C.

The BAM Format is a binary format for storing sequence data. This is a lightweight C implementation of the read name collation code from the larger bambam C++ project to handle BAM file input and BAM file output.

This package contains the static library and header files.

BamTools facilita l'analisi in ricerca e la gestione dei dati usando file BAM. Fa fronte all'enorme quantità di dati prodotti dalle tecnologie di sequenziamento attuali che sono tipicamente memorizzati in formati binari compressi che non sono facilmente gestiti dagli analizzatori basati su testo comunemente usati nella ricerca bioinformatica.

BamTools fornisce sia un'API C++ per gestire file BAM, sia un toolkit a riga di comando.

Questo è il pacchetto dell'API per gli sviluppatori.

Questo pacchetto fornisce i file necessari per sviluppare con la libreria C libBigWig, per leggere/analizzare file bigWig e bigBed locali e remoti.

Indexes Stockholm format alignments such as those from Pfam and Rfam. Returns raw stream data using the ID or a Bio::SimpleAlign object (via Bio::AlignIO).

Bio::AlignIO::stockholm also allows for ID parsing using a callback:

Bio::ASN1::EntrezGene and Bio::ASN1::Sequence are regular expression-based parsers for NCBI Entrez Gene genome databases (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene).

They parse ASN.1-formatted Entrez Gene records and NCBI sequences, returning data structures that contain all data items from the gene records or the sequence records.

The parser will report error & line number if input data does not conform to the NCBI Entrez Gene genome or NCBI Sequence annotation file format.

Bio::ASN1::Sequence is basically a modified version of the high-performance Bio::ASN1::EntrezGene parser. However this standalone module exists since it is more efficient to keep Sequence-specific code out of EntrezGene.pm.

The module Bio::Chado::Schema is a standard object-relational mapping layer for use with the GMOD Chado database schema. Chado is an open-source modular database schema for biological data.

Il modulo ClusterIO funziona con il modulo per formato ClusterIO per leggere vari formati di cluster come UniGene di NCBI.

Il progetto BioPerl è uno sforzo coordinato per raccogliere metodi computazionali, regolarmente usati in bioinformatica, in un insieme di moduli Perl in stile CPAN standard, ben documentati e liberamente disponibili.

A partire dalla versione 1.7 di BioPerl, diversi moduli sono stati suddivisi in progetti separati. Questo pacchetto fornisce il modulo Bio::Coordinate per lavorare con coordinate biologiche.

Bio::Das::Lite is an implementation of the BioDas protocol for the retrieval of biological data from XML sources over HTTP.

Bio::Das::Lite is designed as a lightweight and more forgiving alternative to the client/retrieval/parsing components of Bio::Das. Bio::Das::Lite itself is not a drop-in replacement for Bio::Das but it can be subclassed to do so.

Bio::DB::BioFetch is a guaranteed best effort sequence entry fetching method. It goes to the Web-based dbfetch server located at the EBI (http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch) to retrieve sequences in the EMBL or GenBank sequence repositories.

Bio::DB::BioFetch implements all the Bio::DB::RandomAccessI interface, plus the get_Stream_by_id() and get_Stream_by_acc() methods that are found in the Bio::DB::SwissProt interface.

Allows the dynamic retrieval of sequence objects Bio::Seq from the EMBL database using the dbfetch script at EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch.

In order to make changes transparent host type (currently only ebi) and location (defaults to ebi) were separated out. This allows later additions of more servers in different geographical locations.

The functionality of this module is inherited from Bio::DB::DBFetch which implements Bio::DB::WebDBSeqI.

HTSlib è un'implementazione di una libreria C unificata per l'accesso a formati di file, come SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM e VCF (Variant Call Format), comunemente usati per dati di sequenziamento ad alte prestazioni ed è la libreria principale utilizzata da samtools e bcftools. HTSlib dipende solamente da zlib. È noto che è compatibile con gcc, g++ e clang.

HTSlib implementa un indice BAM (SAM binario) generalizzato con estensione di file "csi" (coordinate-sorted index). Questo lettore di file HTSlib cerca prima il nuovo indice e poi il vecchio, se quello nuovo è assente.

