DebiChem Input Preparation and Output Processing packages

ASE is an Atomic Simulation Environment written in the Python programming language with the aim of setting up, stearing, and analyzing atomic simulations. ASE is part of CAMPOS, the CAMP Open Source project.

ASE contains Python interfaces to several different electronic structure codes including Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW and SIESTA.

This package provides the executable scripts.

Avogadro is a molecular graphics and modelling system targeted at molecules and biomolecules. It can visualize properties like molecular orbitals or electrostatic potentials and features an intuitive molecular builder.

Features include:

• Molecular modeller with automatic force-field based geometry optimization
• Molecular Mechanics including constraints and conformer searches
• Visualization of molecular orbitals and general isosurfaces
• Visualization of vibrations and plotting of vibrational spectra
• Support for crystallographic unit cells
• Input generation for the Gaussian, GAMESS and MOLPRO quantum chemistry packages
• Flexible plugin architecture and Python scripting

File formats Avogadro can read include PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, as well as Gaussian, GAMESS and MOLPRO output.

BALLView підтримує швидку (за допомогою OpenGL) візуалізацію молекулярних структур, методи молекулярної механіки (мінімізація, моделювання молекулярної динаміки з використанням моделі AMBER, CHARMM та силового поля MMFF94), вміє обчислювати та ілюструвати електростатичні властивості (FDPB) та редагування молекулярних особливостей.

BALLView можна вважати графічним інтерфейсом користувача на основі бібліотеки BALL (бібліотека алгоритмів з біохімії) з акцентом на найбільш поширені потреби хіміків білка та біофізиків, зокрема. Розроблений в групі Ханса-Пітера Ленгова {Hans-Peter Lenhof} (університет Саарленд, Саарбрюккен, Німеччина) та Олівера Кохльбейкера {Oliver Kohlbacher} (університет Тюбінген, Німеччина). BALL — інфраструктура застосунків мовою Сі++, яка була спеціально розроблена для швидкої розробки програмного забезпечення з молекулярного моделювання та обчислювальної молекулярної біології. BALL надає широкий набір структур даних а також класів для молекулярної механіки, передових методів сольватації, порівняння та аналізу білкових структур, імпорту/експорту файлів та візуалізації.

This program should convert CASTEP's .check, .castep_bin, orbitals and .cell to various other formats, particularly so that they can be visualised with Jmol, XCrysDen, gnuplot and other programs. It can extract charge and spin densities, wavefunctions, symmetry operations, and much else besides. It also interfaces with Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP, and other electronic structure codes.

The code can also manipulate .cell and .pdb files, building supercells, performing shifts, adding vacuum and rolling nanotubes.

A Python library that provides parsers for computational chemistry log files. It also provides a platform to implement algorithms in a package-independent manner.

This package contains helper scripts for end users.

If you are looking for the unit tests and data files managed by cclib, they are distributed separately as in non-free package cclib-data.

Gabedit is a graphical user interface to computational chemistry packages like:

• MPQC
• GAMESS-US
• Gaussian
• Molcas
• Molpro
• Q-Chem

These Ab Initio software packages might run locally or on a remote server (supporting FTP, RSH and SSH). Gabedit can display a variety of calculation results including most major molecular file formats. The advanced "Molecule Builder" allows one to rapidly sketch in molecules and examine them in 3D. Graphics can further be exported to various formats, including animations.

slurm-wlm-torque and gridengine-client are workload managers which provide wrappers for PBS commands. Gabedit also allows one to configure it for any other workload manager.

GaussSum розбирає вихідні файли розрахунків ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar та PC GAMESS й витягує з них корисну інформацію.

GaussSum використовує GNUPlot для відображення прогресу оптимізації геометрії, спектру густини станів, UV-VIS, ІЧ-спектри, спектри комбінаційного розсіяння та карти різниці електронної щільності. Також, він може відображати усі рядки, що містять певну фразу та багато іншого.

Jmol — молекулярний переглядач на Java для перегляду тривимірних хімічних структур. Серед можливостей читання різних типів файлів та виводу з програм квантової хімії, анімація багато-кадрових файлів та обчислених нормальних мод з квантових програм. Доступні характеристики для хімічних речовин, кристалів, матеріалів та біомолекул. Jmol може бути корисним для студентів, викладачів й дослідників у галузі хімії та біохімії.

Jmol читає формати файлів PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton та VASP.

PyCIFRW provides support for reading and writing CIF (Crystallographic Information Format) files using Python.

The specifications found in Vol G of the International Tables for Crystallography were used as a reference for CIF 1.0/1.1 syntax. http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 was used as the CIF 2.0 reference.

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses as possible in one program, creating a powerful tool and making it unnecessary to use many different programs for evaluating simulations. This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing trajectories. The following analysis functions are available:

Static (time independent) Functions:

• Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
• Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
• Plane Projection Distribution
• Fixed Plane Density Profile
• Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamic (time dependent) Functions:

• Velocity Distribution Function
• Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
• Velocity Autocorrelation Functions
• Vector Reorientation Dynamics
• Van Hove Correlation Function
• Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spectroscopic Functions:

• Calculate Power Spectrum
• Calculate IR Spectrum
• Calculate Raman Spectrum

TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.

Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.