Debian Science Simulations packages

Calculix er et frit finitte elementanalyseprogram, udviklet i åben kildekode, som bruger et lignende inddataformat som Abaqus. Det har en implicit og eksplicit løser og en for- og efterbrænder (CGX). Denne pakke indeholder løseren CalculiX CrunchiX (cxx).

Calculix GraphiX (cgx) er en 3-dimensionel for- og efterbrænder for finitte elementer. CalculiX CrunchiX Finite Element Models kan bygges, beregnes og efterbehandles. For- og efterbrænderen er et interaktivt 3D-værktøj, der bruger openGL API'en.

Udover Calculix CrunchiX-resultatfiler (frd) kan resultater fra OpenFoam, Duns (2D og 3D), Isaac (2D og 3D) og Nastran (f06) læses. For forbrænderens Netgen-standardformat kan STEP og STL importeres.

ESyS-Particle er et program, udviklet i åben kildekode, til partikelbaseret numerisk modellering. Programmet implementerer Discrete Element Method (DEM), en almindeligt anvendt teknik til modellering af processer, der involverer store deformationer, kornet forløb og/eller fragmentering. ESyS-Particle er designet til udførelse på parallelle supercomputere, klynger eller pc'er med flere kerner, der kører et Linux-baseret operativsystem. C++-simulationsmotoren implementerer en rumlig domænenedbrydning via Message Passing Interface (MPI). En Pythonomslags-API giver fleksibilitet i udformningen af ​​numeriske modeller, specifikation af modelleringsparametre og kontaktlogik samt analyse af simulationsdata. ESyS-Particle har været anvendt til at simulere jordskælv kimdannelse, findeling i »shear-celler«, siloforløb, stenfragmentering og »fault gouge«-evolution, for blot at nævne nogle anvendelsesområder.

Gazebo er en simulator for flere robotter i udendørsmiljøer. Som Stage (del af projektet Player), kan den simulere en population af robotter, sensorer og objekter, men gør det i en tredimensionel verden. Den opretter både realistisk sensortilbagemelding og fysisk plausible interaktioner mellem objekter (den inkluderer en præcis simulering af stift-legeme fysik).

Denne pakke indeholder hovedprogrammets binære filer.

GetDP er en generel endelig elementløser der bruger blandede elementer til at discretize de Rham-type-komplekser i en, to og tre dimensioner.

Den vigtigste funktion i GetDP er nærhed mellem inddata, der definerer discrete-problemer (skrevet af brugeren i ASCII-datafiler) og de symbolske matematiske udtryk af disse problemer.

Se GetDP's referencemanual for en grundig oversigt over GetDP's funktioner: http://www.geuz.org/getdp.

LAMMPS er en klassisk molekylær dynamisk kode, og et akronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

LAMMPS har potentiale for bløde materialer (biomolekyler, polymerer) og faste materialer (metaller, semikonduktører) og grovkornede eller mesoskopiske systemer. Programmet kan bruges til at opbygge atomer eller, mere generisk, som en parallel partikelsimulator på skalaerne atomar, meso eller kontinuum.

LAMMpS kører på enkelte processorer eller parallelt via teknikker for beskedfortolkning og en delvis-dekomponering af simuleringsdomænet. Koden er designet til at være nemt at ændre eller udvide med ny funktionalitet.

Ceres Solver er et C++-bibliotek, udviklet i åben kildekode, for modellering og løsning af store og komplicerede optimeringsproblemer. Det er et modent og ydende bibliotek med mange funktioner, som er blevet brugt i produktionen hos Google siden 2010.

Ceres Solver kan løse to slags problemer.

• Ikkelineær »Least Squares«-problemer med begrænsninger
• Generelle ubegrænsede optimeringsproblemer

Denne pakke indeholder udviklingshovedfilerne.

DART er et samarbejdende bibliotek for flere platforme oprettet af Georgia Tech Graphics Lab og Humanoid Robotics Lab. Biblioteket tilbyder datastrukturer og algoritmer for kinematik og dynamiske programmer i robotteknologi og computeranimation.

Denne pakke indeholder teksthoveder og andre værktøjer for udvikling.

The KIM API is an Application Programming Interface for atomistic simulations. The API provides a standard for exchanging information between atomistic simulation codes (molecular dynamics, molecular statics, lattice dynamics, Monte Carlo, etc.) and interatomic models (potentials or force fields). It also includes a set of library routines for using the API with bindings for:

FORTRAN 77, Fortran 90/95, Fortran 2003 C, C++

Atomistic simulation codes that support the KIM API work seamlessly with the KIM-compliant interatomic models (KIM Models) distributed on this website. The interface is computationally efficient and often requires relatively minor changes to existing codes.

