Summary
Input Preparation and Output Processing
DebiChem - inddataforberedelse og uddatabehandling
Denne metapakke vil installere grafiske brugerflader og
inddataoprettere/uddatabehandlere for kemipakker, som kan være nyttige for
kemikere.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
|
DebiChem Input Preparation and Output Processing packages
Official Debian packages with high relevance
ase
Atomic Simulation Environment
|
Versions of package ase |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.17.0-2 | all |
sid | 3.23.0-1 | all |
trixie | 3.23.0-1 | all |
bookworm | 3.22.1-3 | all |
bullseye | 3.21.1-2 | all |
|
License: DFSG free
|
ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget
Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske
simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.
ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske
strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.
Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.
|
|
avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
|
Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og
biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler
eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt
molekylært byggeprogram.
Inkluderede funktioner:
- Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret
geometrioptimering
- Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og
conformersøgninger
- Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
- Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
- Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
- Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
- Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter
Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden,
samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.
|
|
ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
|
Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære
strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug
af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af
elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af
molekyler.
BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL
(Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra
proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i
grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken,
Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er
et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig
programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning.
Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til
molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af
proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.
|
|
c2x
Konverteringsprogram mellem DFT-elektroniske strukturkodeformater
|
Versions of package c2x |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.40.e+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.35a+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.41.b+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.41.b+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
Dette program skal konvertere CASTEP's .check, .castep_bin, orbitals og .cell til diverse andre formater, specielt så de kan visualiseres med Jmol, XCrysDen, gnuplot og andre programmer. Programmet kan udtrække ændring og spin-tæthed, wavefunktioner, symmetrioperationer og meget andet derudover. Har også grænseflader til Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP og andre elektroniske strukturkoder.
Koden kan også manipulere .cell- og .pdb-filer, bygge superceller, udføre skift, tilføje vakuum og rullende nanorør.
|
|
cclib
Fortolkere og algoritmer for beregningskemi
|
Versions of package cclib |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.6.2-2 | all |
buster | 1.6-1 | all |
stretch | 1.3.1-1 | all |
jessie | 1.1-1 | all |
trixie | 1.8-1 | all |
sid | 1.8-1 | all |
upstream | 1.8.1 |
|
License: DFSG free
|
Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi.
Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en
pakkeafhængig måde.
Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.
Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib,
så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.
|
|
gabedit
Grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
|
Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
|
License: DFSG free
|
Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:
- MPQC
- GAMESS-US
- Gaussian
- Molcas
- Molpro
- Q-Chem
Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server
(der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekylære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.
Slurm-wlm-torque og gridengine-client er workload-programmer, der tilbyder omslag for PBS-kommandoer. Gabedit gør også, at du kan konfigurere den for ethvert andet workload-program.
|
|
gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
|
Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
trixie | 3.0.2-2 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
|
License: DFSG free
|
GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS,
GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig
information.
GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer,
tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman-
spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også
vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.
|
|
jmol
|
Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
|
License: DFSG free
|
Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske
strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og
resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere
rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer.
Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer
og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og
forskere indenfor kemi og biokemi.
Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.
|
|
python3-pycifrw
CIF/STAR-filunderstøttelse for Python
|
Versions of package python3-pycifrw |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 4.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.4.6-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
|
License: DFSG free
|
PyCIFRW tilbyder understøttelse for at læse og skrive CIF-filer (Crystallographic Information Format) via Python.
Specifikationerne fundet i Vol G af International Tables for Crystallography blev brugt som en reference for CIF 1.0/1.1-syntaks. http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 blev brugt som CIF 2.0-referencen.
|
|
travis
Analyse- og visualiseringsprogram for baner
|
Versions of package travis |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 200504+hf2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 140902-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 161013-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 190101-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
|
License: DFSG free
|
TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) er et frit værktøj til at
analysere og visualisere baner fra alle slags molekylære dynamikker eller
Monte Carlo-simuleringer. Formålet med TRAVIS er at indsamle så mange
analyser som muligt i et program og dermed oprette et funktionsrigt værktøj
og gøre det unødvendigt at bruge mange forskellige programmer til
evaluering af simuleringer. Dette bør rationalisere og forenkle
arbejdsforløbet med at analysere baner. De følgende analysefunktioner er
tilgængelige:
Statiske (tidsafhængige) funktioner:
- Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
- Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
- Plane Projection Distribution
- Fixed Plane Density Profile
- Density, Spatial or Dipole Distribution Function
Dynamiske (tidsafhængige) funktioner:
- Velocity Distribution Function
- Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
- Velocity Autocorrelation Functions
- Vector Reorientation Dynamics
- Van Hove Correlation Function
- Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)
Spektroskopiske funktioner:
- Calculate Power Spectrum
- Calculate IR Spectrum
- Calculate Raman Spectrum
TRAVIS kan læse banefiler i formaterne XYZ, PDB, LAMMPS eller DLPOLY.
|
|
viewmol
Grafisk brugerflade for bregningskemiprogrammer
|
Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
|
License: DFSG free
|
Viewmol kan hjælpe grafisk med oprettelsen af molekylære strukturer for
beregninger og med at visualisere resultaterne.
I øjeblikket inkluderer Viewmol inddatafiltre for resultaterne Discover,
DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole og Vamp samt
PDB-filer. Strukturer kan gemmes som Accelrys' car-filer, MDL-filer og
Turbomolekoordinatfiler. Viewmol kan oprette inddatafiler for Gaussian
9x/03. Viewmols filformat er blevet tilføjet til OpenBabel, så at
OpenBabel kan fungere som inddata samt resultatfilter for koordinater.
|
|
xcrysden
Visualiseringsprogram for krystallinske strukturer og molekylstruktur
|
Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
|
License: DFSG free
|
XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram,
som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på
krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan
køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.
XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere
filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick),
gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller
ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd
(x11-apps) være til stede.
|
|
|