Debian Science Workflow packages

En kapsel er en enlig kørbar JAR, der indeholder alt et program skal bruge for at blive afviklet enten i form af indlejrede filer eller som deklarative metadata. Den kan indeholder JAR-artefakter, afhængigheder og ressourcer, standardbiblioteker, den krævede Java Runtime Environment-version, Java Virtual Machine-flag krævet for at afvikle programmet godt, Java eller standardagenter med mere. Kort sagt, en kapsel er en uafhængig JAR, der ved alt der er at vide om hvordan programmet afvikles på den måde det er lavet til.

En måde at tænke på en kapsel er som en fed JAR på steroider (der også tillader standardbiblioteker og aldrig influerer dine afhængigheder) og et deklarativt opstartsskript rullet sammen til en enhed; en anden er at se kapslen som modparten til udrulningstidspunktet for dit byggeværktøj. Ligesom et byggeværktøj håndterer din bygning, så håndterer Capsule start af dit program.

Denne pakke indeholder en forgrening af det oprindelige capsule-projekt. Denne forgrening er egnet som en afhængighed af nextflow.

Dette er en samling af programmer, som hjælper brugerne med at dele ressourcer i en kompleks, heterogent og utroværdigt computermiljø. Dette inkluderer:

• Chirp: Et personligt filsystem og I/O-protokol som giver upriviligerede brugere adgang til at dele plads sikkert, effektivt og bekvemt. Når kombineret med Parrot giver Chirp mulighed for, at brugerne kan oprette tilpassede wide-area distribuerede filsystemer.
• Parrot: Et gennemsigtigt virtuel filsystem på brugerniveau som tillader at alle normale programmer vedhæftes til eksterne lagerenheder såsom en FTP-server eller en Chirp-server.
• Makeflow: Et system for arbejdsforløb for parallel og distribueret beregning som bruger et sprog meget lig Make.
• Work Queue: Et system og en API for bygning af mesterstilprogrammer som skalerer op til tusindvis af processorer.
• All Pairs: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store kartesianske produkter.
• Wavefront: En beregningsmæssig abstraktion for kørsel af meget store dynamiske programmeringsproblemer.
• The Fault Tolerant Shell: Et programmeringssprog på højt niveau som giver brugere mulighed for at kombinere nemheden ved skalskripter, kraften i distribueret programmering og præcisionen i kompilerede sprog. Grundlæggende, parallel programmering og undtagelseshåndtering for skripter.

Dette er referenceimplementeringen for Common Workflow Language- standarerne.

CWL Open Standards bruges til at beskrive analysearbejdsforløb og værktøjer på en måde, som gør dem flytbare og skalerbare på tværs af program- og udstyrsmiljøer, fra arbejdsstationer til klynge-, sky- og høj ydelsesberegning-miljøer (HPC). CWL er designet til at møde behovene for dataintensiv videnskab såsom bioinformatik, medicinske billeder, astronomi, fysik og kemi.

CWL-referenceimplementeringen (cwltool) er lavet med alle funktioner og tilbyder en omfattende validering af CWL-filer samt andre værktøjer relateret til arbejdet med CWL-beskrivelser.

Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner, afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.

Denne pakke er en tom pakke, som afhænger af både klienten og serveren.

Gearman er et system til udlejning af arbejde til andre maskiner, afsendelse af funktionskald til maskiner, som er bedre egnede til at udføre arbejdet, til at arbejde parallelt, til at udjævne belastning af mange funktionskald eller til at kalde funktioner mellem sprog.

Denne pakke indeholder nogle kommandolinjeværktøjer for manipulering af germanjob.

GNU Make er et redskab, der kontrollerer fremstillingen af et programs kørbare filer og andre målfiler ud fra programmets kildefiler. Det afgør automatisk hvilke stykker af et stort program, der har behov for at blive (gen)skabt, og udsteder kommandoerne til at (gen)skabe dem. Make kan anvendes til enhver opgave, hvor et sæt af målfiler bliver skabt med udgangspunkt i et sæt af inddatafiler når de tilsvarende inddata er nyere - redskabet er ikke afgrænset til bygning af computerprogrammer. Make er, i sandhed, en generel problemløser af afhængigheder.

Pegasusprojektet omfatter et sæt af teknologier, der hjælper programmer baseret på arbejdsforløb med at blive afviklet i et antal forskellige miljøer inklusive skriveborde, campus-klynger, gitre og nu skyer. Videnskabelige arbejdsforløb giver brugere mulighed for nemt at udtrykke beregninger i flere trin, for eksempel indhentelse af data fra en database, ny formatering af dataene og afvikling af en analyse. Når først et program er formaliseret som et arbejdsforløb, kan Pegasus Workflow Management Service oversætte det til tilgængelige beregningsressourcer og afvikle trinnene i en passende rækkefølge.

Nipype har en grænseflade for Python til andre neuroimaging-pakker og opretter en API til at angive en fuld analysedatakanal i Python. I øjeblikket er der grænseflader for SPM, FSL, AFNI, Freesurfer, men kan udvides for andre pakker (såsom lipsia).

En Pythonpakke der tilbyder de oprettede Hermes- og Antlr4 WDL-fortolkere for Python.

Byggesystemer såsom GNU Make bruges ofte til at oprette komplicerede arbejdsforløb, f.eks. i bioinformatik. Dette projekt forsøger at reducere kompleksiteten ved oprettelse af arbejdsforløb ved at tilbyde et rent og moderne domænespecifikt sprog (DSL) i Pythonstil, sammen med et hurtig og komfortabelt kørselsmiljø.

Toil er en skalerbar, effektiv og nem at anvende arbejdsgangsmotor i ren Python. Den fungerer med flere etablerede belastningsudjævnere såsom Slurm eller Sun Grid Engine. Toil er også kompatibel med Common Workflow Language (CWL) via grænsefladen »toil-cwl-runner«, som denne pakke gør tilgængelig via Debian alternativess-systemet under aliasset »cwl- runner«.

CWL Format er en specifikation og en referenceimplementering for et meget meningsfuldt formateringsprogram til CWL-kode.

Resultatet er Common Workflow Language (CWL) i et standardiseret YAML-format. Har ingen indstillinger eller tilvalg da du har bedre ting at gøre med dit liv. Og da CWL Format altid er korrekt.

Bibliotek til at understøtte sammenligning af funktioner, svarende til unit-tests.

Denne pakke indeholder værktøjer og dokumentation.