Questo pacchetto fornisce un'interfaccia Perl alla libreria HTS.

Provides a single place to setup some common methods for querying NCBI web databases. Bio::DB::NCBIHelper just centralizes the methods for constructing a URL for querying NCBI GenBank and NCBI GenPept and the common HTML stripping done in postprocess_data().

The base NCBI query URL used is: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

The Bio::DB::SeqFeature object is the default SeqFeature class stored in Bio::DB::SeqFeature databases. It implements both the Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI and Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI interfaces, which means that its subfeatures, if any, are stored in the database in a normalized fashion, and that the parent/child hierarchy of features and subfeatures are also stored in the database as set of tuples. This provides efficiencies in both storage and retrieval speed.

Typically you will not create Bio::DB::SeqFeature directly, but will ask the database to do so on your behalf, as described in Bio::DB::SeqFeature::Store.

The Bioperl project is a coordinated effort to collect computational methods routinely used in bioinformatics into a set of standard CPAN-style, well-documented, and freely available Perl modules. This package provides a programmatic interface to NCBI's Entrez Programming Utilities commonly referred to as E-utilities. Namely, it provides the Bio::DB::EUtilities and Bio::Tools::EUtilities perl modules.

Entrez is a federated search engine at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) for a large number of databases covering a variety of biomedical data, including nucleotide and protein sequences, gene records, three-dimensional molecular structures, and the biomedical literature. E-utilities are a set of eight server-side programs that provide a stable interface into the Entrez query and database system at the National Center for Biotechnology Information (NCBI).

An I/O iterator subsystem for genomic sequence features.

Bio::FeatureIO is a handler module for the formats in the FeatureIO set (eg, Bio::FeatureIO::GFF). It is the officially sanctioned way of getting at the format objects, which most people should use.

The Bio::FeatureIO system can be thought of like biological file handles. They are attached to filehandles with smart formatting rules (eg, GFF format, or BED format) and can either read or write feature objects (Bio::SeqFeature objects, or more correctly, Bio::FeatureHolderI implementing objects, of which Bio::SeqFeature is one such object). If you want to know what to do with a Bio::SeqFeatureI object, read Bio::SeqFeatureI.

The idea is that you request a stream object for a particular format. All the stream objects have a notion of an internal file that is read from or written to. A particular FeatureIO object instance is configured for either input or output. A specific example of a stream object is the Bio::FeatureIO::gff object.

The Bio::Graphics::Panel class provides drawing and formatting services for any object that implements the Bio::SeqFeatureI interface, including Ace::Sequence::Feature, Das::Segment::Feature and Bio::DB::Graphics objects. It can be used to draw sequence annotations, physical (contig) maps, protein domains, or any other type of map in which a set of discrete ranges need to be laid out on the number line.

MAGE-TAB (MicroArray Gene Expression Tabular) format is a standard from the Microarray Gene Expression Data Society (MGED). This package contains Perl modules in the Bio::MAGE hierarchy to manipulate MIAME-compliant (Minimum Information About a Microarray Experiment) records of microarray ("DNA chips") experiments.

The Bio::MAGE module contains the following Bio::MAGE classes:

• NameValueType
• Extendable
• Identifiable
• Describable

MAGE-TAB (MicroArray Gene Expression Tabular) format is a standard from the Microarray Gene Expression Data Society (MGED). This package contains Perl modules in the Bio::MAGE hierarchy to manipulate MIAME-compliant (Minimum Information About a Microarray Experiment) records of microarray ("DNA chips") experiments.

Bio-MAGE-Utils contains extra modules for handling MAGE XML and MGED ontology, as well as SQL utilities.

Bio::PrimerDesigner fornisce un'interfaccia di basso livello agli eseguibili binari primer3 ed epcr, e metodi per restituire i risultati. In aggiunta ad accedere alle installazioni locali di primer3 ed e-PCR, offre anche la possibilità di accedere al binario primer3 attraverso un server remoto.

