DebiChem Input Preparation and Output Processing packages

ASE est un environnement de simulation atomique écrit en Python et visant à mettre en place, piloter et analyser des simulations atomiques. ASE fait partie de CAMPOS, le projet libre CAMP.

ASE fournit les interfaces Python pour différents codes de structure électronique dont Abinit, Asap, Dacapo, Elk, GPAW et SIESTA.

Ce paquet fournit les scripts exécutables.

Avogadro est un système de modélisation et d'imagerie moléculaire visant les molécules et les biomolécules. Il permet de visualiser des propriétés comme les orbites moléculaires ou les potentiels électrostatiques et dispose d'un constructeur de molécules intuitif.

Fonctions disponibles :

 — modeleur moléculaire avec optimisation géométrique basée sur les champs
   de force automatique ;
 — mécanique moléculaire incluant des recherches de contraintes et de
    conformation ;
 — visualisation des orbites moléculaires et d'isosurfaces générales ;
 — visualisation de vibrations et graphique du spectre de vibration ;
 — gestion des cellules cristallographiques ;
 — création d'entrée pour des paquets chimiques Gaussian, GAMESS and
    MOLPRO ;
 — architecture de greffon flexible et script Python.

Les formats de fichiers qu'Avogadro peut lire incluent PDB, XYZ, CML, CIF, Molden ainsi que les sorties Gaussian, GAMESS and MOLPRO.

BALLView propose une visualisation rapide des structures moléculaires, des méthodes de mécanique moléculaire (minimisation, simulation dynamique moléculaire utilisant les champs de force « Assisted Model Building with Energy Refinement » et « Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics ») à l'aide de la technologie OpenGL, un calcul et une visualisation des propriétés électrostatiques (méthode « Finite Difference Poisson-Boltzmann ») et des fonctionnalités d'édition moléculaire.

BALLView peut être considéré comme une interface graphique utilisateur basée sur BALL (« Biochemical Algorithms Library »), en se concentrant sur les demandes les plus courantes de la chimie des protéines et des biophysiciens en particulier. Il est développé par les groupes de Hans-Peter Lenhof (Université de Saarland, Sarrebruck, Allemagne) et d'Oliver Kohlbacher (Université de Tübingen, Allemagne). BALL est un framework applicatif écrit en C++ qui a été spécifiquement conçu pour le développement rapide de logiciels pour la modélisation moléculaire et le calcul de la biologie moléculaire. Il propose de nombreuses structures de données ainsi que des cours de mécanique moléculaire, des méthodes avancées de résolution, la comparaison et l'analyse de structures de protéines, l'import/export de fichiers et la visualisation.

Ce programme convertit les formats .check, .castep_bin, orbitals et .cell de CASTEP dans divers autres formats, particulièrement pour qu’ils puissent être visualisés avec Jmol, XCrysDen, gnuplot et d’autres programmes. Il peut extraire les densités de charge et de spin, les fonctions d’onde, les opérations de symétrie et bien d’autres choses. Il s’interface aussi avec Abinit, Quantum Espresso, Siesta, VASP et d’autres codes de structure électronique.

Le code peut aussi manipuler les fichiers .cell et .pdb, construisant des orages supercellulaires, réalisant des déplacements, ajoutant du vide et des nanotubes d’enroulement.

Il s'agit d'une bibliothèque Python fournissant des analyseurs pour les fichiers journaux de chimie computationnelle. Elle fournit également une plate-forme pour implémenter les algorithmes indépendamment du paquet.

Ce paquet fournit les scripts d'aide pour les utilisateurs finaux.

Les fichiers de tests unitaires et de données gérés par cclib sont distribués séparément dans le paquet non libre cclib-data.

Gabedit est une interface utilisateur graphique pour les paquets de chimie computationnelle tels que :

 – MPQC
 – GAMESS-US
 – Gaussian
 – Molcas
 – Molpro
 – Q-Chem

Ces paquets logiciels Ab Initio peuvent être lancés localement ou sur un serveur distant (prenant en charge FTP, RSH et SSH). Gabedit peut afficher différents résultats de calcul comprenant la plupart des formats majeurs de fichier de molécule. Le perfectionné « Molecule Builder » permet d'esquisser rapidement des molécules et de les examiner en 3D. Les graphiques peuvent de plus être exportés vers divers formats, y compris ceux animés.

slurm-wlm-torque et gridengine-client sont des gestionnaires de charge de travail qui fournissent des enveloppes pour les commandes. Gabedit permet aussi d’être configuré pour utiliser un autre gestionnaire.

