DebiChem Project
Summary
Input Preparation and Output Processing
DebiChem - inddataforberedelse og uddatabehandling

Denne metapakke vil installere grafiske brugerflader og inddataoprettere/uddatabehandlere for kemipakker, som kan være nyttige for kemikere.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

Links to other tasks

DebiChem Input Preparation and Output Processing packages

Official Debian packages with high relevance

ase
Atomic Simulation Environment
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.22.1-3all
sid3.24.0-1all
forky3.24.0-1all
trixie3.24.0-1all
bullseye3.21.1-2all
upstream3.26.0
Popcon: 8 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

ASE er Atomic Simulation Environment skrevet i programmeringssproget Python, med sigte på at opsætte, styre og analysere atomistiske simuleringer. ASE er en del af CAMPOS, projektet CAMP Open Source.

ASE indeholder Python-grænseflader til flere forskellige elektroniske strukturkoder, inklusive Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW og SIESTA.

Denne pakke tilbyder de kørbare skripter.

avogadro
Molekylært grafik- og modelsystem
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armhf,i386
trixie1.100.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky1.101.0-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.101.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 53 users (102 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogrado er et molekylært grafik- og modelsystem for molekyler og biomolekyler. Systemet kan visualisere egenskaber såsom molekyleorbitaler eller elektrostatiske potentialer og indeholder et intuitivt molekylært byggeprogram.

Inkluderede funktioner:

  • Molekylært byggeprogram med automatisk kraftfeltbaseret geometrioptimering
  • Molekylære mekanikker inklusiv begrænsede søgninger og conformersøgninger
  • Visualisering af molekylære orbitaler og generelle isooverflader
  • Visualisering af vibrationer og plot af vibrationelle spektra
  • Understøttelse for krystallografiske enhedsceller
  • Inddataoprettelse for kvantumkemipakkerne Gaussian, GAMESS og MOLPRO.
  • Fleksibel arkitektur for udvidelsesmoduler og Pythonskripter

Filformater, som Avogrado kan læse, inkluderer PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, samt Gaussian-, GAMESS- og MOLPRO-resultater.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
frit værktøj til molekylærmodellering og molekylærgrafik
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11.1amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386
forky1.5.0+git20180813.37fc53c-11.1amd64,arm64,i386,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 4 users (10 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView tilbyder hurtig OpenGL-baseret visualisering af molekylære strukturer, molekylærmekaniske metoder (minimering, MD-simulering med brug af AMBER-, CHARMM- og MMFF94-kraffelter), beregning og visualisering af elektrostatiske egenskaber (FDPB) og funktioner til redigering af molekyler.

BALLView kan betragtes som en grafisk brugergrænseflade baseret på BALL (Biochemical Algoritms Library), med fokus på de mest almindelige krav fra proteinkemikere, og i særdeleshed fra biofysikere. Det bliver udviklet i grupper under Hans-Peter Lenhof (Saarland Universitetet, Saarbruecken, Tyskland) og Oliver Kohlbacher (Tübingen Universitet, Tyskland). BALL er et applikationsrammeværktøj i C++, som er specifikt designet til hurtig programudvikling i molekylærmodellering og biologisk molekylærberegning. Det tilbyder et udvidet sæt af datastrukturer såvel som klasser til molekylærmekanik, avanceret opløsningsmetoder, sammenligning og analyse af proteinstrukturer, import/eksport af filer, og visualisering.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
c2x
Konverteringsprogram mellem DFT-elektroniske strukturkodeformater
Versions of package c2x
ReleaseVersionArchitectures
sid2.42+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye2.35a+ds-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm2.40.e+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie2.42+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky2.42+ds-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
upstream2.42a
Popcon: 3 users (4 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Dette program skal konvertere CASTEP's .check, .castep_bin, orbitals og .cell til diverse andre formater, specielt så de kan visualiseres med Jmol, XCrysDen, gnuplot og andre programmer. Programmet kan udtrække ændring og spin-tæthed, wavefunktioner, symmetrioperationer og meget andet derudover. Har også grænseflader til Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP og andre elektroniske strukturkoder.

Koden kan også manipulere .cell- og .pdb-filer, bygge superceller, udføre skift, tilføje vakuum og rullende nanorør.

Please cite: Rutter, M.J.: C2x: A tool for visualisation and input preparation for Castep and other electronic structure codes. Computer Physics Communications 225:174–179 (2018)
cclib
Fortolkere og algoritmer for beregningskemi
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
sid1.8-1all
bullseye1.6.2-2all
bookworm1.6.2-2all
trixie1.8-1all
upstream.1.7.2
Popcon: 141 users (91 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Et Pythonbibliotek som tilbyder fortolkere til logfiler for beregningskemi. Det tilbyder også en platform til at implementere algoritmer på en pakkeafhængig måde.

Denne pakke indeholder hjælpeskripter for slutbrugere.

Hvis du er på udkig efter enhedstestene og datafilerne håndteret af cclib, så distribueres de separat i den ikkefrie pakke cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
gabedit
Grafisk brugerflade for Ab Initio-pakker
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 11 users (11 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit er en grafisk brugerflade til kemiske beregningspakker såsom:

  • MPQC
  • GAMESS-US
  • Gaussian
  • Molcas
  • Molpro
  • Q-Chem

Disse Ab Initio-programpakker kan køre lokalt eller på en ekstern server (der understøtter FTP, RSH og SSH). Gabedit kan vise en række beregningsresultater inklusiv understøttelse for de væsentligste molekylære filformater. Den avancerede »molekylebygger« tillader hurtigt optegning i molekyler og undersøgelse af dem i 3D. Grafik kan eksporteres til forskellige formater, inklusiv animationer.