Bio::SamTools fornisce un'interfaccia Perl alla libreria libbam per database di allineamenti di sequenze SAM/BAM indicizzati e non indicizzati. Fornisce il supporto per il recupero di informazioni su allineamenti singoli, coppie di letture e informazioni sulla copertura degli allineamenti su grandi regioni. Fornisce anche funzionalità di callback per rilevare SNP ed effettuare altre funzioni base-per-base. La maggior parte delle operazioni è compatibile con l'interfaccia BioPerl Bio::SeqFeatureI, permettendo di utilizzare file BAM come backend per l'applicazione per navigazione di genomi GBrowse.

The Bio::SCF (Standard Chromatogram Format) module allows you to read and update (in a restricted way) SCF chromatographic sequence files. It is an interface to Roger Staden's io-lib. It has both tied hash and an object-oriented interfaces. It provides the ability to read fields from SCF files and limited ability to modify them and write them back.

This distribution provides a Perl interface to PAML, a suite of programs (baseml, codeml, evolver, and yn00) for phylogenetic analyses of DNA or protein sequences using maximum likelihood.

The Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::* modules provide an interface to run the PAML programs while Bio::Tools::Phylo::PAML provides an interface to parse their output files.

This distribution is part of the Bioperl project.

Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw fornisce un'interfaccia Perl a Clustal W, un programma per allineamento di sequenze nucleotidiche e peptidiche multiple.

Questo modulo fa parte del progetto Bioperl.

Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee fornisce un'interfaccia Perl a T-Coffee, un programma per allineamenti multipli di strutture e sequenze di DNA, RNA e proteine.

Questo modulo fa parte del progetto Bioperl.

Classe per l'esecuzione remota di NCBI Blast tramite HTTP.

Per una descrizione dei tanti parametri CGI, si veda: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

Sono disponibili diversi formati di input e opzioni aggiuntive.

The code in this distribution focuses on simple low-dependency variant-related functionality for BioPerl.

Bio::Variation name space contains modules to store sequence variation information as differences between the reference sequence and changes sequences. Also included are classes to write out and recrete objects from EMBL-like flat files and XML. Lastly, there are simple classes to calculate values for sequence change objects.

BioJava è un progetto open source dedicato a fornire un'infrastruttura Java per elaborare dati biologici. Include oggetti per manipolare sequenze, analizzatori di file, supporto per client e server DAS, accesso a database BioSQL ed Ensembl e potenti procedure di analisi e di statistica incluso un toolkit per programmazione dinamica.

BioJava è fornito da una vibrante comunità che si incontra annualmente alla Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) che tradizionalmente accompagna l'incontro Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB). Come BioPerl, l'impiego di questa libreria è inestimabile per chiunque sia attivo nel campo grazie ai molti trucchi del mestiere che si imparano semplicemente comunicando sulla mailing list.

Questo è un pacchetto di dipendenze che dovrebbe permettere aggiornamenti senza problemi alle nuove versioni.

Questo pacchetto presenta l'API Java open source per i database biologici e una serie di algoritmi, la maggior parte basati su sequenze.

BioJava è un progetto open source dedicato a fornire un'infrastruttura Java per elaborare dati biologici. Include oggetti per manipolare sequenze, analizzatori di file, gestione server, accesso a database BioSQL e Ensembl e potenti funzioni analitiche e statistiche incluso un toolkit di programmazione dinamica.

Bioparser is a c++ implementation of parsers for several bioinformatics formats. It consists of only one header file containing template parsers for FASTA, FASTQ, MHAP, PAF and SAM format. It also supports compressed files with gzip.

Blasr_libcpp è una libreria utilizzata da blasr e da altri eseguibili, come samtoh5 e loadPulses, per analizzare sequenze PacBio. Questa libreria contiene tre sottolibrerie che includono pbdata, hdf e alignment.

Questo pacchetto contiene i file header e la libreria statica per la sottolibreria alignment.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi principali di Bio++.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi di Bio++ per la filogenetica.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi di Bio++ dedicate alla filogenesi genomica.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi per la genetica di popolazione di Bio++.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo delle classi grafiche di Bio++ sviluppate in Qt.

