Debian Med Biology Development packages

Bio-Tradis fournit un ensemble d'outils pour analyser la sortie des analyses TraDIS.

La chaîne d'analyse Bio-Tradis est implémentée sous la forme d'une bibliothèque Perl extensible qui peut être utilisée telle quelle ou comme base de développement d'outils d'analyse plus évolués.

Note : il est nécessaire d’installer manuellement BioConductor Edger qui ne peut être distribué dans Debian dans une version récente car il utilise le code locfit qui n’est pas distribuable.

This package contains some tools for processing BAM files, including

  bamsormadup:  parallel sorting and duplicate marking
  bamcollate2:  reads BAM and writes BAM reordered such that alignment
                or collated by query name
  bammarkduplicates: reads BAM and writes BAM with duplicate alignments
                marked using the BAM flags field
  bammaskflags: reads BAM and writes BAM while masking (removing) bits
                from the flags column
  bamrecompress: reads BAM and writes BAM with a defined compression
                 setting. This tool is capable of multi-threading.
  bamsort:       reads BAM and writes BAM resorted by coordinates or
                 query name
  bamtofastq:    reads BAM and writes FastQ; output can be collated
                 or uncollated by query name

Le projet Bioperl est un effort coordonné ayant pour but de rassembler des méthodes utilisées couramment en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien documentés et disponibles librement. Il est bien accepté dans la communauté et est utilisé dans de nombreux projets de grande envergure, par exemple Ensembl.

Les paquets recommandés sont requis par certains des exécutables inclus. Une explication détaillée comprenant les modules spécifiques à Perl se trouve dans le fichier README.Debian.

Le paquet suggéré améliore les pages de manuel.

Ce paquet fournit des scripts du paquet BioPerl-Run. Il installe également toutes les applications enveloppables empaquetées dans Debian. Les applications non libres sont « suggérées » par ce paquet.

BioSQUID est une bibliothèque de routines C pour l'analyse de séquences. Elle est livrée avec quelques petits programmes pour convertir, afficher quelques statistiques, manipuler et effectuer d'autres tâches sur des fichiers de séquence.

BioSQUID s'est d'abord appelée SQUID, mais un paquet Debian nommé Squid (un serveur mandataire cache) existant déjà, SQUID a été renommé.

Ce paquet fournit certains outils de démonstration des fonctions de la bibliothèque BioSQUID.

C'est l'implémentation de référence des standards de Common Workflow Language.

Les standards ouverts CWL servent à décrire des analyses de flux de travail et des outils afin de les rendre portables et déployabls sur une grande diversité d'environnements logiciels et matériels, des stations de travail aux clustrs en passant par le cloud et le calcul haute performance (HPC). CWL a été conçu pour satisfaire les besoins des scientifiques manipulant beaucoup de données comme la bioinformatique, l'imagerie médicaale, l'astronomie, la physique et la chimie.

L'implémentation de la référence CWL (cwltool) vise à être entièrement personnalisée et à offrir une validation exhaustive de fichiers CWL, mais aussi d'autres outils de travail avec des descriptions CWL.

Gffread is a GFF/GTF parsing utility providing format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction and more.

Goby is a next-gen data management framework designed to facilitate the implementation of efficient data analysis pipelines.

Goby provides very efficient file formats to store next-generation sequencing data and intermediary analysis results.

Goby also provides utilities that implement common next-gen data computations. These utilities are designed to be relatively easy to use, yet very efficient.

This package provides the entire Goby framework, including application programs (i.e., Goby modes). It is released under the GPL3 license.

AcePerl est une interface Perl orientée objet pour les bases de données AceDB. Il fournit les fonctionnalités pour la connexion à des bases de données AceDB distantes, réalisant les requêtes, la récupération des objets ACE et la mise à jour des bases de données. L'API de programmation est compatible avec l'API Java JADE et interopérable avec l'API utilisée par BoulderIO.