Slurm-wlm-torque og gridengine-client er workload-programmer, der tilbyder omslag for PBS-kommandoer. Gabedit gør også, at du kan konfigurere den for ethvert andet workload-program.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
gausssum
fortolk og vis Guassian, GAMESS og anden uddata
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
bookworm3.0.2-2all
trixie3.0.2-2all
sid3.0.2-2all
bullseye3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum fortolker uddatafilerne fra beregninger foretaget af ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussion, Jaguar og PC GAMESS, for at udtrække nyttig information.

GaussSum anvender GNUPlot til at vise forløbet for geometiske optimeringer, tætheden på tilstande for spektre, UV-VIS-spektre, IR-spektre, Raman- spektre og kort over forskelligheder i tæthed af elektroner. Det kan også vise alle linjer, som indeholder en vilkårlig frase og mere.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
jmol
Molekylær fremviser
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
sid16.2.33+dfsg-1all
forky16.2.33+dfsg-1all
trixie16.2.33+dfsg-1all
bookworm14.32.83+dfsg-2all
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
upstream16.2.37
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 47 users (67 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol er en Javamolekylær fremviser for tredimensionelle kemiske strukturer. Funktioner inkluderer læsning af en række filtyper og resultater fra quantum-kemiprogrammer og animation af filer med flere rammer samt beregnede normale tilstande fra quantum-programmer. Fremviseren inkluderer funktioner for kemikalier, krystaller, materialer og biomolekyler. Jmol kan være nyttigt for studenter, undervisere og forskere indenfor kemi og biokemi.

Filformater som kan læses af Jmol inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton og VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package jmol
python3-pycifrw
CIF/STAR-filunderstøttelse for Python
Versions of package python3-pycifrw
ReleaseVersionArchitectures
trixie4.4.6-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye4.4-2amd64,arm64,armhf,i386
bookworm4.4.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
forky4.4.6-4amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid4.4.6-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream5.0.1
Popcon: 13 users (3 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

PyCIFRW tilbyder understøttelse for at læse og skrive CIF-filer (Crystallographic Information Format) via Python.

Specifikationerne fundet i Vol G af International Tables for Crystallography blev brugt som en reference for CIF 1.0/1.1-syntaks. http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 blev brugt som CIF 2.0-referencen.

travis
Analyse- og visualiseringsprogram for baner
Versions of package travis
ReleaseVersionArchitectures
sid220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye200504+hf2-1amd64,arm64,armhf,i386
bookworm220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky220729-1amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 2 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) er et frit værktøj til at analysere og visualisere baner fra alle slags molekylære dynamikker eller Monte Carlo-simuleringer. Formålet med TRAVIS er at indsamle så mange analyser som muligt i et program og dermed oprette et funktionsrigt værktøj og gøre det unødvendigt at bruge mange forskellige programmer til evaluering af simuleringer. Dette bør rationalisere og forenkle arbejdsforløbet med at analysere baner. De følgende analysefunktioner er tilgængelige:

Statiske (tidsafhængige) funktioner:

  • Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
  • Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
  • Plane Projection Distribution
  • Fixed Plane Density Profile
  • Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamiske (tidsafhængige) funktioner:

  • Velocity Distribution Function
  • Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
  • Velocity Autocorrelation Functions
  • Vector Reorientation Dynamics
  • Van Hove Correlation Function
  • Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spektroskopiske funktioner:

  • Calculate Power Spectrum
  • Calculate IR Spectrum
  • Calculate Raman Spectrum

TRAVIS kan læse banefiler i formaterne XYZ, PDB, LAMMPS eller DLPOLY.

Please cite: Martin Brehm and Barbara Kirchner: TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories. (eprint) J. Chem. Inf. Model. 51(8):2007-2023 (2011)
xcrysden
Visualiseringsprogram for krystallinske strukturer og molekylstruktur
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armhf,i386
bookworm1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
forky1.6.2-4amd64,arm64,armhf,i386,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.6.3-rc2
Popcon: 21 users (11 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen er et krystallinsk og molekylært strukturvisualiseringsprogram, som forsøger at vise isooverflader og konturer, som kan overlejres på krystallinske strukturer og interaktivt roteres og manipuleres. Det kan køre på de fleste UNIX-platforme, uden nogen specielle udstyrskrav.

XCrySDen giver mulighed for realtids optagelse af visningen. Flere filmkodere er understøttet, specielt Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle eller whirlgif er nødvendige. For AVI/MPEG er mencoder eller ppmtompeg (netpbm) krævet. For vinduesdump skal enten imagemagick eller swd (x11-apps) være til stede.

Screenshots of package xcrysden

Packaging has started and developers might try the packaging code in VCS

viewmol
graphical front end for computational chemistry programs
Responsible: Debichem Team (Drew Parsons)
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
VCS2.4.1-26all
Versions and Archs
License: GPL-2.0+
Debian package not available
Git
Version: 2.4.1-26

Viewmol is able to graphically aid in the generation of molecular structures for computations and to visualize their results.

At present Viewmol includes input filters for Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, and Vamp outputs as well as for PDB files. Structures can be saved as Accelrys' car-files, MDL files, and Turbomole coordinate files. Viewmol can generate input files for Gaussian 9x/03. Viewmol's file format has been added to OpenBabel so that OpenBabel can serve as an input as well as an output filter for coordinates.

Registry entries: SciCrunch 
*Popularitycontest results: number of people who use this package regularly (number of people who upgraded this package recently) out of 268170