Questa libreria contiene utilità e classi per interrogare database pubblici (GenBank, EMBL, SwissProt, ecc.) usando acnuc. Fa parte del progetto Bio++.

Questo pacchetto contiene i file header e la libreria statica.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi di Bio++ per le classi per analisi di sequenze.

Bio++ è un insieme di librerie C++ per la bioinformatica, incluse analisi di sequenze, filogenetica, evoluzione molecolare e genetica di popolazione. Bio++ è orientato agli oggetti ed è progettato per essere sia facile da usare sia efficiente nell'uso del computer. Bio++ è pensato per aiutare i programmatori a scrivere programmi che fanno uso estensivo del computer, fornendo loro un insieme di strumenti riutilizzabili.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header delle classi di Bio++ dedicate al sequenziamento genomico.

CDK è una libreria di classi Java utilizzate in chimica computazionale e informatica, e in bioinformatica. Include strumenti per rendering, IO su file, generazione/analisi di SMILES, algoritmi per sottostruttura massima comune, fingerprinting e molto, molto altro.

Chado è uno schema per database relazionale che è alla base di molte installazioni GMOD. È in grado di rappresentare molte delle classi generiche di dati che si incontrano di frequente nella biologia moderna, come sequenze, confronti di sequenze, fenotipi, genotipi, ontologie, pubblicazioni e filogenia. È stato progettato per gestire rappresentazioni complesse di conoscenze biologiche e dovrebbe essere considerato uno dei più sofisticati schemi relazionali attualmente disponibile in biologia molecolare. Il prezzo di queste sue capacità è che il nuovo utente deve passare un po' di tempo a prendere familiarità con i suoi concetti di base.

ConsensusCore è una libreria di algoritmi C++ per consenso di sequenze multiple per Pacific Biosciences che è alla base di Quiver (Python) e ConsensusTools (.NET). Questa libreria esiste principalmente come backend per GenomicConsensus, che implementa Quiver.

Questo pacchetto fa parte della suite SMRT Analysis. Fornisce i file header e la libreria statica.

The libdivsufsort project provides a fast, lightweight, and robust C API library to construct the suffix array and the Burrows-Wheeler transformed string for any input string of a constant-size alphabet.

This package installs files needed for development.

Libreria C/C++ leggera e super-veloce per l'allineamento di sequenze usando la distanza di modifica.

Il calcolo della distanza di modifica di due stringhe è semplice come:

 edlibAlign("ciao", 4, "world!", 6,
            edlibDefaultAlignConfig()).editDistance;
Funzionalità:

• Calcolo della distanza di modifica (distanza di Levehnstein).
• Può trovare il percorso ottimale di allineamento (istruzioni su come trasformare la prima sequenza nella seconda sequenza).
• Può trovare solo le posizioni iniziali o quelle finali, o entrambe, di un percorso di allineamento (può essere utile quando la velocità è più importante che avere un percorso di allineamento esatto).
• Gestisce più metodi di allineamento: globale(NW), prefisso(SHW) e infisso(HW), ciascuno utile per differenti scenari.
• Si può estendere la definizione dell'uguaglianza dei caratteri, abilitando ad esempio i metacaratteri, per ottenere un allineamento indifferente a maiuscole e minuscole o per lavorare con nucleotidi degenerati.
• Può gestire sequenze piccole o molto grandi, anche per la ricerca del percorso di allineamento, consumando pochissima memoria.
• Super-veloce grazie all'algoritmo di Myers per vettori di bit.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Una libreria C++11 leggera per leggere dati di segnali grezzi da file FAST5 di Oxford Nanopore.

Questo pacchetto fornisce i file header per sviluppare con fast5.

fastahack è una piccola applicazione per indicizzare ed estrarre sequenze e sottosequenze da file FASTA. La libreria inclusa Fasta.cpp fornisce un lettore e indicizzatore FASTA che può essere incorporato in applicazioni che beneficerebbero dalla lettura diretta di sottosequenze da file FASTA. La libreria gestisce automaticamente la generazione e l'uso di file indice.