AceDB est un système de base de données génomique développée depuis 1989 essentiellement par Jean Thierry-Mieg (CNRS, Montpellier) et Richard Durbin (Sanger Institute). Il a été développé à l'origine pour le projet sur le génome de C. elegans, d'où dérive son nom (A C. elegans Database).

Ce module fournit une enveloppe Perl pour la bibliothèque « Fast Artificial Neural Network » (FANN) (http://leenissen.dk/fann/wp/).

L'interface orientée objet AI::FANN fournit une correspondance presque directe à l'API de la bibliothèque C.

Le format BAM est un format binaire pour le stockage de données de séquences. C'est une implémentation en⋅C du code de collation de noms lus provenant du projet plus important bambam⋅C++ pour gérer les fichiers BAM en entrée et en sortie.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête.

BamTools facilite l'analyse de recherche et la gestion de données grâce aux fichiers BAM. Il arrive à gérer les énormes quantités de données produites par les technologies de séquençage actuelles qui sont généralement stockées dans des formats binaires compressés difficiles à gérer avec les analyseurs de textes couramment utilisés dans la recherche en bioinformatique.

BamTools fournit une API C++ pour la prise en charge des fichiers BAM ainsi qu'une boîte à outils en ligne de commande.

Ce paquet fournit l'API pour les développeurs.

This package provides the files needed to develop with the libBigWig C library for reading/parsing local and remote bigWig and bigBed files.

Indexes Stockholm format alignments such as those from Pfam and Rfam. Returns raw stream data using the ID or a Bio::SimpleAlign object (via Bio::AlignIO).

Bio::AlignIO::stockholm also allows for ID parsing using a callback:

Bio::ASN1::EntrezGene et Bio::ASN1::Sequence sont des analyseurs basés sur les expressions rationnelles pour les bases de données de génome Entrez Gene du NCBI (National Center for Biotechnology Information –⋅http://www.ncbi.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene).

Ils analysent les enregistrements Entrez Gene au format ASN.1 et les séquences du NCBI, et renvoient les structures de données qui contiennent tous les éléments de donnée des enregistrements de gènes ou de séquences.

L'analyseur rendra compte des erreurs et de leur numéro de ligne si les données entrées ne sont pas conformes au format de fichier de génome Entrez Gene du NCBI ou d'annotation de Sequence du NCBI.

Bio::ASN1::Sequence est pour l'essentiel une version modifiée de l'analyseur à haute performance Bio::ASN1::EntrezGene. Néanmoins, ce module autonome existe dans la mesure où il est plus efficace pour extraire le code spécifique à Sequence d'EntrezGene.pm.

Le module Bio::Chado::Schema est une couche standard de mappage objet-relationnel à utiliser avec le schéma de base de données Chado du projet GMOD. Chado est un schéma de base de données modulaire libre pour des données biologiques.

The ClusterIO module works with the ClusterIO format module to read various cluster formats such as NCBI UniGene.

Le projet Bioperl a pour but de rassembler des méthodes utilisées couramment en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien documentés et disponibles librement.

Depuis la version⋅1.7 de BioPerl plusieurs modules ont été fractionnés en projets séparés. Ce paquet fournit le module Bio::Coordinate pour travailler avec les coordonnées biologiques.

Bio::Das::Lite est une implémentation du protocole BioDas pour récupérer des données biologiques à partir de sources XML sur HTTP.

Bio::Das::Lite est conçu comme une alternative légère et plus tolérante aux composants client, de récupération et d'analyse de Bio::Das. Bio::Das::Lite lui-même n'est pas une solution de remplacement de Bio::Das, mais il peut être transformé en sous-classe pour le faire.

Bio::DB::BioFetch is a guaranteed best effort sequence entry fetching method. It goes to the Web-based dbfetch server located at the EBI (http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch) to retrieve sequences in the EMBL or GenBank sequence repositories.

