Summary
Input Preparation and Output Processing
préparation d’entrée et traitement de sortie pour DebiChem
Ce métapaquet installe les frontaux graphiques, les générateurs d’entrée et les
traitements de sortie pour les paquets de chimie numérique pouvant être utiles
pour les chimistes.
Description
For a better overview of the project's availability as a Debian package, each head row has a color code according to this scheme:
If you discover a project which looks like a good candidate for DebiChem
to you, or if you have prepared an unofficial Debian package, please do not hesitate to
send a description of that project to the DebiChem mailing list
Links to other tasks
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DebiChem Input Preparation and Output Processing packages
Official Debian packages with high relevance
ase
environnement de simulation atomique
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Versions of package ase |
Release | Version | Architectures |
buster | 3.17.0-2 | all |
sid | 3.23.0-1 | all |
trixie | 3.23.0-1 | all |
bookworm | 3.22.1-3 | all |
bullseye | 3.21.1-2 | all |
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License: DFSG free
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ASE est un environnement de simulation atomique écrit en Python et visant à
mettre en place, piloter et analyser des simulations atomiques. ASE fait
partie de CAMPOS, le projet libre CAMP.
ASE fournit les interfaces Python pour différents codes de structure
électronique dont Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW et SIESTA.
Ce paquet fournit les scripts exécutables.
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avogadro
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
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Versions of package avogadro |
Release | Version | Architectures |
sid | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bookworm | 1.97.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.93.0-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.99.0-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.0.3-10.1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.2.0-1+deb9u1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 1.2.0-4 | amd64,arm64,armhf,i386 |
Debtags of package avogadro: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | qt |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les
molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme
les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un
constructeur de molécules intuitif.
Fonctions disponibles :
— modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
de force automatique ;
— mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
conformation ;
— visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
— visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
— gestion des cellules cristallographiques ;
— création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
MOLPRO ;
— architecture de greffon flexible et script Python.
Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF,
Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.
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ballview
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
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Versions of package ballview |
Release | Version | Architectures |
stretch | 1.4.3~beta1-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,ppc64el,s390x |
buster | 1.5.0+git20180813.37fc53c-3 | amd64,arm64,i386 |
bullseye | 1.5.0+git20180813.37fc53c-6 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 1.5.0+git20180813.37fc53c-11 | amd64,arm64,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 1.4.2+20140406-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
upstream | 1.5.0+git20220524.d85d2dd |
Debtags of package ballview: |
interface | x11 |
role | program |
uitoolkit | qt |
x11 | application |
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License: DFSG free
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BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des
méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique
moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with
Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à
l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des
propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann »)
et des fonctionnalités d'édition moléculaire.
BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur
basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les
demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens
en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof
(Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher
(Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif
écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de
logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie
moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des
cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la
comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de
fichiers et la visualisation.
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c2x
conversion entre formats de code de structure électronique DFT
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Versions of package c2x |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.40.e+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 2.35a+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.41.b+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
trixie | 2.41.b+ds-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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Ce programme convertit les formats .check, .castep_bin, orbitals et .cell
de CASTEP dans divers autres formats, particulièrement pour qu’ils
puissent être visualisés avec Jmol, XCrysDen, gnuplot et d’autres
programmes. Il peut extraire les densités de charge et de spin, les
fonctions d’onde, les opérations de symétrie et bien d’autres choses. Il
s’interface aussi avec Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP et d’autres
codes de structure électronique.
Le code peut aussi manipuler les fichiers .cell et .pdb, construisant des
orages supercellulaires, réalisant des déplacements, ajoutant du vide et
des nanotubes d’enroulement.
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cclib
analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle
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Versions of package cclib |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 1.6.2-2 | all |
bullseye | 1.6.2-2 | all |
buster | 1.6-1 | all |
stretch | 1.3.1-1 | all |
jessie | 1.1-1 | all |
trixie | 1.8-1 | all |
sid | 1.8-1 | all |
upstream | 1.8.1 |
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License: DFSG free
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Il s'agit d'une bibliothèque Python fournissant des analyseurs pour les
fichiers journaux de chimie computationnelle. Elle fournit également une
plate-forme pour implémenter les algorithmes indépendamment du paquet.
Ce paquet fournit les scripts d'aide pour les utilisateurs finaux.
Les fichiers de tests unitaires et de données gérés par cclib sont
distribués séparément dans le paquet non libre cclib-data.
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gabedit
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
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Versions of package gabedit |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
jessie | 2.4.8-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 2.4.8-3 | amd64,arm64,armhf,i386 |
bullseye | 2.5.1~20200828-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 2.5.1+ds-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
Debtags of package gabedit: |
field | chemistry |
role | program |
uitoolkit | gtk |
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License: DFSG free
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Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :
– MPQC
– GAMESS-US
– Gaussian
– Molcas
– Molpro
– Q-Chem
Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.
slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.