Funzionalità:

• generazione di indici FASTA (.fai) per file FASTA;
• estrazione di sequenze;
• estrazione di sottosequenze;
• statistiche sulle sequenze (attualmente viene fornita solo l'entropia).

L'estrazione di sequenze e sottosequenze usa fseek64 per fornire l'estrazione più veloce possibile senza operazioni di caricamento di file che fanno un uso intensivo della RAM. Ciò rende fastahack un utile strumento per bioinformatici che hanno bisogno di estrarre velocemente molte sottosequenze da una sequenza FASTA di riferimento.

Questo è il pacchetto di sviluppo contenente la libreria con link statico e i file header.

FFindex è un indice/database molto semplice per grandi quantità di piccoli file. I file vengono memorizzati concatenati in un grande file di dati, separati da "\0". Un secondo file contiene un indice in testo semplice che fornisce nome, scostamento e lunghezza dei piccoli file. La ricerca viene attualmente eseguita con una ricerca binaria su un vettore composto dal file indice.

Questo pacchetto contiene i file header e la documentazione necessari per sviluppare applicazioni con libffindex.

fermi-lite è uno strumento autonomo come libreria C per assemblare letture corte Illumina in regioni di dimensioni da 100 bp a 10 milioni bp.

Questo pacchetto contiene gli header della libreria C per usare libfml in strumenti personalizzati, insieme ad una libreria statica.

Il progetto GATB-CORE fornisce un insieme di algoritmi estremamente efficienti per l'analisi di insiemi di dati NGS. Questi metodi consentono l'analisi di insiemi di dati di qualunque dimensione su computer desktop multicore, inclusa un'enorme quantità di dati di letture che provengono da qualunque tipo di organismo come batteri, piante, animali e anche campioni complessi (ad esempio metagenomi). Maggiori dettagli su GATB possono essere letti all'indirizzo https://gatb.inria.fr/. GATB-CORE da solo non è uno strumento per l'analisi di dati NGS. Tuttavia può essere usato per creare tali strumenti. Esiste già un insieme di strumenti pronti da usare che si basano sulla libreria GATB-CORE, si veda https://gatb.inria.fr/software/

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header della libreria gatb-core.

This is an eclectic gathering of (mostly) C++ code which upstream used for some bioinformatics projects. The main idea is to provide lean code and efficient data structures, trying to avoid too many code dependencies of heavy libraries while minimizing production cycles (and this also implies a decent compile/build time -- looking at you, bloated configure scripts and lengthy compile times of Boost code or other heavy C++ template code..).

This code was gathered even before the C++ STL had been fully adopted as a cross-platform "standard". Since STL by itself is a bit heavier for most of the C++ needs, it is preferred to use simpler&leaner C++ classes or templates for basic strings, containers, basic algorithms etc.

Header files of Genome Code Lib. It is mainly known for being used by StringTie but with its own release cycle.

libGenome è un toolkit liberamente disponibile per sviluppare software bioinformatico in C++. È pensato per eliminare le scocciature che accompagnano il lavoro su sequenze genetiche e dati di annotazione.

Tra le altre cose, libGenome può aiutare a:

• leggere e scrivere file in formato Multi-FastA;
• leggere e scrivere voci di database in flat-file GenBank;
• aggiungere, spezzettare, troncare, invertire, fare il complementare, tradurre e in generale manipolare dati su sequenze;
• accedere alle annotazioni nei flat-file GenBank.

Questo è il pacchetto di sviluppo contenente la libreria con link statico e i file header.

The MuSiC suite is a set of tools aimed at discovering the significance of somatic mutations found within a given cohort of cancer samples, and with respect to a variety of external data sources.

This is the base namespace module for the Genome software tree.

That tree has several primary components:

Genome::Model: a data modeling pipeline management system for genomics

Genome::Model::Tools a tree of >1000 tools and tool wrappers for genomics

Genome::* a variety of sample tracking classes with an RDBMS back-end

Only the tools system is currently released.