Bio::DB::BioFetch implements all the Bio::DB::RandomAccessI interface, plus the get_Stream_by_id() and get_Stream_by_acc() methods that are found in the Bio::DB::SwissProt interface.

Allows the dynamic retrieval of sequence objects Bio::Seq from the EMBL database using the dbfetch script at EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch.

In order to make changes transparent host type (currently only ebi) and location (defaults to ebi) were separated out. This allows later additions of more servers in different geographical locations.

The functionality of this module is inherited from Bio::DB::DBFetch which implements Bio::DB::WebDBSeqI.

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension 'csi' (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This package provides a Perl interface to the HTS library.

Provides a single place to setup some common methods for querying NCBI web databases. Bio::DB::NCBIHelper just centralizes the methods for constructing a URL for querying NCBI GenBank and NCBI GenPept and the common HTML stripping done in postprocess_data().

The base NCBI query URL used is: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

The Bio::DB::SeqFeature object is the default SeqFeature class stored in Bio::DB::SeqFeature databases. It implements both the Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI and Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI interfaces, which means that its subfeatures, if any, are stored in the database in a normalized fashion, and that the parent/child hierarchy of features and subfeatures are also stored in the database as set of tuples. This provides efficiencies in both storage and retrieval speed.

Typically you will not create Bio::DB::SeqFeature directly, but will ask the database to do so on your behalf, as described in Bio::DB::SeqFeature::Store.

Le projet Bioperl a pour but de rassembler des méthodes utilisées couramment en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien documentés et disponibles librement. Ce paquet fournit une interface de programmation pour les «⋅Entrez Programming Utilities⋅» du NCBI, appelées habituellement E-utilities. En effet, il fournit les modules Perl Bio::DB::EUtilities et Bio::Tools::EUtilities.

Entrez est un moteur de recherche fédératif du NCBI (National Center for Biotechnology Information) pour un grand nombre de bases de données couvrant une grande variété de données bio-médicales, comme les séquences de nucléotides et de protéines, les enregistrements de gènes, les structures moléculaires en trois dimensions et la bibliographie biomédicale. Les E-utilities sont un ensemble de huit programmes côté serveur qui fournissent une interface stable au système de bases de données et de requêtes du NCBI.

An I/O iterator subsystem for genomic sequence features.

Bio::FeatureIO is a handler module for the formats in the FeatureIO set (eg, Bio::FeatureIO::GFF). It is the officially sanctioned way of getting at the format objects, which most people should use.

The Bio::FeatureIO system can be thought of like biological file handles. They are attached to filehandles with smart formatting rules (eg, GFF format, or BED format) and can either read or write feature objects (Bio::SeqFeature objects, or more correctly, Bio::FeatureHolderI implementing objects, of which Bio::SeqFeature is one such object). If you want to know what to do with a Bio::SeqFeatureI object, read Bio::SeqFeatureI.

The idea is that you request a stream object for a particular format. All the stream objects have a notion of an internal file that is read from or written to. A particular FeatureIO object instance is configured for either input or output. A specific example of a stream object is the Bio::FeatureIO::gff object.

La classe Bio::Graphics::Panel fournit des services de dessin et de formatage pour tout objet qui implémente l'interface Bio::SeqFeatureI, incluant les objets Ace::Sequence::Feature, Das::Segment::Feature et Bio::DB::Graphics. Elle peut être utilisée pour dessiner des annotations de séquence, des cartes physiques (séquence génomique continue –⋅contig), des domaines protéiques ou n'importe quel autre type de carte dans lequel un ensemble de séries discrètes doivent être présentées sur une droite.

Le format MAGE-TAB (MicroArray Gene Expression Tabular) est un standard de la Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Ce paquet fournit des modules Perl dans la hiérarchie Bio::MAGE pour manipuler des enregistrements conformes à MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) d'expérimentations de micromatrice (puces à ADN –⋅DNA chips).