This package contains models and model-drivers for KIM-API

Open Porous Media-programpakken (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer for modelopbygning og simulering af porøse medieprocesser, specielt simulering af CO2-sekvestrering og forbedret olieoptagelse.

Filformatet Eclipse er bredt anvendt i reservoir-simuleringsfællesskabet. Denne pakke tilbyder redskabsprogrammer til at behandle filer i dette format, f.eks. til at sammenligne to filer, konvertere mellem binær version og formateret tekstfilformat etc.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-grid provides implementations of grids for reservoir simulation, corner point or more general pillar grids, following the DUNE grid interface: CpGrid, a parallel corner point grid, and PolyhedralGrid a more general serial grid implementation of an unstructured, legacy, grid.

A standard grid type in the petroleum industry, corner-point grids fills the domain with a relatively low number of cells while still providing sufficient flexibility to model faults, fractures and erosion. The grid format was originally designed with an eye towards geological modeling rather than numerical simulation, but is still suitable for e.g. low order finite volume discretizations.

This package provides programs to mirror corner point grids specified in Eclipse file format and convert the corner point grid representation of an Eclipse together with permeability/porosity to file suitable for visualization with Paraview.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-simulators provides a research (ebos) and a production (flow) fully implicit black-oil simulators, supporting one to three phases and supporting solvent and polymer options. It uses cell centered finite volume schemes with two point flux approximation and automatic differentiation for the discretization and uses state of the art linear and nonlinear solvers. It supports standard and multi segment well models and reading and writing file in Eclipse format, a defacto industry standard in the oil reservoir simulation community.

Package provides the simulation programs.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-upscaling provides tools for single phase and relative permeability upscaling. During upscaling effective parameters (like porosity, permeability, and capillary pressure) for a simulation on a coarser scale are computed from properties of a simulation on a fine scale.

Package provides the upscaling applications.

LIGGGHTS står for LAMMPS forbedret for generel granulering og granuleret varmeoverførselssimulationer (LAMMPS improved for general granular and granular heat transfer simulations).

LAMMPS er en simulator for klassisk molekylær dynamik. Den er udbredt indenfor molekylær dynamik. Takket være fysiske analogier og algoritmeanalogier er LAMMPS en særdeles god platform til DEM-simulationer. LAMMPS tilbyder en GRANULAR-pakke til at udføre denne slags simulationer. LIGGGHTS forsøger at forbedre denne evne med det mål at pakken kan bruges i industrielle programmer. Udviklingsversion.

Mbpoll bruger libmodbus (http://libmodbus.org/). Selvom syntaksen for disse indstillinger er meget tæt på modpoll proconX-programmet, er et fuldstændigt uafhængigt projekt.

Mbpoll kan:

• læs diskrete inddata
• læs og skriv binære resultater (coil)
• læs inddataregistre
• læs og skriv uddataregistre (holdingregister)

Læsning og skrivning af registre kan være i decimal, hexadecimal eller kommatal.

MUSIC tillader at spike-hændelser og fortsættende tidsserier kommunikeres mellem parallelle programmer i det samme MPI-job i en klyngecomputer. Typisk brugstilfælde er forbindende modeller udviklet for forskellige simulatorer og forbindelse af en parallel simulator til et efterbehandlingsværktøj.

Denne pakke indeholder MUSIC-opstartsredskabet.

NEURON er et simuleringsmiljø til modellering af individuelle neuroner og netværk af neuroner. Det tilbyder værktøjer til nem bygning, håndtering og brug af modeller på en måde, der er numerisk fornuftig og beregningsmæssig effektiv. Det er specielt velegnet til problemer, der er tæt forbundet med eksperimentelle data, specielt dem der involverer celler med komplekse anatomiske og biofysiske egenskaber.

NEURON tilbyder

• »naturlig syntaks«, der gør det muligt at specificere modelegenskaber i kendte idiomer
• effektiv og smerteløs delvis og midlertidig diskretisering
• flere forskellige, brugervalgte numeriske integreringsmetoder
• nem brugerflade (fortolkere + grafisk brugerflade)
• bibliotek med biofysiske mekanismer der kan udvides af brugeren

Open CASCADE Technology er en programpakke for 3D-overflademodeller og faste modeller, visualisering, dataudveksling og hurtig programudvikling. Det er en glimrende platform til udvikling af numeriske simuleringsprogrammer inklusive CAD/CAM/CAE, AEC og GIS, samt PDM-programmer.