See genome for a complete inventory of all tool packages, and for command-line access to those tools.

Questo pacchetto contiene i file header necessari e la libreria statica di GenomeTools.

Oltre alle strutture dati di base relative alla bioinformatica, questa libreria contiene componenti per gestione di sequenze e annotazioni, compressione di sequenze, generazione e accesso a strutture con indici, ricerca efficiente di corrispondenze, visualizzazione delle annotazioni e molto altro.

This is a simple "libraryfication" of the GFF/GTF parsing code that is used in the Cufflinks codebase. There are not many (any?) relatively lightweight GTF/GFF parsers exposing a C++ interface, and the goal of this library is to provide this functionality without the necessity of drawing in a heavy-weight dependency like SeqAn.

Gli Gk-array vengono forniti come libreria C++ facile da usare dedicata alle interrogazioni di grandi collezioni di sequenze, come quelle prodotte da sequenziatori ad alte prestazioni (es. HiSeq 2000 da Illumina, 454 da Roche).

Gli Gk-array indicizzano i k-meri delle letture e permettono di rispondere a diverse interrogazioni su quella collezione di letture (es. quante letture condividono questo k-mero? dove è presente questo k-mero nella collezione di letture?).

Gli Gk-array rappresentano un'alternativa efficiente alle tabelle hash in termini di spazio, pur essendo simili in termini di tempi di interrogazione.

Questa è la libreria di sviluppo per libgkarrays.

Questa è una raccolta di codice Perl per lavorare con GO (Gene Ontologies) e ontologie in stile OBO (Open Biomedical Ontologies). Fa parte della distribuzione "go-dev", ma questo pacchetto Debian è creato a partire dall'archivio CPAN. Questo pacchetto contiene sia script (che possono essere utilizzati senza alcuna conoscenza di Perl) sia librerie che saranno utili per i programmatori Perl che usano GO o OBO.

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) è un formato file ed una libreria per l'archiviazione di dati scientifici. HDF5 è stato pensato ed implementato per ovviare alle mancanze di HDF4.x. Ha un modello dei dati più potente e flessibile, supporta file più grandi di 2 GB e supporta l'I/O in parallelo.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per le piattaforme seriali.

BEAGLE è una libreria ad alte prestazioni che può effettuare i calcoli centrali al cuore della maggior parte dei pacchetti per filogenetica bayesiana e con massima verosimiglianza. Può utilizzare processori altamente paralleli, come quelli nelle schede grafiche (GPU) trovate in molti PC.

Il progetto include un'API aperta e implementazioni veloci di una libreria per valutare verosimiglianze filogenetiche (processi di Markov continui nel tempo) dell'evoluzione di sequenze biomolecolari.

Lo scopo è quello di fornire "servizi" di valutazione ad alte prestazioni ad un'ampia gamma di software filogenetico, sia campionatori bayesiani sia ottimizzatori a massima verosimiglianza. Ciò permette a questi pacchetti di utilizzare implementazioni che fanno uso di hardware ottimizzato, come le unità di elaborazione grafica.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo necessari per compilare con la libreria Beagle.

HTSlib è un'implementazione di una libreria C unificata per l'accesso a formati di file, come SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM e VCF (Variant Call Format), comunemente usati per dati di sequenziamento ad alte prestazioni ed è la libreria principale utilizzata da samtools e bcftools. HTSlib dipende solamente da zlib. È noto che è compatibile con gcc, g++ e clang.

HTSlib implementa un indice BAM (SAM binario) generalizzato, con l'estensione di file "csi" (coordinate-sorted index). Il lettore di file HTSlib cerca prima il nuovo indice e poi quello vecchio, se il nuovo è assente.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo per HTSlib: header, libreria statica, pagine di manuale, ecc.

Per compatibilità con sambamba, è stata esportata la routine interna cram_to_bam, adottando qui una patch che si trova in guix.