Le module Bio::MAGE fournit les classes Bio::MAGE suivantes⋅:

 –⋅NameValueType
 –⋅Extendable
 –⋅Identifiable
 –⋅Describable

Le format MAGE-TAB (MicroArray Gene Expression Tabular) est un standard de la Microarray Gene Expression Data Society (MGED). Ce paquet fournit des modules Perl dans la hiérarchie Bio::MAGE pour manipuler des enregistrements conformes à MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) d'expérimentations de micromatrice (puces à ADN –⋅DNA chips).

Bio-MAGE-Utils fournit des modules supplémentaires pour gérer le XML de MAGE et l'ontologie MGED, ainsi que des utilitaires SQL.

Bio::PrimerDesigner offre une interface de bas niveau pour les exécutables binaires primer3 et epcr, et fournit des méthodes pour renvoyer les résultats. En plus de l'accès à des installations locales de primer3 ou e-PCR, il offre la possibilité d'accéder à l'exécutable primer3 à travers un serveur distant.

Bio::SamTools fournit une interface Perl à la bibliothèque libbam pour les bases de données indexées ou non indexées d'alignement de séquence SAM/BAM. Il fournit la prise en charge de la recherche d'informations sur des alignements individuels, de paires de lectures («⋅reads⋅»), et d'information de chevauchement d'alignements sur de grandes régions. Il fournit aussi une fonctionnalité de rappel pour appeler des SNP et exécuter des fonctions base par base. La plupart des opérations sont compatibles avec l'interface Bio::SeqFeatureI de BioPerl, permettant aux fichiers BAM d'être utilisés comme dorsal à l'application de navigation génomique GBrowse.

Le module Bio::SCF (Standard Chromatogram Format) permet de lire et de mettre à jour (d'une façon limitée) des fichiers de séquences chromatographiques SCF. Il s'agit d'une interface à la bibliothèque io-lib de Roger Staden. Il dispose à la fois d'une interface de table de hachage et d'une interface orientée objet. Il permet la lecture de champs de fichiers SCF et offre une possibilité limitée de les modifier et de les réécrire.

This distribution provides a Perl interface to PAML, a suite of programs (baseml, codeml, evolver, and yn00) for phylogenetic analyses of DNA or protein sequences using maximum likelihood.

The Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::* modules provide an interface to run the PAML programs while Bio::Tools::Phylo::PAML provides an interface to parse their output files.

This distribution is part of the Bioperl project.

Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw provides a Perl interface to Clustal W, a program for alignment of multiple nucleotide and peptide sequences.

This module distribution is part of the Bioperl project.

Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee provides a Perl interface to T-Coffee, a program for multiple alignments of DNA, RNA, and protein sequences and structures.

This module distribution is part of the Bioperl project.

Class for remote execution of the NCBI Blast via HTTP.

For a description of the many CGI parameters see: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html

Various additional options and input formats are available.

The code in this distribution focuses on simple low-dependency variant-related functionality for BioPerl.

Bio::Variation name space contains modules to store sequence variation information as differences between the reference sequence and changes sequences. Also included are classes to write out and recrete objects from EMBL-like flat files and XML. Lastly, there are simple classes to calculate values for sequence change objects.

BioJava is an open-source project dedicated to providing a Java framework for processing biological data. It includes objects for manipulating sequences, file parsers, DAS client and server support, access to BioSQL and Ensembl databases, and powerful analysis and statistical routines including a dynamic programming toolkit.

BioJava is provided by a vibrant community which meets annually at the Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) that traditionally accompanies the Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) meeting. Much like BioPerl, the employment of this library is valuable for everybody active in the field because of the many tricks of the trade one learns just by communicating on the mailing list.

This is a dependency package which should enable smooth upgrades to new versions.

This package presents the Open Source Java API to biological databases and a series of mostly sequence-based algorithms.

BioJava is an open-source project dedicated to providing a Java framework for processing biological data. It includes objects for manipulating sequences, file parsers, server support, access to BioSQL and Ensembl databases, and powerful analysis and statistical routines including a dynamic programming toolkit.