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gausssum
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
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Versions of package gausssum |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 3.0.2-2 | all |
jessie | 2.2.6.1-1 | all |
stretch | 3.0.1.1-1 | all |
buster | 3.0.2-1 | all |
bookworm | 3.0.2-2 | all |
trixie | 3.0.2-2 | all |
sid | 3.0.2-2 | all |
Debtags of package gausssum: |
field | chemistry |
role | program |
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License: DFSG free
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GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF,
GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des
informations utiles.
GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations
géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres
ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres
Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi
afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.
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jmol
visualisateur moléculaire
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Versions of package jmol |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
buster | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-4 | all |
jessie | 12.2.32+dfsg2-1 | all |
stretch | 14.6.4+2016.11.05+dfsg1-3 | all |
sid | 16.2.33+dfsg-1 | all |
trixie | 16.2.33+dfsg-1 | all |
bookworm | 14.32.83+dfsg-2 | all |
upstream | 16.2.37 |
Debtags of package jmol: |
field | chemistry |
role | program |
scope | utility |
use | viewing |
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License: DFSG free
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Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en
trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de
types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique,
l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à
partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits
chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être
utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et
biochimie.
Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile,
Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.
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python3-pycifrw
CIF/STAR file support for Python
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Versions of package python3-pycifrw |
Release | Version | Architectures |
bookworm | 4.4.4-3 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
sid | 4.4.6-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
bullseye | 4.4-2 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 4.4.6-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
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License: DFSG free
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PyCIFRW provides support for reading and writing CIF (Crystallographic
Information Format) files using Python.
The specifications found in Vol G of the International Tables for
Crystallography were used as a reference for CIF 1.0/1.1 syntax.
http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 was used as the CIF 2.0
reference.
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travis
trajectory analyzer and visualizer
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Versions of package travis |
Release | Version | Architectures |
bullseye | 200504+hf2-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 220729-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
jessie | 140902-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 161013-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
buster | 190101-1 | amd64,arm64,armhf,i386 |
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License: DFSG free
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TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) is a free tool for analyzing
and visualizing trajectories from all kinds of Molecular Dynamics or
Monte Carlo simulations. The aim of TRAVIS is to collect as many analyses
as possible in one program, creating a powerful tool and making it
unnecessary to use many different programs for evaluating simulations.
This should greatly rationalize and simplify the workflow of analyzing
trajectories. The following analysis functions are available:
Static (time independent) Functions:
- Radial, Angular, Dihedreal or Combined Distribution Function
- Point-Plane or Point-Line Distance Distribution
- Plane Projection Distribution
- Fixed Plane Density Profile
- Density, Spatial or Dipole Distribution Function
Dynamic (time dependent) Functions:
- Velocity Distribution Function
- Mean Square Displacement / Diffusion Coefficients
- Velocity Autocorrelation Functions
- Vector Reorientation Dynamics
- Van Hove Correlation Function
- Aggregation Functions (DACF, DLDF, DDisp)
Spectroscopic Functions:
- Calculate Power Spectrum
- Calculate IR Spectrum
- Calculate Raman Spectrum
TRAVIS can read trajectory files in XYZ, PDB, LAMMPS or DLPOLY format.
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viewmol
interface graphique pour les programmes de calculs de chimie
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Versions of package viewmol |
Release | Version | Architectures |
jessie | 2.4.1-22 | amd64,armel,armhf,i386 |
buster | 2.4.1-25 | amd64,arm64,armhf,i386 |
stretch | 2.4.1-24 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
Debtags of package viewmol: |
field | chemistry |
interface | 3d, x11 |
role | program |
uitoolkit | motif |
use | learning, viewing |
x11 | application |
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License: DFSG free
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Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires
pour les calculs et à visualiser les résultats.
Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties
Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et
Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être
sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de
coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour
Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de
telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée
que comme filtre de sortie pour les coordonnées.
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xcrysden
Crystalline and Molecular Structure Visualizer
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Versions of package xcrysden |
Release | Version | Architectures |
jessie | 1.5.60-1 | amd64,armel,armhf,i386 |
stretch | 1.5.60-1 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bookworm | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
bullseye | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,mipsel,ppc64el,s390x |
trixie | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
sid | 1.6.2-4 | amd64,arm64,armel,armhf,i386,mips64el,ppc64el,riscv64,s390x |
upstream | 1.6.3~rc2 |
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License: DFSG free
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XCrySDen is a crystalline and molecular structure visualisation
program, which aims at display of isosurfaces and contours, which can
be superimposed on crystalline structures and interactively rotated
and manipulated. It can run on most UNIX platforms, without any
special hardware requirements.
XCrySDen allows for real-time capture of display. Several movie encoders
are supported, in particular for Animated-GIF convert (imagemagick),
gifsicle, or whirlgif are necessary. For AVI/MPEG mencoder or
ppmtompeg (netpbm) is required. For window dumps either imagemagick or
xwd (x11-apps) needs to be present.
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