This library implements the custom CRAM codecs used for "EXTERNAL" block types. These consist of two variants of the rANS codec (8-bit and 16-bit renormalisation, with run-length encoding and bit-packing also supported in the latter), a dynamic arithmetic coder, and custom codecs for name/ID compression and quality score compression derived from fqzcomp.

They come with small command line test tools to act as both compression exploration programs and as part of the test harness.

This package contains the development headers

HTSJDK is an implementation of a unified Java library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map) and VCF, used for high-throughput sequencing data. There are also an number of useful utilities for manipulating HTS data.

A Java library for evolutionary biology and bioinformatics, including objects representing biomolecular sequences, multiple sequence alignments and phylogenetic trees.

This is a branch of the original JEBL on http://sourceforge.net/projects/jebl/ to develop a new API and class library.

La libreria Java jloda fornisce alcuni algoritmi e strutture dati di base utilizzati da applicazioni di bioinformatica come SplitsTree, Dendroscope e MEGAN.

Il pacchetto kmer è un insieme di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA. Fornisce strumenti per cercare (EST, mRNA, letture di sequenze), allineare (EST, mRNA, interi genomi) e una varietà di analisi basate su k-meri.

Questo pacchetto contiene header e librerie statiche per kmer.

libMems is a freely available software development library to support DNA string matching and comparative genomics. Among other things, libMems implements an algorithm to perform approximate multi-MUM and multi-MEM identification. The algorithm uses spaced seed patterns in conjunction with a seed-and-extend style hashing method to identify matches. The method is efficient, requiring a maximum of only 16 bytes per base of the largest input sequence, and this data can be stored externally (i.e. on disk) to further reduce memory requirements.

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

Minimap2 è un versatile programma per l'allineamento di sequenze che allinea sequenze di DNA o mRNA rispetto a un grande database di riferimento. Casi d'uso tipici includono: (1) mappatura di letture genomiche PacBio o Oxford Nanopore con il genoma umano; (2) ricerca di sovrapposizioni tra letture lunghe con tassi di errore fino a ~15%; (3) allineamento, tenendo conto degli splice, di letture PacBio Iso-Seq o Nanopore cDNA o Direct RNA rispetto a un genoma di riferimento; (4) allineamento di letture Illumina singole o accoppiate; (5) allineamento assemblaggio-verso-assemblaggio; (6) allineamento dell'intero genoma tra due specie strettamente imparentate con divergenza sotto a ~15%.

Questo pacchetto contiene gli header di libreria C per utilizzare minimap in strumenti personalizzati, insieme ad una libreria statica.

MacroMoleculeBuilder, precedentemente conosciuto come RNABuilder, può essere usato per trasformazione, modellazione di omologie, ripiegamento (es. usando i contatti delle coppie di basi), ridisegno dei complessi, fit su mappe di densità a bassa risoluzione, predire riarrangiamenti locali in seguito a mutazione e molte altre applicazioni.

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo.

MUSCLE è un programma di allineamenti multipli di sequenze proteiche; il nome sta per MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation, confronto di sequenze multiple tramite log-expectation. Nei test fatti dagli autori, MUSCLE ha ottenuto i punteggi più alti tra tutti i programmi sottoposti a diversi benchmark per l'accuratezza degli allineamenti ed è anche uno dei programmi più veloci tra quelli disponibili.

Questa libreria è derivata da MUSCLE originale e trasformata in una libreria.

Questo pacchetto contiene la libreria statica e i file header.

Il Virtual/Vertical Database (VDB) dello (US) National Center for Biotechnology Information (NCBI) è una tecnologia di data warehouse altamente compressa e orientata alle colonne sviluppata inizialmente per affrontare le necessità del Sequence Read Archive (SRA). È unico per il fatto che compila i database a partire da parti più piccole che possono funzionare indipendentemente come "documenti", gestisce una compressione efficace ed efficiente e la cifratura rimanendo cifrato sul disco, la distribuzione trasparente e l'accesso remoto.

Questo è il pacchetto di sviluppo per leggere dati VDB.

Questo pacchetto fornisce le versioni di sviluppo delle librerie C non grafiche di NCBI, insieme ai corrispondenti file header.