Bioparser is a c++ implementation of parsers for several bioinformatics formats. It consists of only one header file containing template parsers for FASTA, FASTQ, MHAP, PAF and SAM format. It also supports compressed files with gzip.

Blasr_libcpp est une bibliothèque utilisée par blasr et d'autres exécutables tels que samtoh5 ou loadPulses pour analyser les séquences PacBio. Cette bibliothèque fournit trois sous bibliothèques, pbdata, hdf et alignment.

Ce paquet fournit les fichiers d'en-tête et la bibliothèque statique de la sous bibliothèque alignment.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes principales de Bio++.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes de Bio++ pour la phylogénétique.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes de Bio++ dédiées à la phylogénie du génome.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes de génétique des populations de Bio++.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit les fichiers de développement des classes graphiques de Bio++ développées en⋅Qt.

Cette bibliothèque fournit un utilitaire et des classes pour interroger des bases de données publiques (GenBank, EMBL, SwissProt,⋅etc.) avec ACNUC. Elle fait partie du projet Bio++.

Ce paquet fournit les fichiers d'en-tête et la bibliothèque statique.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes de Bio++ pour l'analyse de séquences.

Bio++ est un ensemble de bibliothèques pour la bio-informatique, comprenant l'analyse de séquences, la phylogénétique, l'évolution moléculaire et la génétique des populations. Bio++ est orienté objet et conçu pour être à la fois facile à utiliser et efficace d'un point de vue informatique. Bio++ vise à aider les programmeurs à écrire des programmes coûteux en leur fournissant un ensemble d'outils réutilisables.

Ce paquet fournit la bibliothèque statique et les fichiers d'en-tête des classes de Bio++ dédiées au séquençage du génome.

The CDK is a library of Java classes used in computational and information chemistry and in bioinformatics. It includes renderers, file IO, SMILES generation/parsing, maximal common substructure algorithms, fingerprinting and much, much more.

Chado is a relational database schema that underlies many GMOD installations. It is capable of representing many of the general classes of data frequently encountered in modern biology such as sequence, sequence comparisons, phenotypes, genotypes, ontologies, publications, and phylogeny. It has been designed to handle complex representations of biological knowledge and should be considered one of the most sophisticated relational schemas currently available in molecular biology. The price of this capability is that the new user must spend some time becoming familiar with its fundamentals.

ConsensusCore is a library of C++ algorithms for Pacific Biosciences multiple sequence consensus that powers Quiver (Python) and ConsensusTools (.NET). This library primarily exists as the backend for GenomicConsensus, which implements Quiver.

This package is part of the SMRT Analysis suite. It provides the header files and static library.

The libdivsufsort project provides a fast, lightweight, and robust C API library to construct the suffix array and the Burrows-Wheeler transformed string for any input string of a constant-size alphabet.

This package installs files needed for development.

A lightweight and super fast C/C++ library for sequence alignment using edit distance.

Calculating edit distance of two strings is as simple as:

 edlibAlign("hello", 5, "world!", 6,
            edlibDefaultAlignConfig()).editDistance;
Features

• Calculates edit distance (Levehnstein distance).
• It can find optimal alignment path (instructions how to transform first sequence into the second sequence).
• It can find just the start and/or end locations of alignment path - can be useful when speed is more important than having exact alignment path.
• Supports multiple alignment methods: global(NW), prefix(SHW) and infix(HW), each of them useful for different scenarios.
• You can extend character equality definition, enabling you to e.g. have wildcard characters, to have case insensitive alignment or to work with degenerate nucleotides.
• It can easily handle small or very large sequences, even when finding alignment path, while consuming very little memory.
• Super fast thanks to Myers's bit-vector algorithm.

This package contains the static library and the header files.

A lightweight C++11 library to read raw signal data from Oxford Nanopore's FAST5 files.

This package provides the header files for development with fast5.