Draw er en kommandofortolker baseret på Tcl og et grafisk system brugt til at teste og demonstrere Open CASCADE Technology-modelleringsbiblioteker.

Open CASCADE Technology er en programpakke for 3D-overflademodeller og faste modeller, visualisering, dataudveksling og hurtig programudvikling. Det er en glimrende platform til udvikling af numeriske simuleringsprogrammer inklusive CAD/CAM/CAE, AEC og GIS, samt PDM-programmer.

Denne pakke indeholder ressourcefilerne.

OpenFOAM er det førende, frie program til at beregne væskedynamik (CFD), ejet af OpenFOAM Foundation og distribueret eksklusivt under General Public Licence (GPL).

Denne pakke indeholder de binære filer.

It is implemented in Python and the performance critical parts are implemented in Cython.

PySPH is implemented in a way that allows a user to specify the entire SPH simulation in pure Python. High-performance code is generated from this high-level Python code, compiled on the fly and executed. PySPH also features optional automatic parallelization using mpi4py and Zoltan.

The package contains viewer for PySPH.

DEAP er en ny evolutionær beregningsramme for hurtig prototyping og afprøvning af ideer. Den søger at gøre algoritmer eksplicitte og datastrukturer gennemsigtige. Den fungerer i perfekt harmoni med paralleliseringmekanismer, som f.eks multiprocessing og SCOOP.

Denne pakke indeholder modulerne for Python 3.

Escript er et programmeringsværktøj til at implementere matematiske modeller i Python via den finitte element metode (FEM). DA brugere ikke tilgår datastrukturerne er det meget nemt at bruge og skripter kan køre på skrivebordscomputere samt store parallelle supercomputere uden ændringer. Programområder for escript inkluderer jordmantelkonvektion, geofysisk inversion, jordskælv, porøse væskeløb, reaktiv transport, pladesubduktion, erosion og tsunamier.

Skripter kan køres parallelt (på varierende antal tråde eller knuder) uden nogen specielle ændringer.

Escript inkluderer nu modulet esys.downunder for 3D-inversion af geofysiske datasæt. Den nuværende version understøtter tyngdekraft, magnetisk og fælles inversion.

Denne pakke indeholder kommandoerne og bibliotekerne for Python 3 med både OpenMP-tråde og understøttelse af MPI-flerproces.

It is implemented in Python and the performance critical parts are implemented in Cython.

PySPH is implemented in a way that allows a user to specify the entire SPH simulation in pure Python. High-performance code is generated from this high-level Python code, compiled on the fly and executed. PySPH also features optional automatic parallelization using mpi4py and Zoltan.

QuTiP er et program til at simulere dynamikkerne for åbne kvantumsystemer. QuTiP-biblioteket afhænger af de glimrende numeriske pakker Numpy, Scipy og Cython. Derudover tilbydes grafik via Matplotlib. QuTiP forsøger at tilbyder brugervenlige og effektive numeriske simuleringer for en bred vifte af Hamiltonians, inklusive disse med arbitrær tidsafhængighed, ofte fundet i en bred vifte af fysikprogrammer såsom kvantumoptik, fangede ioner, superledende kredsløb og kvantumnanomekaniske resonatorer.

Denne pakke installerer biblioteket for Python 3.

SfePy er et program til at løse systemer med »coupled partial differential equations« (PDE'er) ved den finitte elementmetode i 1D, 2D og 3D. Den kan ses som både en sortboks PDE-løser og som en Pythonpakke, der kan bruges til at bygge egne programmer. Ordet »simpel« betyder, at de komplekse FEM-problemer kan kodes meget hurtigt og nemt.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjet »siconos«, der gør det muligt at kompilere og afvikle Siconos-programmer/skripter via en enkelt kommando.

Siconos er et videnskabeligt program primært rettet på modelopbygning og simulering af ikke-glatte dynamiske systemer i C++ og i Python:

• Mekaniske systemer (stiv eller fast) med ensidig kontakt og Coulomb-friktion og stød (ikke-glat mekanik, kontaktdynamik, multikropssystemdynamik eller granulære materialer)
• Skiftet elektrisk kredsløb såsom elektriske kredsløb med ideal og stykvise lineære komponenter: effektomformer, ensretter, faselåst sløjfe (PLL) eller analog-til-digital-konverteringsprogram.
• Systemer til glidende tilstand
• Biologi (genregulerende netværk) Andre programmer findes i systemer og kontrol (hybride systemer, differentierede indeslutninger, optimal kontrol med tilstandsbegrænsninger), optimering (komplementaritetssystemer og variationelle uligheder), væskemekanik og computergrafik.