GaussSum analyse les fichiers de sortie de calculs scientifiques avec ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar et PC GAMESS pour en extraire des informations utiles.

GaussSum utilise GNUPlot pour afficher l’avancement des optimisations géométriques, la densité des spectres d’états, les spectres ultraviolet-visibles (UV-VIS), les spectres infra-rouges, les spectres Raman et les cartes de différences de densité électronique. Il peut aussi afficher, entre autres, toutes les lignes contenant une phrase arbitraire.

Jmol est un visualisateur Java moléculaire pour des structures chimiques en trois dimensions. Ses fonctions comprennent la lecture d’une variété de types de fichiers et de sorties de programmes de chimie quantique, l’animation de fichiers de multi-trames et les modes normaux calculés à partir de programmes quantiques. Il englobe des fonctions pour les produits chimiques, les cristaux, les matériaux et les biomolécules. Jmol peut être utile pour des étudiants, des enseignants ou des chercheurs en chimie et biochimie.

Les formats lus par Jmol comprennent PDB, XYZ, CIF, CML, MDL Molfile, Gaussian, GAMESS, MOPAC, ABINIT, ACES-II, Dalton et VASP.

PyCIFRW provides support for reading and writing CIF (Crystallographic Information Format) files using Python.

The specifications found in Vol G of the International Tables for Crystallography were used as a reference for CIF 1.0/1.1 syntax. http://dx.doi.org/10.1107/S1600576715021871 was used as the CIF 2.0 reference.

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) est un outil libre pour analyser et visualiser les trajectoires de toutes sortes de simulations de dynamique moléculaire ou de Monte-Carlo. Le but de TRAVIS est de collecter autant d’analyses que possible en un seul programme, créant ainsi un outil puissant et en rendant inutile l’utilisation de beaucoup de programmes différents pour l’évaluation de simulations. Cela doit grandement rationaliser et simplifier le déroulement des opérations dans l’analyse des trajectoires. Les fonctions d’analyse suivantes sont disponibles :

Fonctions statiques (indépendantes du temps) :

 – fonctions de distribution radiale, angulaire, de dièdres ou combinée ;
 – distribution de distances d'un point à un plan ou d'un point à une ligne ;
 – distribution de projections planes ;
 – profil de densité de plan fixe ;
 – fonctions de distribution de densités, spatiale ou de dipôles.

Fonctions dynamiques (dépendantes du temps) :

 – fonction de distribution de vitesses ;
 – coefficients de déplacement ou de diffusion quadratique moyen ;
 – fonctions d'auto-corrélation de vitesse ;
 – dynamiques de réorientation de vecteur ;
 – fonction de corrélation de Van Hove ;
 – fonctions d'agrégation (DACF, DLDF, DDisp).

Fonctions spectroscopiques :

 – calcul de spectre de puissance ;
 – calcul de spectre IR ;
 – calcul de spectre Raman.

TRAVIS peut lire les fichiers de trajectoire au format XYZ, PDB, LAMMPS ou DLPOLY.

Viewmol peut aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à visualiser les résultats.

Actuellement, Viewmol inclut des filtres d'entrée pour les sorties Discover, DMol3, Gamess, Gaussian 9x/03, Gulp, Mopac, PQS, Turbomole et Vamp de même que pour les fichiers PDB. Les structures peuvent être sauvegardées comme fichiers .car d'Accelrys, fichiers MDL et fichiers de coordonnées Turbomole. Viewmol peut générer des fichiers d'entrée pour Gaussian 9x/03. Le format de fichier viewmol a été ajouté à OpenBabel de telle manière que ce dernier puisse servir aussi bien comme filtre d'entrée que comme filtre de sortie pour les coordonnées.

XCrySDen est un programme de visualisation de structure cristalline et moléculaire, visant à afficher des isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur des structures cristallines et de manière interactive, tournés et manipulés. Ce programme peut fonctionner sur la plupart des plateformes Unix, sans besoins matériels spécifiques.

XCrySDen permet l’enregistrement en temps réel de l’affichage. Plusieurs encodeurs vidéo sont pris en charge, en particulier pour les GIF animés, convert (imagemagick), gifsicle ou whirlgif est nécessaire. Pour AVI ou MPEG, mencoder ou ppmtompeg (netpbm) est nécessaire. Pour l’enregistrement de fenêtre, imagemagick ou xwd (x11-apps) doit être installé.