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

• FASTA index (.fai) generation for FASTA files
• Sequence extraction
• Subsequence extraction
• Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

FFindex est un index et base de données très simples pour d'énormes quantités de petits fichiers. Les fichiers sont stockés concaténés dans un grand fichier de données, séparés par « \0 ». Un second fichier contient un index en texte brut, donnant le nom, la position et la longueur des petits fichiers. La recherche est actuellement réalisée avec une recherche binaire sur un tableau fabriqué à partir du fichier d'index.

Ce paquet fournit les fichiers d'en-tête et la documentation nécessaires au développement d'applications avec libffindex.

Fermi-lite is a standalone C library tool for assembling Illumina short reads in regions from 100bp to 10 million bp in size.

This package contains the C library headers for using libfml in custom tools, along with a static library.

The GATB-CORE project provides a set of highly efficient algorithms to analyse NGS data sets. These methods enable the analysis of data sets of any size on multi-core desktop computers, including very huge amount of reads data coming from any kind of organisms such as bacteria, plants, animals and even complex samples (e.g. metagenomes). Read more about GATB at https://gatb.inria.fr/. By itself GATB-CORE is not an NGS data analysis tool. However, it can be used to create such tools. There already exist a set of ready-to-use tools relying on GATB-CORE library: see https://gatb.inria.fr/software/

This package contains the static library and the header files of the gatb-core library.

This is an eclectic gathering of (mostly) C++ code which upstream used for some bioinformatics projects. The main idea is to provide lean code and efficient data structures, trying to avoid too many code dependencies of heavy libraries while minimizing production cycles (and this also implies a decent compile/build time -- looking at you, bloated configure scripts and lengthy compile times of Boost code or other heavy C++ template code..).

This code was gathered even before the C++ STL had been fully adopted as a cross-platform "standard". Since STL by itself is a bit heavier for most of the C++ needs, it is preferred to use simpler&leaner C++ classes or templates for basic strings, containers, basic algorithms etc.

Header files of Genome Code Lib. It is mainly known for being used by StringTie but with its own release cycle.

libGenome is a freely available toolkit for developing bioinformatic related software in C++. It is intended to take the hassle out of performing common tasks on genetic sequence and annotation data.

Among other things, libGenome can help you:

• Read and write Multi-FastA format files
• Read and write GenBank flat file database entries
• Append, chop, truncate, reverse, complement, translate, and otherwise mangle sequence data
• Access annotation in GenBank flat files

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

The MuSiC suite is a set of tools aimed at discovering the significance of somatic mutations found within a given cohort of cancer samples, and with respect to a variety of external data sources.

This is the base namespace module for the Genome software tree.

That tree has several primary components:

Genome::Model: a data modeling pipeline management system for genomics

Genome::Model::Tools a tree of >1000 tools and tool wrappers for genomics

Genome::* a variety of sample tracking classes with an RDBMS back-end

Only the tools system is currently released.

See genome for a complete inventory of all tool packages, and for command-line access to those tools.

This package contains the GenomeTools static library and necessary header files.

Besides basic bioinformatics data structures, the library contains components for sequence and annotation handling, sequence compression, index structure generation and access, efficient matching, annotation visualization and much more.

This is a simple "libraryfication" of the GFF/GTF parsing code that is used in the Cufflinks codebase. There are not many (any?) relatively lightweight GTF/GFF parsers exposing a C++ interface, and the goal of this library is to provide this functionality without the necessity of drawing in a heavy-weight dependency like SeqAn.

Gk-arrays are provided as a simple-to-use C++ library dedicated to queries on large collection of sequences as produced by high-throughput sequencers (e.g. HiSeq 2000 from Illumina, 454 from Roche).

Gk-arrays index k-mers of reads and allows one to answer different queries on that read collection (e.g. how many reads share this k-mer? where does this k-mer occur in the read collection?).

Gk-arrays consist of a space-efficient alternative to hash tables while being similar in terms of query times.

This is the development library for libgkarrays.

