DebiChem Project
Summary
Input Preparation and Output Processing
préparation d’entrée et traitement de sortie pour DebiChem

Ce métapaquet installe les frontaux graphiques, les générateurs d’entrée et les traitements de sortie pour les paquets de chimie numérique pouvant être utiles pour les chimistes.

Description

For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:

If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to send a description of that project to the DebiChem mailing list

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DebiChem Input Preparation and Output Processing packages

Official Debian packages with high relevance

ase
environnement de simulation atomique
Versions of package ase
ReleaseVersionArchitectures
buster3.17.0-2all
sid3.23.0-1all
trixie3.23.0-1all
bookworm3.22.1-3all
bullseye3.21.1-2all
Popcon: 8 users (3 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

ASE est un environnement de simulation atomique écrit en Python et visant à mettre en place, piloter et analyser des simulations atomiques. ASE fait partie de CAMPOS, le projet libre CAMP.

ASE fournit les interfaces Python pour différents codes de structure électronique dont Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW et SIESTA.

Ce paquet fournit les scripts exécutables.

avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
Versions of package avogadro
ReleaseVersionArchitectures
sid1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bookworm1.97.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.93.0-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.99.0-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.0.3-10.1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.2.0-1+deb9u1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster1.2.0-4amd64,arm64,armhf,i386
Debtags of package avogadro:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitqt
useviewing
Popcon: 53 users (20 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

Please cite: Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek and Geoffrey R Hutchison: Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (eprint) J. Cheminf. 4:17 (2012)
Registry entries: Bio.tools  SciCrunch 
ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
Versions of package ballview
ReleaseVersionArchitectures
stretch1.4.3~beta1-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x
buster1.5.0+git20180813.37fc53c-3amd64,arm64,i386
bullseye1.5.0+git20180813.37fc53c-6amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid1.5.0+git20180813.37fc53c-11amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie1.4.2+20140406-1amd64,armel,armhf,i386
upstream1.5.0+git20220524.d85d2dd
Debtags of package ballview:
interfacex11
roleprogram
uitoolkitqt
x11application
Popcon: 8 users (6 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann ») et des fonctionnalités d'édition moléculaire.

BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof (Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher (Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de fichiers et la visualisation.

Please cite: Andreas Moll, Andreas Hildebrandt, Hans-Peter Lenhof and Oliver Kohlbacher: BALLView: a tool for research and education in molecular modeling. (PubMed,eprint) Bioinformatics 22(3):365-366 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package ballview
c2x
conversion entre formats de code de structure électronique DFT
Versions of package c2x
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.40.e+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye2.35a+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.41.b+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
trixie2.41.b+ds-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 3 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Ce programme convertit les formats .check, .castep_bin, orbitals et .cell de CASTEP dans divers autres formats, particulièrement pour qu’ils puissent être visualisés avec Jmol, XCrysDen, gnuplot et d’autres programmes. Il peut extraire les densités de charge et de spin, les fonctions d’onde, les opérations de symétrie et bien d’autres choses. Il s’interface aussi avec Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP et d’autres codes de structure électronique.

Le code peut aussi manipuler les fichiers .cell et .pdb, construisant des orages supercellulaires, réalisant des déplacements, ajoutant du vide et des nanotubes d’enroulement.

Please cite: Rutter, M.J.: C2x: A tool for visualisation and input preparation for Castep and other electronic structure codes. Computer Physics Communications 225:174–179 (2018)
cclib
analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle
Versions of package cclib
ReleaseVersionArchitectures
bookworm1.6.2-2all
bullseye1.6.2-2all
buster1.6-1all
stretch1.3.1-1all
jessie1.1-1all
trixie1.8-1all
sid1.8-1all
upstream1.8.1
Popcon: 221 users (157 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Il s'agit d'une bibliothèque Python fournissant des analyseurs pour les fichiers journaux de chimie computationnelle. Elle fournit également une plate-forme pour implémenter les algorithmes indépendamment du paquet.

Ce paquet fournit les scripts d'aide pour les utilisateurs finaux.

Les fichiers de tests unitaires et de données gérés par cclib sont distribués séparément dans le paquet non libre cclib-data.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. (eprint) J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
Versions of package gabedit
ReleaseVersionArchitectures
bookworm2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
jessie2.4.8-1amd64,armel,armhf,i386
stretch2.4.8-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster2.4.8-3amd64,arm64,armhf,i386
bullseye2.5.1~20200828-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid2.5.1+ds-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Debtags of package gabedit:
fieldchemistry
roleprogram
uitoolkitgtk
Popcon: 18 users (5 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :

 – MPQC
 – GAMESS-US
 – Gaussian
 – Molcas
 – Molpro
 – Q-Chem

Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.

slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.