Denne pakke indeholder værktøjer til kørsel, analyse, manipulering, eksport og visning af resultatet af mekaniske simuleringer.

SUMO er en mikroskopisk simuleringspakke for vejtrafik udviklet i åben kildekode og designet til at håndtere store vejnetværk. Den binære fil.

TkGate er et digitalt kredsløbsprogram og simulator med en Tcl/Tk-baseret grænseflade. TkGate inkluderer et stort antal indbyggede enheder, inklusive basisporte, hukommelser, tty'er og moduler for hierarkisk design. Simulatoren kan kontrollere enten interaktivt eller via et simuleringsskript. Hukommelsesindhold kan indlæses fra filer, og en mikrokode/makrokode kompiler (gmac) er inkluderet til at oprette tkgate-hukommelsesfiler fra en beskrivelse på højt niveau. Simulatoren understøtter fortsættende simulering, enkel trin-simulering (efter ur eller epoch) og stoppunkter. Filer gemmes i et Verilog-lignende format.

TkGate inkluderer en række øvelser og eksempler på kredsløb, som kan indlæses via hjælpemenuen. Eksemplerne går fra en simpel adgangspunkt 3- bit tilføjer til en 16-bit CPU programmeret til at spille »Animals«.

TkGate har en grænseflade til flere sprog med understøttelse for engelsk, japansk, fransk og spansk.

Yet Another Dynamic Engine.

Ramme, der er udviklet i åben kildekode og som kan udvides, for diskrete numeriske modeller, fokuseret på den diskret elementmetode. Beregningsdelene er skrevet i C++ med brug af en fleksibel objektmodel, der giver mulighed for uafhængig implementering af nye algoritmer og grænseflader. Python bruges for hurtig og præcis scenekonstruktion, simuleringskontrol, efterbehandling og fejlsøgning.

Denne pakke indeholder en hastighedsoptimeret bygning af yade.

Calculix er et frit finitte elementanalyseprogram, udviklet i åben kildekode, som bruger et lignende inddataformat som Abaqus. Det har en implicit og eksplicit løser og en for- og efterbrænder (CGX).

Denne pakke indeholder eksempelfiler for Calculix CrunchiX.

Calculix GraphiX (cgx) er en 3-dimensionel for- og efterbrænder for finitte elementer. CalculiX CrunchiX Finite Element Models kan bygges, beregnes og efterbehandles. For- og efterbrænderen er et interaktivt 3D-værktøj, der bruger openGL API'en.

Udover Calculix CrunchiX-resultatfiler (frd) kan resultater fra OpenFoam, Duns (2D og 3D), Isaac (2D og 3D) og Nastran (f06) læses. For forbrænderens Netgen-standardformat kan STEP og STL importeres.

Denne pakke indeholder eksemplerne.

Ceres Solver er et C++-bibliotek, udviklet i åben kildekode, for modellering og løsning af store og komplicerede optimeringsproblemer. Det er et modent og ydende bibliotek med mange funktioner, som er blevet brugt i produktionen hos Google siden 2010.

Ceres Solver kan løse to slags problemer.

• Ikkelineær »Least Squares«-problemer med begrænsninger
• Generelle ubegrænsede optimeringsproblemer

Denne pakke indholder dokumentationen fundet på http://ceres-solver.org/ og eksemplerne, som blev inkluderet i denne udgivelse.

OpenSurgSim is C++ toolkit for developing real-time surgical simulations. It lets you build simulators using the included building blocks, such as input device support, haptic feedback, graphics, collision detection and physics simulation.

This package contains the development files needed to build your own OpenSurgSim applications.

Open Porous Media-programpakken (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer for modelopbygning og simulering af porøse medieprocesser, specielt simulering af CO2-sekvestrering og forbedret olieoptagelse.

Denne pakke indeholder det delte byggesystem for alle OPM-moduler, teksthoveder for data, fortolkning og resultatfiler i Eclipse-formatet, et format bredt anvendt i reservoir-simuleringsfællesskabet samt generiske redskaber brugt i andre OPM-moduler.