This is a collection of perl code for dealing with Gene Ontologies (GO) and Open Biomedical Ontologies (OBO) style ontologies. It is part of the ‘go-dev’ distribution, but this Debian package is made from the CPAN archive. This package contains both scripts (which can be used with no knowledge of perl), and libraries which will be of use to perl programmers using GO or OBO.

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) is a file format and library for storing scientific data. HDF5 was designed and implemented to address the deficiencies of HDF4.x. It has a more powerful and flexible data model, supports files larger than 2 GB, and supports parallel I/O.

This package contains development files for serial platforms.

BEAGLE is a high-performance library that can perform the core calculations at the heart of most Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetics packages. It can make use of highly-parallel processors such as those in graphics cards (GPUs) found in many PCs.

The project involves an open API and fast implementations of a library for evaluating phylogenetic likelihoods (continuous time Markov processes) of biomolecular sequence evolution.

The aim is to provide high performance evaluation 'services' to a wide range of phylogenetic software, both Bayesian samplers and Maximum Likelihood optimizers. This allows these packages to make use of implementations that make use of optimized hardware such as graphics processing units.

This package contains development files needed to build against Beagle library.

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension ‘csi’ (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This package contains development files for the HTSlib: headers, static library, manual pages, etc.

For compatibility with sambamba, the internal routine cram_to_bam was exported, hereto adopting a patch found in guix.

This library implements the custom CRAM codecs used for "EXTERNAL" block types. These consist of two variants of the rANS codec (8-bit and 16-bit renormalisation, with run-length encoding and bit-packing also supported in the latter), a dynamic arithmetic coder, and custom codecs for name/ID compression and quality score compression derived from fqzcomp.

They come with small command line test tools to act as both compression exploration programs and as part of the test harness.

This package contains the development headers

HTSJDK is an implementation of a unified Java library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map) and VCF, used for high-throughput sequencing data. There are also an number of useful utilities for manipulating HTS data.

A Java library for evolutionary biology and bioinformatics, including objects representing biomolecular sequences, multiple sequence alignments and phylogenetic trees.

This is a branch of the original JEBL on http://sourceforge.net/projects/jebl/ to develop a new API and class library.

The jloda Java library provides some basic data structures and algorithms used by bioinformatics applications like SplitsTree, Dendroscope and MEGAN.

The kmer package is a suite of tools for DNA sequence analysis. It provides tools for searching (ESTs, mRNAs, sequencing reads); aligning (ESTs, mRNAs, whole genomes); and a variety of analyses based on kmers.

This package contains headers and static libraries for kmer.

libMems is a freely available software development library to support DNA string matching and comparative genomics. Among other things, libMems implements an algorithm to perform approximate multi-MUM and multi-MEM identification. The algorithm uses spaced seed patterns in conjunction with a seed-and-extend style hashing method to identify matches. The method is efficient, requiring a maximum of only 16 bytes per base of the largest input sequence, and this data can be stored externally (i.e. on disk) to further reduce memory requirements.

This is the development package containing the statically linked library and the header files.

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

This package contains the C library headers for using minimap in custom tools, along with a static library.

MacroMoleculeBuilder, previously known as RNABuilder, can be used for morphing, homology modeling, folding (e.g. using base pairing contacts), redesigning complexes, fitting to low-resolution density maps, predicting local rearrangements upon mutation, and many other applications.

This package contains the development files.

MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of the fastest programs out there.

This library was derived from the original MUSCLE and turned into a library.

This package contains the static library and header files.

The (US) National Center for Biotechnology Information (NCBI)'s Virtual/Vertical Database (VDB) is a highly compressed column-oriented data warehousing technology developed initially to address the needs of the Sequence Read Archive (SRA). It is unique in that it builds databases from smaller parts that can function independently as documents, supports effective and efficient compression, supports encryption while remaining encrypted on disk, transparent distribution and remote access.

This is the development package for reading VDB data.