Please cite: Abdul-Rahman Allouche: Gabedit - A graphical user interface for computational chemistry softwares. (eprint) J. Comp. Chem. 32:174-182 (2011)
gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
Versions of package gausssum
ReleaseVersionArchitectures
bullseye3.0.2-2all
jessie2.2.6.1-1all
stretch3.0.1.1-1all
buster3.0.2-1all
bookworm3.0.2-2all
trixie3.0.2-2all
sid3.0.2-2all
Debtags of package gausssum:
fieldchemistry
roleprogram
Popcon: 11 users (0 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des informations utiles.

GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.

Please cite: Noel M. O'Boyle, Adam L. Tenderholt and Karol M. Langner: cclib: A library for package-independent computational chemistry algorithms. J. Comp. Chem. 29(5):839-845 (2008)
jmol
visualisateur moléculaire
Versions of package jmol
ReleaseVersionArchitectures
bullseye14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
buster14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4all
jessie12.2.32+dfsg2-1all
stretch14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3all
sid16.2.33+dfsg-1all
trixie16.2.33+dfsg-1all
bookworm14.32.83+dfsg-2all
upstream16.2.37
Debtags of package jmol:
fieldchemistry
roleprogram
scopeutility
useviewing
Popcon: 60 users (69 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique, l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et biochimie.

Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.

Please cite: A. Herráez: Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. (PubMed,eprint) Biochem Mol Biol Educ. 34(4):255-261 (2006)
Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package jmol
python3-pycifrw
CIF/STAR file support for Python
Versions of package python3-pycifrw
ReleaseVersionArchitectures
bookworm4.4.4-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
sid4.4.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
bullseye4.4-2amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie4.4.6-3amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

PyCIFRW provides support for reading and writing CIF (Crystallographic Information Format) files using Python.

The specifications found in Vol G of the International Tables for Crystallography were used as a reference for CIF 1.0/1.1 syntax. http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 was used as the CIF 2.0 reference.

travis
trajectory analyzer and visualizer
Versions of package travis
ReleaseVersionArchitectures
bullseye200504+hf2-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid220729-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
jessie140902-1amd64,armel,armhf,i386
stretch161013-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
buster190101-1amd64,arm64,armhf,i386
Popcon: 3 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses as possible in one program, creating a powerful tool and making it unnecessary to use many different programs for evaluating simulations. This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing trajectories. The following analysis functions are available:

Static (time independent) Functions:

  • Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
  • Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
  • Plane Projection Distribution
  • Fixed Plane Density Profile
  • Density, Spatial or Dipole Distribution Function

Dynamic (time dependent) Functions:

  • Velocity Distribution Function
  • Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
  • Velocity Autocorrelation Functions
  • Vector Reorientation Dynamics
  • Van Hove Correlation Function
  • Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)

Spectroscopic Functions:

  • Calculate Power Spectrum
  • Calculate IR Spectrum
  • Calculate Raman Spectrum

TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.

Please cite: Martin Brehm and Barbara Kirchner: TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories. (eprint) J. Chem. Inf. Model. 51(8):2007-2023 (2011)
viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
Versions of package viewmol
ReleaseVersionArchitectures
jessie2.4.1-22amd64,armel,armhf,i386
buster2.4.1-25amd64,arm64,armhf,i386
stretch2.4.1-24amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
Debtags of package viewmol:
fieldchemistry
interface3d, x11
roleprogram
uitoolkitmotif
uselearning, viewing
x11application
Popcon: 6 users (1 upd.)*
Versions and Archs
License: DFSG free
Git

Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à visualiser les résultats.

Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée que comme filtre de sortie pour les coordonnées.

Registry entries: SciCrunch 
Screenshots of package viewmol
xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
Versions of package xcrysden
ReleaseVersionArchitectures
jessie1.5.60-1amd64,armel,armhf,i386
stretch1.5.60-1amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bookworm1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
bullseye1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x
trixie1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
sid1.6.2-4amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x
upstream1.6.3~rc2
Popcon: 16 users (1 upd.)*
Newer upstream!
License: DFSG free
Git

XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can be superimposed on crystalline structures and interactively rotated and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any special hardware requirements.

XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick), gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or xwd (x11-apps) needs to be present.

Screenshots of package xcrysden
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