DebiChem Input Preparation and Output Processing packages

ASE è un Atomic Simulation Environment scritto nel linguaggio di programmazione Python con lo scopo di impostare, pilotare e analizzare simulazioni atomiche. ASE fa parte di CAMPOS, il progetto CAMP Open Source.

ASE contiene interfacce Python per svariati codici di strutture elettroniche differenti, inclusi Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW e SIESTA.

Questo pacchetto contiene gli script eseguibili.

Avogadro è un sistema di grafica e modellamento molecolare pensato per molecole e biomolecole. Può visualizzare proprietà come orbitali molecolari * potenziali elettrostatici e ha uno strumento di uso intuitivo per la creazione di molecole.

Le sue caratteristiche includono:

• modellatore molecolare con ottimizzazione automatica geometrica basata sui campi di forze;
• meccanica molecolare comprese ricerche di limiti e conformazioni;
• visualizzazione di orbitali molecolari e iso-superfici generiche;
• visualizzazione di vibrazioni e disegno degli spettri vibrazionali;
• gestione di unità a cella cristallografiche;
• generazione di input per i pacchetti di chimica quantistica Gaussian, GAMESS e MOLPRO;
• architettura flessibile a plugin e script Python.

Tra i formati di file che Avogadro può leggere sono inclusi PDB, XYZ, CML, CIF, Molden, oltre all'output di Gaussian, GAMESS e MOLPRO.

BALLView fornisce una veloce visualizzazione delle strutture molecolari basata sulle OpenGL, metodi per meccanismi molecolari (minimizzazione, simulazione MD tramite i campi di forze AMBER, CHARMM, e MMFF94), calcolo e visualizzazione delle proprietà elettrostatiche (FDPB) e funzionalità di modifica molecolare.

BALLView può essere considerato un'interfaccia utente grafica basata su BALL (Biochemical Algorithms Library - libreria di algoritmi biochimici), con una particolare attenzione specialmente verso le richieste più comuni dei chimici delle proteine e dei biofisici. È stato sviluppato dal gruppo di Hans-Peter Lenhof (Università del Saarland, Saarbruecken, Germania) e Oliver Kohlbacher (Università di Tubinga, Germania). BALL è un'infrastruttura per applicazioni C++ che è stata progettata specificatamente per lo sviluppo veloce del software nel modellamento molecolare e nella biologia molecolare computazionale. Fornisce un ampio insieme di strutture di dati come anche classi per la meccanica molecolare, metodi di solvatazione avanzati, confronto e analisi delle strutture proteiche, importazione ed esportazione dei file e visualizzazione.

This program should convert CASTEP's .check, .castep_bin, orbitals and .cell to various other formats, particularly so that they can be visualised with Jmol, XCrysDen, gnuplot and other programs. It can extract charge and spin densities, wavefunctions, symmetry operations, and much else besides. It also interfaces with Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP, and other electronic structure codes.

The code can also manipulate .cell and .pdb files, building supercells, performing shifts, adding vacuum and rolling nanotubes.

Libreria Python che fornisce analizzatori per file di log di chimica computazionale. Mette a disposizione anche una piattaforma per l'implementazione di algoritmi in maniera indipendente dal pacchetto.

Questo pacchetto contiene script ausiliari per l'utente finale.

Se si stanno cercando i test di unità e i file dei dati gestiti da cclib, essi sono distribuiti separatamente come pacchetto non-free cclib-data.

Gabedit è un'interfaccia utente grafica per pacchetti di chimica computazionale come:

• MPQC
• GAMESS-US
• Gaussian
• Molcas
• Molpro
• Q-Chem

Questi pacchetti software Ab Initio possono essere eseguiti localmente o su un server remoto (con gestione di FTP, RSH e SSH). Gabedit può visualizzare una varietà di risultati di calcoli, inclusa la maggior parte dei principali formati di file molecolari. L'avanzato "Molecule Builder" (creatore di molecole) permette di tratteggiare rapidamente molecole e di esaminarle in 3D. I risultati grafici possono essere esportati in vari formati, incluse animazioni.

slurm-wlm-torque e gridengine-client sono gestori del carico di lavoro che forniscono wrapper per comandi PBS. Gabedit può anche essere configurato per qualsiasi altro gestore di carico di lavoro.

GaussSum analizza, per estrarre informazioni utili, i file di output generati dalle elaborazioni di ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar e PC GAMESS.

GaussSum usa GNUPlot per visualizzare lo sviluppo di ottimizzazione geometriche, la densità di spettri di stato, spettri UV-VIS, spettri IR, spettri Raman e mappe di differenza di densità di elettroni. Può anche visualizzare tutte le righe contenenti una frase o parola arbitraria e molto altro.

Jmol è un visualizzatore molecolare in Java per strutture chimiche tridimensionali. Le caratteristiche includono la lettura di una varietà di tipi di file e dell'output di programmi di chimica quantistica, e animazioni di file a più fotogrammi e modalità normali calcolate per programmi quantistici. Comprende funzionalità per prodotti chimici, cristalli, materiali e biomolecole. Jmol potrebbe essere utile a studenti, educatori e ricercatori in chimica e biochimica.

I formati di file letti da Jmol includono PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton e VASP.

PyCIFRW fornisce la gestione di lettura e scrittura di file CIF (Crystallographic Information Format) usando Python.

Come riferimento per la sintassi CIF 1.0/1.1 sono state usate le specifiche nel volume G di "International Tables for Crystallography". Come riferimento per CIF 2.0 è stato usato http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses as possible in one program, creating a powerful tool and making it unnecessary to use many different programs for evaluating simulations. This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing trajectories. The following analysis functions are available:

Static (time independent) Functions:

• Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
• Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
• Plane Projection Distribution
• Fixed Plane Density Profile
• Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamic (time dependent) Functions:

• Velocity Distribution Function
• Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
• Velocity Autocorrelation Functions
• Vector Reorientation Dynamics
• Van Hove Correlation Function
• Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spectroscopic Functions:

• Calculate Power Spectrum
• Calculate IR Spectrum
• Calculate Raman Spectrum

TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.

Viewmol è in grado di aiutare graficamente nella generazione di strutture molecolari per la computazione e la visualizzazione dei loro risultati.

Attualmente Viewvol include filtri in input per Discover, DMo13, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole, output di Vamp e file PDB. Le strutture possono essere salvate come file car di Accelrys, file MDL e file di coordinate Turbomole. Viewmol può generare file di input per Gaussian 9x/03. Il formato dei file di Viewmol è stato aggiunto a OpenBabel in modo che OpenBabel possa servire da filtro di input o di output per le coordinate.

XCrySDen è un programma per la visualizzazione di strutture cristalline e molecolari che mira alla visualizzazione di isosuperfici e contorni che possono essere sovrapposti a strutture cristalline e ruotati e manipolati in modo interattivo. Può essere eseguito nella maggior parte delle piattaforme UNIX, senza alcun particolare requisito hardware.

XCrySDen permette la cattura in tempo reale del display. Sono gestiti diversi codificatori di filmati, in particolare per le GIF animate è necessario convert (imagemagick), gifsicle o whirlgif. Per gli AVI/MPEG è richiesto mencoder o ppmtompeg (netpbm). Per i dump di finestre deve essere presente imagemagick oppure xwd (x11-apps).