The Open Porous Media (OPM) software suite provides libraries and tools for modeling and simulation of porous media processes, especially for simulating CO2 sequestration and improved and enhanced oil recovery.

opm-grid provides implementations of grids for reservoir simulation, corner point or more general pillar grids, following the DUNE grid interface: CpGrid, a parallel corner point grid, and PolyhedralGrid a more general serial grid implementation of an unstructured, legacy, grid.

A standard grid type in the petroleum industry, corner-point grids fills the domain with a relatively low number of cells while still providing sufficient flexibility to model faults, fractures and erosion. The grid format was originally designed with an eye towards geological modeling rather than numerical simulation, but is still suitable for e.g. low order finite volume discretizations.

This package provides the development files for the grid implementations, i.e. the headers and shared library links.

Dette er en overgangspakke. Den kan fjernes igen.

Open Porous Media-programpakken (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer for modelopbygning og simulering af porøse medieprocesser, specielt simulering af CO2-sekvestrering og forbedret olieoptagelse.

Opm-simulators tilbyder en forskning (ebos) og en produktion (flow) med fuld implicit sort-olie simulatorer, der understøtter en til tre faser og understøtter solvent- og polymer-indstillinger. Bruger cellecentrerede finitte volumeskemaer med to punkts flux-tilpasning og automatisk differentiering for diskretisering og bruger en tilstand af arten lineær og ikkelineær løsere. Understøtter standard- og multisegment samt modeller og læsning og skrivning af fil i formatet Eclipse, et meget udbredt format i fællesskabet for oliereservoirsimulering.

Denne pakke tilbyder udviklingsfilerne (teksthoveder og delte bibliotekshenvisninger).

Open Porous Media-programpakken (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer for modelopbygning og simulering af porøse medieprocesser, specielt simulering af CO2-sekvestrering og forbedret olieoptagelse.

Opm-upscaling tilbyder værktøjer for enkle fase og relative permeabilitetsopskalering. Under opskalering beregnes effektive parametre (som porøsitet, permeabilitet og kapillartryk) til en simulering på en grovere skala ud fra egenskaber af en simulering i en fin skala.

Denne pakke tilbyder udviklingsfilerne (teksthoveder og delte bibliotekshenvisninger).

Programpakken Open Porous Media (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer til at modellere og simulere porøse medieprocesser, specielt for CO2-sekvestrering og forbedret olieindvinding.

Denne pakke indeholder Pythonomslag til at læse, fortolke og skrive filer i Eclipse-formatet, et format bredt anvendt i fællesskabet for reservoirsimulering.

Open Porous Media-programpakken (OPM) tilbyder biblioteker og værktøjer for modelopbygning og simulering af porøse medieprocesser, specielt simulering af CO2-sekvestrering og forbedret olieoptagelse.

Opm-simulators tilbyder en forskning (ebos) og en produktion (flow) med fuld implicit sort-olie simulatorer, der understøtter en til tre faser og understøtter solvent- og polymer-indstillinger. Bruger cellecentrerede finitte volumeskemaer med to punkts flux-tilpasning og automatisk differentiering for diskretisering og bruger en tilstand af arten lineær og ikkelineær løsere. Understøtter standard- og multisegment samt modeller og læsning og skrivning af fil i formatet Eclipse, et meget udbredt format i fællesskabet for oliereservoirsimulering.

Pakken tilbyder Pythonomslag for simulatorerne.

PySwarms is an extensible research toolkit for particle swarm optimization (PSO) in Python.

It is intended for swarm intelligence researchers, practitioners, and students who prefer a high-level declarative interface for implementing PSO in their problems. PySwarms enables basic optimization with PSO and interaction with swarm optimizations.

Features:

• High-level module for Particle Swarm Optimization
• Built-in objective functions to test optimization algorithms
• Plotting environment for cost histories and particle movement
• Hyperparameter search tools to optimize swarm behaviour

This package contains the Python 3.x version of PySwarms.

FDMNES calculates the spectra of different spectroscopies related to the real or virtual absorption of x-ray in material. It gives the absorption cross sections of photons around the ionization edge, that is in the energy range of XANES in the EXAFS. The calculation is performed with all conditions of rectilinear or circular polarization. In the same way, it calculates the structure factors and intensities of anomalous or resonant diffraction spectra (DAFS or RXD). FDMNES also allows the comparison of the simulated spectra to experimental ones with the help of objective criteria.

G+Smo (Geometry + Simulation Modules, pronounced "gismo") is a new open-source C++ library that brings together mathematical tools for geometric design and numerical simulation. This package contains inlude headers, cmake configuration files and other development utils.